鉱石好きの少年ソウゴ・アマギは、今日も鉱山跡で石を採掘していた。その時、不思議な色をしたギフトジウム原石を見つける。意気揚々と街に戻ったソウゴだったが、友人のカオンとロマンのケンカに巻き込まれ、地下深くにある地底湖の洞窟に迷い込んでしまう。恐る恐る洞窟の奥へと進むソウゴとカオン。するとそこには、巨大なギフトジウム原石が鎮座し……次の瞬間、２人が目にした驚きの光景とは――！？
青い髪の少女を狙うバイペダルアーマーと謎の巨人の戦いを逃れ、地底湖を脱出したソウゴたち。そして、気絶した少女をソウゴの下宿先のカフェに連れてくる。この少女は一体？なぜ狙われていたのか？不思議がる一同をよそに、眠り続ける少女。疲れた様子のソウゴらに、カフェの主人のド・モンがタルトタタンを差し出すと…その良い匂いに誘われるかのように、ようやく少女が目を覚まして――。
朝から朝食の奪い合いで、ケンカするソウゴとモウラ。結果ド・モンを怒らせ、下宿先から追い出されてしまう。なぜか一緒に追い出されたカオンとフェリア。ふと、みんなで街へ出かけようと思いつく。街は、フェリアにとってはすべてが珍しく、“初めて”にあふれていた。そんな様々な経験に、楽しそうにはしゃぎまわるフェリア。そんなフェリアを、変態的な瞳で怪しく見つめる男がいて…！
ガーデン・インディゴに、約４０年ぶりに嵐が近づいているという。その天気予報を聞いてド・モンは慌てふためき、壊れた店の屋根の修理をせねばと思い立つ。そんなド・モンに対し、嵐を経験したことのないソウゴとカオンはのんきに構えていた。早速修理にとりかかるド・モン。フェリアもお手伝いがしたいと、モウラの目を盗みつつはりきり頑張る。しかし、嵐の黒雲は不気味に近づいて来ていて…。
何者かにさらわれてしまったフェリアの気配をたどりながら、荒野を走り、探しまわるソウゴとモウラ。そしてついに、フェリアが捕われていると思われる戦艦を発見する。近づこうとした瞬間、２人に向けられる砲撃。モウラはガーディアンに変身し対抗しようとするも、新たな機体・エフリートを駆り、狂気と歓喜に震えるガスが立ちはだかる……！
力が溢れ出してしまったフェリアを正常な状態に戻すには、『深淵の祭壇』と呼ばれる場所へ行かなければならない。そうモウラから聞き、すぐに『深淵の祭壇』へと出発するソウゴたち。途中、ガーデン・モーブという村に立ち寄ると、村中は結婚式のお祝いムード。思いもよらず、ソウゴとフェリアもその結婚式に参加することになる。その２人を、複雑な顔で見つめるカオン…。
『深淵の祭壇』に続く山道を進むソウゴたち。その道中、エアライダーが故障し、山中で一夜を明かすことになってしまう。するとその夜、待ち構えていたかのように現れるガスのエフリートとパックのドゥルガー。逃げるソウゴとフェリアだったが、ついにアルが操る多脚ローダー・アトラックに追い詰められてしまう。その先には道はなく、ゴウゴウと勢いよく落ちる滝が。もはや一歩も動けない２人の運命は果たして――！
『深淵の祭壇』を目指し、森の水路を進むことにしたソウゴたちは、ヴァロフR7を改造したイカダを作ろうと準備をはじめる。するとそこへ、なんとド・モンがやってくる。喜ぶ一同に対し、なぜか複雑そうな顔のド・モンは、ソウゴに向かって「これ以上は進むな」と言う。その言葉に反発するソウゴに対し、モウラが驚きの真実を述べ始める…！
先へと進むソウゴ、フェリア、モウラは、『深淵の祭壇』付近で待ち伏せしていた行政府部隊の攻撃を受けてしまう。立ち向かうガーディアンだったが、多勢に無勢、その上ガス機も現れピンチに追い込まれる。一方、ド・モンはある人物に会うべく、行政府に忍び込む。危険を冒してまで行動する彼の目的とは、一体…！？
着々と、『深淵の祭壇』に近づくソウゴやフェリアたち。その道中、フェリアはソウゴの何気ない優しさにドキドキしてしまう。そうこうしているうちに、遂に祭壇に辿り着く一同。皆が見守る中、始まるフェリアの力を補うための儀式。順調に進んでいたかと思いきや、次の瞬間、皆の目に信じられない光景が飛び込んできて…！
ゾーンボイルの研究所『フォンゲルフ』に捕われてしまったフェリアを救い出そうと、急行するソウゴとガーディアンたち。しかし『フォンゲルフ』の周りは行政府軍に囲まれ、なおかつシールドに覆われており近づくことが出来ない。だがその間にも、刻一刻とフェリアに命の危険が迫っていて……！
『フォンゲルフ』を舞台に繰り広げられる、フェリアをめぐる戦い。ソウゴ、ガーディアンと謎の“黒い巨人”の戦いは激しさを増し、ついに最終決戦へと持ち込まれる。フェリアをつけ狙う“黒い巨人”の真の目的とは？それが語られた時、惑星ギフトの、そしてソウゴとフェリアの運命の歯車が動き出す――！
