Mikan Sakura grew up with her grandfather on the countryside of Japan. When her best friend, Hotaru, transfers to a prestigious school in Tokyo, Mikan follows her. The school is actually an elite Academy for gifted people with "Alices," an ability that is unique depending on the individual being. Once Mikan arrives to the gates of the school, she encounters an Alice teacher named Narumi, gets enrolled due to a series of events, and is told that she possesses a rare Alice. Despite her initial view of the so-called greatness to the school, Mikan slowly discovers that beneath the grand facade of the Academy, there is a never-ending stream of lies and buried secrets. The school's increasingly manipulative and sinister actions towards her make it a dangerous place to be. Little does Mikan know that her enrollment in Alice Academy set the gears in motion to an even greater tragedy
« Gakuen Alice » raconte l’histoire d’une jeune fille de 10 ans, Mikan Sakura, qui devient dépressive suite au transfert de sa meilleure amie, Hotaru Imai, dans une école spéciale pour les « Génies » à Tokyo. Après avoir entendu les rumeurs horribles qui courent sur cette école, Mikan décide d’aller chercher sa meilleure amie elle-même, et constate à ses dépens que l’école n’accepte que des élèves possédant un « Alice ». Chaque élève possède un pouvoir propre à lui même (comme lire dans les pensées, voler, la télékinésie…) À sa propre surprise, un professeur de l’académie, Narumi, découvre qu’elle possède elle aussi un Alice unique et arrange son admission à l’école.
L'histoire est principalement concentrée sur Mikan et ses expériences à l'académie, du passage journalier des classes et des examens, aux désaccords inattendus avec l'organisation d'Anti-Alice (Z). En dépit de son enthousiasme suite à ses retrouvailles avec Hotaru, sa nouvelle classe et ses pouvoirs, Mikan finit par se rendre compte que derrière la façade d’école parfaite qu’arbore l’académie, on y trouve mensonges et complots…
En outre, Mikan rencontre un garçon appelé Natsume Hyûga, qu’elle déteste tout d’abord dès le début de l’histoire, mais finit finalement par l’apprécier. Et réciproquement, il commence à voir un intérêt en elle. Avec les nombreux amis qu’elle se fait au sein de sa classe, dont le meilleur ami de Natsume, Luca Nogi, et le représentant de sa classe, Iincho, Mikan en vient à aimer l’académie et ses professeurs en dépit des vérités établies sur les semi-vérités qu’elle comporte. L’histoire est centrée sur le fait que « Si vous y croyez, alors quelque chose adviendra », et dans le cas de Mikan, elle change le monde dur de l'académie pour le meilleur.
小さな田舎町で育った蜜柑と蛍は大の親友。
なのに突然蛍が都会の学校へ転校してしまった。
蛍を追って蜜柑は「アリス学園」へとたどり着く。
しかしそこは不思議な力（アリス）の持ち主しか入れない特別な学校だった…。
不思議いっぱい☆ファンタジースクールコメディ☆乞うご期待!
작은 시골 마을에서 자란 단짝 친구 미캉과 호타루. 하지만 호타루가 전학을 가자 같이 있고 싶다는 마음만으로 미캉도 전학을 시도한다. 그러나 호타루가 들어간 곳은 앨리스라는 특수 능력이 있는 아이들만 들어갈 수 있는 재능 제일주의의 학원. 아직 뭔가 특별한 능력을 발휘하지 못한 미캉은 우여곡절 끝에 입학해서 호타루와 재회하지만 반의 보스 격인 나츠메와 격돌하고, 진노 선생님으로부터는 이 학교 입학 자격이 없다는 의미의 별 제로 판정을 받는 등 고달픈 나날이 계속된다.
그러던 중 위험하다고 알려진 북쪽 숲을 벗어나면 한 반으로 인정해주겠다는 나츠메의 제안에 응한 미캉. 숲에서 나츠메는 불꽃의 앨리스를 이용해 미캉을 공격해 위협하지만, 오히려 이런 절체절명의 위기 상황이 미캉의 무효화 앨리스가 각성하는 계기가 된다. 이 일을 계기로 정식 입학에 성공한 미캉. 그러나 한번 입학하면 외부와의 연락조차도 자유롭지 못한 엄격한 학교 생활로 답답함을 느끼기 시작한다. 그러던 중 나츠메 유괴 사건이 발생하는데...
Mikan Sakura creció con su abuelo en el campo de Japón. Cuando su mejor amiga, Hotaru, se traslada a una escuela prestigiosa en Tokio, Mikan la sigue. La escuela es en realidad una Academia de élite para personas dotadas con "Alices", una habilidad que es única dependiendo del ser individual. Una vez que Mikan llega a las puertas de la escuela, se encuentra con una maestra de Alice llamada Narumi, se inscribe debido a una serie de eventos y se le dice que posee una Alice rara. A pesar de su visión inicial de la supuesta grandeza de la escuela, Mikan descubre lentamente que debajo de la gran fachada de la Academia, hay un torrente interminable de mentiras y secretos enterrados. Las acciones cada vez más manipuladoras y siniestras de la escuela hacia ella lo convierten en un lugar peligroso para estar. Mikan no sabe muy bien que su inscripción en la Academia Alice puso los engranajes en movimiento a una tragedia aún mayor
東京的愛麗絲學園（國立愛麗絲研究機關學園本部）是一所特別的學校，只招收具有特殊能力「愛麗絲」的人，一旦入學就要等到畢業才可以離開學校。佐倉蜜柑與今井螢本來住在鄉村地方，兩人是同學也是好朋友。某天螢突然轉學至東京的愛麗絲學園。而想念螢的蜜柑，離家出走到了東京，終於找到螢的新學校。然而蜜柑卻被發現也有愛麗絲，並通過了入學考試並確認自己擁有無效化愛麗絲，正式成為該校學生，在那裏開始新的校園生活。
愛麗絲學園設有初等部（三歲至八歲在A班，九歲至十二歲在B班）、中等部及高等部（高中和大學兩年），校園佔地極之廣闊，範圍大部份是森林，除了校舍和宿舍外，校園中心有商店市鎮。為了防止學生逃出學校，校方以電網包圍整個校園，觸碰到電網的人會受到電擊且即時被發現。若學生取得優等生獎，可以獲准回家一星期。
這所特別學校有一些不為人知的黑暗面，有些學生感覺被學校利用，於是反對這所學校，成立及加入了一個神秘組織「Zero」（簡稱「Z」）與愛麗絲學園對抗。
La protagonista è una ragazzina come tante altre, ma la sua esperienza scolastica decolla con l’arrivo di un’altra studentessa. Nonostante si dimostri superiore a lei in tutto e che in ogni situazione in cui nasce rivalità lei abbia la peggio, fra le due nasce una grande amicizia. Questo piccolo idillio non dura a lungo visto che come arrivata da un giorno all’altro se ne va, ma la protagonista non si dà per vinta e decide di partire per andarla a trovare scappando di casa e dirigendosi a Tokyo. Scopre che è all’interno di una scuola di Alice, ovvero di ragazzi dotati di particolari talenti. Le viene negato l’ingresso per incontrarla, tuttavia, uno degli insegnanti nota in lei un talento particolare e le offre la possibilità di affrontare il test d’ingresso. Non essendo un genio e non possedendo poteri soprannaturali, quale mai sarà questo talento?
