車いす陸上に青春をかける森宮大志（奥野壮）。父親の源（つるの剛士）や幼なじみ（中村守里）に囲まれ、コーチの深井京（小芝風花）とトレーニングに打ち込む。そんなある日、空からイケメン宇宙人（林カラス）が降ってくる。さらに怪獣とそれを操る謎の異星人（水野美紀）が出現。その時、イケメン宇宙人から渡された結晶が光を発し、大志の体を包んでゆく。全身を特殊なプロテクターで覆われた大志は、怪獣に向かって突進する！
コーチの深井京（小芝風花）と車いす陸上の練習を続けながらも、使命の重さに苦しむ森宮大志（奥野壮）。一方、なぜかグー（林カラス）の意思を理解できる清名理央（中村守里）は、彼がアラート星での大虐殺から逃れてきたことを知る。そこに、グーの能力を悪用しようとラルー（水野美紀）と怪獣ラゲルトが出現、京が捕まってしまう。父親の源（つるの剛士）と工場の仲間が作った高性能車いすに乗って、ガンディーンが出撃する！
ショックを受けコーチを辞めようとする京（小芝風花）。そんな時、自分がいては皆を危険に巻き込んでしまうとグー（林カラス）が行方をくらます。必死に探す大志（奥野壮）、源（つるの剛士）、理央（中村守里）ら。なんとか救出に成功するが、そこにラルー（水野美紀）が出現。グーの隠れた能力を使って人類を抹殺するため、引き渡しを要求する。ガンディーンに変身する大志。ラゲルトとの最終決戦の火ぶたが切って落とされた。