ミラーワールドのモンスターに狙われた人々が襲われる事件が発生。事件を追っていたジャーナリストの卵・城戸真司は奇妙なカードデッキを拾ったことをきっかけに、モンスターと戦う能力を持った「仮面ライダー」となり、激しい戦いに巻き込まれていく……。
ミラーワールドからなんとか脱出した真司だが、その日から龍の影につけ狙われていた。神崎優衣は真司に「封印」のカードを渡し、これで龍型のモンスターを封印すれば、わけの分からないことに巻き込まれずに、これまで通りの暮らしを続けられると言う。
仮面ライダー龍騎となった真司。彼の元に現われたのは、行方不明になった優衣の兄・神崎士郎だった。カードデッキと仮面ライダーをつくり出した男。士郎は「ライダーを倒すんだ」と、謎めいた言葉を真司に残す。そんな兄の真意を疑う優衣に、真司は……。
少女を襲うダークウイング。蓮はモンスターを強化しようとするあまり、ダークウイングに人間を襲わせているのか？ 真司の疑念をよそに、蓮の不審な行動は止まらない。だが優衣は真司の言葉に耳を貸そうとしなかった。そして真司は、蓮との対決に挑む。
姿を現した第3のライダー、仮面ライダーシザース。蓮は、失踪中のアンティークショップ店長・加賀をシザースの正体とにらみ、その行方を追っていた。シザースに戦いを挑むナイト。戦いしか考えない蓮に反発する真司は、シザースとの対話を求めるが……。
蓮が追っていたシザースの手がかりは断ち切れた。そして優衣に忍びよるシザースの影。一方、仮面ライダーは互いに戦わなければならないという神崎士郎のつくり出した過酷なルール。そのことを、一度も真剣に取り合ったことのなかった真司だが……
花鶏のオーナーでもある優衣の叔母・沙奈子が長い旅行から帰ってきた。だが沙奈子は蓮が気に入らないのか、さっそく蓮と衝突。一方、真司が取材で出会った、弁護士・北岡秀一。やがて北岡ともども、真司は怪しい男たちに追われるハメに……。
真司が気に入った沙奈子は同居を勧める。しかし蓮は、真司が優衣に近づくのが我慢ならない。一方、大森が毛の生えたカエルを発見。工場排水問題を察知する令子だが、製薬会社の代理人として令子の前に立ちはだかったのは、弁護士の北岡だった。
OREジャーナルを支える天才システム担当、島田奈々子が誘拐された。身代金を運ぶように指示された真司は、山奥のあばら家を訪ねる。犯人らしき男に襲われ、必死に抵抗するところへ窓ガラスからモンスターが現われ……。
ゾルダとの戦いで傷ついた蓮。さらに北岡は弁護士としての立場を利用して、真司を罠に陥れようとする。蓮たちは北岡を解任しようとするのだが……。一方、吾郎だけに心を開く少女・ゆかり。その口から、恐るべき真相を聞いた吾郎は……。
圧倒的な破壊力を見せつけたゾルダのファイナルベント。その衝撃で、蓮は記憶を混乱させてしまう。一方、ライダーたちの戦いを止めさせることを決意した優衣は、手がかりを求めて兄・神崎士郎が失踪前に在籍していた大学に向かうのだが……。
過去の記憶を求めて清明院大学へとバイクを走らせる蓮の脳裏に、断片的な想い出が甦る。一方、兄・神崎士郎が所属していたと思われる「江島研究室」について調べるために大学にいた優衣は、江島研究室の元メンバー・仲村に声をかけられた。
戦いへの誓いを新たにした蓮の前に、不思議な人物が現われた。一方、真司は、直通エレベーターの中で人が消えるという都市伝説の取材中、吾郎とばったり出会う。吾郎こそがゾルダだと思い込んだ真司は、その卑怯なやり口を激しく責めるのだが……。
龍騎の反撃を受け、ゾルダは倒された。初めてライダーを倒した真司は、ライダーを辞めると言い張るが……。一方、ライアを倒せなかったナイト。彼の迷いを、ただひとり鋭く見抜く手塚。ドラグレッダーが真司に牙をむく中、蓮は、そして吾郎は……。
手塚が見たビジョン。それは、新しい仮面ライダーとナイトとの戦いだった。だが、手塚の言葉に蓮は耳を貸さない。一方、亡霊のように大学に出没する「仮面の男」の噂を耳にしたOREジャーナル一同。夜の大学に潜入する真司と優衣が、そこで見たものは……。
龍騎を追って、ミラーワールドに突入するナイトとライア。彼らが見たのは、ガイに契約のカードを奪われ、ブランク体に戻った龍騎の姿だった。カードを取り戻さなければ龍騎に変身できず、もしカードを破壊されれば真司はドラグレッダーに襲われることになる。
ガイを追いつめながら、とどめを刺せないナイト。そんな蓮を、淳はリタイヤとみなし、手塚は破滅とみなした。一方、懇願する優衣に負け、清明院大学の仲村から神崎士郎の関係資料がもたらされる。また、諸々の悪事が露見した淳は、警察に逮捕されてしまう。
浅倉の担当弁護士は北岡は、浅倉のあまりの凶悪ぶりに弁護人を降りてしまう。そんな浅倉の独房に神崎士郎が現われる。一方、北岡のおかげで警察から釈放された淳。彼もまた、神崎士郎の思惑とは別に、真司や蓮を巻きこんだバトルを画策し始める。
客を人質にファミレスに立てこもった浅倉。一緒に閉じ込められてしまった真司は、駆けつけたOREジャーナル一同と連携し、人質を助けるべく奮闘を始める。一方、浅倉は「北岡弁護士を連れてこい」と要求。彼の狙いは、北岡への復讐か、それとも……。
王蛇のファイナルベントで倒されるガイ。怒りに燃える龍騎と王蛇のバトルが始まった。しかし、そんな王蛇に手を差し伸べたのは蓮だった。蓮の手引きで浅倉は警察の検問を突破し、行方をくらましてしまう。蓮は、どうして浅倉に味方するのか？ 何のために？
王蛇に味方し、龍騎と戦うナイト。浅倉と行動をともにすることで、もう一度、戦いに賭けようとする蓮。その理由を知った真司は苦悩し、ひとつの決意に至る。一方、神崎優衣にも謎があることに気づいた手塚は、優衣とともに封印された過去の扉を開くのだが……。
旧神崎邸で神崎士郎と出会った手塚。士郎は「どうしてお前は戦わない」と手塚を責め、一枚の特殊なカードを渡す。そこには「SURVIVE」とあった。だが、手塚は戦いの行方を占い、自らの死を予告する。そして、ガルドサンダーが手塚を狙っていた。
吾郎が浅倉にさらわれ、内心の動揺を隠すかのようにナイトとの戦闘に突入したゾルダ。一方、手塚は真司に、自分がライダーになったきっかけとなった事件のことや、自分がなぜ戦いを止めようとしているかを明らかにする。だが、真司は……。
王蛇の攻撃の前に、ライアは倒れた。そして、ナイトサバイブへと進化を遂げた蓮の猛攻に重傷を負った王蛇は、かろうじて隠れ家まで逃げのびる。だが、そこで待っていたのは令子だった。浅倉の思わぬ過去を知ることになる令子。一方、真司と優衣は……。
戦いの中止を宣言する神崎士郎。変身能力を失っても、契約には縛られつづける真司と蓮は、モンスターに襲われながら、士郎の言うなりに行動するしかない。そして浅倉の弟・暁を探しだす令子。「兄が恐ろしい」と告白する暁を、令子たちは説得するが……。
浅倉だって変われるかもしれない、という真司の希望は裏切られた。めげない真司は、希望の矛先を北岡に向けるが、いつの間にか第2秘書として使われてしまう。そんな中、他人を変えようとしていた真司は、本当は自分自身が変わっていたことに気づく。
容体が急変した恵里を置きざりにして戦いに赴く蓮。そんな蓮の決意を知った優衣は、自ら兄・神崎士郎との対決に挑む。一方、そんな蓮がナイトに変身する姿を目撃してしまった少年・拓也。仮面ライダーに憧れた拓也は、真司のカードデッキを奪うが……。
13人目のライダー・オーディンは「タイムベント」のカードを使った。真司が気がついたとき、時は2002年2月にさかのぼっていた。否応なしに同じ出来事を繰り返しながら、再び時は流れていく。未来の記憶が薄れる中、必死の抵抗を試みる真司だったが……。
令子に持ちこまれた見合い話。これも勉強、と軽い気持ちで引き受けてしまった直後から、令子はストーカーにつけ狙われ、ついには拉致されてしまう。犯人は誰か。令子はどこに？ 普段の確執を捨てて、共同作戦を張る面々だったが……。
弁護士・北岡秀一を婚約不履行で訴えたのは、元秘書の浅野めぐみだった。色めきたつ真司に、義憤に燃える令子。そして吾郎とめぐみとの間にくり広げられる、新旧秘書対決。だが、めぐみには北岡も知らない秘密があった。
無人で漂流していたフェリーのたったひとりの生存者・浜崎実加は、3匹の化け物を見たと証言。そこに浅倉の影を見てとった真司と蓮は警察・海保合同の実況検分に潜り込むが、再び人が消え始め、航海は悪夢と化す。実加と浅倉との間に、いったい何が？
浅倉はもはや、3体の契約モンスターを押さえきれなくなっていた。浅倉の自滅をうながそうとする蓮と北岡。だが真司は、浅倉でさえ必要としている人間がいると考えていた。一方、「高見士郎」の謎を追う令子は、アメリカでの士郎の指導教授と面会する。
幼児向け雑誌「てれびくん」の応募者全員プレゼントとして作られた短編作品。 仮面ライダー関係の資料を整理していた際にモンスターの気配を察知して変身した真司/龍騎が、ミラーワールドに似た「ミラクルワールド」でモンスター軍団に襲われる。そこへ「人間の自由と平和を守る仮面ライダー」（を自称する）ナイト・ゾルダ・王蛇が応援に駆けつける（いつもと調子の違う面々（特に王蛇）に龍騎は唖然）が、ミラクルワールドの真の支配者である悪のアギト・バーニングフォームが現れ苦戦する。そんな龍騎達のもとに助っ人として現れたのは仮面ライダーアギト（グランドフォーム）だった。味方のアギトは悪のアギト・バーニングフォームを「ミラクルワールドが創り出した自身の幻」といい、仮面ライダー5人で共闘して悪のアギト・バーニングフォームと戦う、というストーリーが展開される。 スケジュールの都合上、須賀・松田・小田井・萩野はモンスターの声も担当している。アギトの声について、悪のアギト・バーニングフォームは遊佐浩二が、そして龍騎に味方するアギト・グランドフォームは、本放送当時のアギトと龍騎のスーツアクターをつとめた高岩成二が担当している。
ミラーワールドから帰還するところを、新記者・めぐみに目撃されてしまった真司。その日から、めぐみは真司の秘密を解明するために、真司をつけ回しはじめる。一方、着実に連続失踪事件の手がかりを積み重ねてきた令子は、一つの着想にたどり着いていた。
「高見士郎」の手がかりを求め、401号室実験の謎に迫る令子は清明院大学を訪れるが、元江島研究室の仲村の口は固い。一方、吾郎は北岡と浅倉との対決を、なんとしても避けようとするのだが……。そして、恵里の命を賭け、蓮は龍騎との決戦に突入する。
恵里の命が、あと数日であることを知った蓮は、最後のライダーになって恵里を救うため、なりふりかまわずに戦いに走る。そんな蓮を救うには、ライダーの戦いそのものを止めるしかない。その方法を探す真司の前に、新たなる仮面ライダー・タイガが現われた。
戦いにはやる蓮と呼び合うように、長い昏睡から目覚めた恵里。しかし、オーディンを倒した勢いに乗った蓮は、王蛇との対決をめざして、浅倉の護送車を追う。そんな蓮を追って走る真司と優衣だったが、優衣の周辺には黒い影がつきまとい始めていた。
ミラーワールドに引きずり込まれた優衣を追う、龍騎。敵は、どうして優衣を狙うのか。その正体は誰か。そして、優衣が生身でもミラーワールドに平気でいつづけられるのはなぜか。真司の脳裏に、手塚の遺した「神崎優衣から目を離すな」という言葉がよぎる。
ほんの一時的な覚醒から、いつ昏睡状態に戻ってしまうか分からない状態の恵里。しかし蓮は、優しい言葉ひとつかけることなく、彼女の元を離れる。一方、清明院大学・香川研究室の東條悟が、花鶏でアルバイトすることに。それは偶然なのか、それとも……。
同志のはずのオルタナティブを裏切り、あっさりと倒したタイガ。一方、恵里を失った蓮は、優衣が狙われていることを知り、再び立ち上がった。その前に立ちはだかる香川教授。あくまでも優衣を亡き者にしようとする、揺るぎない信念が、蓮と激突する。
暴走するタイガを牽制しながら英雄を説く香川教授。だが、優衣を亡き者にせんとする香川に対し、神崎士郎は彼の妻子を人質にとって揺さぶりをかける。一方、策を弄して浅倉の担当弁護士に収まった北岡の指示で、浅倉は厳しい拘禁下に置かれるが……。
家族を犠牲にしても英雄の道を貫こうとした香川に、ますます傾倒する東條悟。一方、神崎士郎の謎を追って、香川研究室をかぎまわる令子。そんな彼女を排除しようとする悟と対決する北岡。そして、仮面ライダーインペラーを名のる謎の青年が暗躍を始めた。
優衣を守ろうとする真司・蓮と、殺そうとする香川・悟。その間を飛び回り、うまく自分を売り込もうとするインペラー。一方、悟が英雄に取りつかれることを危惧した香川は、悟に人間らしい気持ちを取り戻させようとしていた。そんな悟を探す浅倉は……。
モンスターたちを自在に操った優衣は、ミラーワールドに姿を消した。オルタナティブ・ゼロはタイガの前に倒れ、スポンサーを失ったインペラーは次なるスポンサーを求め歩くが、北岡には拒絶されてしまう。一方、悟は浅倉の挑戦を受け、死闘が始まった。
父の死で、莫大な資産を遺贈されたインペラー。いい暮らしがしたいがためにライダーになった彼だったが、一夜にして願いがかなってしまう結果となった。だが、ライダーとしての運命は彼を離さない。一方、王蛇・ゾルダに痛めつけられたタイガは……。
インペラーを倒し、英雄に近づいたと思うタイガは王蛇に再戦を挑む。深く落ち込む真司をよそに、優衣たちはクリスマスの準備で大忙し。だが、そんな優衣の体が、ミラーワールドで時間切れを起こしたときのように蒸発を始めた。一方、ミラーワールドでは……。
誰かを助けるためにライダーになると誓った真司。しかし、優衣を襲っている危機はモンスターを倒せば済むような問題ではなかった。本当に優衣を救うために行動しているのは神崎士郎ではないのか。一方、タイガが全ライダーを招集し、最後の決戦を挑む。
20歳の誕生日とともに、消滅する運命にある優衣を救いたい。戦う決意を固めた真司と蓮の壮絶な戦い。迷いを捨て去り、ライダーの戦いに没入していく真司に、蓮は、北岡は……。そして、優衣の過去に迫る蓮。そうするうちにも、タイムリミットは近づいていく。
優衣の誕生日まで、あと3日。タイムリミットを宣言した神崎士郎は全ライダーを召集し、最後の決着をつけることを求める。20歳の誕生日とともに、消えゆく優衣の運命を覆すために。そして、明かされていく優衣の過去。12年前、幼い妹と兄に、何が起こったのか？
優衣の誕生日まで、あと2日。真司の変身を目撃した令子。仮面ライダーをめぐる謎が暴かれ、喧騒に包まれるOREジャーナル。一方、死期が迫る北岡は令子を最後のデートに誘う。モンスターの大群が空を埋めつくす中、真司はライダーとして何を願うのか？
自ら消えることを選んだ優衣。自分が本当に願うことを見つけた真司。死期が迫る中、令子とのデートよりも浅倉との決着を選ぶ北岡。そして、最後のライダーとしてオーディンとの最終決戦に進む蓮。仮面ライダーという名の人間たちの戦いが終わりを迎える。
