特命係が廃止されることになった。右京（水谷豊）は警察庁へ復帰、薫（寺脇康文）は運転免許試験場への配属が決定。納得がいかない薫をよそに、右京は警察庁・官房室長の小野田（岸部一徳）のもとへ出かけていく。 やはり右京がにらんだ通り、今回の廃止、転属は小野田の考えによるもの。どうやら小野田は右京の力が再び必要になったらしい。 15年前、右京は小野田から直々に緊急対策特命係の作戦参謀、つまり小野田の右腕に指名され、ある事件解決のため行動をともにしたことがある。小野田によると、その15年前の事件の関係者がこの１年の間に３人も変死。あの事件が再び頭をもたげ始めているらしいという。その謎を解明するため、小野田は右京を呼び戻したのだが、そんな事情を説明している途中、何者かが小野田をめがけてライフルを発射。銃弾は小野田の頭をかすめ、右京の腹部に命中してしまう。 そんな中、美和子（鈴木砂羽）から、小野田がかつて右京の上司だったことを知らされた薫は、今回の特命係廃止のワケを聞くため、直接小野田を訪ねる。そして、ついに小野田の口から小野田と右京の関係、そして特命係誕生の秘密、小野田が狙われた理由が明らかになるが…。