While at a joint training exercise with Kyushu’s Moji Branch, the team meets their new driver, Rei Ozora, who insists that the trio make him their disciple! But this boy turns out to be a robotics engineering genius who contributed to the design of the new Shinkalion 800. Meanwhile, Byakko creates a Giant Monstrous Being that the land based Shinkalions have no chance of reaching. It is then that Rei reveals his greatest surprise: the Shinkalion 800 is built for flight! Will it be enough and in time to stop the high speed threat?
新しく完成した「超進化研究所・門司支部」へ行くことになったハヤトたち。移動手段は飛行機の予定だったが、ハヤトたっての希望で一行は新幹線に乗って九州に向かう。
九州に着いたハヤトたちを出迎えたのは「シンカリオン ８００つばめ」の新任運転士・大空レイだった。かねてよりハヤトたちに憧れていたというレイに「弟子になりたい」と言われて、ハヤトたちは戸惑う。
超進化研究所門司分部落成，雙葉帶同隼人等前往當地，與新任駕駛員阿零一起接受訓練。白虎將火箭變成巨型怪物體，正當飛行的敵人令新幹線戰士束手無策之際，阿零的燕號竟然展開飛翼一飛沖天。
