Das Polareis ist geschmolzen und ein Großteil der Erde ist von Wasser bedeckt. Die wenigen Menschen, die noch auf trockener Erde wohnen, kämpfen mit denjenigen, die auf den Ozeanen leben. Die Besatzung eines japanischen U-Boots, der „Blue Submarine No. 6“, sucht unter dem Kommando von Mayumi Kino nach einer friedlichen Lösung für die Konflikte. Zudem kämpfen sie gegen den bösartigen Zorndyke und seine Mutanten, die die Menschheit auslöschen wollen. (Text: Sky)
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