真山 徹（渡部篤郎）は、警視庁捜査第一課、捜査二係に勤める叩き上げの刑事。元・公安の刑事でやり手であることに間違いないが、全くやる気がなく、今は、迷宮入りの事件を扱う“捜査二係”に配属されている。この二係は、警察内部では曰く付きの吹き溜まりとしても知られているが、ここに１人の女が配属されたことから少しずつ歯車が狂い始める。 その女とは、東大卒のキャリア、柴田純（中谷美紀）。学生上がりで世間知らずのお嬢さまだが、とにかく負けず嫌い。そして恐るべき記憶力を持つ。９ヶ月間の警官研修期間を何の問題もなく経た後には、若干２５歳で所轄署の署長になるエリ－ト中のエリート。しかし推理マニアの柴田は迷宮入り事件に次々に手を付けていってしまう。しかも勝手に。 赴任早々、柴田が興味を示したのは「死者から電話をもらった」という男の証言。その男、志村は一年前に殺害された多田と、殺される前日に会う約束をしていたのだという。その多田から「次の土曜日に会いませんか」との電話が入り、怖くなったのだ。 “二係”では、一年前の事件を掘り起こし、容疑者・太田の行動を洗い直すことに。事件当日太田は、東京・六本木のバーで「多田の野郎、ぶっ殺してやる」などとわめきちらし、夜１２時頃店を出た。一方多田は、小学校の同窓会で三重県四日市市を訪れていた。死体が発見されたのは午前８時頃。死亡推定時刻は午前１時から２時の間。警察は捜査員を延べ18,600人を動員し太田の足取りを追ったが、事件後全く消息をつかめていない。しかも午前０時に六本木にいたアリバイを崩せず、事件は昨年１０
迷宮入りの事件だけを扱う警視庁捜査一課二係。ここには未解決の事件が数多く眠っているが、解決するのは年に２～３件というお粗末な仕事ぶり。二係の刑事たちは日々、安穏に過ごしてきたのだ。ところがここに東大卒のキャリア、柴田（中谷美紀）が配属されてきてからというもの、何故か迷宮入り事件（警察内部では「ケイゾク」と呼ばれている）の相談者が増えつつあった。そして今日もまた、一人の男が二係に訪れた。橋本幸夫（桜金造）、１３年前の「冷凍庫殺人事件」で殺人の容疑をかけられた男だ。 当時、倉庫会社の警備員であった橋本は、事件当日も警備の業務にあたっていた。いつも通り、午前３時に荷物の搬入立ち会いを済ませた後は、倉庫の鍵をかけ出入り口を監視。その後、午前６時に点検のため倉庫の鍵を開け、中に入った。するとそこにドライアイスの大きなかたまりと白い宗教衣を着せられた血まみれの死体があったのだという。扉を閉めた時には何もなかった所に、開けたら氷の祭壇と死体があった・・・殺されていたのは水谷倉庫社長の水谷雄一（でんでん）。橋本は死体の第一発見者として警察の執拗な取り調べを受け、長く容疑者として監視されていた。橋本は心臓の難しい手術を受けるに当たって「死ぬ前に自分の潔白を証明してほしい」と言うのだ。 翌日、柴田は真山（渡部驚郎）と共に死体発見場所の倉庫に出向く。が、柴田の失敗で二人はマイナス６度の冷凍庫に閉じこめられる羽目に・・・そして倉庫内にネズミの鳴き声のような音が響き始める・・・。
“二係”に美しい一人の女性がやって来た。竹下美奈子（松田美由紀）、平成１０年１月２２日に起きた『ブティック強盗殺人事件』の被害者の妻だ。美奈子は１０００万円を奪われた上、愛すべき夫を包丁で刺されて亡くした悲しみを、未だに犯人逮捕に踏み込めない警察への憎しみへと変えていた。警察を無能だと罵る彼女に、野々村（竜雷太）らは反論できない。さらに美奈子は、二係の面々に難題を持ちかける。「私が犯人を見つけた。犯人の部屋に盗聴器を仕掛けて欲しい」と。 実は、殺された夫には生前、祐子という愛人がいて、その女こそが犯人だというのだ。美奈子は偶然、祐子が共犯者らしき人物とお金の受け渡しについて話しているのを聞いてしまったのだと言う。証拠をつかむための『盗聴』を依頼された野々村だが、「盗聴は違法で、祐子が犯人とは断定できない」とその申し出を断る。しかし柴田（中谷美紀）は祐子が事件に関係すると推理。調書に不審な点を発見したのだ。早速、柴田は彩（鈴木紗理奈）に張り込みのノウハウを伝授してもらい、真山（渡部篤郎）らと祐子の家の張り込み捜査を開始する。 お金の受け渡しの約束の夜、野球帽を目深に被った一人の男、成田が祐子の部屋にやって来る。「畜生！なめやがって！」と言う男の声。さらには盗聴器から聞こえてくる女の叫び声。柴田と真山は、慌てて祐子の部屋に駆け付けるがそこには血まみれの祐子の死体だけが残されていた・・・。捜査一課の早乙女（野口五郎）は、容疑者として成田を連行するが、男は「自分が祐子の部屋に行ったときには、部屋はもぬけの空だった」と容疑
ある日、八王子の名門旅館『いわい』の仲居、佐代子（銀 文蝶）が二係にやって来た。佐代子は「東側の離れに一人で泊まった人は必ず死ぬ」という話を二係の面々に聞かせる。事実『いわい』では、開業した明治から大正時代にかけて５人がその部屋で毒殺されていて、それ以来この部屋は開かずの間になっていた。ところが近々改装で部屋の取り壊しが決定され、「その前に一度泊まってみたい」という人が後を絶たないのだという。迷ったあげく旅館側は、死の部屋に泊まるイベントを計画。佐代子は万が一に備えて警察に保護を頼みたいというのだ。野々村（竜雷太）はその申し入れを断るが、柴田（中谷美紀）は、興味津々。お目付役の真山（渡部篤郎）と共に依頼を引き受けることにする。 「死の客室」に泊まるという悪趣味な催しの当日、柴田と真山は客の振りをして『いわい』を訪れる。さらに偶然会った彩（鈴木紗理奈）もなぜか一緒に潜入することに・・・。“部屋に誰が泊まるか”で盛り上がる面々は、宿泊者をトランプで決めることに。結果、旅館の跡取り娘、朋美（池田昌子）が泊まることになり、他の人は隣の部屋に待機。生存確認のため、３０分に一回、声をかけることにした。午前４時、朋美の返事が間こえなくなり、ほどなく遺体となった朋美が発見された。そんな中、柴田は「犯人が分かった」と。さらには皆にもう一度トランプをしようと持ちかけ、「犯人はトランプに負けた人です」と言うのであった・・・。
二係に、ヒステリックな主婦・青木ゆかり（筒井真理子）がやって来た。２年前から行方不明になっている夫の捜索状況を確かめにやって来たのだが、警察の対応はのらりくらりとしたもの。怒ったゆかりは、「マスコミに訴える」と二係の部屋を出てしまう。慌てた野々村係長（竜雷太）は、謝罪のため柴田（中谷美紀）を連れて青木宅を訪れるが、ゆかりは留守。野々村は、誠意を表すために自分の名刺をゆかりの家のポストに置いて行くが、この行動にゆかりの怒りは爆発。 行方不明の夫を、ワイドショーの番組内で霊能者、鷺沼（大沢樹生）に捜してもらうと共に、警察のいい加減さを野々村の名刺と共に語るのであった。そんな中、霊能者・鷺沼が、青木の居場所が分かったとテレビで発言。鷺沼は、テレビスタッフと共に霊視で見えた場所へと向かう。たどり着いた場所は、川沿いの古びたビル。一同は屋上へと向かうが、そこで鷺沼は、「人が殺された・・・３階・・・。」とだけ発言し、失神。スタッフはすぐさま３階に駆け付けるが、そこには仰向けに倒れた青木の姿が・・・。 この一部始終をテレビで見ていた柴田と真山（渡部篤郎）は、すぐさま現場のビルヘと向かうが、そこで柴田は鷺沼を犯人だと断言。何の根拠もなく犯人にされたと憤慨する鷺沼は、テレビを通じて警察を批判。二係の存在自体が怪しくなってきた・・・。また、鷺沼の予言通り常に真山を付け狙っていた KEE（KEE）の身に変化が・・・。
二係に、かつて，“エンマの壺”の異名で恐れられた町田署捜査一課の警部補、壺坂邦男（泉谷しげる）がやって来た。野々村（竜雷太）の一期先輩でもある壺坂は、定年間近。刑事人生は残りあと１週間となっていたが、彼にはどうしても解決したい事件があったのだ。 その事件とは、昭和59年２月に町田の中学校で起きた小包爆弾事件。熱血教師、森田功作（平尾良樹）の元に届いた牛肉の小包みに爆弾が仕掛けられていて、死亡者がでたというものだ。死亡したのは森田とは関係のない富川桂一（秋吉信人）。中学校の事務員、赤羽さくら（宮崎淑子）の婚約者だった男だ。森田は「教師は物品授与禁止」の決まりを守り、事務員のさくらに肉をあげていたのだ。 この事件は時効まであと２週間となっていて、お蔵入り目前の難事件だが、犯人を見つけたい一心の壺坂は、過去に因縁浅からぬ真山（渡部篤郎）に手を貸して欲しいと頭を下げに来たのであった。しかし、真山はかたくなに拒否。事件の資料をゴミ箱に捨てる有様・・・。一方柴田（中谷美紀）は、壺坂に邪険にされながらも例のごとく捜査に首を突っ込む。そして小包爆弾事件の１ヶ月前におきた女子学生の自殺に疑問を抱く・・・。
６年前の画廊社長殺人事件の被害者の娘、山田菜穂子（高田万由子）が二係にやって来た。菜穂子は亡き父の跡を継ぎ、今では 23歳の若さで女社長として腕をふるっているのだが、父を殺した犯人が未だに逮捕できない警察に不満を持っていた。「捜査ミスがあったのではないか・・・」と言う菜穂子に対し、柴田（中谷美紀）は、「ミスがあったとすればただ一つ。絵の中の子供が人を殺す怪奇現象が起きたという可能性を見落としていた」と指摘。 実は、この事件には一枚の“子供の絵”が関係していて、絵の中の子供の表情が変化するというのだ。さらに、その絵柄の変化に気づき見た者は、満月の夜に殺される・・・という伝説があるらしい。柴田のお目付役、真山（渡部篤郎）は「怪奇現象などあり得ない」と推理を馬鹿にしながらも菜穂子の妖艶さに魅了され、珍しく捜査に意欲的。二人は、問題の絵を実際に見ることにするが、２人目の犠牲者が出ようとしていた・・・。 また、真山が監視している朝倉（高木将大）が柴田を食事に誘い外で会うことになる。そのことを知った真山は、朝倉に対して殺意を抱き、朝倉の恋人麻衣子（西尾まり）は、嫉妬心にかられる。
いつものようにバス通勤する柴田（中谷美紀）は、男子高校生が見ていたインターネットの悩み相談に目がとまった。興味津々で「素敵な旦那様の見つけ方」と入力するが、コンピューターの返答は冷たいモノ・・・。そして「死にたい方へプレゼント」というメッセージを見てしまう。二係では、野々村（竜雷太）が捜査一課の早乙女（野口五郎）にお小言を受けていた。柴田ら二係の面々が捜査に手出しするのが面白くないらしいのだ。今後勝手な行動は慎むように・・・と注意を受け、真山（渡部篤郎）はむくれる。 そんな中、柴田は大学時代からの友人、麻衣子（西尾まり）に合コンのお誘いを受ける。星占いで「今週あなたは大切なモノを失う」と出ていた柴田は期待に胸を膨らませ、待ち合わせ場所へ向かうことに。さっそく有名大学の学生、原（片山雄介）といい雰囲気になった柴田は有頂天。ホテルの一室で目を覚ますことに・・・。 ところが、目が覚めてびっくり。ベッドは血の海。その中に、裸の原の死体があったのだ。しかも部屋の内側からはチェーンが掛けられてあり、完全な密室状態。柴田は容疑者として疑われてしまうことになる。「身の潔白を証明する前に真犯人は逃げてしまう」と思った柴田は警察から逃走。麻衣子と共に捜査を進めるが「死にたい方へのプレゼント」のメッセージが、実は合コンのメンバーヘ向けたものだと気付く。犯人は身近な人物だった・・・。しかし、犯人をあやつっていたのはなんとあの朝倉（高木将大）だった。
柴田（中谷美紀）は、親友の麻衣子（西尾まリ）の自殺にショックを受けながらも、「真犯人は他にいる」と彩（鈴木紗理奈）と共に捜査を開始する。麻衣子が勤めていた市役所に出向いた二人は、麻衣子の恋人、朝倉（高木将大）が会社を休んでいること、麻衣子が、朝倉と柴田の関係を疑っていたことを知る。 朝倉の自宅を訪れた柴田は、カレンダーのある印に疑問を抱く。麻衣子が死んだ日にマークがされていたのだ。「麻衣子と会う約束をしていた」と説明する朝倉だが、柴田はどうも腑に落ちない。さらに、麻衣子が通っていた精神病院を訪れた柴田は、麻衣子が何者かに催眠術をかけられていた疑いがあるということを知る。「コンピューターが命令する・・・」と、話していたというのだ。そこで柴田は、ある男のパソコンにハッキングし、恐るべき事実を知る・・・。 そんな中、早乙女（野口五郎）は彩に真山（渡部篤郎）の行動を監視するよう命令する。真山の妹がレイプされた事件に実は朝倉が関係していて、朝倉の身が危ない、というのだ。この頃、真山には別の顔が見え隠れしていたのだ・・・。麻衣子を操っていた犯人を探る柴田は、一連の事件と真山が関係することを発見。真山の過去を調べ直すことになるが・・・。
真山（渡部篤郎）の妹、沙織（多田亜沙美）の事件を洗い直した柴田（中谷美紀）は、真山の過去に疑問を抱く。沙織を輪姦した少年５人のうち、３人が自殺しているのだが、いづれも他殺の可能性があった。そして彼らを殺す動機があったのは、７年前に朝倉（高木将大）に向かって発砲した真山だけだと推理。真山がずっと追い続けていた朝倉は、輪姦した少年の仲間の１人だったのだ。 そんな中、真山が遂に動いた。ルポライターのＫＥＥ（ＫＥＥ）、柴田の友人麻衣子（西尾まり）、そして妹の沙織を殺したのは朝倉だと勘ぐる真山が、朝倉に銃口を向けたのだ・・・。その時、捜査一課の早乙女（野口五郎）の命令で真山を極秘捜査していたＳＷＥＥＰが、逆に真山を狙撃する。
背中に重傷の傷を負いながら彩（鈴木紗理奈）と共に病院を抜け出した柴田（中谷美紀）は、２係へ向かった。真山（渡部篤郎）の発砲事件の資料を探し出し、真山と朝倉（高木将大）が会う場所を突き止めるためだ。 ７年前の事件のはずなのに。何故か資料が見当たらない。実は、野々村（竜雷太）が隠し持っていたのだ。柴田が身の危険を省みずその現場へ向かおうとしていることを察した野々村は、「柴田にみせることができない」と言う。しかし柴田の熱意に負けて、ある条件と引き替えにそれを見せる約束をする。その約束とは・・・。 一方、殺人容疑をかけられた真山は、ＳＷＥＥＰに身を追われていた。拳銃で撃たれた真山は、遠のいていく意識の中で過去の幻影に悩まされられながらも逃亡を続けるのであった。そして、遂に朝倉と対峙じた。
朝倉との死闘により、死の危機に瀕するも8か月もの眠りについた柴田が目を覚ました。しかし脳に損傷を負った後遺症により弐係の面々や朝倉の事件といった警視庁登庁以後の記憶を失ってしまう。その一方で真山も朝倉から「ゲーム再開」の宣戦布告が伝えられる。時が流れ、八王子西署署長となった柴田は配属初日、自分を痴漢した男を交番に連行した際、人を殺したと自首した美咲という女子高生と出会う。美咲が言うには伏舟神社に伝えられている幹に殺したい相手の名前を書いたらその相手は必ず死ぬという「呪いの樹」と呼ばれる神木に彼氏の名前を書き、その通りに彼氏が死んだという。この噂に興味を持った柴田は図らずも真山ら弐係の面々とその呪いによるものとされる事件の再調査に乗り出す。しかし、この「呪いの樹」にまつわる事件そのものが朝倉の仕掛けたトラップだった。
数々の未解決事件の謎を解いてきた天才にして変人の警視庁キャリア・柴田は、古巣である捜査一課弐係に新係長として帰って来る。そこへ、磯山章子と名乗る女性が依頼に来る。章子の母・早苗は15年前に発生した第七神竜丸沈没事件の生存者で、事件で亡くなった霧島夫妻の遺族・七海から、小笠原諸島にある孤島・厄神島（やくじんしま）へ招待されたが、母を一人で行かせるのが不安なため警察に同行してほしいという。厄神島は磁石も狂ってしまうといういわくつきの場所で、物が次々に消えてゆくという伝説がある島だった。おりしも弐係に同様の招待状が届き、母に替わって島へ出発する章子に、柴田と彼女の相棒的存在である刑事・真山がついて行くことになる。