Nachdem Jaden, Jim, Jesse, Axel und Adrian Medikamente in einem U-Boot gefunden haben, gelangen sie zurück an die Akademie. Zunächst stellen sie fest, dass an der Akademie kein Student vor zu finden ist. Erst nach einiger Zeit treffen sie auf einige Mitstudenten, u.a. auf Chazz und Syrus. Diese verhalten sich äußerst seltsam und fordern Jaden zu einem Duell heraus.
At the Academy, a revelation about the Bio Bands is revealed. As the students lose their energy, they become zombie-like Duel Ghouls, including Chazz and Syrus.
潜水艦で薬を見つけた十代たちはデュエルアカデミアへ急行。一方、学園を守るために警備していた万丈目を怪しい生徒たちが訪ね、デュエルを申し込む。引き受ける万丈目だったが、次から次にデュエルを申し込まれる。
A medida que un ejército de Demonios de Duelos lentamente toma el control de la Academia de Duelos, ¿podrá Jaden y sus amigos encontrar la manera de enfrentarse a estos demonios, o todos serán educados en el proceso?
