A girl from a distant planet brings an ominous warning to the planet Gradius, the Bacterians and how three people become heroes of the galaxy.
この第2巻は前作より過去の話となっており、前作で語られた1年前のバクテリアン軍との戦いが描かれている。宇宙暦2381年4月3日、惑星グラディウス主席・マクベインの乗る宇宙船が、謎のガスに吸い込まれて行方不明になる。グラディウス軍パイロットのダーン、エディとマクベインの娘ステファニィは調査を開始。調査中に救命ボート内で冷凍睡眠状態にあった美女、パオラを発見する。彼女は自分が謎の生命体「バクテリアン」に滅ぼされた星の生き残りだと言い、グラディウスの人々にその脅威を訴える。半信半疑なダーン達だが、エディだけは理解を示す。
そのバクテリアンは惑星グラディウスに接近していた。ダーン達は偵察任務によりバクテリアンの弱点を突き止めるも、エディが偵察任務の途中での命令違反を理由に任務をはずされてしまう。ついに始まったバクテリアンへの総攻撃の最中、父マクベインの声を聞いたステファニィは、声に導かれダーンと共にバクテリアンの要塞ゼロスに進入。そこで見たものはバクテリアン軍の中枢・サイバーブレインと化したマクベインの姿だった。
そのころ解任されたエディはパオラと共に行動していた。彼女の言うとおりにバクテリアン軍のコントローラーというグラディウスの遺跡「モアイ」を破壊するエディだったが、パオラはバクテリアンの斥候であり、モアイはバクテリアンの封印だった。そしてパオラはまんまと騙されたエディを嘲り、異形の竜という本性を明かして消えた。
Eines Tages taucht auf dem Planeten Gradius eine junge Frau namens Paula auf. Sie warnt die Bewohner vor einem Angriff der Bakterian, was jedoch zu spät kommt. Ebenso wird Stephanies Vater vermisst und die drohende Katastrophe rückt immer näher.
