舞台はパリ。フランスの三つ星「ランブロワジー」で料理人人生をかけて、面接を受けていた早見倫子（鈴木京香）。そんな中、ある一人の男と出会う。その男は突然かけこんできて、一方的にアイディアを出してから、借金取りに追われて去っていく。 その男は、パリで二つ星を獲得し、三つ星にもっとも近いとされたフレンチ料理人。しかし、３年前のある事件がきっかけて表舞台から姿を消した尾花夏樹（木村拓哉）だった。面接に落ちた倫子は、落ち込んでいる中、再び尾花に出会う。 そこで、尾花が作った料理のあまりのおいしさと、自分の才能のなさに思わず涙をこぼす。 その時、尾花は倫子に突然、一緒に店を作らないかと提案する。
オープンに向けて準備する「グランメゾン東京」。しかし大きな壁にぶちあたっていた。それは開店資金５０００万。倫子（鈴木京香）と京野（沢村一樹）は銀行の融資をことごとく断られる。名声のある相沢（及川光博）に手を貸してほしいと頼むが、それも断られる。 尾花（木村拓哉）はそんな状況にも意を介さずメニュー開発を続けていた。 そんな中、京野はある秘策を思いつく。「gaku」時代に懇意にしていた城西信用金庫の汐瀬（春風亭昇太）に相談することだ。 汐瀬は、事業計画を見て、原価率の改善を要求する。それは、つまり今まで尾花が使ってきた食材を使わないで料理を作るということ。 そんな中、尾花は汐瀬に、最高の一品を作るから食べてくれと直談判する。 はたして、汐瀬を納得させることができるのか！？
尾花（木村拓哉）と倫子（鈴木京香）はコースのメインである肉料理開発に挑んでいた。 そんな折、京野（沢村一樹）はフリーライター栞奈（中村アン）の紹介で鹿肉のジビエ料理コンクールのエントリーを提案する。そこには丹後（尾上菊之助）も出場することがわかり、尾花は俄然やる気になる。 しかし、江藤（手塚とおる）により、上質な鹿肉はすべて買い占められていた。 絶対不利な状況の中、尾花は相沢（及川光博）の情報を頼りに伝説のジビエ猟師・峰岸（石丸幹二）に会いに行く。しかし、頑固な職人の峰岸に門前払いされてしまう。 そんな中、時間は迫ってしまい、コンクールの日を迎える。はたして勝敗はどうなるのか！？
いよいよプレオープンが決まる。だが、そこにはグルメ雑誌編集長・リンダ（冨永愛）が食べに来ることになった。世界的に名声のある彼女は、「彼女の評価一つで店の今後が変わる」といわれるほど、影響力が強かった。やる気を燃やす尾花（木村拓哉）に対して、緊張と不安が高まる倫子(鈴木京香）。 そんな中、尾花は突然デザートを作り直すという。コースの最後を締めるデザートはとても重要で今のままではリンダを納得させられないと感じたのだ。 そして、尾花は萌絵（吉谷彩子）をスカウトしに行く。 しかし、萌絵が作った試作品に納得がいかなかった尾花は、自ら作ることに。 結局、萌絵と尾花は、それぞれ栗を使ったデザートを作りあい、勝負することになる。 刻々と近づくプレオープンの日。はたして、リンダの前に出されたデザートは？そして、リンダをうならせることはできるのか！？
３年前の事件がリンダ（冨永愛）の記事により、再燃。尾花（木村拓哉）と倫子（鈴木京香）は、記者から直撃を受けて、グランメゾン東京は、最悪のオープン初日を迎える。 予約キャンセルが相次ぐ中、尾花は店の窮地を救うべく、フードフェスへの出店を提案する。 余った食材を使った絶品料理を作ることで、店へのお客さん誘導に繋げたいと考えたのだ。 そして、そこに強力な助っ人が加わった。 祥平だ。全員で力を合わせて、挑む。 はたして、尾花は失った信用を取り戻すことはできるのか！？
祥平（玉森裕太）が丹後（尾上菊之助）のいるgakuに入ったことを知り、戸惑う京野（沢村一樹）と相沢（及川光博）。しかし、尾花（木村拓哉）は、強力なライバルの出現を楽しんでいた。 そんな中、今年度のトップレストラン５０の表彰式が東京で行われることが決定。尾花は、日本が誇る食材“鮮魚”を使った料理を開発しなおすことを決めた。その頃、丹後と祥平も魚料理の新メニューに取り組んでいた。一方、グランメゾン東京のスタッフに栞奈（中村アン）が志願し、加わることに。着々とチームが出来上がる中、江藤（手塚とおる）から金を受け取って内部情報を流していた芹田（寛 一 郎）は一人取り残されていた。そして、その怒りから、店を辞めると告げる。 暗雲漂う中、グランメゾン東京は、はたして新メニューを完成させることができるのか！？
遂に幕を開けたトップレストラン５０の発表セレモニー。相沢（及川光博）は並々ならぬ覚悟で迎えていた。というのも、発表の一週間前に突然現れた失踪妻エリーゼ（太田緑ロランス）が、グランメゾン東京がトップ１０を超えないと娘を連れて帰るといったからだ。 尾花（木村拓哉）もエスコフィユ時代の最高順位である１０位を超えるために気合いを入れていた。そんな中、尾花は相沢のためにあることを思いつく。一方、丹後（尾上菊之助）と祥平（玉森裕太）も発表に向けて、期待を膨らませていた。 そして、いよいよ発表のとき。 はたしてグランメゾン東京の順位は！？
京野（沢村一樹）が、倫子（鈴木京香）に告白した翌日、尾花（木村拓哉）が音信不通になってしまう。周りの心配をよそに、夕方に戻ってきた尾花が連れてきたのは、彼の料理の師匠・潮卓（木場勝己）だった。彼の娘の凪子（伊藤歩）に頼まれて、退院する潮を迎えに行っていたのだという。 尾花は、潮に店の料理を食べてもらおうとするが、ほとんど手をつけず、途中で怒って帰ってしまう。帰り際に、一番の問題は京野にある、とだけ言い残していく。 原因を探るべく、潮の店に行った倫子たちは、そこで出された定番のビーフシチューのおいしさに衝撃を受ける。そんな中、尾花は、潮の様子に異変を感じて・・・
栞奈（中村アン）は店を急きょやめることになった。再びフードライターに戻るという。 そんな中、尾花（木村拓哉）は彼女の履歴書にある違和感を抱く。 一方、ミシュランの審査開始時期まであと一か月。倫子（鈴木京香）は、コース料理をリニューアルすることを決める。同時に、尾花は前菜に合うワインも変えることを提案し、栞奈に最後の仕事として、試飲会を開くことを依頼する。一方、gakuで働く祥平（玉森裕太）のもとに、フランス大使館の文則（マイケル富岡）が訪ねてくる。３年前のアレルギー事件について、真犯人を見つけたという。そんな中、グランメゾン東京で開かれたワインの試飲会で、萌絵（吉谷彩子）が突然倒れて、病院に運ばれてしまう・・・。
尾花（木村拓哉）はリンダ（冨永愛）の告発により、「gaku」を去ることになった祥平（玉森裕太）を店に誘う。しかし、断る祥平に、京野をはじめとしたメンバーは、ある方法を思いつく。一方、丹後（尾上菊之助）はミシュラン調査のプレッシャーから追い込まれていた。 そんな丹後に江藤（手塚とおる）はあることを仕掛ける。 そして、尾花はミシュランに向けて、ある大きな決断を下す
ミシュランの審査が近づき、グランメゾン東京の新メニュー開発は大詰めを迎えていた。そんな中、フレンチにとって禁断の食材であるマグロ料理に挑んでいる尾花（木村拓哉）を見て、倫子（鈴木京香）は不安になる。そして、二人は口論の末、尾花はスーシェフを辞めると告げる。そして、倫子も魚料理を作り、おいしいほうをメニューとして採用するように提案する。 一方、丹後（尾上菊之助）がいなくなった「gaku」では、新しいシェフ・結月（馬場徹）の傍若無人な振る舞いで店はボロボロになっていた。そして、ある事件が起きる。 そんな中迎えた、ミシュランの審査。 はたして、グランメゾン東京は三つ星を獲得することができるのか！？
ミシュランの表彰式から数年後の世界。祥平（玉森裕太）と、その周りの人たちには色々な変化が起きていた。これは、そんなちょっと未来の話。祥平のある1日の出来事である。祥平は、買い出しにむかった先で、色々な人と出会う。そこで、明かされていく数年後のそれぞれの今。そして、祥平、美優（朝倉あき）、萌絵（吉谷彩子）は、偶然鉢合わせてしまう。
