L'arribada del Merlí Bergeron, nou professor de filosofia, a l'Institut Àngel Guimerà, provoca reaccions adverses. Mentre es posa els alumnes a la butxaca, al professorat li molesta la seva manera de ser i de relacionar-se amb la plantilla. A casa, el Merlí intenta recuperar la relació amb el Bruno, el seu fill adolescent.
El Toni, director de l'institut, adverteix al Merlí que s'ha de cenyir a les normes del centre, però el Merlí va a la seva, i proposa als alumnes saltar-se les regles del certamen literari. El Merlí i l'Eugeni es barallen per encarregar-se de l'Ivan, un noi que pateix agorafòbia. El Bruno explica un secret a la Tània.
La mare del Gerard felicita el Merlí per com fa les classes i per haver animat el seu fill. Arriba una nova alumna: la Mònica. El Bruno creu que suspèn exàmens per culpa de la presència del Merlí a l'institut, i l'amenaça d'anar-se'n a viure amb la seva mare. Què farà el Merlí per retenir-lo?
El Bruno i el Pol estudien junts l'examen de català, però aquest encontre acaba malament. L'Eugeni es troba amb dos exàmens sospitosos. La Calduch intentarà ajudar el Merlí per resoldre els seus problemes a l'institut.
El pare del Joan creu que el Merlí adoctrina el seu fill. La Tània té un problema amb la Berta, i això afecta a la relació amb el Bruno. La Gina retreu al Merlí que hagi suspès al Gerard. El Merlí obliga a l'Ivan a sortir al carrer.
La Berta no suporta el Merlí, i s'hi encara. La noia no es vol deixar ajudar pel professor, i fa el possible perquè els amics no li facin el buit. La Gina s'assabenta que el Merlí està embolicat amb la Laia. El Gerard està ansiós perquè farà un treball de classe amb la Mònica.
El Merlí és qüestionat com a pare per part de la Gina i de la seva mare, i fa un intent d'aproximació cap al Bruno. El Pol pateix pels problemes econòmics de casa seva. El Santi crida l'atenció del Bruno a classe, mentre el Joan es revela contra els seus pares.
La sortida al Cosmocaixa no surt com la Gina i el Merlí voldrien. Un vídeo íntim de la Mònica corre per l'institut. L'Ivan es pren molt malament que la seva mare tingui nòvio. La Gina no vol que el Gerard sàpiga que està sortint amb el Merlí.
El Merlí fa el possible perquè l'Ivan se senti acceptat pels companys, i el noi fa progressos però vol fer un pas massa gran en la seva recuperació. Es prepara una festa d'aniversari dels 18 anys del Pol, però els amics no saben on fer-la. Tothom té la casa ocupada, menys una persona. El Merlí i la Gina intenten superar un sotrac en la relació.
El Merlí provoca un conflicte important a la família del Joan. El Toni el torna a advertir que no va bé per aquest camí. El Bruno està molt creuat amb el Pol, i no es comporta correctament a la classe del Santi. El Gerard no accepta que el Merlí i la Gina estiguin junts.
L'Eugeni rep una sorpresa desagradable a classe, i sospita que és cosa del Merlí. La mare de la Berta munta un escàndol a l'institut per les campanes de la seva filla. Dos alumnes del Merlí es plantegen deixar d'estudiar i el Merlí vol treure'ls aquesta idea del cap. Com s'ho farà per convèncer-los?
S'organitza una recollida d'aliments a l'institut, però el Merlí critica la iniciativa. El Toni s'enfada amb ell perquè això esquitxa la família del Joan, que organitza la campanya. El Bruno se'n fot del Santi a la cara. L'Ivan encara se sent insegur. Alguns alumnes se'n riuen de l'Oliver¿ el Merlí haurà de fer alguna cosa.
El Toni no vol que el Merlí continuï fent classes, però els alumnes volen fer alguna cosa per evitar-ho. El Bruno està en plena crisi personal, ell i l'Oliver tindran una xerrada
Comença el curs a l'institut Àngel Guimerà. El Merlí Bergeron és rebut amb aplaudiments, i una nova alumna forma part dels peripatètics: l'Oksana. El Merlí s'adona que el Pol ha deixat d'estudiar i haurà de fer tot el possible perquè torni.
La Coralina, la nova cap d'estudis, li pren el despatx al Merlí. Els alumnes estan sorpresos amb el caràcter dur de la professora d'Història. La Carmina vol que el Merlí se'n vagi de casa. Per la seva banda, la Tània es torna a fixar en el Marc.
La Gina i el Merlí munten un sopar a casa la Carmina amb el Bruno i el Gerard. El Merlí s'atabala quan la Gina li proposa anar a viure junts. El Millán i la Berta es fan amics, i l'Oliver pateix l'absència del germà a casa seva.
Una mala notícia sacseja la casa del Merlí. La Carmina està preocupada pel seu fill. El Marc pateix pel seu germà Pau, perquè acadèmicament va molt endarrerit. El Pol està molt motivat a la feina del bar de la Míriam.
El Merlí s'endú els alumnes a un centre comercial, i allà la Tània sent més fort l'enamorament cap al Marc. Les noies munten una festa només per a noies, i els nois fan el mateix. La Míriam demana ajuda al Merlí.
El Pau Vilaseca ha agredit una professora, però el noi l'acusa d'haver-lo insultat. El Marc ja està desesperat, i la seva mare no l'ajuda. El Merlí hi haurà d'intervenir. La Gina confessa al Merlí la seva relació amb el Toni.
Arriba una nova professora: la Quima. La seva aparença portarà polèmica a l'institut, i el Merlí l'ajudarà davant dels atacs de la Coralina, però a la Quima no li agrada que l'ajudin.
El Merlí està cansat que els alumnes li demanin consell i li tinguin confiança, i vol canviar de tàctica. El Joan cada cop està més gelós, i la Mònica haurà de prendre decisions. L'Oliver està cada vegada més intractable.
5 alumnes són castigats a l'aula tota la tarda, però el Merlí els pren els mòbils i els posa deures. La Coralina dirigeix el claustre de professors, i vol saber quin problema té el Millán.
La Coralina fa que l'Ivan sospiti que el Pol i la seva mare tenen una relació. Quan sap la veritat, es posa molt nerviós, i el Merlí es veu obligat a parar-li els peus. El Joan encara pensa que pot recuperar la Mònica. El Bruno se'n vol anar a estudiar a Roma.
El Merlí està enfadat amb el Bruno perquè se'n vol anar a Roma. El Marc cuida el Pau perquè està malalt, però ja no pot més. La Tània i el Pol continuen picant-se per tonteries.
El Bruno prepara el seu viatge i té ganes de fer alguna cosa per acomiadar-se del Merlí, però aquest li dóna llargues. El Bruno no vol que ningú sàpiga que se'n va, però la Tània ho sap.
La Coralina està especialment amargada i sembra la discòrdia entre els professors. El Merlí fa una proposta curiosa als alumnes, i aquests li fan cas. Un fet impactant succeirà a l'institut, ara que s'acosta Nadal.
Es reprenen les classes després de Nadal. El Merlí està encantat amb l'arribada de la Silvana, una nova professora d'història. El Pol pren decisions arriscades per ajudar econòmicament la família. El Marc no vol que el seu pare torni a casa.
El Merlí té gelosia de la Silvana en veure l'èxit que té entre els peripatètics. El Marc està preocupat pel seu germà. La Tània no entén l'actitud del Pol cap a ella. El Joan té una discussió forta amb els seus pares.
L'Ivan, la Berta i la Tània són testimonis d'un incident al carrer. El Merlí qüestiona l'existència de Déu a classe i l'Oliver s'ofèn. La Tània s'enfada amb el Pol i ell decideix conèixer la seva mare.
Els peripatètics organitzen una festa al parc que acaba amb baralla. El Merlí intenta recuperar la Gina, però s'equivoca amb les formes. El Marc i la seva mare reben una visita inesperada a casa.
El Merlí té el dia girat, no deixa entrar l'Oksana amb el seu fill a classe i la noia s'enfada molt. El Marc se sent culpable pel robatori del portàtil i el Pol també està incòmode perquè li va robar la Play.
El Merlí fa fora de classe el Joan i el Gerard perquè van fumats. A la nit, els dos nois surten junts i la nit acaba malament. La Gina retreu al Merlí l'actitud que ha tingut sempre amb els seus alumnes.
El Merlí se sent cada cop més lluny dels alumnes quan li boicotegen un examen. El Gerard no vol tornar a l'institut i el Merlí vol ajudar-lo encara que la Gina no ho permeti. La Tània vol parlar seriosament amb el Pol sobre la seva relació.
El Merlí rep la visita del pare del Joan, que li demana ajuda per aconseguir que el noi canviï d'actitud. El Merlí té una bona idea que sorprèn tothom. Al Pol li surt feina en un supermercat.
L'institut Guimerà opta a una beca d'Ensenyament. L'Eugeni vol que el Merlí no conegui el tribunal de valoració, però ell es rebel·la. L'Oksana necessita que algú cuidi el seu fill mentre és a classe.
El Joan s'adona que el seu pare està a punt de morir. El Merlí l'anima a fer-li companyia, però el Joan no sap com acostar-s'hi. El Gerard ha de prendre una decisió sobre el seu futur.
Comença la campanya de donació de sang a l'institut. Una guerra dialèctica s'estableix entre el Merlí i el Pol pel treball de recerca de Hegel. L'Ivan està convençut que té mala sort a la vida, però s'adonarà que les coses poden canviar.
El Pol i la Tània decideixen finalment no fer pública la seva relació. Torna una antiga professora a l'institut i els alumnes han de decidir amb quins professors aniran de colònies.
Al penúltim capítol de la tercera temporada els peripatètics se'n van de convivències al Montseny, i el Merlí es consolida com el professor preferit dels alumnes. La Mònica fa un acostament al Gerard, i el Gabi es fa molt amic de la Quima.
El Merlí arriba a classe i no hi ha ningú: els peripatètics li han preparat una sorpresa. La relació entre la Gina i el Merlí ja està recuperada del tot. Tothom viu amb una barreja d'alegria i tristesa els últims dies del curs.
