警視庁は、未解決事件の捜査強化のため、捜査一課弐係（通称：ケイゾク）に加え、公安部に未詳事件特別対策係を設立した。通称、ミショウ。通常の捜査一課的手法では、捜査の対象にならないような特殊な事件を主に取り扱う。つまり、証拠がほとんどなく、また、目撃証言もほとんどないプロの犯行によるとされる事件や、国や政治、宗教団体がらみの不可解な事件など、捜査一課では手に余る事件を主に扱う。 ミショウの係長は、野々村光太郎(70) [竜 雷太]。のらりくらりの天才狸と言われた男が、嘱託で係長になった。一見風格もあるし、まず、年寄りを怒鳴るクレーマーはあまりいない。 「まあまあ、今、我々未詳事件特別対策係が全力を挙げて捜査してますから」 と、相手の怒りやテンションを受け止め、ずるずると、ごまかす。そんな効果が期待されての部署なのだ。 そんな野々村の下に、部下がつけられた。トラブルを起こしてミショウに飛ばされてきた二人。問題はあるけど、実力はハンパない。 一人は、当麻紗綾(24) [戸田恵梨香]。頭は異常によく、学校も行かず、塾も行かず、京大理学部に合格。しかも、京大在学中にFBIに何故かもぐりこみ、X-FILEの研究をしてきた変わり種。IQはなんと、201。頭が良すぎるため、上司を小馬鹿にし、しかも、オタクかと思ったら意外にケンカっ早い。ミショウに入って1年で犯人と格闘して大けがを負い、今でも左手はギプスのまんま、というつわものだ。 もう一人は瀬文焚流(36) [加瀬 亮]。現場のたたき上げ。警視庁の花形である警視庁特殊部隊(SIT)に大抜擢され、27歳の若さで小隊長の位置にまで上り詰めた
警視庁公安部公安第五課、未詳事件特別対策係。通称・ミショウに飛ばされてきた刑事、瀬文焚流（加瀬亮）は、同僚の当麻紗綾（戸田恵梨香）と共に追っていた事件で左腕を負傷。犯人に銃を奪われ、その銃で撃たれたと警視庁の聴聞委員会で発言するが、瀬文が犯人を射殺したのに嘘をついていると聴聞委員は怒り心頭。 一方の当麻は、聴聞委員会をわざとサボっていた。目の前で起きた事実を話したとしてもそれは無意味で、瀬文のように、警察の上層部から目をつけられるだけだと分かっているのだ。 その頃、瀬文の部下で現在植物状態にある志村（伊藤毅）の妹・美鈴（福田沙紀）は、担当医・海野（安田顕）にある相談をしていた。それは、兄に触れた途端、美鈴の脳内にいろんなヴィジョンが飛び込んできたという。 ある日、ミショウに神父の大島（佐野史郎）が相談にやって来る。その神父はボランティアで死刑囚の話を聞く教誨師もやっているらしく、桂小次郎（山内圭哉）という死刑囚が「警察に挑戦する」「自分には神の力が宿った」と語っているのだと言う。神父が語る神の力をもつ死刑囚の話に興味津々の当麻は、10年前に起きた未解決事件「青山華道家死体なき殺人事件」の再捜査を行うことに！桂からの挑戦、「24時間以内に事件を解決しなければ、自分が犯人に裁きを下す」に真っ向勝負するつもりだ。当麻と瀬文は、死刑囚より先に真犯人を確保すべく、動き出す。
ある夜、瀬文（加瀬亮）は海野（安田顕）から植物状態の志村（伊藤毅）を治せる医者がいるかもしれない、と言われる。その人物は、"神の手"と呼ばれる細胞を再生する能力を持っていると言う。 そんな中、当麻（戸田恵梨香）と瀬文は公安の上層部から張り込みを命じられる。事件の詳細は説明されず、「見ていれば分かる」とガソリンスタンドの地図を渡される。 二人が指定された時間にガソリンスタンドに向かうと、アルバイトの武藤（清水優）が突然、ガソリンをバイクにかけ始めた。さらには、他の店員や駆けつけた当麻にもガソリンをかけ、火をつけようとする。間一髪、瀬文が武藤を押さえ込み、大惨事を免れる。すると取調べ中に武藤は、「このバイト君には罪はないんよ。わたしが憑依してイタズラしてるだけやねんから」と京都弁で話しだした。誰かが武藤に憑依して、事件を起こしたらしいのだが、もちろん警察は全く信じない。すると今度は、林実巡査（正名僕像）に憑依してみせ、「自分の能力を証明するために日本中の林実に憑依する」と宣言し、姿を消す。 しばらくして、憑依する人物から挑戦状が警察に届いた。「48時間以内に、私をつかまえられない時には、マスコミに対して、憑依する能力を発表する」と…。
ある日、警視庁公安部公安第五課、未詳事件特別対策係、通称“未詳”に相談者がやって来た。捜査一課弐係、近藤係長（徳井優）に連れられた相談者は、古戸久子（奥貫薫）。自殺者遺族ネットワークの会長を努める人物で、昨夜、一年前に自殺した娘から「幹事に殺される。助けて」とのメールが届いたのだと言う。 久子によると娘・美智花（三浦由衣）は、自殺サークル“パーフェクト・スーサイド”に入っていて、一年前の10月30日に自殺すると言い残し、家を飛び出した。その三日後、美智花の遺書と遺品が送られてきたが、死体は見つかっていない。 実はこの自殺サークル、「死体をこの世に残さない」のが掟。美智花の死を納得できずにいた久子は、娘から届いたメールを見て、娘がどこかで生き延びていると確信。そして、自分に助けを求めているのだという…。 当麻（戸田恵梨香）は久子に届いた「死者からのメール」に興奮し、そのサークルの参加者を調べ始める。当麻は、瀬文（加瀬亮）、近藤、そして久子と共に、“パーフェクト・スーサイド”で家族を失った遺族への聞き込みを開始するが…。
当麻（戸田恵梨香）と瀬文（加瀬亮）が念動力のスペックを持った犯人と格闘していると、何者かが未詳にやって来て当麻と瀬文を攻撃。犯人をさらって行く。意識が戻った当麻は、「あたしたち、気をつけないと消されるかも」と瀬文に伝える。 ある夜、瀬文はSIT時代の先輩で元刑事の里中（大森南朋）に呼び出され、久しぶりの再会を楽しむ。結婚して一人娘をもった里中は、瀬文に警察ではない、普通の人生、普通の家庭の幸せを勧めるが、瀬文は「どうしても決着をつけたい事件がある」と言葉を濁す。 翌朝、未詳に公安部公安第五課の秋元課長代理がやって来た。ここ一ヶ月の間に公安の刑事が5人、次々と亡くなっており、調べて欲しいというのだ。実は、5人とも優秀な潜入捜査官で、解剖の結果、死因はあくまでも病死。だが、もし計画的な犯行となれば、公安への挑戦とも取れる。つまり、病死に見せかけた殺人、ということだ。また、誰かが瀬文のＩＤカードをコピーし、ハッキングした可能性があると分かり…。
瀬文（加瀬亮）が慕っていた里中（大森南朋）が何者かに撃たれ命を絶った。 公安の現役潜入捜査官だった里中の死は、出張先の南アフリカで火災に遭い焼死したと妻の小百合（西原亜希）に告げられる。当麻（戸田恵梨香）は、国家ぐるみの嘘に憤り、そこまでして守るべきものは何なのかと悩むが、そんな当麻に野々村（竜雷太）は「真実に向かってひた走れ」と刑事魂を見せる。 里中の初七日の日。当麻と瀬文は小百合から「夫の死が、腑に落ちない」と相談を持ち掛けられる。出張の前日、里中の本棚や荷物が整理されていたのが気になるのだというが、瀬文は事故だと言い切る。 しかし、小百合の言葉が気になる当麻は、里中の部屋を調べることに。すると、その部屋が何者かによって片付けられた事が判明。そして、里中に何かしらの証拠やメッセージを残されると困る集団の存在を感じる。里中が命をかけてまで遺そうとしたものとは…。
ある夜、瀬文（加瀬亮）は美鈴（福田沙紀）から、志村（伊藤毅）が強制尊厳死されることになったと聞かされる。瀬文の元部下である志村は、長い間植物状態が続いており、警察病院からついに強制尊厳死を宣告されてしまったのだ。 瀬文は“ 病を治す能力を持つ人物 ”なら志村を救えると思い、居場所を見つけようと必死。当麻（戸田恵梨香）と共に、スペックホルダーのデータを調べ始める。そして、予知能力者・冷泉（田中哲司）ならば、予言で病を治す人間の居場所が分かるだろうと冷泉の居場所を探す。 その矢先、未詳に「新宿のシンデレラ」ことサトリ（真野恵里菜）と名乗るギャルがやって来た。サトリは人気の占い師で、人の心を読む能力があると言う。サトリは「冷泉の身柄を奪還する」と宣言。瀬文の心から、冷泉の居場所を読み取ったといい姿を消して…。
当麻（戸田恵梨香）は、冷泉（田中哲司）から得た情報を元に、ようやくニノマエ（神木隆之介）の自宅にたどり着く。 一方、そのころ瀬文（加瀬亮）は、どんな怪我や病気も治せる人物を探し、ある部屋を訪れていた。するとそこには、１人の野球少年の姿が。少年はその容姿とは似ても似つかぬ声で「我々の条件をクリアしろ！」と指示する。その条件とは、公安のある人物を引き渡せというものだった。 瀬文は、その要求を受け入れる代わりに、その能力が本物かどうかを確認させろと詰め寄る。そんな瀬文に、少年はある病院へ向かうよう促す。植物状態の志村（伊藤毅）を救うために瀬文が取った行動とは…。 一方、ずっと追い続けていたニノマエと対面した当麻は、ニノマエから意外な言葉を聞き、驚愕。一瞬の隙をみせ、返り討ちにあってしまい…。
当麻（戸田恵梨香）と瀬文（加瀬亮）は、特殊能力者対策特務班、警視庁公安部公安零課の存在を突き止める。囮であった未詳がそれに気付いたことで、上層部は未詳の取り潰しを決定。未詳は廃止となるが、当麻と野々村（竜雷太）は、電気も水道も止められた未詳で、じっと瀬文の帰りを待っていた。 その頃、瀬文は美鈴（福田沙紀）のアパートを訪れていた。スペックホルダーに翻弄され命を落とした志村（伊藤毅）の位牌に線香をあげに来たのだ。「兄の為にも自分の人生を歩く」と言う美鈴は、「兄の敵は考えずに、生きてください」と瀬文に頼むが、瀬文は志村の敵討ちを心に誓っていた。そんなとき、瀬文の前に津田（椎名桔平）と名乗る男が現れ、瀬文にある取引を持ちかける。津田の話を聞いた瀬文は、決着をつける覚悟を決める。 同じくして、野々村と当麻にも、「ニノマエを逮捕せよ」との命令が下った。 人間の可能性を信じる者と閉ざそうとする者の戦いが、ついに始まる。
瀬文（加瀬亮）は、一人でニノマエ（神木隆之介）に戦いを挑むが、ニノマエのスペックを前に満身創痍。絶体絶命のピンチに陥る。するとそこへ、当麻（戸田恵梨香）が現れた！当麻の命を懸けた作戦は、ニノマエのスペックを逆手に取り、追い詰めることに成功するが、当麻はもちろん瀬文、ニノマエと共に生死の境をさまよう事となる…。 3日間眠り続け、ようやく目を覚ました当麻は、祖母の葉子（大森暁美）や地居（城田優）をほっとさせ、手厚く看病されるが、瀬文はまだ眠りについたまま。ニノマエも瀕死の状態だ。 そんな中、瀬文の見舞いに訪れた美鈴（福田沙紀）は、こん睡状態の瀬文からあるビジョンを読み取る。そのビジョンに愕然とする美鈴は、当麻に真偽を確かめるのだが…。 全ての記憶を振り絞り、当麻は巨大な敵に立ち向かう！
捜査一課が手に負えない特殊な事件を捜査するため、公安部が設立した未詳事件特別対策係、通称“ミショウ”。ミショウには、IQ201の天才であり変人の当麻紗綾（戸田恵梨香）と、警視庁特殊部隊（SIT）出身で叩き上げの瀬文焚流（加瀬亮）がいる。当麻と瀬文は、時間を止める…、人の心を読む…、未来を予言する…など、凡人にはない特殊能力（SPEC）を持つ犯罪者に対しても、SPECを逆手に取ったトラップを仕掛け、息詰まるような攻防を繰り広げる。そして、スペックホルダーとの死闘を重ねるうちに2人の間には信頼関係が生まれ、最大の敵を倒すことに成功したのだが…。 1年後、目の療養で警視庁を休職中だった瀬文がミショウに戻ると、そこには係長待遇に降格した野々村（竜雷太）に代わり、係長に任命された市柳（でんでん）と組織犯罪対策部から異動になった吉川（北村一輝）の姿があった。 数日後、奇妙な殺人事件が起きたとの連絡がミショウに入る。白昼の街中でマシンガンによる殺人事件が起き、女子高生が一人、生存しているという。しかもその女子高生は、「犯人は全身黒づくめで、瞬間移動して逃げた」と証言。撃ち合っていたらしき当事者の写真の中には、サトリ（真野恵里菜）の姿があった。 当麻は、スペックホルダーの奪い合いの抗争が白昼堂々と行われた、と分析。早速、その生存者・久遠望（谷村美月）が入院する警察病院へ向かう。 心の奥底に本音を隠し続けている当麻。 その心の迷宮を知り、本来の当麻に戻そうとする瀬文。 この事件を通じて、当麻と瀬文に新たな絆が結ばれようとしていた…。
両親と弟を飛行機事故でなくした女子高生・当麻紗綾（戸田恵梨香）のもとに警視庁弐係の・近藤（徳井優）という刑事がやってきた。 「あなたの家族はスペックを持つ者たちに殺された可能性が高い」 スペック・・・当麻が初めてその言葉を聞いた瞬間だった。 5年後、その話を片時も忘れたことのない当麻は、迷わず刑事の道を選ぶ。FBI研修を終え帰国した当麻は、公安部公安第五課未詳事件特別対策係への配属が決まり、係長の野々村（竜雷太）に出迎えられる。 一方、ニノマエ（神木隆之介）は地居（城田優）の策略により、当麻を親の敵と憎み、あらゆる手で当麻を追い詰めようとする・・・ 地居によって歪められた当麻とニノマエは仲の良い姉弟だった記憶をいっさい消され、命を賭けた戦いへと向かうことに・・ そして、その渦の中に巻き込まれた一人の少女・真帆。カノジョを守るため、当麻はSPECを使うことになるのだが……
2012年9月、海上を漂流するクルーザー内で乗客全員が死体で発見されたという事件が未詳に持ち込まれる。その被害者たちはかつて殉職した未詳の仲間と同じミイラ化した状態であった。体制に反抗する犯人のSPECホルダーたちは「シンプルプラン」という対SPECホルダー計画を中止するよう警告する。 捜査中の当麻と瀬文に何者かに追われる美鈴が助けを求め、駆けつけた2人は内閣情報調査室（CIRO）の特務班たちと出会う。その1人は瀬文の元恋人・青池里子で、思わぬ再会をした瀬文は青池に一人娘の潤がいることを知り自分の子ではないかと疑う。 美鈴は日本の影の支配者・御前会議が進める「シンプルプラン」に関する陰謀を偶然知ってしまい追われていた。未詳には死んだはずのニノマエが現われ、当麻を自らの組織へと誘う。断られたニノマエは以前よりスカウトしていた美鈴を連れ去る。美鈴は去り際に当麻に向かって「ファティマ第三の予言」を絶対に阻止してほしいと訴える。
ニノマエとの死闘を終え、瀕死の状態で病室に担ぎ込まれた当麻と瀬文。「…お前はお前だ。俺にとってそれは絶対に変わらん。」「一生…ガチで巻き込んじゃってやるからな…。」二人は距離を縮めたかに思えた…。しかし、世界はある人物によって破滅へと進んでいた…。「ヤツらはどうしても滅びる運命にあるんだよ」。SPECホルダーたちが世界を揺るがし始め、現人類の歴史に終止符が打たれようとしている。「奴を倒すなら、私は鬼でも悪魔でもなる。人の道を踏みはずしたら、瀬文さん。あとは頼みます」当麻に宿ったスペックが今、目覚める！
特殊能力（ＳＰＥＣ）を持った犯罪者に立ち向かう未詳事件特別対策係（ミショウ）捜査官の活躍を描く人気シリーズの完結編を２部作で描く劇場版の後編。謎の数々が解き明かされ、ついに当麻と瀬文に運命の時が訪れる。
