Alla fortezza delle scienze si stanno effettuando le riparazioni alla struttura per i danni subiti nell'ultima battaglia. I nemici, dopo un'attenta analisi dei punti deboli del Grande Mazinga, inviano due mostri guerrieri in Giappone il cui scopo è quello di attaccare le braccia del robot terrestre. Mazinga, stretto tra due fuochi viene presto abbattuto e privato degli arti superiori. Venus interviene per salvare Tetsuya ma finisce ko pure Jun. Priva di difese, la Fortezza delle scienze viene attaccata dai due mostri e dalla fortezza volante Mikeros che mettono in ginocchio la già danneggiata base. Il prof Kabuto sta per consegnare la base in mano al nemico ma Mazinga si riprende e dopo una lunga e sofferta lotta riesce a sconfiggere il nemico anche menomato. Il professor Kabuto si prepara in una missione kamikaze per scagliare la fortezza contro Mikeros ma Mazinga torna in tempo per mettere in fuga la nave nemica e salvare il centro ricerche.
「私はこの科学要塞研究所でミケロスに体当たりする！」(剣造) 前回の戦闘で多大なダメージを被った研究所に、暗黒大将軍とヤヌス侯爵が追い討ちをかけてきた。グレートマジンガーはヤヌスの作戦で動きを封じられ、救出に向かったビューナスAまで捕らわれて、研究所は丸裸に。ミケロスで現れ、研究所の放棄を要求する暗黒大将軍。剣造は研究所をミケロスに体当たりさせようと考える。
