Sono passati tredici anni dalla terribile esplosione. La Terra è ridotta a una landa desolata e i pochi sopravvissuti hanno trovato rifugio nel sottosuolo per sfuggire alle avverse condizioni del pianeta.
Benkei, a capo di una squadriglia di esplorazione, risale in superficie a bordo di un robot BT-23 e assiste alla battaglia tra un robot sconosciuto ed un invasore, che viene debellato da un razzo sparato da Kai, figlia adottiva di Benkei.
La squadra dei sopravvissuti cerca di interrogare il pilota del robot, per scoprire cos'è successo in superficie negli ultimi anni ma l'uomo fugge, impossessandosi del BT-23. Dopo un rocambolesco inseguimento la squadra di Benkei giunge alle rovine del laboratorio Saotome, dove gli Invasori stanno combattendo un gruppo di robot. Improvvisamente il terreno cede sotto i piedi di Benkei e Kai, e i due si ritrovano in un sotterraneo della struttura, dove rinvengono il Getter-3 di Musashi, ridotto ormai ad un rottame dal logorio del tempo; il pilota inseguito si scopre essere infetto dagli invasori e, completamente posseduto e fuori di se', attacca i due, ferendo gravemente Benkei. Improvvisamente però ecco emergere dal terreno il possente Shin Getter Robot, che fa a pezzi il nemico salvando padre e figlia.
Ai comandi del robot si trova l'enigmatico e misterioso Go.
真ドラゴンが崩壊し、世界全土がゲッター線に汚染されてから13年。生き残った人々は地下で生活をしていた。そして今、弁慶とケイたちの出現で時が動き始める。地上に出た彼らの眼前では、インベーダーとスーパーロボットの戦いが繰り広げられていた。自分たちの他に生き残った人類が奮戦していた事に驚くケイたちは…。
