Die Yamato hat Iscandar und die große magellansche Wolke verlassen und befindet sich auf dem Rückweg zur Erde, als sie von einem aggressiven neuen Feind angegriffen wird: Den Gatlantern! Diese streben nun die galaktische Hoheit an. Da die Yamato nicht mehr über ihre volle Stärke verfügt, muss die Crew auf eine List zurückgreifen, doch seltsame Dinge gehen vor sich.
(Die Handlung des Films spielt zwischen Episode 24 und 25, also in dem 2-monatigen Intervall zwischen „Das ferne, gelobte Land“ und „Kampf ohne Ende“.)
After receiving the "Cosmo Reverse System" from Iscandar, the Yamato attempts to leave the Large Magellanic Cloud behind. With all Gamilan forces being ordered to disengage their attacks following Deslar's treachery, Captain Okita's crew imagine it will be a speedy trip back to Earth. Unfortunately, this illusion is shattered when a sinister new enemy emerges to exploit the power vacuum left in the Yamato's wake. Chosing to retreat rather than risk capture, the Yamato takes shelter on an enigmatic planet where nothing is what it seems.
(NOTE: This movie takes place between Episodes #24 and #25 during the two-month break in time).
宇宙战舰大和号2199新剧场版全集是以“宇宙战舰大和号”为蓝本的剧场版作品。本作将推出2部剧场版动画，第一部「宇宙战舰大和号2199 追忆的航海」为总集篇，而第二部「宇宙战舰大和号2199 星巡的方舟」则是完全新作！
星巡的方舟剧情设定在公元2199年，地球上的生物因遭到神秘行星加米拉斯的攻击而濒临灭亡。游星炸弹所释放出的放射能污染了地球表面，人类不得已只能逃到地底苟且偷生，连最终希望的地球防卫军宇宙舰队也在冥王星战役中惨遭全灭。正当人类陷入绝望之际，远在14万8千光年外的伊斯坎达尔星却为地球带来了希望。配备了“波动引擎”的大和号正缓缓启动，试图展开一场来回29万6千光年的浩瀚旅途……
La Yamato ha finalmente ottenuto il Cosmo Reverse System, ma durante il viaggio di ritorno verso la Terra, viene attaccata da una flotta di Gatlantis, comandata da un ex-pirata, il perfido Dolam Dagam. Nel frattempo, la flotta del maggiore Burger, sopravvissuto alla battaglia all'Ammasso Arcobaleno, si vede costretta a rinunciare a dare la caccia alla Yamato! L'intervento di una "strega" che cattura l'equipaggio di Garmillas e della Yamato sembra stravolgere le sorti della battaglia... Kodai e la squadra di sbarco si trovano così prigionieri in un albergo che, misteriosamente, ricalca in tutto e per tutto una struttura a loro famigliare. I terrestri si troveranno così a coesistere con i garmillassiani, tecnicamente loro nemici. Quali esiti avrà la convivenza? E che cosa sta tramando, nel frattempo, la flotta di Gatlantis?
