海の世界で生活する海人、マリンとその妹、ウリン。空（地上）から落ちてきた美しい指輪を拾った二人は、指輪の持ち主を探すため、空（地上）の世界を訪れる。天神子島に辿り着いた二人は、指輪の持ち主である女子高生の夏音に出会う。しかし夏音は、それはいらないから捨てたのだと言って再び指輪を放り投げてしまい…。
石棺に封じられていたセドナの半身が復活した。夏音たちの前に突如現れたカメの長老、松本。彼が持っていたバミューダストーンが反応し、マリンは海の巫女として選ばれた。事情を飲み込めない夏音は、マリンや松本たちをインチキ霊媒商法だと言って立ち去るが、その帰路、海から上がってきた怪しい女に襲われて…。
海の巫女マリンと共に空の巫女としてセドナに立ち向かうことになった夏音。宮守家に居候することになり、初めて入るお風呂や洋服等に大はしゃぎするマリンたち。その中、インチキ占いのアルバイトをしている夏音のところに同級生の鈴木が訪ねてくる。夏音のことを気にしているようなのだが、夏音は鈴木を避けてしまい…。
巫女でありながら邪悪オーラがあふれている夏音をピュア100％にするべく、松本は夏音に「宝の地図」を渡す。そこに隠されている『ピュアな心になれる秘宝』を手に入れるため、夏音はマリンと陽炎島の洞窟へ向かうことになった。こっそりマリンたちを追おうとしたウリンは、都から陽炎島の言い伝えを聞いてしまい…。
数百年ぶりに日食が見られるということで天神子島は賑わいを見せていた。まだピュア100％になりきれていない夏音に対し、不安を抱く松本から、夏音が闇に心を支配されないよう、見張っているように言い渡されたマリン。ウリンは深まりつつある夏音とマリンの巫女同士の絆の前に入り込めない疎外感を感じ始めていた…。
日食によるセドナの力の影響は、夏音ではなくマリンに現れた。マリンは巫女に変身することが出来なくなってしまったばかりか、ウリンにも辛くあたってしまう。マリンに突き放されたのは自分に力が無いせいだと考えたウリンは絶望のまま崖の上で海を見つめていた。何処からか現れた無数の真っ黒な蝶がウリンを包みこむ…。
突然、海に帰ってしまったウリン。夏音は、ウリンの手にあった黒い蝶のあざのことをマリンや松本に話す。ウリンがセドナに利用されている可能性があるという松本の話を聞いたマリンは、ウリンの身を案じ、海へ向かってしまう。その頃、海ではウリンが海に封じられたもう一つのセドナの半身を開放しようとしていた…。
ウリンを助けるために海底神殿へ向かったマリンたちをウリンは拒絶する。巫女の力を取り戻せないまま、焦りと不安を抱えたマリンは、ウリンがセドナに魅入られたのを夏音の指輪のせいにして心を閉ざしてしまう。一旦、地上に戻ることになった夏音は、ウリンとマリンの姉妹の絆の成り立ちを聞き、自責の念に駆られて…。
邪悪な心を持ちながらも巫女になれる夏音の中に、鍵が隠されていると考えたマリンは、再び空（地上）へ戻る。夏音もマリンを受け入れ、巫女の力を取り戻すため、一緒に頑張ろうと約束した。海辺で、マリンと共に、鈴木に習ったヨガを実践していた夏音は、偶然居合わせた大島から、小島の件で宣戦布告されて…。
復活を遂げたセドナは、海を赤く染め、海に住むものたちを兵士に変えてしまう。マリンは強くなった巫女としての力で、広がり続けるセドナの闇を浄化する。だが、そうしている間にも、空の世界にセドナの影響が及び、小島の心も闇に支配されてしまう。それを目の当たりにした夏音は、少なからずショックを受けて…。
増幅したマリンの力でも抑え切れないセドナの闇。しかし、夏音と二人で力を合わせた時、強烈な光の力が発現し、闇の力を祓った。かつてない二人の巫女としての力を見た松本は、ウリンを犠牲にせずにセドナを倒すことも夢ではないかもしれないと思う。その夜、マリンと夏音はウリンを探しに海底神殿へと向かうのだが…。
闇の巫女となったウリンは、圧倒的な闇でマリンと夏音を退ける。ウリンは、セドナに巫女の力を失ったマリンを助けるにはマリンに光の心を捨てさせるしかないと言われ、姉妹の思い出の場所でマリンを闇に染めようとする。ウリンのすべてを受け入れようとするマリンの抱擁に、ウリンの中のセドナが反応を起こし始める…！