북한 원자력 연구소장인 김명국박사의 망명을 돕고 있던 조명호는 김박사의 망명계획이 탄로났다는 형준의 보고에 정보가 새고 있는 것은 아닐까 심각해한다. 이어 비상회의를 소집하고 김명국박사의 망명을 위한 해결책을 찾아 나서기 시작하고, 특수임무를 맡기기 위해 용관을 찾는다. 비밀리에 명호를 만난 용관은 특수요원들을 소집한다. 하지만 또다시 누군가에 의해 작전에 방해를 받게 되고, 그로부터 3년 후, 용관은 다시 한번 명호의 부름을 받는다. NTS의 신임국장이 된 용관은 새로운 특수임무를 성공시키기 위해 다시 요원들을 선발하는데……
정우는 이탈리아에서 수행하게 될 특수임무의 파트너가 혜인인걸 알게 되고 놀란다. 화려한 저택에서 펼쳐지는 거대한 파티에 하나 둘씩 사람들이 모여들기 시작하고 화려한 드레스 차림의 혜인이 저택 안으로 들어선다. 한편 저택의 옥상에서 감시 중이던 경비병들을 간단히 제압하고 잠입에 성공한 정우 역시 파티장에서 혜인과 합류한다. 서서히 타겟을 향해 접근하는 혜인. 그리고 혜인이 입수한 정보로 작전 성공이 임박하지만, 낌새를 챈 타겟. 혜인과 정우를 추격하기 시작하는데……
연인 사이였던 과거를 뒤로한 채 재회한 정우와 재희. 임무를 수행하던 중 재희가 위기에 처하자 정우는 위험을 무릅쓰고 재희를 구하러 간다. 한편, 용관은 정우를 다시 NTS로 불러들이고 특수임무를 수행시키기 위해 파트너와 함께 알제리로 파견시킨다. 인천공항에서 만나게 된 정우의 파트너는 다름아닌 전직 북한 첩보요원 기수! 정우는 황당해 하지만 알제리에 도착 후, 기수의 도움으로 국제 테러 조직의 본거지를 찾아가는데…
대통령의 딸이 납치됐다! 납치범들을 쫓던 중 부상을 당한 정우와 기수. 재희는 정우의 부상소식을 듣자마자 이탈리아로 향한다. 곧이어 수영을 찾기 위해 용관을 비롯한 NTS 요원들이 도착하고, 납치범들과 협상을 벌이기 위해 국정원 내 특수임무를 수행하는 솔루션요원인 블랙요원이 동행하는데, 정우는 블랙요원을 만나자 놀라고 만다!
손혁을 비롯한 DIS요원들이 수영 구출작전에 들어가고, 정우, 재희, 기수 역시 수영이 감금된 곳으로 간다. 그러나 기수의 실수로 납치범들과 전면전을 펼치게 되는 상황이 발생하고, 납치범들은 수영을 인질로 삼아 도주하기 시작한다. 납치범들과 손혁, 정우, 재희, 기수 등이 서로 총을 겨눈 채 대치된 상황. 갑자기 납치범이 수영에게 총을 겨누는 일촉즉발의 상황에서 한 발의 총성이 울리는데……
NTS의 기밀 정보를 빼내던 중 서버실 요원에게 들켜버린 혜인은 재빨리 상황을 수습하고 자리를 뜬다. 하지만 서버실 요원이 혜인이 보던 자료를 확인하던 중, 김명국 박사의 새로운 보호프로그램과 관련한 비밀 작전파일이 열려있는 것을 확인하고 급히 어디론가 전화를 걸고, 그 순간 가버린 줄 알았던 혜인이 어느 새 서버실 요원의 뒤에 나타나는데…
손혁은 죽은 줄로만 알았던 김명국 박사가 NTS에 의해 일본으로 빼돌려졌다는 사실을 알게 되고 김명국 박사의 위치를 파악하도록 지시한다. 권용관 국장은 재희에게 손혁을 감시하라는 지시를 내려 NTS조직을 위협하는 외부세력에 대한 보안을 강화한다. 한편 김명국 박사의 소재를 파악하던 혜인은 조사실 요원에게 불려가고, ‘아테나’란 조직에 대해 재조사를 받게 되는데…다시 한 번 위기에 빠지는 혜인!
김명국 박사를 납치한 테러범을 추격하던 정우는 함정에 빠져 위험한 상황에 처한다. 한편 NTS의 수사망은 점점 손혁의 본거지를 향해 나아가고, 이를 알게 된 혜인이 손혁에게 위급상황임을 알리려 하지만 NTS 요원들의 시선을 피해 전달하기가 쉽지 않은데… NTS요원들이 김명국 박사가 납치된 곳으로 출동한 상황에서 진짜 김명국 박사의 위치를 파악하게 된 준호! 그의 선택은?
눈 앞에서 고문을 당하고 있는 혜인을 보고 큰 충격에 휩싸인 정우. 테러범들은 혜인을 인질로 정우에게 신형원자로의 핵심장비인 SNC를 가져올 것을 요구한다. 테러범들의 협박에 선택의 기로에 빠진 정우는 결국 혜인을 구하기 위해 SNC를 빼내기로 결심하고 이를 실행에 옮긴다. SNC가 보관된 금고로 침투해 해제장치를 하나씩 풀기 시작하고 금고의 문이 열리는 순간, 정우의 등 뒤로 총을 든 요원들이 그를 포위하는데...
SNC를 놓친 손혁과 혜인은 미국으로 소환된다. 권용관 국장은 재희에게 손혁 지부장에 대한 조사를 지시하고, SNC를 무단으로 가져간 정우에게는 직무정지 처분을 내린다. 하지만 김명국 박사의 죽음이 석연치 않다고 느낀 정우는 홀로 일본에서의 사건을 수사하기 시작하고, 김명국 박사가 죽기 직전 건네준 물건이 사건을 푸는 데 중요한 단서라는 사실을 깨닫는다.
손혁이 정우를 향해 총을 쏘려는 일촉즉발의 순간, 갑자기 나타나는 혜인! 어딘가 불안한 모습의 혜인은 정우에게 그만 만나자는 말을 전하고, 정우는 혜인의 갑작스런 변화를 이해할 수가 없다. 한편 미국CIA는 손혁의 정체를 의심하고 체포명령을 내리고, 손혁은 CIA와 NTS의 추격을 동시에 받게 되는데……
손혁의 안가로 조심스럽게 접근하는 정우! 그러나 그들 앞에 나타난 건 손혁에게 총을 겨눈 채 걸어 나오는 혜인! 손혁을 체포한 권용관 국장은 손혁에 대한 NTS의 독자적 수사를 지시한다. 정우, 재희, 준호는 손혁을 통해 NTS내부첩자를 찾으라는 비밀임무를 맡게 되고, 손혁의 데이터를 살펴보던 정우는 손혁의 소지품인 사진에서 낯이 익은 얼굴을 발견하는데...
손혁의 사진을 조사하던 정우는 손혁과 다정하게 사진을 찍은 소녀가 혜인이라는 사실을 알고 큰 충격에 빠진다. 정우는 혜인에게 이 사실을 묵과하지 않을 것임을 전하고, 이에 혜인은 깊이 가슴 아파한다. 소리 없이 종적을 감춰버린 혜인, 혼란스러운 가운데 혜인의 행방을 찾아 헤매던 정우에게 걸려온 뜻밖의 전화!
정우가 없는 사이에 몰래 혜인을 빼내온 손혁은 아테나를 떠나겠다는 혜인의 마음을 돌리려고 애를 쓴다. 한정필 암살 현장에서 총을 들고 있던 혜인을 목격했던 정우는 큰 배신감에 사로잡히고, 그런 정우에게 용관은 혜인을 직접 잡아올 것을 명령한다. 한편 아버지의 죽음으로 재희는 슬픔에 빠지고, 정우는 이를 안쓰러워 한다. 그리고 철영은 기수에게 모두를 충격에 빠뜨릴 비밀스러운 임무를 지시하는데...
대통령의 차량을 급습한 손혁과 그를 저지하러 달려온 정우는 인천대교 한가운데서 정면으로 대치하게 된다! 한치의 실수도 용납치 않는 팽팽한 접전이 이어지고, 정우가 총구를 겨누는 순간 손혁은 눈깜짝할 사이에 바다 한가운데로 뛰어내린다. 한편 아테나에게서 도망치려던 혜인은 그 곳을 조사하던 재희에게 붙들려 체포되고, 서서히 숨을 죄어오는 NTS의 수사망에 아테나 일당은 상황을 뒤엎을만한 정면 승부를 시작한다.
코드블랙! 온 몸에 폭발물을 장착한 앤디가 NTS를 점거한다. 혜인을 요구하며 NTS를 위협하는 손혁! 용관은 크게 분노하며 손혁과 대치하지만, 이를 지켜보던 혜인이 자신으로 인한 희생을 막기 위해 스스로 손혁 앞에 선다. 한편 용관의 지시로 특수임무를 수행 중이던 정우는 재희의 연락을 받고 NTS로 달려오고, 유유히 혜인을 데리고 NTS를 빠져나가던 앤디는 추격을 막기 위해 자신이 입고 있던 폭탄 조끼를 재희에게 입히는데……!
