日本の商社、旭日重工に勤めるしがないサラリーマン、岡島緑郎。取引先にディスクを届ける旅の途中、南シナ海で改造魚雷艇に乗った海賊まがいの3人組—— ダッチ、レヴィ、ベニーに捕らわれ、訳のわからぬうちに誘拐されてしまう。彼らの狙いは、緑郎の持っていたディスク。クライアントからの依頼ついでに、彼を人質にして身代金をふんだくるつもりらしい。見知らぬ地に上陸した緑郎は、3人と共に入った酒場で、とんでもない襲撃に巻き込まれてしまう。
酒場を襲撃したのは、エクストラオーダー社という「戦争屋」から派遣された傭兵たちだった。岡島緑郎＝ロックは、事実隠蔽のために会社から見放されたのだ。なんとか海へ逃げたラグーン号を、傭兵たちの乗る戦闘ヘリが追撃する。圧倒的な戦力差にラグーン号は追い詰められるが、相手は正面からの勝負を望むかのように、距離を獲ったまま攻撃してこない。それなら挑発に乗って、ヤツラを月まで吹っ飛ばしてやろう。 ロックは、とても正気とは思えない作戦を口にする。
水夫をひとり欲しがっている船がある。エクストラオーダーとの一件を解決したロックは、ラグーン号のクルーとなった。交渉役として一応の仕事をこなしていたある日、ロアナプラの街に構えたオフィスでひと時の休息を楽しんでいたラグーン商会に、横領品受け取りの依頼が舞い込む。しかし、商船も軍艦もいないはずの海域で、複数の不審艇がラグーン号を囲むように近づいてきた。 依頼はロシアンマフィアの元で仕事を受けるようになった彼らを逆恨みした者が仕掛けた罠だったのだ。
1945年、終戦間近のインド洋で連合軍によって撃沈された1隻のUボート。その艦内には、SS将校が持ち込んだ『ブリュンヒルデに導かれし十二名の騎士』という絵画が残されていた。ラグーン商会の今回の仕事は、その絵画を引き上げること。ラグーン号のデッキではロックがボヤいていた。ダッチの前でダイビングの経験があると口を滑らせたため、レヴィと共にUボートに潜入、回収作業をするハメになったのだ。ボヤくロックをドヤしつけ、レヴィはサルベージを開始する。
Uボートの艦内に侵入したロックとレヴィ。乗組員の遺骸が並ぶ、さながら地下墓地のような風景に、ロックは顔をしかめる。絵画を探しに入った士官居住区には、乗組員が争った後が残されていた。一方、ラグーン号は突然攻撃してきた船舶の様子をうかがっていた。彼らの目的はラグーン号同様、沈没したUボートの探索らしく、潜水ポッドを降ろし作業に入る。このままでは艦内のロックたちと鉢合わせてしまう。なす術のないダッチたちはチャンスをうかがうことに……。
不審船から潜入した一団の襲撃を受け、レヴィたちは目的の絵を奪われてしまう。 彼らはナチスの遺産であるその絵を狙う、ネオナチの一団だった。 相手の充実した装備に加え、依頼に提示された異常に高いギャラに不審を抱きながらも、ダッチとレヴィは絵を取り戻すべく、ネオナチの船へ襲撃を試みる。潜水艦内でのロックとのやり取りにいらだち、必要以上に荒れるレヴィ。そんな彼女をダッチが一喝する。平静を取り戻したレヴィたちは、ついに指揮官の下にたどり着く。
潜水艦での一件以来、ロックとレヴィの間は、どうにも気まずいまま。険悪な雰囲気を漂わせた車を走らせ、ふたりはダッチの使いを黙々とこなす。 使い先ではいつもの調子に戻るものの、ふたりになるとまったく不機嫌なレヴィにロックは打つ手がない。最後に武器を受け取るべく訪れた教会では、ロックの機転で老獪なシスターを相手にした駆け引きに成功するも状況は変わらなかった。昼食の席で「もう謝らない」と宣言したロックに、ついにレヴィは銃を抜いてしまう。
武器の受け渡しを終えたラグーン号が受け取った荷物は、白人の少年だった。戸惑うロックに、荷物に余計な感情移入は必要ないと言うダッチ。少年のかわいげのなさにキレたレヴィに代わって見張りをすることになったロックは、激しい反発にさらされながらも、彼が南米十三家族、ラブレス家の次期 当主であると確信する。収まりの悪いものを感じた一行はバラライカに事の裏側を探るよう頼む。その頃ロアナプラには、ひとりのハウスメイドが降り立っていた。
イエローフラッグに現れたのは、誰であろうロベルタ——ラグーン号の面々の連れた少年の家、ラブラス家に仕えるハウスメイドだった。自分を囲むコrンビア・カルテルを相手に物怖じせずに対峙したロベルタは彼らと大銃撃戦を展開する。ロックたちはこの件から手を引くことを決意、少年をその場に置いて、銃撃戦の中から抜け出そうとするが、双方に見つかり否応なく巻き込まれてしまう。一方、ロベルタの正体を知ったバラライカは、遊撃隊を出動させる。
爆発するイエローフラッグから辛くも脱出したラグーン号の面々だったが、ロベルタの執拗な追撃は続く。レヴィは銃撃戦の最中に気絶してしまった上、ロックは少年を連れてきてしまう。夜のロアナブラを舞台に、派手なカーチェイスを繰り拡げるロックたち。ついにロベルタに捉えられたロックたちの車は、埠頭に積まれたコンテナの山に突っ込んでしまう。それでも起き上がってくるロベルタに万事休すと思われたとき、目を覚ましたレヴィが彼女と対峙する。
テロリストによって事務所を爆破された香港マフィア・張から、ラグーン商会に緊急の依頼が舞い込む。内容はアメリカに対するテロ計画書の運送。この仕事には慎重を期して、それぞれに目的地が設定された5つのチームが用意されていた。依頼の最中、張の事務所に続き、ラグーン商会も容赦のない襲撃を受ける。張の協力を得て、なんとかその場を逃れたロックたちは、海路、目的地へと向かうことに。一方、テロ計画書を追う一味の中には、とある日本人の姿があった。
陽動のため、二手に分かれたラグーン号の面々。レヴィとロックは無事に逃し屋との待ち合わせ場所にたどり着くが、先回りしていたテロ計画書を追うテロリストに、ロックが捕えられてしまう。逃がし屋に偽装して彼らを待ち受けていたのは、テロリストの中にいた日本人、タケナカだった。テロリストのアジトで尋問を受けるロックに、タケナカは自分の過去を語る。一方、張の用意した逃がし屋とボディガードに合流したレヴィは、ロックを助けるためにテロリストのアジトへと向かった。
ホテル・モスクワ配下の店が、相次いで何者かに襲撃される。各勢力が危ういバランスでひしめき合っているロアナプラにおいて、均衡を崩すべく動いているのは何者か。騒然とするマフィアの連絡会は、よそ者の犯行と断定する。犯人には高額の賞金を賭けられ、にわかに活気付くロアナプラ。そんな中、またも事件が発生。生き残ったパーテンの証言によると、現場となったカリビアン・バーを訪れ、惨劇を巻き起こしたのは、ふたりの少年少女だという……。
パラライカは直属部隊である「遊撃隊」を投入し、事態の解決に本腰を入れ始める。手がかりとなったのは、ふたりの子供が残した言葉。そこからロックが割り出した情報をヒントに、ついにパラライカは解決の糸口を見つけだす。この惨劇を仕掛けた犯人を割り出したホテル・モスクワは、香港マフィア、三合会と協力関係を結び、行動を開始する。賞金を狙う殺し屋たちがひしめく街で、実行犯であるふたりの子供たちは、餌を求めるように再び動き始める……。
双子がくるというポイントにパラライカたちがいないことに気づいたレヴィとエダ。彼らが向かうだろうホテル・モスクワへ向かう途中、ふたりは双子と遭遇、取引を持ちかけられるが、ホテル・モスクワも巻き込んだ銃撃戦に発展、双子を逃してしまう。しかし遊撃隊は混乱していると見せかけて双子をある地点へと追い込んでいたのだ。ついに対決するパラライカと双子の片割れ。一方、レヴィと別れたエダは、双子のひとりに逃がし屋を紹介するよう脅されていた……。
夜のロアナプラのとあるホテル。フロリダのヌエヴォ・ラレド・カルテルから旧ドル紙幣の偽札作りを依頼されたインド人、ジェーンは、原版の完成を急がされていた。偽札の完成度にしか興味のない彼女たちに、業を煮やしたカルテルのエルヴィスは仲間のひとりであるテオを撃ち殺す。チームの要である彼を殺されたことで、カルテルに愛想を尽かしたジェーンはホテルから逃亡、追っ手から逃れて暴力教会へと逃げ込み、レヴィとエダに助けを求める……。
エルヴィスから逃げたジェーンと偽札の原版の回収を依頼されたロアナプラの仕事師たち。ジェーンの泊まるモーテル、ランサップ・インに踏み込んだ彼らは、ギリギリのところでジェーンをとり逃がしてしまう。ジェーンを金づるとにらんだエダが、一度は援助を断った彼女の気を変えるために流した情報に騙されたためだった。ジェーンを確保してラグーン号へと向かうレヴィたち。しかし、飛び込みで入った仕事のため、ドックにラグーン号の姿はなかった……。
トーチの火炎放射器の炎で焼け落ちるラグーン商会の乾ドック。ソーヤーのチェーンソーから辛くも逃れたロックとジェーンは、同じくシェンホアから逃れたレヴィとエダと合流して、崩壊するドックからなんとか脱出する。仕事を終え、ロアナプラへと戻るラグーン号では、ダッチとベニーが異変を察知、レヴィたちと合流すべく行動を開始した。面々は焼け落ちたドックを避けて桟橋での合流に成功するも、カルテルの追っ手がラグーン号に取り付いてしまう……。
バラライカの通訳として再び日本の土を踏むことになったロック。バラライカは新宿・歌舞伎町にシマを持つ鷲峰組の坂東という男から会談を申し込まれていた。彼は親筋に当たる香砂会に対してホテル・モスクワと共同戦線を提案、バラライカは承諾の証として彼女たちのやり方を示してみせる。会談の後、立ち寄った神社の高市で、レヴィが的屋ともめてしまう。その騒ぎに引き寄せられるように、背の高い男と女学生が現れる。
香砂会に対して容赦なく攻撃を加え、資金源をつぶしていくホテル・モスクワ。六本木での鷲峰組との会談で、香砂会への次なる攻撃について淡々と語るバラライカに、坂東たちは慌て始める。そんな中、レヴィに興味を示した鷲峰組組員・チャカは、彼女に軽くいなされた腹いせにロックに手を出し、その場は事なきを得るも遺恨を残すことに。あくる日、雪の降る駅のホームで、ロックは高市で出会った女学生、雪緒に再会する。
鷲峰組と決別したパラライカは遠い過去に思いを馳せ、日本での任務を冷徹にこなす。一方、鷲峰組の跡目を継ぐことを決意した雪緒は日常に別れを告げ、パラライカの行方を追う。ホテル・モスクワへの反撃を開始した鷲峰組は、手始めに東京を取り仕切っているラプチェフを襲撃。ソードカトラスを受け取るため、厚木を訪れていたロックたちはその抗戦のニュースを聞き、雪緒のもとへ向かう。その頃、鷲峰組の屋敷では異変が起きていた。
鷲峰組の屋敷からチャカたちに拉致された雪緒を追って、レヴィとロック、そして銀次はとあるボウリング場へと向かう。正面から突入し、チャカの配下のチンピラたちを蹴散らすレヴィと銀次。レヴィとの勝負を望むチャカは、お膳立てのために雪緒を連れて逃げるが、途中、ロックに阻まれ雪緒を取り逃がすことに。チャカを追うレヴィと銀次。一方、ロックたちはロッカールームへと逃げ込む。君を放っておけなかったと言うロックに、雪緒は静かに語りだす。
パラライカと配下のヴィソトニキによる鷲峰組への攻撃は熾烈を極める。事務所をはじめとする拠点が次々と襲われ、なす術もないうちに潰されていく。相手の正体に気付き、歯噛みする雪緒だったが、香砂会との会話も物別れに終わり、和平会の調停もあてにならない状態で思いも寄らぬ反撃に出る。一方、助けたはずの雪緒の口に紡がれた意外な言葉に思い悩み落ち込んでいたロックは、アルコールの勢いを借りてレヴィに苦しい思いをぶつけてしまう。
ついにパラライカの居所をつかんだ雪緒と銀次は、港のマリア・ザレスカ号を目指す。一方、手打ちを持ちかけてきた香砂会との会談に臨んだパラライカは、彼らとの共闘を断り屋敷を取り囲む機動隊を尻目に悠然と脱出する。パラライカから鷲峰組との抗争終結を告げられたロックは、雪緒にそれを知らせるためレヴィと共にバイクを走らせる。港近くでふたりと遭遇した雪緒はロックの説明も虚しく「仇」であるパラライカへの報復を口にする。
日本の商社マン岡島緑郎は、出張先の東南アジアで事件に巻き込まれ、そのまま悪党まがいの運び屋「ラグーン商会」の一員となってしまう。 名も立場も捨て、“ロック”として悪徳の都「ロアナプラ」で生きる彼は、二挺拳銃（トゥーハンド）の異名を持つ女ガンマン・レヴィ、ボスのダッチ、メカニックのベニーと共に、改造魚雷艇ブラックラグーン号で紺碧の海を駆ける。 そんな中で、かつてさらわれた主人の息子「ガルシア」を救うべく、圧倒的火力で立ちはだかるものを粉砕し、ロアナプラを震撼せしめたメイド「ロベルタ」が再びこの街に現れたとの噂が流れていた。 ロベルタの行方も目的分からず、街がにわかに緊張感を帯びてい中、ロベルタを追ってガルシア少年と彼のもう一人「ファビオラ」がロックの元をたずねてくる。ファビオラから事情を探ろうと、彼女を取り囲むコロンビア・カルテルたち。 しかし、一見おとなしそうで、礼儀正しいファビオラもまた、ロベルタ同様、重武装メイドだった……ファビオラの銃撃が新たな戦いの火蓋を切る。
主人の復讐を誓いロアナプラに潜伏したロベルタの捜索を依頼されたロックは、ダッチの反対にもかかわらずそれを引き受けた。しかし、命にかかわる問題とあって街の人々の口は固く、調査は一向に進展しない。 絶妙なパワーバランスが絡み合う今回の件をロックは「おもしろい」と感じ始めていた。張、バラライカらマフィア勢力もまた会合の甲斐なくそれぞれの主張の元に戦いへと向かっていく。 タイムリミットが迫る中で、ロックはレヴィに助力を頼み自らの心情をレヴィに吐露するのだった。そして、街の異変に気付きはじめたキャクストンと戦いへの準備を着々と進めるロベルタ。激突の瞬間はもうすぐそこの迫っていた。
遂にロベルタの足取りを掴んだロックだったが、時を同じくしてコロンビア・カルテルのマフィアとカマラサ率いるFARC部隊も行動を開始していたのだ。 街の不穏な空気を感じ取っていたキャクストンはマフィアらの迎撃しロアナプラからの脱出を計る。その時、ロベルタは復讐の標的である米特殊部隊の前に遂にその姿を現した。 対物ライフルでの遠距離射撃で退路を断ち、キャクストンらを追いつめて行くロベルタとその後を追うガルシア達。ロベルタ、そしてレヴィらによって次々と死体の山が築かれて行くのであった。 そんな中、ロベルタとかつての彼女の同胞カマラサの対決に遭遇してしまったガルシアはロベルタの暴力と狂気を目撃する。そして混戦の中、ロックの企む次の一手は——
かつてロアナプラを震撼させた必殺メイド「ロベルタ」が再び姿を見せたとの噂に街がざわつきはじめる中、ロベルタを追ってガルシア少年と新たなメイド「ファビオラ」が街を訪れ、ロックにその捜索を依頼する。 ついに「ロベルタ」の姿をとらえたロック達。しかしそれは、ロマナプラ中を巻き込んだ壮絶な戦闘の号砲だった。
ロアナプラを巻き込んだロベルタの復讐劇の結末はいかに? いよいよストーリーはクライマックスへ。
