首都高速で、大規模火災が発生した。消防活動を行う消防士たちの前に、シーカーを装備した防衛省の特殊部隊が舞い降りる。 彼らは悪霊が原因の災害を専門に扱う部隊であった。特殊武器で次々と悪霊を抹殺し、火災も鎮火へと向かうはず、だったのだが・・・。
防衛省超自然災害対策本部が活動する一方で、環境省超自然災害対策室のメンバーも動いていた。カテゴリーBに分類される悪霊「火車」に翻弄されるメンバー。最後は退魔師「土宮神楽」の刀が「火車」を一刀両断、事件解決、と思いきや、最悪の事態が起きてしまう。
3年前、二人の少女に運命とも言える大きな出会いがあった…。その出会いは、後の世に大きな変革をもたらすものでもあった…。まだ中学生の諌山黄泉と小学生の土宮神楽。お互い退魔師という厳しい家柄の家系に生まれながらも、仲睦まじく日々を送っていく…。
超自然災害対策室の毎日は悪霊退治の毎日である。今日もこの世に跳梁跋扈する悪霊を祓う黄泉と対策室の面々。ただ、神楽だけまだ半人前扱いされ、前線に出してもらえない。何とか自分も活躍しようと意気軒昂の神楽だが…。
義父である諌山奈落から飯綱紀之との縁談話を正式に進める旨、説明を受ける黄泉。お家の事情という表面的な話ではあったが、内心すごく嬉しい様子。高ぶった気持ちの黄泉。少し女の子らしく、おしゃれなどしてみたりするが、逆効果に…。
悪霊「やまびこ」の退魔に手こずってしまった黄泉と神楽。その不手際を責める黄泉の姉とも言える存在の諌山冥。冥の厳しい言葉に少し落ち込む神楽。同級生のヤッチンとミクも神楽のことが心配。同級生たちの励ましもあって元気になる神楽。だが、その前に大きな試練が立ちはだかった！
カテゴリーDを退治した神楽。しかし、大好きな保健の先生だったことから後悔の念に苛まれる。果たしてこのまま退魔師を続けていけるのか…、と。自己嫌悪に陥る神楽。そんな彼女を支えてくれたのはクラスメイトのヤッチンとミクだった。
殺生石で、悪霊化した「諫山冥」。彼女がカテゴリーBなど数多くの悪霊たちを呼び起こす。そんな中、東北地方でカテゴリーBの悪霊「火車」が出現する。急行する超自然災害対策室のメンバー。黄泉も急ぎ現地に向かう。そこに待っていたのは、ラングレンを駆る諫山冥だった！
瀕死の重傷を負った黄泉。ようやく意識は回復するも、身動き1つできず、また声すらも出せず、という状態だった…。そんな彼女を労り健気に看病する神楽。ある夜、神楽は本音を漏らす。二人が本当の普通の姉妹だったら…。
黄泉が失踪した。そんな中、銀座のど真ん中で、悪霊たちが群れを成して出現する。退魔に追われる超自然災害対策室のメンバー。戦いの最中、遭遇した相手は失踪していた黄泉だった！ 途方に暮れる対策室のメンバーたち。
悪霊と化した黄泉。ついに、神楽の父「雅楽」と対決することに！ 黄泉は「雅楽」に瀕死の重傷を負わせるが、自身も「殺生石」がうまくなじまず不安定であるため、意識の混濁が生じてしまう。朦朧とする中、正気に戻った黄泉が取った行動とは!?
富士の樹海に向かった黄泉を追って樹海にやってきた神楽。神楽は「殺生石」の共鳴により黄泉と再会する。しかしそれは、とても悲しい再会であった。悪霊化した黄泉と対峙する神楽。だが…。
