救命現場にヘリコプターで急行するフライトドクターを目指す医師らの奮闘を描く。フライトドクター候補生・藍沢（山下智久）らが救命救急センターに赴任。そんな中、団地のベランダから転落した女性が運び込まれる。藍沢と同期の白石（新垣結衣）は、指導医・黒田（柳葉敏郎）から、手術に加わるよう指示される。
藍沢（山下智久）が診療ミスを犯し患者の容体が悪化する。黒田（柳葉敏郎）は、ヘリの乗機を藍沢から緋山（戸田恵梨香）に変更する。そんな中、白石（新垣結衣）は階段から転落したという女性・英子（黒瀬友美）を診察するが、傷が不自然なことから恋人の暴力を疑う。一方、藤川（浅利陽介）は閉所恐怖症の患者に手を焼く。
白石（新垣結衣）と藤川（浅利陽介）が、二人だけで当直を担当することに。だが、藍沢（山下智久）と緋山（戸田恵梨香）も手術の経験を増やすチャンスだと感じ、病院に残る。そんな中、泥酔状態で転倒した会社員・島田（春海四方）が運ばれてくる。軽傷と思われたが、容体が急変。藍沢は自分たちだけでオペを行おうと決断する。
藤川（浅利陽介）の母・静子（山本道子）が藤川に内緒で救命救急センターを訪ねてきた。静子は藍沢（山下智久）から藤川の様子を聞き出す。そんな中、藤川は処置中のミスで感電し、入院することになる。黒田（柳葉敏郎）は藤川に、フライトドクターをあきらめ別の病院に行くように忠告。その話を静子は立ち聞きしてしまう。
建設現場で大規模な爆発事故が発生した。藍沢（山下智久）らは、黒田（柳葉敏郎）から技術不足だと判断された藤川（浅利陽介）を残し、現場へ。白石（新垣結衣）は、鉄筋が腹を貫通した作業員・横山（山崎裕太）の処置に当たる。白石を手伝うことになった藍沢は、携帯電話で黒田からの指示を仰ぎ、鉄筋を抜く作業を行う。
藍沢（山下智久）の祖母・絹江（島かおり）が、骨折し搬送されてくる。診察の結果、絹江は認知症と判明。一同は、両親がなく、絹江に育てられたという藍沢を気遣う。その後、絹江の容体が急変。だが冷静な藍沢は、絹江を白石（新垣結衣）に任せてヘリに向かう。一方、藤川（浅利陽介）は原因不明の体調不良を訴える男性を診察する。
白石（新垣結衣）は、腹痛を訴える大山（古本新乃輔）の担当に。性転換手術を受けていた大山は、男性扱いする白石に反発する。そんな中、難病を患う冴島（比嘉愛未）の恋人・悟史（平山広行）が病院を訪ねてくるが、冴島は悟史と会うのを避ける。一方、藍沢（山下智久）は絹江（島かおり）の世話より、仕事を優先する。
祭りで山車（だし）が横転し、下敷きになった一家が運び込まれた。程なく一家の祖父・重蔵らは回復し、藍沢（山下智久）らは奔放な重蔵らに振り回される。その後、重蔵の息子・達夫と重蔵の容体が急変。黒田（柳葉敏郎）らは平行して手術を行う。そんな中、ボイラー爆発事故が発生し、白石（新垣結衣）らが現場に向かう。
爆発事故現場で処置中に事故が起き、黒田（柳葉敏郎）が白石（新垣結衣）をかばい重傷を負った。藍沢（山下智久）は命を優先し、黒田の腕を切断。その後、病院で腕の縫合手術が行われるが、医師としての復帰は不可能と分かる。白石は自分の不注意だと自らを責める。そんな折、空港の階段で転落事故が起きる。
白石（新垣結衣）は黒田（柳葉敏郎）の事故に責任を感じ、辞職願を出す。藍沢（山下智久）も、黒田へ行った処置に悩んでいた。そんな中、黒田の息子・健一（今井悠貴）の手術が行われる。父と明かせない黒田は無力感を感じる。直後、入院中の患者が急変。難しい処置に戸惑う白石に、黒田は片腕で処置を行おうとする。
高速道路で多重事故が起き、多数の死傷者が出た。藍沢（山下智久）は車の下敷きになった青年・谷口の治療に当たる。一方、緋山（戸田恵梨香）は、搬送中に容体が悪化した患者・良江の処置に機内で着手。そんな中、現場に人手が足りないと聞いた藤川（浅利陽介）は、行かせてほしいと黒田（柳葉敏郎）に志願する。
ドクターヘリで救急現場に駆け付ける医師たちの活躍を描く第2弾。フライトドクターの専門研修を受ける藍沢（山下智久）、白石（新垣結衣）、緋山（戸田恵梨香）らは卒業まで残り3カ月となり、各自進路を考え始める。そんな中、本院から転属してきたフライトドクター・橘（椎名桔平）が、藍沢らの腕前を見極めると言い出す。
藍沢（山下智久）は、肺炎で入院中の祖母・絹江（島かおり）を頻繁に見舞う男性がいることに気付く。だが、絹恵に尋ねても誰なのか分からないという。一方、心破裂の後遺症に悩む緋山（戸田恵梨香）のため、白石（新垣結衣）は心臓外科の受診を勧める。だが、入院でブランクがある緋山は、これ以上研修を休めないと応じない。
藍沢（山下智久）は祖母・絹江（島かおり）の見舞客の存在が気に掛かるが、絹江は何も話そうとしない。一方、検査の結果が出た緋山（戸田恵梨香）は、手術が必要と告げられるが拒否する。そんな中、駅の階段で乗客が将棋倒しになる事故が発生。藍沢らはスキー板で体を貫かれるなど、悲惨な状況の負傷者たちを目にする。
藍沢（山下智久）は祖母・絹江（島かおり）を度々見舞う不審な男性にようやく出会うが、逃げるように去られてしまう。その直後、絹江の容体が急変し、男性のことを尋ねるどころではなくなる。そんな中、藍沢は風で飛んできた看板で頭を負傷した女性の救出へ。女性は妊娠中だったが、産みたくないと漏らす。
藍沢（山下智久）は祖母・絹江（島かおり）から、母親が病死ではなく自殺したことを告げられ、ショックを受ける。そんな折、はるか（比嘉愛未）の恋人・田沢（平山浩行）の容体が急変。白石（新垣結衣）は駆け付けた両親に、田沢本人が延命措置を望んでいないことを伝える。田沢はもうろうとした意識の中ではるかの名を呼ぶ。
藍沢（山下智久）は母親の死の真相を確かめるため、父・誠治（リリー・フランキー）を訪ねる。一方、白石（新垣結衣）らが卒業後の進路に悩む中、白石の父・博文（中原丈雄）が救命センター部長・田所（児玉清）の元へ娘の進路相談にやって来る。そんな中、初療室に吐血した女性患者が搬送され、末期がんと判明する。
登山中の夫婦が負傷し、ドクターヘリの要請があった。緋山（戸田恵梨香）らが現場に向かう準備をしていると、血相を変えて緋山の名を叫ぶ男性が現れる。以前、脳死状態で運ばれ、心肺停止で亡くなった子供の伯父だった。男性の対応に追われる緋山に代わって出動した藍沢（山下智久）らは、現場で思わぬ事態に直面する。
藍沢（山下智久）らフェローたちは、徹夜続きの毎日で疲労がピークに達していた。そんな折、救命センターに吐き気を訴える高校のサッカー部員十数人が運ばれてくる。だが、処置室に入り切らず、廊下まで混乱状態に。藍沢や白石（新垣結衣）らでは対応し切れず、救命センター長・田所（児玉清）も応援に駆け付け処置に当たる。
藍沢（山下智久）は母親の死の真相を知り、心のけじめがつく。また、遺族から医療ミスを糾弾された緋山（戸田恵梨香）は、治療への恐怖心がぬぐいきれないでいた。そんな中、スキー選手が立ち木に激突し、橘（椎名桔平）らが救出に向かう。患者の命に別条はなかったが、白石（新垣結衣）は衝撃的な診察結果を患者に告げることになる。
藍沢（山下智久）らは休む間もなく患者の対応に追われる日々を過ごす。そこには緋山（戸田恵梨香）の姿もあったが、彼女の心の傷はまだ癒えずにいた。そんな中、仕事中に倒れた救命センター部長・田所（児玉清）の手術が脳外科医・西条（杉本哲太）の執刀で行われる。その後、大事故が発生し、藍沢らは壮絶な現場に直面する。
旅客機が山中に不時着し、炎上する事故が発生。藍沢（山下智久）らは救護活動中、白石（新垣結衣）の父・博文（中原丈雄）の姿を見つけ、手当てを。その後、傷の手当てを受けた博文は、自分も負傷者の治療に当たろうとする。一方、緋山（戸田恵梨香）はやけどを負った男児を診るが患者への恐怖心を断ち切れず、立ち尽くす。
「ドクターヘリ」に乗るフライトドクターを目指す若者たちの奮闘を描いたドラマの新シリーズ。藍沢（山下智久）、白石（新垣結衣）らは、10年以上のキャリアを経て、おのおの人生と向き合っていた。そんな折、翔北救命救急センターに、フライトドクターを目指すフェロー・名取（有岡大貴）、灰谷（成田凌）らがやって来る。
ヘリで乗り物酔いをしてしまう灰谷（成田凌）や横峯（新木優子）らに藍沢（山下智久）は冷たい態度を取る。だが、フェローを大事に育てたい白石（新垣結衣）は藍沢の指導方法を責める。そんな中、17歳の妊婦・望海（古畑星夏）が運ばれてくる。望海と父親が産むべきかもめていると、緋山（戸田恵梨香）らが仲裁に入る。
藤川（浅利陽介）は妊娠中の冴島（比嘉愛未）を気遣い、言葉を掛けるもそれが裏目に出て、冴島を怒らせてしまう。そんな中、ドクターヘリの要請が入り、白石（新垣結衣）と冴島、灰谷（成田凌）が現場に向かう。ドクターヘリで翔北病院へ搬送中、機内で患者が嘔吐し、その直後に冴島も意識を失ってしまう。
冴島（比嘉愛未）がドクターヘリを降りることになり、正式なフライトに挑む雪村（馬場ふみか）は張り切る。そんな中、藍沢（山下智久）らはカセットコンロの爆発によってけがをした親子の救助へ向かう。到着した藍沢は少年の状態を見て驚く。一方、橘（椎名桔平）は急変した優輔（歸山竜成）の処置に奔走する。
下水道工事中の作業員が川に流され、意識不明で運ばれてくる。藍沢（山下智久）らが治療をしていると、冴島（比嘉愛未）が倒れ込む。腰の辺りから出血した冴島を見た緋山（戸田恵梨香）は、冴島とおなかの赤ちゃんを救おうと必死に処置を行う。一方、名取（有岡大貴）が担当した患者が急変したと連絡が入る。
翔北病院で17歳の男子高校生が脳死判定を受ける。それは重い心臓病を患う橘（椎名桔平）の息子・優輔（歸山竜成）に移植可能な心臓が提供される可能性を示唆していた。その頃、冷凍倉庫内でフォークリフトの誤操作による荷崩れ事故が発生。ヘリの出動要請が入り、藍沢（山下智久）や藤川（浅利陽介）が出動する。
白石（新垣結衣）は、藍沢（山下智久）が一週間以上前の奏（田鍋梨々花）の手術記録を書いていないことを不思議に思う。そんな中、踏切で人身事故が発生し、ドクターヘリ要請を受けた白石、灰谷（成田凌）、雪村（馬場ふみか）が出動。到着を急ぐあまり、灰谷の取った行動が原因で白石の責任問題が発生する。
名取（有岡大貴）が空港で倒れた男性の処置をする際、患者に刺した針が誤って緋山（戸田恵梨香）の指にも刺さってしまう。その後、患者は死亡し、渡航先が西アフリカだった事が発覚。緋山は感染症を疑われ、隔離される。一方、少年を診察する灰谷（成田凌）は、検査で異常はないが、腹痛を訴える少年を心配する。
救命センターに同時に3人の急患が運び込まれる。藍沢（山下智久）ら全員が力を合わせ迅速な対応を行った結果、3人ともICUへ移動することができた。橘（椎名桔平）は数カ月前を思い返し、白石（新垣結衣）が引っ張る救命の成長を感じる。そんな中、優輔（歸山竜成）の元に移植ネットワークから連絡が入る。
地下鉄開通前の線路内で崩落事故が発生する。線路の見学イベントが開催されていたため、多数の負傷者が出る。藍沢（山下智久）ら救命救急チームは、白石（新垣結衣）の指示の下、現場に急ぐ。だが、まだ心の傷が癒えていない灰谷（成田凌）は、病院に残されることに。現場に駆け付けた藍沢らは、悲惨な光景を目にする。
ドクターヘリで、事故現場に向かう若い医師たちを描くSPドラマ。トンネル事故の現場で、レスキュー隊の制止を振り切って治療を続けた藍沢、白石、緋山、冴島、藤川。彼らはその罰として１週間の謹慎処分を受けていた。謹慎を終え、勤務に戻ってきたのもつかの間、事故に巻き込まれ片腕をなくした黒田が病院を去ろうとしていた。
ドラマ「コード・ブルー―」（2017年）の特別編。トラウマからPTSDを発症した灰谷（成田凌）は、精神科医・二宮（泉里香）のカウンセリングを受けることに。二宮からPTSDの克服は難しいと聞いた横峯（新木優子）は、灰谷を心配する。そんな灰谷も、ドクターヘリに乗れない現状に悔しさを覚えていた。
灰谷(成田凌)賀入院中の少年・晃太(潤浩)の治療方法について、父親(高橋洋)に説明を行うと、父親はインターネットで調べた情報を基に難癖をつけてくる。そんな中、雪村(馬場ふみか)が駆け込んできて、晃太がショック状態にあるという。手術か否か迷う灰谷に、名取(有岡大貴)が背中を押し、緊急手術を行う。
名取(有岡大貴)は横峯(新木優子)が着ている花柄で明るい色のコートに驚く。しかし、そこを通りがかった7歳の患者・佳奈(飯尾夢奏)は、そのコートに「かわいい」と反応。後日、横峯は佳奈にコートと同じ柄のマフラーをプレゼントする。その後、横峯は名取へ、明るい色の服装で病院に勤務する理由を明かす。
灰谷(成田凌)は大量の医学書で毎日勉強を続ける。そんな灰谷の姿を見た名取(有岡大貴)は、医学書に載っているDIC治療の権威である河原教授(井上肇)が翔陽大学附属北部病院にやって来ることを話題にする。一方、患者の今泉(杉浦大介)の専門的な質問にきちんと回答できない横峯(新木優子)に、雪村(馬場ふみか)はあきれる。
雪村(馬場ふみか)は研修先の小児科で、いつも笑顔を絶やさないため陰で“スマイリーさん”と呼ばれる看護師・江藤(西尾まり)と出会う。常に笑顔でいられるはずがないと考えていた雪村だが、大変な時も変わらない江藤の仕事ぶりに驚く。そんな中、雪村は江藤本人から、常に笑顔でいる意外な理由を聞かされる。
当直の名取(有岡大貴)と横峯(新木優子)は重症患者が来ないことを祈るが、ICUで患者の容体が急変。さらに救急患者の受け入れ要請が入り、雪村(馬場ふみか)と灰谷(成田凌)も助けに入る。先輩医師・木戸(戸塚純貴)も駆け付けるが、木戸は当直で急変患者を診た経験がなく、若い5人だけでの対応を決心する。
地下鉄崩落事故から3か月後、成田国際空港に航空機が緊急着陸し、東京湾の海ほたるに巨大なフェリーが衝突するという事故が連続して発生する。翔陽大学附属北部病院救命救急センターのフライトドクター藍沢(山下智久)らに出動要請が入り、藍沢と約10年間苦楽を共にしてきた白石(新垣結衣)らは、これまでにない事態に立ち向かう。
