Berkovi odjíždí na víkend k babičce do Ružbachu. Kája si však zapomene pyžamo doma a tak mu babička půjčí noční košili po pradědečkovi. Díky ní se ocitne ve škole, kde právě probíhá výuka dějepisu, při které se díky pradědečkovy vynalézavosti ocitají uprostřed doby kamenné. Profesor Berka zakope stroj času na zahradě. Ten se snaží po probuzení Kája najít. Kájovi otci byla v ústavu nabídnuta pozice vedoucího oddělení, která byla původně určena inženýru Křečkovi.
Poté, co Tomáš Křeček ukradl Radimovi vynález a inženýr Křeček si ho nechal patentovat, se Kája opět snaží za pomoci pradědečkovy noční košile dostat za pradědečkem, aby dokázal, že byl vynález ukraden. Ovšem babička mu noční košili nechce půjčit.
Poté, co Kájův kamarád Aleš usnul v pradědečkově noční košili a společně s ním zakopal změnšovací aparát na zahradě, jen čekají, než Radimův kolega Michal aparát sestrojí. Chystají se s Kájou vlézt do Křečkovy hlavy, aby ho přinutily se přiznat ke krádeži Radimova vynálezu. Ovšem akce ztroskotá hned na začátku poté, co kluci vlezou do špatného ucha. Alice Křečková zjistila, jak to ve skutečnosti s vynálezem bylo a odchází z domova.
Kájovi a Alešovi se povedlo vlézt do Křečkovy hlavy a pokouší se jim manipulovat, aby ho na blížící se tiskové konferenci donutili k přiznání. Dojde však k tragédii. Změnšovací aparát zmizel a hrozí, že kluci v takto miniaturní velikosti zůstanou. Profesor Berka vymyslí další přístroj, díky kterému nebude na světě hloupých lidí. Ovšem neobejde se bez vedlejších účinků.
Kája s Alešem, kteří se dostali do mozku inženýra Křečka, aby ho donutili k přiznání, že ukradl patent na automobil jezdící zadarmo se dostali do zoufalé situace. Aparát, kterým měli být po skončení úkol zvětšeni, zmizel. Přitom byl náhodou zvětšen zlodějův pomocník Zedral, který vyštve Káju s Alešem z Křečkova mozkového centra. Alice chce získat duplikát zmenšovacího vynálezu, ten se však dostane do rukou inženýra Křečka.
Poté, co inženýr Křeček ukradl duplikát zmenšovacího aparátu, uspořádal tiskovou konferenci, aby vynález předvedl. Zedral zablokoval klukům vchod do centrály mozku a tak jim nezbývá nic jiného, než se přemístit do mozku Alešova křečka. Aleš s Kájou se snaží dostat na tiskovou konferenci, kde chtějí dokázat, že byl vynález ukraden, díky, záběrům, které pořídili v sektoru vzpomínek.
