神蔵蓮太郎／仮面ライダーシノビの使命は、闇の忍者軍団・虹蛇から妹の紅芭を守ること。紅芭の正体は虹蛇の姫君だったが、その秘密を知るのは蓮太郎とガマノ師匠だけだった。ある日、紅芭は大企業である今生カンパニーへの就職を目指して忍術大会に出場。その才能をいかんなく発揮して勝ち進むが…。
「仮面ライダーハッタリ」と名乗る謎の忍者の正体は蓮太郎の親友、イッチーこと今生勇道だった。紅芭に片思いをするイッチーだったが、彼女が忍術大会で優勝して今生カンパニーへ就職すると困ることがあったのだ。紅芭を優勝させたい蓮太郎、紅芭を優勝させたくないイッチー…二人の思惑を余所に…。
闇忍との戦いで仮面ライダーシノビの変身アイテムである銀の瓢箪を奪われてしまった蓮太郎。ピンチに陥る蓮太郎を助けに入ったのは紅芭だった。闇忍の忍法に襲われた紅芭が気を失ってしまうとそこに立ち塞がったのは仮面ライダーハッタリ！銀の瓢箪を取り戻した蓮太郎は再び仮面ライダーシノビに変身！！
