最新のネットワークが発達した都市「Den City」。そこでは、「SOLテクノロジー社」が管理するＶＲ空間「LINK VRAINS」で、人びとが日夜デュエルをしていた。 主人公・藤木遊作は、すぐれた観察眼を持ったクールな高校生。「LINK VRAINS」の崩壊をたくらむ「ハノイの騎士」を倒すため、自身のアバターである「Playmaker」に変身して人知れずデュエルを繰り広げていた。 そんな時、遊作と同じ目的を持つハッカー、草薙翔一によって「SOLテクノロジー社」が謎の生命体を必死に探しているとの情報が入る。それを「ハノイの騎士」も追っている事に気付いた遊作は、ネットワーク上に罠を張り、捕獲(ほかく)作戦を計画するのだが…。
ハッカー集団「ハノイの騎士」が追い求める謎の生命体を手に入れた遊作は、「ハノイの騎士」を倒す為、「Playmaker」としてＶＲ空間「LINK VRAINS」にログイン。謎の生命体を人質にデュエルを申し込む。 「遊作のデッキじゃ勝てない」。そう計算した謎の生命体は、「LINK VRAINS」に大量のデータによる「Data Storm」を発生させる。そこで行われるデュエルは、「Playmaker」でさえも体験したことのない未知のデュエル、「スピードデュエル」だった。「スピードデュエル」に遊作が慣れないうちに、切り札「クラッキング・ドラゴン」を召喚する「ハノイの騎士」。絶体絶命の遊作は…。
謎の生命体に秘められた情報の調査を開始する遊作。一方で「ハノイの騎士」とのデュエルがネットワーク上で目撃され、「Playmaker」は「LINK VRAINS」を救った英雄として大きな話題になっていた。 謎の生命体が「Playmaker」のもとにあることを知った「SOLテクノロジー社」は、それを奪い返す計画を立てる。「SOLテクノロジー社」のセキュリティ部長、財前は、「Playmaker」を倒すため、「LINK VRAINS」でも人気の高いカリスマデュエリスト、Go鬼塚に接触するのだった。
ＶＲ空間「LINK VRAINS」に突然現れた「ハノイの騎士」。しかしその正体は、「Playmaker」を狙うカリスマデュエリスト、Go鬼塚だった。 彼は児童養護施設で育った過去を持ち、その恩返しと施設の子供たちの笑顔を見る為に、デュエルで賞金を稼いでいた。しかし「LINK VRAINS」のニューヒーロー「Playmaker」の登場で、子供たちの目には「Playmaker」しか映らなくなっていったのだ。 「Playmaker」を倒し、再び子供たちの心をつかむ為、Go鬼塚が「Playmaker」にデュエルを挑む！
まるでプロレスの様にあえてピンチを演出し、デュエルをエンターテインメントとして魅せるGo鬼塚。冷静な自分のプレイスタイルとの違いを知りつつも、「Playmaker」はGo鬼塚のデュエルに興味を持ち始める自分に気づく。 Go鬼塚のデュエルを受け入れるかのように、大ダメージを受けながらエースモンスター「デコード・トーカー」を召喚する「Playmaker」。そしてついに、両者のエースモンスターが激突する！
「LINK VRAINS」ではカリスマデュエリスト、ブルーエンジェルとして活躍する財前葵。彼女は兄である財前晃に認められるため、「LINK VRAINS」の人々の前で「Playmaker」にデュエルを申し込む。しかし「Playmaker」からの返答はなく、彼女の前に現れたのは、ファンに成りすました「ハノイの騎士」のメンバー、スペクターだった！
ブルーエンジェルの背後に「ハノイの騎士」の気配を感じた遊作は、その真意を探るためにデュエルを受ける。効果ダメージを使いこなすブルーエンジェルの戦術にじりじりと追い詰めれられる「Playmaker」。兄の財前晃に認められたいという強い決意が、ブルーエンジェルのデュエルを後戻りのできないものにしていた…。
「ハノイの騎士」が仕掛けたプログラムの影響を受け、昏睡状態となった財前葵。ハノイとの争いに巻き込んでしまったことに責任を感じる遊作は、草薙たちと原因について調べ始める。しかしその時、街のモニターに昏睡状態のはずのブルーエンジェルが映し出され、「Playmaker」へ再戦を申し込むのだった。
葵を蝕(むしば)むウイルスを除去するプログラムと、「イグニス」と呼ばれるAi(アイ)を懸けた「Playmaker」とリボルバーのデュエル。リボルバーが呼び出した「クラッキング・ドラゴン」を、これまでのデュエルで手に入れたリンクモンスターで早々に撃破する「Playmaker」。一進一退のデュエルが続くかに思われたその時、リボルバーが衝撃のスキルを発動する！
強力なスキルを発動し、圧倒的な力を手にしたリボルバーの猛攻を前に防戦一方のPlaymaker。起死回生の「Storm Access(ストームアクセス)」で逆転のカードを手に入れたかに思われたその時、リボルバーの取った作戦により２人のデュエルは「Data Storm」の内部へと舞台を移す。
リボルバーの明かした真実に困惑するPlaymakerは、リボルバーのエースモンスター「ヴァレルロード・ドラゴン」の強烈な一撃を受けて倒れ込む。意識が遠のいていく最中、脳裏に響いた謎の声で目を覚まし、Playmakerは立ち上がる。その瞳には揺るぎない闘志が宿っていた。
「ファイアウォール・ドラゴン」を従えたPlaymakerは、最後の力を振り絞りリボルバーの「ヴァレルロード・ドラゴン」に対抗する。過去に起きた事件の復讐を誓うPlaymakerと、「イグニス」の消滅(しょうめつ)を企てるリボルバー。２つの意志と、対峙(たいじ)する２体の「ドラゴン」が今、激突する！
リボルバーとの激闘を終えた遊作は、草薙と共にイグニスについての情報を分析する。一方LINK VRAINSでは、Playmakerを目撃したという謎のデュエリスト、ゴーストガールが取材に応じていた。彼女はこれまでに起きた「ハノイの騎士」の襲撃、そしてPlaymakerの闘いについて語るのだった。
10年前の事件に興味を持ったゴーストガールは、PlaymakerにAi(アイ)を懸けたデュエルを申し込む。勝利すれば「SOLテクノロジー社」のデータバンクに侵入するためのプログラムを得られると知り、遊作はLINK VRAINSへと向かう。10年前の事件の真相を暴くべく、危険を承知で挑戦を受けた遊作に、神出鬼没(しんしゅつきぼつ)のゴーストガールが操る「オルターガイスト」デッキが襲いかかる！
変幻自在(へんげんじざい)の戦術により、先の読めないデュエルを繰り広げるゴーストガール。Playmakerもまた、ゴーストガールの動きを冷静に分析しつつ「Storm Access(ストームアクセス)」のチャンスをうかがう。裏を読みあう２人の研ぎ澄まされた心理戦、勝利するのは果たしてどちらか。
10年前の事件を探るため「SOLテクノロジー社」のマザーコンピューターへと侵入したPlaymakerは、システムの深部にあるデータバンクへ向かう。しかしPlaymakerの前にデュエルＡＩプログラムが立ちはだかる。新たな脅威を前に、Playmakerは、真実を掴めるのか。
ＡＩプログラムたちの妨害を受けるPlaymakerの元へ、ブルーエンジェルが駆けつける。彼女の活躍により窮地を脱したPlaymakerは、マザーコンピューターの深部へと急いだ。しかし、目的のデータバンクへ到着したPlaymakerの前に、ある人物が立ちはだかる…。
「SOLテクノロジー社」のデータバンクに侵入したPlaymakerを待っていたのは、財前晃。復讐に燃えるPlaymakerを制止する晃だが、その言葉は届かない。そしてPlaymakerはデュエルでの決着を晃に求める。事件の真相が隠されたデータバンクを背に、闘いの火蓋が切られた。
「ティンダングル」デッキを操り、巧みな戦術を見せる財前晃。Playmakerもまた、サイバースで対抗する。データバンク内での激しい攻防の中、10年前に起こった事件について晃が語り始める。そして、遊作の壮絶な過去が明らかに…!!
ありとあらゆる手段を使い、Playmakerを追い詰める財前晃。だがPlaymakerは最後の力を振り絞り、連続リンク召喚で逆転の一手を狙う。晃のエースモンスター「ティンダングル・アキュート・ケルベロス」とPlaymakerの「ファイアウォール・ドラゴン」が激しくぶつかり合う！
遊作は、草薙とともに「SOLテクノロジー社」のデータの解析を進める。そして２人は10年前の事件についての新たな真実を知る。一方遊作の家では、Ai(アイ)とＡＩプログラムのロボッピによる秘密の悪だくみが行われようとしていた。
「Den City」で次々と発生する謎の現象「アナザー」。それは「LINK VRAINS」からログアウトできず、現実世界で意識不明となってしまうという恐ろしいものだった。その原因を調査する遊作たちは、集めたデータから次に狙われそうな人物の特定に成功。これ以上の被害を食い止めるべく、行動を開始する。
「アナザー」事件の被害者となってしまった少年を救うため、犯人を名乗るドクター・ゲノムと対峙するGo鬼塚。少年のためにも敗北が許されないGo鬼塚は、それまでのエンターテインメントスタイルを捨て、勝利のためには手段を選ばないヒールスタイルのデュエルを見せる。
「剛鬼(ごうき)」のパワフルな攻撃を逆手に取る「地獄螺戦鬼(ヘルリックス)」の戦術を操るドクター・ゲノム。その戦術によってGo鬼塚は、絶体絶命のピンチに陥ってしまう。一方、Go鬼塚たちの闘いとは別に、「ハノイの騎士」の集団が「LINK VRAINS」へと現れ、街の人々に無差別攻撃を仕掛け始めた…。
「ハノイの騎士」とPlaymakerたちの死闘を知った葵は、ブルーエンジェルとして闘おうとする想いと、兄である晃と交わした、もう「LINK VRAINS」には入らないという約束との間で葛藤する。しかしそんな彼女のもとにエマが現れる。エマとの出会いで葵が出した答えとは!?
「トリックスター」の戦術をことごとく封じられたブルーエンジェルは、バイラが持つ「ダークマミー」の攻撃によって大ダメージを受けてしまう。後のなくなった彼女は、大きなリスクと知りながらも、残された最後のチャンスに懸けるのだった…。
現実世界にも影響を及ぼした「アナザー」事件によって人々はおびえ、「LINK VRAINS」は、いまだ厳戒態勢となっていた。そんな中、「LINK VRAINS」に人一倍の憧れを抱く島直樹は、あるきっかけによって「ハノイの騎士」に立ち向かう決意をする！
島を人質に取り、Playmakerを呼び寄せた「アナザー」事件の首謀者、ファウスト。彼は「電動蟲(モーターワーム)」と呼ばれるモンスターを操り、これまでにない奇怪な戦術でPlaymakerのリンク召喚を封じる。ファウストの巧みな罠を突破するために、Playmakerは頭上に吹きすさぶ「Data Storm(データ ストーム)」に突入。「Storm Access(ストーム アクセス)」で逆転を狙う！
「ハノイの騎士」の魔の手は「LINK VRAINS」だけにとどまらず、現実世界にまで広がった。迫りくる脅威(きょうい)に危機を感じた草薙は、「ハノイの騎士」と「ロスト事件」の関係、そして「Den City」で起こった「アナザー」事件の真相を記録に残し始める…。
遊作は、「アナザー」事件にリボルバーが姿を見せなかった事に疑問を抱いていた。その疑問を解消するべく「LINK VRAINS」に入り調査を始めた遊作は、そこで同じく調査を進めていたゴーストガールと遭遇する。そして２人は内部に異変のある場所を発見するのだが…。
「LINK VRAINS」の地下を調査するゴーストガールと、彼女の前に姿を現したリボルバーのデュエルが始まった。ゴーストガールは強力な効果を持つ「トポロジック・ボマー・ドラゴン」を退け、切り札の「オルターガイスト」をリンク召喚。リボルバーにとどめの一撃を放つが…。
「LINK VRAINS」に突然、不気味な塔が出現し、デュエリストたちを次々とデータ化する事件が発生。それを知ったPlaymakerは、ゴーストガールに託された情報を元に「LINK VRAINS」へと向かい、同じく危機を察知したGo鬼塚とブルーエンジェルに出会う。そして彼らは、情報を共有し、それぞれが別々にリボルバーを探しに行く。そして、ブルーエンジェルの行く手を阻むようにスペクターが現れるのだった…。
「トリックスター」デッキで攻めるブルーエンジェルだったが、「聖天樹(サンアバロン)」に守られたスペクターに攻撃は届かない。そこでブルーエンジェルは一撃必殺のコンボをスペクターに浴びせるのだが、彼は不敵な笑みを浮かべる…。
成長するたびにブルーエンジェルを追い詰めていく、スペクターの「聖天樹(サンアバロン)」。徐々に動きを封じられていく苦しいデュエルの中で、ブルーエンジェルはスペクターの鉄壁の布陣を攻略する奇策を思いつく。守りに徹していたブルーエンジェルが、リンク召喚した新たな「トリックスター」とは…!?
「LINK VRAINS」の崩壊を防ぐため「ハノイの塔」へと向かうPlaymakerの前にスペクターが立ちはだかった。Playmakerはサイバースたちで大ダメージを狙うが、「聖天樹(サンアバロン)」のコンボにより防がれてしまう。そしてPlaymakerは、デュエルの中でスペクターの衝撃の過去を知る…。
ありとあらゆるダメージに対してライフポイントを回復し、次々に「聖蔓(サンヴァイン)」を呼び出す「聖天樹(サンアバロン)」の凶悪コンボを前にしても攻めの手を緩めないPlaymaker。そしてついに「聖天樹(サンアバロン)」の弱点を発見し、反撃へと転じる。だがそこで、スペクターはある"切り札"をPlaymakerに突き付けた。
エースモンスターの「エクスコード・トーカー」で「聖蔓(サンヴァイン)」の猛攻に耐えるPlaymaker。彼を仕留めるべく、「聖天樹(サンアバロン)」はいよいよ最終段階へと成長。恐るべき効果を手に入れPlaymakerに襲い掛かる。絶体絶命のPlaymakerにスペクターがとどめの一撃を放つその時、Playmakerは…。
「ハノイの塔」の脅威が刻一刻と「LINK VRAINS」へと広がる最中、リボルバーはこれまでの戦いの中で、より覚悟を強くしていった。そして鴻上博士の想いを受け継ぎ作戦を遂行(すいこう)するために動き出す。
「LINK VRAINS」のあらゆるものを次々に飲み込み、完成へと近づくハノイの塔。タイムリミットが迫る中、塔を目指すGo鬼塚はリボルバーと対面する。そしてGo鬼塚は、「LINK VRAINS」の崩壊を目論み、人々を混乱の渦に巻き込むリボルバーに対しデュエルを挑むのであった。
リボルバーの戦略によって次々にモンスターを破壊されるGo鬼塚。しかし不屈の闘志で立ち上がり、絶体絶命の窮地を乗り越えて最強のエースモンスター「剛鬼ザ・ジャイアント・オーガ」を呼び出す！
完成が目前となる「ハノイの塔」を前に、ついに宿命の敵リボルバーと対面したPlaymaker。ネットワークの崩壊が迫る世界の命運、そして「ロスト事件」の真実を懸けた二人の最終決戦が今始まる…。
リボルバーが操るリンクモンスターの強襲を耐え抜いたPlaymakerは、「ハノイの塔」の中心部にうごめくモンスターの気配を感じ取る。そして内部へと突き進み、勝敗を懸けて決死のドローに挑む！
デュエルの最中、リボルバーの正体に気付いたPlaymaker。しかし、「Data Storm」内で突如発生した衝撃の影響で強制的にログアウトをさせられてしまう。「Den City」へと戻った遊作は、「ハノイの塔」の完成を止めるべく現実の世界でリボルバーがいると思われる場所へと向かう…。
イグニスに隠された真実と「ロスト事件」の真相を知ったPlaymakerは、「ハノイの塔」の完成を止めるようにリボルバーを説得する。しかし、彼の想いはリボルバーには届かない。窮地へと追い込まれたPlaymakerは、新たなエースモンスターに最後の望みを託す！
リボルバーの猛攻が続く中、幾多もの「コード・トーカー」の力を使って反撃の体制を整えたPlaymaker。しかしリボルバーは、エースモンスター「ヴァレルロード・ドラゴン」でそれを迎撃。人知を超越する「究極の布陣」を作り出し、Playmakerを絶望の淵へと追い込む。
残り僅かなライフで耐え抜くも、ついに後が無くなってしまったPlaymakerとAi(アイ)。しかし二人はまだ諦めてはいなかった。リボルバーが作り上げた完璧な戦術を乗り越えるため、Playmakerは最後のドローに全てをかける。「ハノイの塔」の完成もいよいよ目前、果たしてリボルバーとの闘いに勝利し計画を止めることができるのか!?
Playmakerの活躍で落ち着きを取り戻したものの、「ハノイの騎士」の計画により壊滅的なダメージを受けていた「LINK VRAINS」。そこでSOLテクノロジー社は、「LINK VRAINS」を再建し「新生LINK VRAINS」を公開する。生まれ変わったデュエルの世界に人々は歓声を上げ、再び活気に満ち溢れる。しかし、その「新生LINK VRAINS」では、ネットワークを救ったはずのPlaymakerに懸賞金がかけられていた…。
草薙の弟である仁(じん)を襲った謎の人物を追いかけデュエルを挑むPlaymaker。しかし、謎の人物の使う未知なるカードによって苦戦を強いられる。勝利への糸口を探るPlaymakerは、Aiから手渡された新たなカードを使い攻勢へと転じる！
仁(じん)の意識を奪ったボーマンと名乗るデュエリストの後を追うPlaymaker。しかし、新たに彼の前に現れた２人のデュエリストによって行く手を阻まれてしまう。そんな時、謎のデュエリストSoulburner(ソウルバーナー)が駆けつけ、Playmakerに代わってデュエルを引き受ける。そのSoulburner(ソウルバーナー)のデュエルディスクには、なんとイグニスが!?
遊作と同じ学校へと転校してきた穂村尊(ほむらたける)の正体は、Playmakerに手を貸したSoulburner(ソウルバーナー)だった。遊作の同級生となった彼は、自身の持つイグニスと共にサイバース世界の崩壊、そして新たなる敵の存在について遊作に語り始める。
SOLテクノロジー社のバウンティーハンターとなったGo鬼塚は、指名手配中のPlaymakerとイグニスであるAiを見つけ出しデュエルを強要する。だがそこで、Go鬼塚の前にSoulburner(ソウルバーナー)が立ちふさがりPlaymakerを守るためにデュエルを挑む。
Go鬼塚の操る「ダイナレスラー」デッキの猛攻を、「転生炎獣(サラマングレイト)」の効果で耐え抜くSoulburner(ソウルバーナー)。最強を証明するために迫るGo鬼塚に対し、負けられない理由を持つSoulburner(ソウルバーナー)がその拳に逆転の炎を宿す！
賞金首であるPlaymakerにデュエルを強制するバウンティーハンターのブラッドシェパード。彼は、Playmakerの布陣を予測し、「ドローン」デッキによる連携コンボでPlaymakerの戦略を徹底的に封じ込める。
Playmakerのデッキを調べつくしていたブラッドシェパード。彼の「ドローン」デッキを前に、Playmakerは手も足も出ない。迫りくる「ドローン」の追撃にぎりぎりまで追い込まれたPlaymakerは、ブラッドシェパードの作戦を打ち破るために、ある秘策を実行する。
風が吹き荒れる断崖を訪れたPlaymakerとSoulburner(ソウルバーナー)。不思議な力により遺跡へとたどり着いた２人は、内部の調査を開始する。そんなPlaymakerたちを遺跡の奥で出迎えたのは、意外な人物だった…。
風のイグニスからの依頼を受けたSoulburnerは、風のエリアへと侵入したブルーガールとのデュエルを開始する。「トリックスター」のダメージを受けながらも「転生炎獣(サラマングレイト)ヒートライオ」を呼び出し攻勢に出るSoulburner。しかし、ブルーガールは「ヒートライオ」の攻撃をものともせず、弱点を克服した「トリックスター」の新戦術でSoulburnerを追い詰める。
ついにボーマンの居場所を突き止めたPlaymakerは、奪われた草薙仁の意識を取り戻すためにデュエルを挑む。過去にボーマンとのデュエルに勝利していたPlaymakerは、相手の戦術を予測しながらデュエルを進めるが、以前のデュエルよりも格段に強化されたボーマンのデュエルにより、逆に追い込まれてしまう…。 そして、ボーマンが語り出す自身の過去。果たしてボーマンの正体とは…。
変貌したボーマンの猛攻により大ダメージを受けるPlaymakerだったが、勝利を掴むために闘志を燃え上がらせ、凶悪な「ハイドライブ」の布陣を突破する。だがその時、ボーマンは誰もが予想だにしなかった驚愕(きょうがく)の行動に出る…。
過去に「Den City」をパニックに陥(おとしい)れた「アナザー」事件の後、首謀者の一人として収容所に収監(しゅうかん)されていた「ハノイの三騎士」のバイラ。厳重な監視下に置かれている彼女の前に、ある男が姿を見せる…。
Playmakerの正体について調べる別所エマと財前葵は、Playmakerの親友と豪語する島直樹に目を付ける。そしてエマは、ゴーストガールへと変身し島のアバターであるブレイヴ・マックスを見つけ出し、デュエルを持ちかける。
草薙の連絡を受けて、新たに出現したゲートへと向かったPlaymakerとSoulburner。しかし、そこに仕掛けられていたブラッドシェパードの罠によって、Soulburnerは捕らわれてしまう。そしてブラッドシェパードは、Soulburnerの秘められた記憶を探り始める…。
捕らわれたSoulburnerを救出するために、Playmakerはバウンティーハンターの剣持と鎧坂に勝負を挑む。一方、Soulburnerは、ブラッドシェパードの罠により、過去の秘められた記憶を掘り起こされてしまう！弱点を見抜かれた不利な状況の中、Soulburnerとブラッドシェパードのデュエルが始まる…。
Soulburnerの記憶を探り、その弱点を見抜いたブラッドシェパードは、「ドローン」モンスターによる凶悪なコンボで圧倒的な優位を築く。絶望的な状況となり追い込まれてゆくSoulburner。彼は、弱点を克服しデュエルに勝利する事ができるのか…!?
ある日、草薙のもとへと向かおうとする遊作と尊の前に、島が現れて遊作を呼び止める。仕方なく一人で向かった尊は、草薙に遊作との出会いについて尋ねた。草薙が語ったその内容とは…。
都市伝説として記された「LINK VRAINS」に眠る謎のダンジョン。張り巡らされた数々の罠。そして、その先に待っていたものとは…。草薙から語られるPlaymakerの誕生秘話が遂に明らかに!?
ネット上に書かれた情報について調査を進めるAiは、ある時、イグニスに関する不審な書き込みを発見した。その書き込みの真偽を確認するために、「LINK VRAINS」へと向かったPlaymakerとAiを待ち受けていたのは、なんと地のイグニスだった…。
水のイグニスからサイバース世界の危機を知らされた地のイグニスは、人間という存在を見極めるため、Playmakerに勝負を挑む。強靭な「Ｇゴーレム」の攻撃を受け、窮地に立たされたPlaymakerは、僅かな可能性へと望みを託す！
デュエルディスクから突如姿を消したAi。その原因が他のイグニスにあると突き止め、Aiを捜索するために「LINK VRAINS」へと向かったPlaymakerは、光のイグニスと遭遇する。そこでPlaymakerは、光のイグニスの目的、そしてサイバース世界の崩壊に隠された真実を知る！
イグニスを殲滅するために、ウィンディたちの居場所を襲撃するリボルバー。人類とイグニスの争いを止めようとリボルバーを説得するPlaymakerだが、その言葉は届かずリボルバーはウィンディとのデュエルを開始してしまう…。
ウィンディの巧妙なデュエルに追いやられていくリボルバー。そして闘いの中で、ウィンディに秘められていた凶悪な一面が明らかとなる。イグニスの真意を知るリボルバーは、父である鴻上博士の目的を遂行するため、新たな戦術でウィンディに勝負を仕掛ける！
人類とイグニス、お互いの共存を目指すPlaymakerの想いもむなしく、リボルバーの襲撃によって対立の意思を固めた光のイグニスは、人類に対して宣戦を布告し、人々をイグニスの支配下に置くために動き出す。さらに光のイグニスと共闘するボーマンが現れ、イグニスの使命を全うするためにPlaymakerへ闘いを挑んでくる。
驚異的な進化を遂げたボーマンは、新たな「ハイドライブ」の戦術を見せる。対するPlaymakerは、これまでのボーマンとの闘いから戦術を予測し、Aiの助言を受け入れて攻め込む。研ぎ澄まされた読み合いの中、２人の闘いは激化する！
激しい攻防が続く中、ボーマンはスキル「Storm Access(ストームアクセス)」を発動し、新たな「ハイドライブ」を手にする。壊滅的なダメージを負い絶体絶命となったPlaymaker。だがその時、Aiは事前に用意していた秘策をPlaymakerに打ち明ける。Playmakerはピンチを乗り越えるために、Aiが示した希望へと手を伸ばす！
何者かによって幽閉されていたアクアを救出したアースは、アクアからサイバース世界崩壊の真相を明かされる。しかし、そこにイグニスの確保を命じられたGo鬼塚が現れ、アースとアクアへと襲い掛かる。アースはアクアを守るために、迫りくるGo鬼塚とのデュエルを始める。
アースたちのデュエルに駆け付けたPlaymakerは、これまでとは違うGo鬼塚の異変に気付く。以前にも増して強力な戦術を身に着けたGo鬼塚は、「ダイナレスラー」でアースを圧倒する。互いに一歩も譲らない勝負を見せるが、Go鬼塚は、予想だにしない驚愕(きょうがく)の戦法を見せる！
SOLテクノロジー社のやり方に疑念を抱く葵は、行方が分からないアクアを捜索する。一方、アクアの居場所をつかんだブラッドシェパードは、イグニスを抹殺するためにアクアに攻撃を仕掛ける。しかし、そんな彼の前にゴーストガールが現れ、行く手を遮った…。
アクアを守るために、ブラッドシェパードの前に立ちはだかったゴーストガール。しかし、イグニス追撃の邪魔をされたブラッドシェパードは激高し、負ければアカウントを失うデュエルを、ゴーストガールに突き付ける。一方で、アクアは自分のパートナーに関する真実を、ブルーガールに打ち明ける。
SOLテクノロジー社に隠された衝撃の計画を知ったブラッドシェパードは、財前の元を去り独自にイグニスの捜索を始める。そんなブラッドシェパードの並外れたハッキング能力に目を付けたリボルバーは、彼の元へと向かいイグニスをせん滅するために共闘を持ちかけるのだが…。
暗躍するリボルバーの行動を警戒するライトニングは、単独でイグニスを捜索するブラッドシェパードにデュエルを挑む。AIのせん滅を目指すブラッドシェパードは、これまでとは違う「ドローン」の新戦術でライトニングを圧倒する！
ライトニングの戦術を抑え込み、優勢に立つブラッドシェパードだったが、ライトニングは次々にモンスターを呼び出し、「ドローン」を迎え撃つ。やがて拮抗する２人の闘いは、誰も予測できない境地へと達する。果たしてブラッドシェパードは、人類を敵とみなしたライトニングを止めることができるのか!?
ライトニングの動向を調べていたPlaymakerたちは、SOLテクノロジー社に捕らえられていたアースの痕跡を「LINK VRAINS」内で見つける。現場へと向かったPlaymakerたちだったが、そこにはＡＩと一体化したGo鬼塚が待ち受けていた。歪(ゆが)んだ勝利への渇望(かつぼう)を燃やしPlaymakerへと襲い掛かるGo鬼塚は、驚愕(きょうがく)のモンスターをリンク召喚する…。
変わり果てたGo鬼塚の猛襲をなんとか耐えしのぐPlaymakerは、スキルを発動し逆転への道を突き進む。だが、Go鬼塚の「アンチスキル」によってスキルが無効にされてしまう。絶体絶命のピンチとなったPlaymakerに残された手段はあるのか！？
リボルバーから話したいとの連絡を受けたPlaymakerは、仲間たちを招集し指定された場所へと向かう。そこでPlaymakerたちはリボルバーから共闘を持ちかけられる。だが、ロスト事件により心に深い傷を負ったSoulburnerはリボルバーに対して反発し、遺恨を晴らすために決闘を挑む。
リボルバーから共闘を持ちかけられたPlaymakerたちだが、怒りに震え反発するSoulburnerはリボルバーとのデュエルを開始する。リボルバーへ憎しみを爆発させたソウルバーナーが「転生炎獣(サラマングレイト)」で怒涛の展開をみせる一方で、対するリボルバーは意外な行動に出る…。
「ミラーLINK VRAINS」へ突入したPlaymakerたちは、ライトニングのもとへと突き進む。その一方では、ライトニングの指示を受けたハルがブルーメイデンの前に立ちはだかり、デュエルを開始する。
次なる標的としてスペクターを選んだライトニングは、「天装騎兵(アルマートス・レギオー)」と「裁きの矢(ジャッジメントアローズ)」で作り上げたエクストラ・リンクでスペクターを追い詰める。絶望的な状況となったスペクターだったが、彼はライトニングの戦術を突破するために用意した驚愕(きょうがく)の秘策を披露する。
ライトニングの「裁きの矢」を逆手に取り、エクストラ・リンクを見事に打ち破り戦況を逆転させるスペクター。「聖天樹(サンアバロン)」で覆いつくされた戦場で、スペクターはハノイの騎士の目的であるイグニスのせん滅に向けて、ライトニングへと猛進する！
復活したウィンディは、リボルバーとの決着をつける前に、ライトニングの作戦を遂行するためSoulburnerへと襲い掛かる。人間に対する憎しみが増幅したウィンディの激しい攻撃を前に、Soulburnerはどう立ち向かうのか!?
ウィンディの「嵐闘機(ストームライダー)」が次々に襲い掛かり、絶体絶命のピンチへと追いやられるSoulburner。だが、Soulburnerの胸中の炎は消えてはいなかった。ウィンディが自身のパートナーに手をかけた理由を知り、激高するSoulburnerは不霊夢と共に意外な行動に出る…。
ブルーメイデンの前に、次世代のイグニスになることを目指すボーマンが立ちはだかる。アクアはボーマンの思想を拒絶し、ブルーメイデンは美優の意識を取り戻すために勝負を挑む。ハルを失ったにも関わらず、不気味なほど冷静なデュエルを続けるボーマンに対して、ブルーメイデンはアクアと共に臆することなく突き進む。
これまでの闘いのデータを元に、より強力な戦術を身に着けたボーマンは、進化した「ハイドライブ」でブルーメイデンをまたたくまに追い詰める。だが彼女はあきらめることなく、ボーマンの前に立ち続ける。決して折れることのない信念を胸に、ブルーメイデンが取った戦術とは…!?
突如、Playmakerの前に敵として現れたのは、皆にとって想像もし得ない人物だった。ただ一人、Playmakerその人を除いては…
Playmakerのデッキを知り尽くしている草薙翔一は、弟・仁を守るため、容赦なく攻撃を仕掛ける。一方で、相棒を相手に攻撃出来ずにいたPlaymakerのライフポイントは、残りわずかになってしまう。そんな中、突然草薙が過去に２人で交わした約束について話し出す。
草薙との闘いで意識を失ったPlaymakerを守るため、ボーマンとのデュエルを開始するSoulburner。ライトニングの非道なやり方に怒りを爆発させるSoulburnerに対し、ボーマンは不気味な笑みを浮かべながらSoulburnerに語りかける…。
人知を超える力を手にし、「運」すらも自在に操ると豪語するボーマン。一方で、Soulburnerと不霊夢は熱い絆を武器に、「転生炎獣(サラマングレイト)」でボーマンを追い詰めていく。そんな中、突然不霊夢に異変が起きる・・・
ライトニングを自分のもとに来るように仕向けたリボルバーによって、ライトニングが犯した罪とボーマンを作り出した本当の理由が明かされる。今まで冷静だったライトニングは怒りを露わにし、デュエルを挑む!!
それぞれのイグニスと人類がたどる未来に関してのシミュレーションにより、ライトニングの結果だけが人類とイグニス共に破滅の未来になるという真実を告げるリボルバー。デュエルにおいても優位に立ち、新たな「ヴァレルロード」を呼び出す。決着を付けようとしたその時、ライトニングは非道な手段に出る。
草薙仁を人質に取り、リボルバーの動揺を誘うライトニング。だが、その行為に失望したボーマンはライトニングを制止する。作戦に失敗したライトニングは、満身創痍(まんしんそうい)のリボルバーに向けて、鴻上博士にまつわる衝撃の真実を明かす…。２人の壮絶なデュエルがついに決着!!
Playmakerは仲間たちの想いを一身に背負い、イグニスを取り込んだボーマンと対峙する。だが、その一方で「LINK VRAINS」に閉じ込められたアバターが次々に倒れる謎の現象が起こり始める。すると突然、ボーマンは強大な「Data storm(データ・ストーム)」を巻き起こし、驚愕(きょうがく)のリンクモンスターを召喚する！
「LINK VRAINS」の人々の意識を利用して「Data storm(データ・ストーム)」を作り出し、強力な「ハイドライブ」モンスターを召喚するボーマンに対して、Playmakerは打開策を見出せずにいた。それを見ていたハノイの３騎士たちは、状況を打開すべく動きだす。
ボーマンが「Data storm(データ・ストーム)」を作り出すために人間の意識を利用して起動させていた「ニューロンリンク」。ハノイの３騎士や財前・ゴーストガールによる命懸けの協力によって、ついに破壊される。しかし、すぐさま「ニューロンリンク」の復元を始めるボーマンを前に、さらに絶望的な状況に陥るPlaymaker。そんな中、Aiが危険な賭けに出る!!
世界の命運をかけたボーマンとの激闘を終えたPlaymakerは、奪われた仲間たちの意識が解放されたことに安堵(あんど)する。だが、闘いによって力を使い果たしたAiや、ボーマンに取り込まれたイグニスたちが戻ることはなかった…
Playmakerたちの活躍により、平穏が訪れた「Den City」。だが、その一方でAiはロボッピと共にSOLテクノロジ－社の船へと潜入し、最高幹部であるクイーンへの接触を試みる。Aiの目的とは…。
SOLテクノロジー社の最高執行者・クイーンを襲撃したAiは、SOL社のシステム内部への侵入に必要なコードキーを奪うために財前に犯行予告する。これまで激闘を共にしたAiが人間を襲い始めた事実に、Playmakerは複雑な想いを抱く。一方で、リボルバーは対イグニス用AI「パンドール」を導入し、Aiとの決戦へと向かう。
Aiと戦う決意を固めたPlaymakerは、財前を狙うAiを捜索する。しかし、見つけたのは時間を稼ぐために作られたコピーのAiだった。ほかの仲間たちも、現れたコピーAiとの戦いを繰り広げる中、ブラッドシェパードとゴーストガールは対戦相手を探していたロボッピと遭遇し、タッグデュエルを開始する。
ゴーストガールとブラッドシェパードを相手にトリッキーな戦術で２人を追い込むロボッピ。窮地(きゅうち)に立たされたゴーストガールは、ブラッドシェパードと協力して新たな切り札を呼び出し、反撃の態勢を整える。その一方で、Go鬼塚がオリジナルのAiを発見し、デュエルを開始する。
施設の子供たちを守るために、復活したGo鬼塚は「剛鬼」による怒涛の攻撃で奮闘するも、Aiが呼び出した強力なモンスターにより一掃されてしまう。だが、不屈の闘志を燃え上がらせるGo鬼塚は、何度でも立ち上がりAiに挑み続ける。そんな姿を見たAiは、Go鬼塚に仲間を失った想いを口にする…。
自らの計画を遂行するためにPlaymakerの仲間たちを次々に襲撃するAiは、ついに財前が避難している場所を特定する。そんなAiの動きを察知したリボルバーは、財前を守るためAiの行く手にパンドールを出撃させる。
ネット空間で財前とブルーメイデンを発見したAiは、SOLテクノロジー社のシステムを掌握(しょうあく)するために、彼らへデュエルを挑む。Aiの猛攻に対して、互いを守り合いながらしのぐ財前とブルーメイデンは、それぞれの想いを一つにして反撃に出る！
財前とブルーメイデンは、お互いの戦術を駆使してAiの布陣を突破するが、Aiは新たな切り札を呼び出して再び２人を追い詰めていく。激しさを増すAiの猛撃を受けてもあきらめずに立ち向かう兄妹の強い絆は、やがて新たなエースモンスターを呼び起こす力となる！
閉鎖されていたはずの「LINK VRAINS」が突然開放され、Den Cityの人々が一斉にログインを始める。一方で、SOLテクノロジー社を乗っ取ったAiの手がかりを探すため、「LINK VRAINS」内の調査を始めたSoulburner。そして彼は、見たことのない孤島を発見し、そこに築かれた家電の国でロボッピと遭遇する。
Aiの居場所を突き止めるためにロボッピとデュエルする事となったSoulburnerは、人間と共に歩む道を探すようにロボッピを説得する。だが、不気味な笑みを浮かべるロボッピは、Aiを苦しめている原因は不霊夢(フレイム)を守れなかったSoulburnerにあると言い放つ…。
Soulburnerとのデュエルを通し、進化していくロボッピは、変幻自在(へんげんじざい)の戦術でSoulburnerを追い詰める。「機塊(きかい)」の軍勢による激しい攻撃を耐えしのぐSoulburnerも、負けじと反撃の一手に出る。互角の闘いが続く中、ロボッピにある異変が起こる。
Aiに関する情報が記されたデータを受け取ったSoulburnerの元に、リボルバーが現れる。彼は自身の手でイグニスとの因縁を終わらせるため、Aiのデータを奪おうとする。Aiの情報をかけて、これまでのデュエルでは決着を付けられなかったSoulburnerとリボルバーによる２度目の対決が始まる。
せめぎ合う２人の闘いが激化するなか、リボルバーはSoulburnerが抱える心の迷いに気付き失望する。その様子に激高したSoulburnerは、ロスト事件で受けた心の傷、不霊夢(フレイム)を失った悲しみ、全ての迷いを断ち切り右手に劫火(ごうか)を宿らせる！
Aiの居場所を知った遊作は、Den Cityの郊外にある島へと１人で向かう。そこでSOLテクノロジー社の開発する「ソルティス」を使い、自身のコピーを作り始めていたAiは、人々を襲った目的と内に秘めた想いを口にする。そして２人は世界の未来をかけた、最初で最後の闘いを始める…。
次々に繰り出される攻撃を紙一重でかわすPlaymakerは、Aiの戦術の隙を突いて攻撃を仕掛ける。しかし、Playmakerを知り尽くすAiにとって、全ての行動は想定内だった。そして、Aiはイグニスたちの想いを集約させ、究極の「サイバース」を降臨させる。
