海上自衛隊の潜水艦「やまなみ」が米原潜に衝突し、艦長の海江田四郎を含む全76名を乗せて圧潰した。事故を不審に思った海自ディーゼル艦「たつなみ」艦長の深町洋は、衝突時の録音データを解析する。
海江田が奪った最新鋭の原子力潜水艦「シーバット」は、テロリスト撃沈を図って集結した米第7艦隊の目前に浮上した。そこで海江田は驚くべき宣言をする。
海江田の宣言をうけて頓着状態の海域に、深町の乗るディーゼル艦「たつなみ」が到着。海江田を止めようと、深町は「シーバット」に乗り込む。
海江田は、遂に米軍との戦闘を開始。第7艦隊の原潜3隻が「シーバット」に迫る。官房長官の海原渉は、米大統領ベネットとの首脳会談へ向けて動き出す。
日米首脳会談が開かれるが、両国とも互いの主張を譲らない。一方、「シーバット」を護衛するため出動した沼田指令率いる海自第2護衛隊群へ向け、米第3艦隊は対潜ミサイルを発射する。
米第3艦隊との戦いを終え、海江田は日本と同盟締結すべく東京湾へ入港する。日本政府は、極秘のシーバット計画に始まった一連のいきさつを国民へ発表する。
会談の場に姿を現した海江田。「シーバット」改め独立国家「やまと」と日本との同盟交渉の様子は全世界に報道される。会談終了と同時に、ベネット大統領はやまとをテロリストと認定して撃沈の命令を下す。
やまとを抱いた海自の浮きドック「サザンクロス」は、米軍の攻撃により沈没を始める。沈み切る前に脱出しようとするやまと。身を呈して「やまと」護衛に奮闘した「たつなみ」が、ついに航行不能に陥る。
