L'imperatore delle Tenebre è adirato col Generale Nero a causa dei suoi continui fallimenti. Per placare l'ira del sovrano si decide di costruire una base avanzata per poter sconfiggere il Grande Mazinga. Si opta per un vulcano sottomarino in attività nei pressi della fortezza delle scienze, dove l'impero di Mikene potrà creare terremoti e calamità che si infrangeranno contro la base nemica. Il mostro guerriero attacca la zona vulcanica che comincia a eruttare lava e lapilli. Mazinga entra in azione per affrontare il nemico ma un secondo mostro attacca la città che viene difesa da Venus. Il primo mostro viene sconfitto ma il robot di Jun viene impalato dal nemico; interviene allora Boss robot ma non riesce a salvare l'amica e si richiede l'aiuto di Tetsuya che abbandona il luogo dell'eruzione vulcanica dove i nemici stanno costruendo la nuova base. Il robot nemico viene infine sconfitto con l'aiuto di Boss che riesce a distinguersi in battaglia grazie alla spada di Mazinga, rimasto temporanemanete inerme. Ma nel frattempo i nemici stanno realizzando una nuova pericolosa fortezza nei pressi della base di Mazinga.
「飛ぶと思ってやれば、必ずやれるんだ！」（ボス） 闇の帝王の怒りは頂点に達していた。暗黒大将軍とアルゴス長官は、海底火山を噴火させ、新たにできた島に前線基地を建設することを企てる。研究所に計画を察知されまいと、各地の海底火山を噴火させ、戦闘獣を差し向ける両者。そうとは知らない研究所は、戦闘獣の出現する各地にグレートマジンガーたちを派遣するのだった。
