黒崎一護（くろさき いちご）・15歳。ユーレイの見える高校生。特異な能力ゆえに心霊現象のトラブルに巻きこまれる毎日を送る一護は、最近自分の霊力がさらに強くなっていることを感じていた。ある日、街中で幽霊の女の子を襲って化け物が暴れているところに遭遇する一護。化け物の姿は一護以外見えていない。女の子をかばって逃がそうとする一護。襲いかかってくる化け物。その時、黒装束の少女が現れ、刀をかまえて化け物に立ち向かっていった。
死神化した一護がホロウを撃退した翌朝、一護の家族は昨夜の事件をまったく覚えていなかった。不思議に思いながら登校する一護は、学校で転校生としてやってきた昨夜の死神・朽木（くちき）ルキアと再会する。死神の能力の大半を一護に奪われたルキアは、自らの能力が戻るまで死神代行として戦うことを一護に迫る。しかし、ルキアの命令を拒否する一護。その頃、一護のクラスメイト・井上織姫（いのうえ おりひめ）のもとに不穏な影が忍び寄ろうとしていた。
ホロウとは尸魂界（ソウル・ソサエティ）へと導かれなかった人間の魂が墜ちたもの。ホロウに墜ちた魂は、亡くした心を埋めるために生前もっとも愛した肉親の魂を求める。織姫の兄が墜ちたホロウが狙うのは、当然妹・織姫の魂だった。急いで織姫の家を目指す一護。しかし、すでにホロウは織姫の家に現れていた。無理やり肉体から魂を抜かれてしまう織姫。一緒にいたクラスメイトのたつきも組み伏せられる。果たして一護は間に合うのか？
一護のクラスメイトのチャド（佐渡泰虎/さど やすとら）が『呪いのインコ』を学校に持ってきた。インコに霊的な気配を感じ、魂葬（こんそう）を行うことを決める一護。文句を言いながらも自ら死神の仕事をこなしはじめる一護に感心するルキア。その日の夕方、ケガをしたチャドが黒崎医院に運び込まれる。チャドの体についた傷から強烈なホロウの気配を感じる一護とルキア。チャドがホロウに狙われている？ そして翌朝、チャドの姿が病室から消えた。
『呪いのインコ』に取り憑いていたホロウ・シュリーカーと戦うルキアとチャド。力が戻っていないルキアとホロウを見ることが出来ないチャドは連携しながらなんとかホロウと互角に戦う。しかしこれまでに何人もの死神を撃退してきたシュリーカーは何重にも罠をはっていた。そのころ一護は、インコの少年の魂の凄惨な記憶にショックを受けて倒れた一護の妹・夏梨（かりん）を家に送っていてルキア達の危機に気付いていなかった。
死神としての活動に必要な物資を仕入れるため、浦原商店を訪れるルキア。店長の浦原喜助（うらはら きすけ）は飄々としてつかみどころのない人物であるが、この店には浦原が尸魂界から買いつけた不思議な品物が売られていた。ちょうどルキアが前から注文していた義魂丸（ぎこんがん）というアイテムも入荷したところだという。それは死神と化した一護が抜けた後の一護の体に仮の魂を入れて動かす為のアイテムだった。さっそく使ってみる一護だったが……。
改造魂魄（モッドソウル）に体をのっとられた一護は、ルキアと共にその行方を追う。近所の小学校に現れた改造魂魄を見つけた一護だったが、その能力で強化された足技に苦戦をしいられて取り逃がしてしまう。さらに戦闘の最中にルキアの伝令神機（でんれいしんき）にソウルソサエティからホロウ出現の連絡が入るが、電池切れで正確な位置が分からない。一方逃げだした改造魂魄は、ホロウが小学生を襲おうとしている気配に気がついていた。
6月17日は一護の母・真咲（まさき）の命日。その日は何を差し置いても墓参りに行く黒崎家。一護は死神代行も休むつもりでいたが、霊園には先回りしたルキアが待っていた。「おふくろは死んだのではなく殺された」と聞かされたルキアは、霊力の強い一護を狙ったホロウが真咲を殺したのではないかと話す。それは一護の触れられたくない傷だった。強がって走り去る一護。そこへ、現世の滞在日数を過ぎても戻らないルキアを連れ戻す為に西堂（さいどう）という死神が姿を現す。
一護達の前に姿を現したグランドフィッシャー。疑似餌を使って霊力の強い魂を持つ人間を襲い続ける最悪のホロウ。一護はその疑似餌を見て愕然とする。それは6年前、母の死の際に一護の前に現れた少女の姿をしていたのだ。「どういうことだよ……。テメエ、まさか！」怒りにまかせてグランドフィッシャーに斬りかかる一護。しかし、冷静さを欠いた攻撃は簡単にかわされて逆にピンチに陥る。さらに一護を助けようとしたルキアも吹っ飛ばされてしまう。
カリスマ霊媒師・ドン観音寺（かんおんじ）が悪霊を退治する人気テレビ番組「ぶらり霊場突撃の旅！」のロケが空座町（からくらちょう）にやってくる。しかし心霊番組が大嫌いな一護は、織姫や啓吾がどんなに騒いでも興味を示さない。ところが一心（いっしん）と遊子（ゆず）に付き合わされてロケ見物に出かけることになってしまう。周囲のバカ騒ぎにうんざりする一護は、ロケ現場でホロウに墜ちかけている地縛霊を見つける。さらに観音寺がその地縛霊に余計な刺激を与えてしまい……。
一護の仲間たちともすっかりとけこんでいるルキア。なんのかんのありながらも毎日死神の仕事を遂行する一護。今日も指令にしたがってホロウ退治に出かける2人だったが、指示のあった場所にはホロウの姿はなかった。その場にいた霊の話から確かにホロウが現れたということは確認できたのだが……。仕方なく残っていた霊の魂葬をする一護たち。その2人を物陰からじっと見つめる影があった。
死神を憎む最後の滅却師（クインシー）・石田雨竜（いしだ うりゅう）が、一護に勝負を持ちかけてくる。それは、『撒き餌を使ってホロウを街におびき寄せ、どちらがより多くのホロウを倒せるか』という最悪の方法だった。拒否する一護の意向を無視して勝負を開始する石田。空座町に次々とホロウが集まってくる。ホロウは霊力の高い人間から襲う習性がある。家族の身を案じて走り出す一護。しかし、ホロウに狙われているのは夏梨たちだけではなかった。
チャドと夏梨に続き、織姫とたつきの元へもホロウの魔の手が迫る。学校に出現したのは、種子を飛ばして人間を操り、他の人間を襲わせる卑劣なホロウだった。操られた生徒たちに囲まれる織姫とたつき。なんとか逃げ出そうとするが、ついにたつきにまでも種子が撃ち込まれてしまう。たつきは体の自由を奪われながらも必死に抗うが、業を煮やしたホロウの直接攻撃で吹き飛ばされてしまう。その瞬間、織姫の中に眠っていた何かがはじけた。
押し寄せるホロウの大群に別々に立ち向かう一護と石田。戦いの最中語られるクインシー滅亡の歴史。そして石田が死神を憎む理由。死神を見返す為に意地を張って一人で戦い続ける石田だったが、予想を越えて出現してくるホロウの群れに内心で焦りを感じ始めていた。そんな石田に対して自分の戦う理由を話し、力を合わせて戦うことを持ちかける一護。戸惑う石田。その時、巨大な力をもつ新たな敵が2人の前に出現しようとしていた。
一護の妹・遊子（ゆず）に洗濯してもらったコンは、ついでに人形用のドレスや花飾りで見事にドレスアップされてしまう。激怒するコンだったが、一護はまともに相手にしない。一護達とは数々の困難を乗り越えた本当の仲間だと思っていたのにまったく大事にされてないと感じたコンは黒崎家を飛びだす。そして本当の自分の居場所を求める旅に出かけるのだったが……。一方ルキアは、現世になじんでしまっている自分に違和感を感じ始めていた。
ルキアの前に現れた尸魂界からの使者。ホロウとの戦いの為の死神の部隊・護廷十三隊の六番隊隊長の朽木白哉（びゃくや）と副隊長の阿散井恋次（あばらい れんじ）。白哉はルキアの兄、恋次はルキアの幼なじみである。斬魄刀（ざんぱくとう）を振るい、ルキアから死神の力を奪った人間の居場所を聞き出そうとする恋次。思いもかけない人物達の登場に激しく動揺するルキア。そのころ一護はコンから、思いつめた表情のルキアが出ていったことを知らされていた。
斬魄刀の真の力を解放して一護に襲い掛かる恋次。その猛攻の前に成すすべの無い一護。しかしルキアは知っていた。一護は、目の前の敵がいかに強大でも退くことをしないということを。このままでは一護が殺される！ ルキアは恋次に飛びかかり、必死にその攻撃を妨げようとする。「逃げろ！ 一護！」叫ぶルキア。その時、崩れ落ちていた一護が自らの斬魄刀を拾い上げて立ち上がる。そして、一護の体からかつてない強大な霊圧が流れ出す。
圧倒的な白哉の攻撃に何も出来ずにルキアを尸魂界に連れ戻されてしまった一護。かけつけた浦原によってかろうじて一命を取りとめた一護は、ルキア奪還の為に尸魂界に行くことを決意する。翌日、学校に顔を出した一護は、クラスメイト達からルキアの記憶がまったく消えていることに呆然とする。しかし、思いもかけない人達がルキアの存在を憶えていた。そして、死神の力を失った一護の力を取り戻す為の浦原の特訓が始まる。
死神としての力を取り戻す最終試練「絶望の縦穴（シャタードシャフト）」。因果の鎖を断ち切られて肉体から霊体を切り離された状態の一護は、72時間以内に死神の力を取り戻さないとホロウになってしまう。浦原商店地下の特訓場に掘られた深い縦穴の底で冷たい汗を流す一護。そのころ、一護と供に尸魂界に行ってルキアを助けることを決意した織姫とチャドは、自らの力を自在に使いこなせるように夜一（よるいち）の特訓を受けていた。
尸魂界では、白哉のルキア処刑に対する対応を巡って三番隊隊長の市丸（いちまる）ギンが白哉の前に姿を現していた。そのころ、死神の力を取り戻した一護は浦原によって斬魄刀の特訓を始めていた。斬魄刀にはそれぞれに名前があり、所有者が名前を呼ぶことで秘められた力が解放される。解放されていない斬魄刀しかもたない一護は、己の内に眠る斬魄刀の力を呼び出すことを迫られる。そして、一護たちが尸魂界に出発する日を向かえる。
『穿界門（せんかいもん）』に突入した一護、石田、織姫、チャド、夜一。現世と尸魂界をつなぐ通路に生息する『拘突（こうとつ）』に飲みこまれそうになりながらもなんとか『尸魂界』に到着する。一行が最初に足を踏み入れたのは、『流魂街（るこんがい）』と呼ばれるこの世界に導かれた魂が最初に住まう場所。人影のない流魂街の向こう、死神が住む『瀞霊廷（せいれいてい）』目指して走る一護。その時、空から巨大な壁が降ってきて一護の行く手をふさぐ。さらに、門を守る死神が姿を現す。
開かれた『白道門（はくとうもん）』の前に立ちはだかる護廷十三隊の三番隊隊長・市丸ギン。隊長という存在を知らない一護は、いきなりギンに斬りかかる。驚愕する夜一を横に平然としている一護。一方ギンは、一護の名を聞くといきなり斬魄刀を解放して攻撃してきた。かろうじて斬月（ざんげつ）で防御する一護だったが、結局、門は閉ざされてしまう。途方にくれる一護達。その時、隠れていた流魂街の住民が一護達の前に姿を現す。
イノシシに乗った男達に襲撃を受けた一護達。そのリーダーの志波ガンジュと名乗る男と殴り合いをする一護だが、決着がつかないまま突然鳴り響いた目覚まし時計に勝負を中断される。現れた時と同様にあっという間に去って行くイノシシ軍団。ボーゼンとする一護達。翌朝、瀞霊廷に入る方法を知る『志波空鶴（しば くうかく）』という人物を探しに旅立つ準備をする一行。しかし一護は、昨夜のガンジュとの決着をつけるために長老の家に留まると言い張る。
ガンジュのアドバイスでなんとか砲弾の形成の為の霊力のコントロールに成功する一護。突入のメドが立ったことで瀞霊廷内での心得を話そうとする夜一。しかし砲弾形成の練習で力を使い果たした一護はその場で気絶するように眠ってしまう。寝ている一護の側で必死に砲弾をコントロールする口上を練習するガンジュ。瀞霊廷突入にはガンジュも同行するという。出発直前、ガンジュは自分が何故死神が嫌いなのか、その理由を話しだす。
霊力の砲弾と化し、瀞霊廷に突っ込む一護達。しかし、一護が霊力のコントロールに失敗した為、瀞霊廷の上空を覆う霊力を遮断する遮魂膜（しゃこんまく）に引っかかってしまう。必死に霊力を集中して無理やり突入しようとする一護達。その瞬間、砲弾が爆発。一護達はバラバラになって瀞霊廷に落ちていく。石田と織姫、チャド、夜一、そして、一護とガンジュ。なんとか無事に着地した一護とガンジュの前に、斑目一角（まだらめ いっかく）と綾瀬川弓親（あやせがわ ゆみちか）という二人組の死神が現れる。
四組に分散して瀞霊廷に落下した一護達。一緒に落ちた一護とガンジュは、偶然その場所でさぼっていた十一番隊第三席の斑目一角・第五席の綾瀬川弓親とそれぞれに戦闘を開始する。一角と死闘を繰り広げる一護。押され気味の一護だったが、次第に一角の動きをとらえて反撃に打って出る。ついに一角の鬼灯丸（ほおずきまる）をかわして必殺の一撃を放つ一護。一方ガンジュは、斬魄刀を開放した弓親に追い詰められていた。
瀞霊廷各所で騒ぎを起こす一護達。十一番隊第三席の一角を退けた一護は、今度は十一番隊の隊員たちに追いまわされていた。ガンジュも十一番隊第五席の弓親から必死に逃げていたが、ついに追い詰められてしまう。背後に迫る弓親。前方には霊力を遮断する『殺気石（せっきせき）』で囲まれた巨大な穴。絶体絶命のガンジュ。そのころ、一緒に行動している織姫と石田のもとにも新たなる敵が近づいていた。
石田と織姫の前に現れた七番隊第四席の一貫坂慈郎坊（いっかんざか じろうぼう）。最強の飛び道具使いの証である“鎌鼬”の称号を持つ慈郎坊は、自らの斬魄刀“劈烏（つんざきがらす）”を解放して二人を攻撃してくる。宙を舞う劈烏の無数の刃が放たれる瞬間、全ての刃を石田のクインシーの矢が叩き落す。逆に追いつめられた慈郎坊は、石田の隙を突いて織姫に襲いかかろうとするが……。そのころ、やっと合流した一護とガンジュは、死神の大群に囲まれていた。
成り行きで四番隊の山田花太郎（やまだ はなたろう）と一緒に行動することになった一護とガンジュ。二人はその花太郎の案内で瀞霊廷全域に張り巡らされた地下水道を通ってルキアの捕われている懺罪宮（せんざいきゅう）を目指していた。何故敵である自分達を案内するのか花太郎に問う一護。花太郎は、ルキアの世話係として過ごした日々の事を話し始める。一方瀞霊廷では副隊長達が情報の報告会を行っていたが、一護達の侵入によるあまりの被害の多さに騒然となっていた。
ついに一護と恋次の激闘が始まった。斬月を振りかざす一護に対して、いきなり蛇尾丸（ざびまる）を解放する恋次。最初は互角に渡り合う二人だったが、次第に恋次に押され始める一護。現世では力を制限されていたという恋次の霊力は前に戦った時の五倍だという。蛇尾丸の猛攻に必死に耐える一護は、その攻撃に一定のパターンがあることに気付いた。何度目かの攻撃を受けきった一護は、その隙をついて反撃に出ようとするが……。
覚悟を決めた一護の放った一撃を受けて吹っ飛ぶ恋次。薄れゆく意識の中、遠い過去から引きずっていた悔しさが恋次の中に突き上げてくる。ルキアと過ごした少年時代。治安の悪い街で恋次達は家族のように暮らしていた。しかし霊力のない仲間達は次々と亡くなり、ルキアと恋次はこの生活から抜け出す為に死神になることを決意する。そして死神の学校である真央霊術院（しんおう れいじゅついん）に入学した二人の運命を分ける日がやってくる。
一護達が尸魂界に旅だって数日、担当死神がいなくなった空座町では奇妙な現象が多発していた。そんなある日、一護の妹の遊子と夏梨は何故か空から降ってきた一護と似た子猫と出会う。らくだのももひきの色に似ているからラクと名づけてかわいがる遊子。そんなラクを狙って次々とホロウが襲いかかってくる。一方、浦原商店ではジン太とウルルが暇をもてあましていた。
恋次と決着がついた一護は、そのまま意識を失って倒れこんでしまう。他の死神がかけつける前に一護を連れて地下水道に身を隠す花太郎とガンジュ。花太郎は四番隊の死神だけがもつ治癒能力を使って瀕死の一護の治療を始める。一方、六番隊副隊長である恋次の敗北は隊長達に衝撃を与えていた。護廷十三隊総隊長である山本元柳斎重國（やまもと げんりゅうさい しげくに）は、一護達、旅禍（りょか）との全面戦争を宣言。瀞霊廷に戦時特令が発令された。
無残な姿で発見された藍染（あいぜん）。驚愕する副隊長の雛森桃（ひなもり もも）。その時、ニヤついた笑みを浮かべた三番隊隊長の市丸ギンが姿を現す。十番隊隊長の日番谷（ひつがや）に『三番隊には気をつけろ』と言われていた雛森は、市丸の姿を見て逆上。市丸に襲い掛かる。そこに割って入る三番隊副隊長の吉良（きら）。雛森と吉良。副隊長同士が互いに斬魄刀を解放して対峙する異常事態。そして二人の斬魄刀が交差したその時……。
暴走の末に十番隊隊長の日番谷に捕らえられた雛森は、五番隊の牢に入れられていた。その雛森の所に、死んだ藍染からの手紙を届けに十番隊副隊長の松本乱菊（まつもと らんぎく）が現れる。手紙には、藍染がつきとめた尸魂界を巡る恐ろしい陰謀の全てが書かれていた。一方一護達は、十一番隊隊長・更木剣八（ざらき けんぱち）と遭遇。その凄まじい霊圧に圧倒される一護たち。一護はガンジュと花太郎を先に逃がし、単身剣八に戦いを挑む。
突入の際に一人になっていたチャドは、そのまま誰とも合流せずにルキアの捕われている懺罪宮を目指していた。八番隊の管轄する場所に入りこんだチャドは、八番隊第三席の円乗寺辰房（えんじょうじ たつふさ）と遭遇する。が、一撃で退ける。チャドの戦いの様子を詰所の窓から見ていた八番隊隊長の京楽春水（きょうらく しゅんすい）は、おもむろにチャドの前に姿を現す。身構えるチャド。しかし春水は戦う様子を見せず、チャドに「退いてくれ」と言う。
十一番隊隊長・更木剣八（ざらき けんぱち）の前に為す術の無い一護。斬魄刀の攻撃は確かに当たっているはずなのに、剣八の体はまったく斬れていない。あせる一護。その時、一護はチャドの霊圧が消えたことに気付く。愕然とする一護。一方倒れたチャドの前に立つ八番隊隊長の京楽春水と副隊長の伊勢七緒（いせ ななお）の下には『藍染死す』の報がもたらされていた。『面倒なことになってきたねえ』と空を見上げる春水。
斬月を折られ、さらに剣八の斬魂刀に貫かれた一護。薄れ行く意識の中、必死に勝ちたいと願う一護の前に斬月のおっさんが現れる。一護の戦う意思を確認した斬月は、一護を精神世界に連れて行く。そこに待っていたのは白い死覇装（しはくしょう）を着た一護だった。そしてその手には一護の斬魂刀である斬月が。「もう一度私を手にしたくば、自分の手で奪い取ってみよ。敵はお前自身だ。」一護の斬月を取り戻す戦いが始まる。
一護と剣八の激突は終わった。倒れこむ一護。斬魂刀を折られた剣八。流魂街にいた頃やちると出会った日のことを思い出しながらさらに強くなることを願う剣八。その頃岩鷲（ガンジュ）と花太郎はルキアが閉じ込められている牢への侵入に成功。しかし、ルキアの顔を認めた瞬間に岩鷲の顔色が一変した。なんとルキアこそがガンジュの兄・海燕（かいえん）を殺した死神だというのだ。その時、二人の侵入を察知した白哉が現われる。
ルキアはガンジュの兄を殺した死神だった。その事実に愕然とするガンジュだったが、一護や花太郎の為に白哉に立ち向かっていく。しかし圧倒的実力差に軽くあしらわれるガンジュ。ガンジュが志波家の者であるということを知った白哉は、自らの斬魄刀・千本桜（せんぼんざくら）の力を開放する。その無慈悲な一撃に一瞬で切り刻まれるガンジュ。さらに花太郎をも攻撃しようとする白哉。その時、十三番隊隊長・浮竹十四郎（うきたけ じゅうしろう）が止めに入る。
対峙する一護と白哉の間に割り込んできた夜一。その姿に驚く浮竹、白哉、ルキア。夜一こそ百余年前に姿をくらませ、死んだと思われていた先代の隠密機動総司令官だった。夜一の助けを断り、白哉を攻撃しようとする一護。その時、夜一が突然一護に攻撃する。不意をつかれて意識を失う一護。そのまま一護ひとりを連れて逃走を計ろうとする夜一。その前に立ちはだかる白哉。互いの瞬歩（しゅんぽ）を駆使した高速の戦いが始まる。
織姫と石田は死神に変装してルキアの囚われている牢を目指していた。なんとかここまで死神たちの捜索の目をかいくぐっていた2人だったが、ついに最悪の死神に遭遇してしまう。それは十二番隊隊長及び技術開発局2代目局長・涅（くろつち）マユリ。マユリは自分の部下の命を犠牲にして2人を殺そうとしたうえ、織姫を捕らえて自分の研究材料にしようとする。織姫を逃がす為にマユリに立ち向かう石田。
マユリは石田の祖父・宗弦（そうけん）を実験材料にしてなぶり殺しにした敵だった。怒りに燃える石田は、クインシーの誇りにかけてマユリを倒そうとする。クインシー究極の最高戦闘術・『乱装天傀（らんそうてんがい）』を使い、マユリの斬魂刀によって麻痺した手足を強制的に動かして戦う石田。戦いながら祖父の事、父の事、クインシーの事を思う。そして、ある決意を秘めて宗弦から授かった手袋・散霊手套（さんれいしゅとう）を外す。
斬魄刀の力を最大限に解放する『卍解（ばんかい）』を習得する為には、斬魄刀の本体を具現化・屈服させる必要がある。しかしその為には才能ある者でも10年を超える鍛錬が必要と言われていた。夜一はその修行を3日で行うと言う。一護は夜一の用意した隠密機動の特殊霊具『転神体（てんしんたい）』を使って、斬月の本体を強制的に具現化する。その状態を維持できるのは3日間。その間に卍解を習得しなければならない。斬月相手の命がけの修行が始まる。
護廷十三隊に入隊する前、雛森・吉良・恋次は死神の学校である真央霊術院（しんおうれいじゅついん）で特進クラスの同級生として学んでいた。鬼道（きどう）に秀でている雛森。なんでもソツなくこなす吉良。剣術に抜群のセンスを見せる恋次。それぞれが立派な死神になることを夢見て訓練に明け暮れた日々を送っていた。ある日ダミー虚（ホロウ）を使った戦闘訓練が行なわれることになり、雛森たちは先輩である後の9番隊副隊長の檜佐木（ひさぎ）の先導で現世に向かう。
雛森、恋次、吉良が相次いで牢から脱走する。知らせを聞いた日番谷は雛森が藍染の敵を討つために市丸を倒しに向かうと直感する。雛森が返り討ちにされることを恐れた日番谷は、自分が先に市丸を見つけ出そうと決意して隊舎を飛び出していく。一方、一護は斬月との修行を続行していた。驚くべきスピードで成長する一護に感心する夜一。しかし、それでもまだ卍解への道は遠い。
斬魂刀に血がにじむほど握り締めて倒れこんでいる雛森。日番谷は市丸が雛森と自分をつぶし合わせようとしていると思い込む。激怒した日番谷は氷雪系最強の斬魄刀『氷輪丸（ひょうりんまる）』を抜いて市丸に挑みかかる。開放された氷輪丸のパワーは凄まじく、巻き込まれないように逃げようとした吉良も氷にのまれてしまう。ついに日番谷の一撃が市丸をとらえた瞬間、市丸の斬魂刀『神槍（しんそう）』がその力を解放する。
ルキアは十三番隊副隊長・志波海燕の夢を見る。十三番隊に入隊したルキアは、名門・朽木家の養子ということで他の隊員たちと打ち解けずにいた。そんな中海燕だけがルキアを普通に扱ってくれた。海燕の存在に心地よさを感じるルキア。ある日、海燕の妻の第三席の都（みやこ）に虚の偵察任務が下るが、偵察隊は虚に襲われて都を除き全滅する。一命を取り留めた都だけが陣に運び込まれる。その夜、十三番隊の隊員たちが何者かに襲われる。
遊子の元に身を寄せていたコンは大ピンチを迎えていた。遊子にさんざんな目に合わされていたコンは、なんとか遊子の元から逃亡することに成功する。そして偶然出会ったドン観音寺の勧誘でカラクラスーパーヒーローズの一員・カラクラキングとなる。そこに通りかかる遊子。正体がバレるかと思いきや、遊子はコンだとまったく気づかない。そのままジン太・ウルルも合流してカラクラスーパーヒーローズを再結成する。
ルキア処刑当日、護廷十三隊の死神たちの多くは今回の処刑に違和感を感じていたが自らの役目を果たすために処刑場に向かう。一方、剣八の手引きで織姫、チャド、石田、岩鷲は牢からの脱走に成功する。一行は一護と合流を目指して走り回るが、七番隊隊長の狛村（こまむら）と九番隊隊長の東仙（とうせん）らが行く手を阻む。その頃、修行を終えた恋次も処刑場に向けて出発しようとしていた。しかし一護はいまだに卍解に至っていなかった。
地下の修行場では一護の卍解を身につけるための特訓が続いていた。その頃、ルキアの処刑を阻止しようと懺罪宮（せんざいきゅう）に向かった恋次は、立ちはだかる護廷隊の隊員達を次々となぎ払いながら処刑の地を目指していた。その恋次の前に現れた強大な霊圧。それは朽木白哉のものだった。いきなり斬魂刀を抜く白哉は、ルキア救出の為には超えなければならない大きな壁だった。覚悟を決めた恋次は卍解を開放する。
処刑の地に護送されるルキアの前に姿を表した市丸ギン。ギンはルキアに「この場から助けてやろうか？」と言うが、それはルキアを動揺させるための言葉でしかなかった。ギンの嘘に死刑に挑む覚悟を揺るがされるルキア。一方、剣八は東仙・狛村の2人を相手に鬼神のごとき戦いを繰り広げていた。剣八の猛攻に押される東仙は、その挑発に乗って斬魂刀を開放する。東仙の卍解空間に一瞬で包み込まれてしまう剣八。
ついにルキアの処刑が始まった。護廷十三隊の隊長・副隊長たちが見守る中、双キョク（そうきょく）が開放される。双キョクの磔架に体を固定されるルキア。双キョクの矛である「燬コウ王（きこうおう）」が真の姿を現わす。覚悟を決めたルキアはこれまでのことを思い出す。恋次との幼き日、朽木家に来た日の事、海燕との出会い、そして一護と供に戦った日々。ルキアの頬を涙が伝う。そして、開放された「燬コウ王」がルキアを貫くために突進してくる。
再び刃を交える一護と白哉。一護は、なぜ自分の妹を処刑しようとするのかを白哉に問う。しかし心の内を答えようとしない白哉。一方、護廷十三隊を裏切った形になった浮竹と春水は、一番隊隊長・山本元柳斎重國と対峙していた。炎熱系最強の斬魂刀である「流刀若火（りゅうじんじゃっか）」を抜いて二人に迫る元柳斎。さらに、一護に加勢するために双キョクの丘に駆けつけた夜一が、二番隊隊長の砕蜂（ソイフォン）に攻撃をしかける。
元柳斎と対峙する浮竹と春水は、尸魂界にただ2つの二刀一対の斬魄刀『双魚理（そうぎょのことわり）』と『花天狂骨（かてんきょうこつ）』の力を解放する。2人は元柳斎が創設した死神の学校である真央霊術院の卒業生から誕生した初めての隊長だった。かつての弟子相手でも容赦のない元柳斎。そのころ夜一は、二番隊隊長で隠密機動総司令官である砕蜂と激闘を繰り広げていた。夜一は先代の隠密機動総司令官であったが、かつての部下であった砕蜂に苦戦する。
夜一の放った『瞬閧（しゅんこう）』の攻撃に圧倒される砕蜂。まだ夜一が刑軍の統括軍団長だった頃、代々刑軍に入隊するものを輩出してきた下級貴族の出身の砕蜂は、当時の夜一に大きな憧れを抱いていた。直属の護衛軍に入り、夜一のためにすべてを捧げていた砕蜂の思いが語られる。その頃、双極の丘では一護と白哉の激闘が続いていた。白哉に対して「卍解を出して攻撃してこい」と挑発する一護。しかし、白哉は始解（しかい）状態のまま攻撃してくる。
千本桜を斬月の放つ技『月牙天衝（げつがてんしょう）』で叩き落した一護は、卍解して戦えと白哉に迫る。白哉はついに卍解『千本桜景厳（かげよし）』を出して一護を攻撃してくる。斬月で必死に迎撃する一護だったが、最後は千本桜の刃を全身にうけてしまう。血まみれになりながら立ち上がる一護。その一護の体を強大な霊圧が覆っていく。始解状態では卍解した白哉に勝てないと判断した一護が、ついに斬月の卍解を開放する。
一護の卍解『天鎖（てんさ）斬月』の攻撃に押される白哉。一護の力を認めた白哉は、防御を捨てた千本桜の真の姿『殲景（せんけい）』を発動して一護に挑む。尸魂界を揺るがす程の霊圧を放ちながらぶつかり合う一護と白哉。しばらくは互角に闘っていた一護だが、次第に白哉のスピードについていけなくなる。それはこれまでに蓄積したダメージで一護自身のスピードが落ちてきたからだった。絶体絶命に追い込まれる一護。その時……。
中央四十六室は尸魂界の最高司法機関である。その四十六室の地下議事堂へ踏み込んだ日番谷と乱菊が見たのは、皆殺しにされた四十六室の惨状。しかも全滅してからかなりの日数が経過していた。今まで四十六室から発せられていた命令は、すべてニセ物だったのだ。愕然とする日番谷たち。そこへ突然吉良が姿を見せる。日番谷たちは吉良の後を追う。人気の無くなった議事堂に新たな人影が現れる。それは……。
四十六室で雛森と日番谷を倒した藍染は、ギン・東仙と供にルキアの処刑場へ向かう。そこには東仙によって恋次とルキアも強制移動させられていた。朽木ルキアを置いてさがれ、と恋次に迫る藍染。死んだはずの藍染の登場に驚愕する恋次とルキア。一方四番隊副隊長の勇音（いさね）は、縛道（ばくどう）の七十七「天挺空羅（てんていくうら）」を使って藍染が生きていたことと中央四十六室を全滅させて自らが成り代わっていたことなどを他の死神達に伝える。
突然現れた狛村が、不意をついて藍染を攻撃する。しかしその一撃をあっさりかわした藍染は、逆に狛村を返り討ちにしてしまう。一護、恋次、狛村の順に、その場に駆けつけた者達を全員退けた藍染はルキアに手を伸ばす。藍染の真の目的はルキアだった。藍染は、姿を隠していた間に浦原によってルキアの体の中に埋められた死神と虚の境目を無くす物質・『崩玉（ほうぎょく）』を手に入れるために浦原の研究を調べていたという。
藍染達が去った尸魂界は、ひとまずの平穏を取り戻した。狛村と檜佐木は東仙の友の墓に参り、乱菊は消えたギンのことを思い、日番谷は藍染に刺された傷の癒えない雛森のところに顔を出していた。藍染の反乱は、ソウルソサエティに深刻な傷を残していた。一方、傷の癒えた一護は、十一番隊の隊舎で騒ぎを起こして街に逃げ出していた。その一護の元に、織姫がルキアの姿が消えた事を伝えにくる。
ソウルソサエティから戻ってきた一護達は、ルキアがいないことをのぞいて出発前の生活に戻っていた。2学期の初日、突然学校に70年代ファッションに身を包んだ恋次が現れる。いまだ混乱している尸魂界だったが、とりあえずホロウ退治の為に恋次を空座町（からくらちょう）の担当として派遣してきたらしい。仕方なく恋次と協力してホロウ退治をすることになる一護。その頃、夜一が空座町に漂う妙な気配に眉をひそめていた。
織姫が消えた翌日学校に集まって情報を整理している一護達。学校ではクラスメイト達から織姫の記憶が消えていた。事態は深刻さを増していたが何の手がかりもない。もう一度現場を調べることにした一同は織姫の部屋に侵入して室内で何かが焦げたような丸い跡をみつけた。その時、恋次の伝令神機に何者かから通信が入る。「お姉ちゃん、預かっているの。お兄ちゃん達が勝ったら返してあげる」それが死のゲームの始まりの合図だった。
織姫に続きチャドまでもがさらわれてしまった。浦原商店に戻って浦原に事情を説明する一護達。その時、またもやりりんから連絡が入る。「みんなを返して欲しかったら空座博物館に来て」と言うりりん。一護、恋次、石田、コンの4人は罠と知りつつ博物館に向かう。博物館の中は不思議な迷宮になっていた。りりんは迷宮をクリアすればチャド達を返すと言う。しかし、りりん達の挑発に冷静さを欠く一護達は迷宮の罠にはまっていく。
迷宮を突破した一護達のもとにチャドと織姫が帰ってくる。だがゲームはまだ終わってはいなかった。迷宮の中で一護、恋次、石田、チャド、織姫の5人の中の1人が蔵人（クロウド）の変身した偽者と入れ替わっているというのだ。時間内に本物を見つけないと一護の学校の生徒をどんどん消していくと脅すりりん。あせって偽者探しをする一護達だったが、誰が偽者かまったくわからない。しかし時間だけが過ぎていき、ついに最初の犠牲者が出る。
偽者探しでチャドに化けていた蔵人の正体を見破った一護。これでゲームは五分に戻ったというりりん達だったが、本物のチャドはまだ解放されていない。一護達はチャドを取り戻すために次のゲームに挑む。それは空座町に出現した巨大な門を30分以内に破壊すること。門は周囲の物を次々と吸い込んでいく。その巨大な吸引力に苦戦する一護達。そのころ、別の場所で調査をしていた夜一と砕蜂が何者かの霊子の残滓（ざんし）を発見していた。
尸魂界と浦原達が追っていたのはバウントと呼ばれる特殊な一族の不穏な動きだった。バウントとはクインシーのような特殊な能力を持つ人間で、死んだ人間の魂を吸収して自らの糧とすることで永遠に生きる一族だった。そのバウントが生きている人間を襲い始めているらしい。浦原は霊力の強い一護達が狙われるかもしれないと警告する。用心の為にバウントを探知する能力を持つりりん達が一護達の家に来る事になる。
バウント・相馬芳野（そうま よしの）の操るドール・ゲーテの攻撃でピンチに陥った一護とりりんを助けたのは、再び現世にやってきたルキアだった。しかしルキアは急に現世行きを命じられたために完全には死神の力が戻ってはいないという。一護はルキアと協力して反撃を開始しようとするが、その時、もう一人のバウント・宇田川稜（うだがわ りょう）が戦いに乱入する。宇田川は自らのドール・フリードを使ってゲーテを捕らえると、芳野をつれてそのまま姿を消す。
一護達は、再び現れた宇田川が人間を襲っている現場に駆けつけた。一護、ルキア、織姫、チャド、石田に囲まれながらも余裕の宇田川。宇田川は自らのドール・フリードの能力で数の不利を補う。フリードはひも状のものをヘビのように操って攻撃することが出来るのだ。正面からの攻撃をことごとくかわされる一護達。そしてついに石田がフリードの攻撃で捕まってしまう。その時、石田がクインシーであると気付いた宇田川の顔色が変わる。
バウントの攻撃で負傷した石田は、空座総合病院に入院することになった。敵の狙いがクインシーであることを知った一護達は、石田を守るために病院に留まる。何事もなく時間が過ぎていくかと思われたその時、石田の病室の水道から勢い良く水が流れ出す。水のドール・ギュンターとグールを操る双子のバウント・鵬（ほう）と磐（ばん）が襲ってきたのだ。ギュンターとグールの攻撃から必死に逃げる一護達。しかし、2人の猛攻に次第に追い詰められていく。
一護達は病院を襲撃してきた双子のバウント・磐と鵬から必死に逃げる。やっとのことで病院から脱出したが、外は雨だった。水のあるところならどこにでも現れるドール・ギュンターとグールの猛攻にピンチに陥る一護達。かろうじてチャド、織姫、石田を逃がすことには成功するが、一護、恋次、ルキアは水で出来たギュンターとグールの体内に取り込まれてしまう。その頃、バウントのリーダー・狩矢（かりや）の屋敷には続々とバウントが集まりだしていた。
鵬と磐の襲撃で傷ついた石田は、意識を亡くして倒れていたところを芳野に保護されていた。何故自分を助けたのかを芳野に問う石田。芳野は、自らが歩んできた過去を語りだす。それは普通の人間とは違う能力を持つバウントが受けた迫害の歴史だった。その頃、尸魂界には、剣八が隊長に就任した時に十一番隊を脱退してどこかに姿を消した死神・一之瀬（いちのせ）がバウント事件に関係しているという情報が伝えられていた。
芳野の隠れ家でバウントの歴史を聞いていた石田。そこに、バウント・古賀（こが）が襲撃してくる。鉄のドール・ダルクを操る古賀と戦う石田と芳野。しかし、芳野のゲーテの炎の攻撃は鉄で出来たダルクにはまったく効かなかった。ダルクの強力な一撃が芳野に迫ったその時、石田が芳野をかばう。バウントが滅ぶ寸前の少数の種族であるということを知った石田は、その状況をクインシーの現状と重ねて考えていた。その頃、一護達は石田の行方を追って町を走り回っていた。
バウントの屋敷に侵入した一護、ルキア、りりん、之芭（ノバ）、蔵人の5人は、屋敷の大広間で狩矢とその仲間のバウント達と初めて顔を合わせる。狩矢の不気味な迫力に気圧される一護とルキア。一護は、ルキア達を広間から逃がす為に一人残ってバウントに戦いを挑む。一方、広間から脱出したルキア達は、石田を救出する為に屋敷の奥に向かっていた。しかし、ルキア達の前に元十一番隊の死神・一之瀬真樹（まき）が立ちはだかる。
狩矢を裏切った宇田川は、元十一番隊の死神・一之瀬真樹の手で葬られた。一之瀬は、そのまま斬魂刀を解放して一護に戦いを挑んでくる。一進一退の攻防が続くが、始解した虹霞（にじがすみ）の特殊能力の前に次第に一護が押され始める。その時、２人の戦いを見物していた狩矢が急に戦いを止める。一護に興味を覚えた狩矢が一之瀬に代わって一護と戦うというのだ。その狩矢の背を見ながら、一之瀬は狩矢と出会ったときのことを思い出す。
夜一の奇襲で狩矢の屋敷から命からがら逃げ出した一護達。重症の石田と芳野は浦原商店で治療を受ける。夜一は、尸魂界からバウントとクインシーに関する新しい情報を持ってきていた。それは、過去に繰り広げられたバウントとクインシーの戦いの歴史の記録だった。夜一達がバウントに対する対策を話しあう中、一護の様子が何かおかしい。一護は、狩矢の圧倒的なパワーの前に自信を喪失していた。
早朝、こっそりと浦原商店を抜け出した芳野は、狩矢の屋敷に向かう。狩矢の野望を知っている芳野は、命をかけて狩矢を止めるつもりだった。芳野が消えたことに気付いた石田は、りりんをつれて芳野の後を追う。一方そのことにまったく気付いていない一護達は、浦原商店でのん気に朝食をとっていた。狩矢の元にたどり着いた芳野は、傷ついた体のままゲーテを出して狩矢に挑む。
芳野の死によって生み出された狩矢の新しいドール・ビットが大量に発生してから一夜が明けた。一護達が受けたダメージは計り知れず、浦原商店に結界を張ってバウントから発見されないようにして当面やりすごすことにする浦原。しかし一護だけは狩矢達の動きを警戒するため、バウントの気配を察知できる改造魂魄のりりんたちを連れて自分の家に帰る事になった。一護の部屋に、りりん、蔵人、之芭、それにコンと４体のぬいぐるみ全てが集まる。
芳野の死から数日、狩矢が作り出した新しいドール『ビット』が人間を襲い、その魂魄を集め始める。尸魂界も密かに隠密機動を配置して現世の警備を強化しているのだが被害は収まらない。狩矢達はビットが集めてくる魂魄を自らの体内に取り込み、より強大な力を手に入れていた。一方もはや隠密機動だけでは手におえないと判断した護廷十三隊は、松本乱菊、吉良イヅル、檜々木修兵（しゅうへい）、綾瀬川弓親の四人を現世に派遣する事を決定する。
ビットの大群に襲われた恋次の霊圧が消えた。恋次の行方を追って街中を走り回る一護、ルキア、織姫、チャド。一護は、その途中でビットに襲われる啓吾を見つける。ビットを一蹴する一護だったが、啓吾は重症をおってしまう。一護は啓吾を治療するために急いでその場を離れようとするが、その行く手を古賀が阻む。その頃、織姫と合流したルキアはヨシの襲撃を受けていた。更に、公園にいたチャドの前には沢渡（さわたり）が現れる。
ヨシの猛攻に苦戦するルキア達。追い込まれたルキア達は、蔵人と織姫がオトリになってルキアが強力な鬼道を放つ時間を稼ぐ作戦をたてる。一方一護は、古賀のドール『ダルク』の攻撃に大きなダメージを受けていた。倒れている一護を見て、古賀は古い記憶を思い出す。それは古賀が人里から離れて静かに暮らしていた時代。ある日、狩矢が古賀の元を訪れて一人の若いバウントを預かって欲しいと頼んできた。
瀕死の一護を助けたのは、尸魂界から派遣されてきた三番隊副隊長の吉良イヅルだった。傷ついた一護に変わってダルクと戦闘を開始するイヅル。その頃、ヨシとルキア・織姫の戦いに突然馬橋（まばし）が乱入してきていた。人間の魂魄に酔っている馬橋は、ドール『リズ』をだして味方であるヨシごと手当たり次第に攻撃を開始する。何故かリズの攻撃を恐れるヨシは、その場を馬橋に任せて退却する。
リズに操られたルキアは、馬橋の命令通り織姫に攻撃を開始する。動揺しながらも瞬盾六花（しゅんしゅんりっか）で必死に防御する織姫。馬橋は、リズの能力で眠っていたルキアの死神の力を強制的に引き出す。ルキアは死覇装姿になって斬魂刀で織姫に切りかかる。ルキア相手に本気で戦うことが出来ない織姫は次第に追い詰められていく。その頃、なんとか浦原商店に戻ってきた一護は、重症の啓吾の治療を花太郎に託していた。
バウント・沢渡と公園で対峙するチャド、之芭、ウルル。戦いが始まろうとしたその瞬間、十番隊副隊長・松本乱菊がいきなり姿を表す。一緒に現世に来た吉良達とはぐれてしまった乱菊が、偶然チャドの姿を見つけて近づいてきたのだ。まったく緊張感のない乱菊は目の前にいる老人・沢渡がバウントだと言われても信用しない。と、沢渡がドール・バウラを召還。バウラは特殊な異空間を自在に泳いで移動することができ、その間は姿が見えない。どこから襲ってくるかわからない敵に苦戦する乱菊達。
激闘の末、バウラの強大なパワーの前に敗れた之芭。ボロボロの之芭をかばいながら戦う乱菊とチャド。追い詰められバウラの空間に吸い込まれそうになったとき、之芭が最後の力を振り絞って一同を別の場所に移動させる。なんとかその場を脱出した乱菊たちだったが、このままではバウラにやられるのは時間の問題だった。その時、乱菊はバウントセンサーとしての之芭の力を使ってバウラを釣り上げる方法を思いつく。一方その頃、瀞霊廷に侵入者が入りこみ偶然通りがかった一角と戦闘になる。
戦闘を終えたルキア、チャド、織姫、之芭、蔵人が浦原商店に帰ってくる。それぞれに治療を受けながらバウントの戦闘力が劇的にあがったことを話す一同。その頃、先行して調査していた弓親は狩矢達が隠れている洞窟を発見していた。そこは昔のバウント達が隠れ住んでいた遺跡だった。合流した乱菊、吉良、檜佐木、弓親の四人は、洞窟に突入する。洞窟ではバウントの一人、宇柿（うがき）がドール・ゲゼルを使って巨大な罠を張っていた。
バウント達の隠れている洞窟に乗り込む一護、恋次、ルキア、チャド、織姫と改造魂魄のぬいぐるみ達。警戒しながら進んでいると、突然目の前にドール・ゲゼルの目が現れる。ゲゼルの目を追って奥に入る一同。そのまま広い部屋に入ると、そこには信じられないぐらい大量のゲゼルの目が待ち受けていた。いきなり乱戦になる一護達。その頃、山奥でクインシーの力を取り戻すために修行していた石田の元に、十二番隊副隊長の涅ネムが姿を表す。
ゲゼルの迷宮の最深部にたどり着いた一護と恋次の前に姿をあらわしたドール・ゲゼルの本体。斬月を構える一護。と、恋次が一歩前に出る。「ここは俺一人でやらせてくれ」という恋次。現世に来て以来一護達と連携した戦闘に慣れてしまっていた恋次は、自らの中に油断があったことを自覚していた。その結果、人間の魂魄を守りきれなかったことに自責の念を感じていた恋次は、追い込まれた状態で自らを鍛え直したいと思っていた。卍解した恋次と本体を出現させたゲゼルの死闘が始まる。
バウントの真の目的は尸魂界を壊滅させることだと言う狩矢。その言葉に驚愕する一護。バウントとは、尸魂界が魂魄実験の副産物として生み出したものだったのだ。卍解できない一護は狩矢の猛攻に追い込まれていく。月牙天衝も通用せず、ついに動けなくなる一護。狩矢は一護の手から斬月をとりあげ、その刃を一護に向ける。その頃、織姫の治療を受けていたルキア達の前に、何者かの影が近付いていた。
ソウルソサエティにやってきた狩矢達バウントは、いきなり死神達と戦闘になる。迎え撃つのは二番隊副隊長の大前田（おおまえだ）と七番隊副隊長の射場（いば）。しかし、霊子に満ち溢れた尸魂界にやってきたバウントは、まわりの霊子を吸収してパワーアップしてしまう。一瞬で副隊長二人を倒す古賀のドール・ダルク。一方、バウントを追って尸魂界にやってきた一護達は、ひとまず空鶴の屋敷を目指す。しかし屋敷は前の場所にはなかった。引っ越した空鶴邸を探すはめになる一護達。
十三番隊に復隊するために流魂街を急ぐルキアの前に現れたバウント・ヨシと戦闘になるルキア。しかし、霊力の戻っていないルキアはあっという間に追い詰められてしまう。と、そこにバウントの気配を感じたりりんが現れる。りりんは幻覚の能力を使ってルキアを援護する。りりんと連携したルキアの蒼火墜（そうかつい）がヨシに直撃し、吹っ飛ぶヨシ。しかし、ヨシは尸魂界の満ち溢れている霊子を吸収することでまたたく間に傷を癒して復活してしまう。
狩矢達によって破壊された瀞霊廷の建物を調べる日番谷たち。いつの間にか廷内に侵入を許したことに動揺する日番谷。一方、ヨシとの戦いで重傷を負ったルキアは、朽木の屋敷に運ばれて治療を受けていた。屋敷までついてきた一護は白哉に一緒にバウントと戦ってくれというが、白哉は護廷十三隊に任せておけと言って相手にしない。険悪な雰囲気になる一護と白哉。その頃、流魂街７９地区『草鹿（くさじし）』の賭場に狩矢と一之瀬が姿を表す。
草鹿の森で白哉と狩矢の戦いが始まった。白哉を挑発しながら攻撃する狩矢に対して無言で斬りかかる白哉。互角のスピードで激突する二人。ついに白哉は斬魂刀を解放するが、狩矢の見えないドールが千本桜をはじき返す。戦闘の最中、白哉は狩矢のドールの秘密に気付く。一方その頃、古賀は草鹿の賭場に流魂街のならず者達を集めていた。バウントの不死身の能力を見せ付けられたならず者達は、狩矢達に協力することに。
白哉と狩矢の戦闘の場に駆けつけた一護は、卍解して狩矢に斬りかかる。さらに白哉も卍解して狩矢を攻撃するが、二人の息が合わずに互いに邪魔しあってしまい狩矢にダメージを与える事が出来ない。こう着状態に陥る３人。と、その場に、強力な霊圧の攻撃が打ち込まれる。攻撃してきた人物は、自らを蘭島（ランタオ）と名乗った。それはバウントを作り出した張本人だった。その頃、ガンジュ達は草鹿のブルのアジトに到着していた。
バウントがならず者達を集めているという情報を得た日番谷は、乱菊と恋次を引き連れて自ら草鹿の森に乗り込んで調査を開始する。その頃瀞霊廷内では、一之瀬によって破壊された建物の修復作業が始まっていた。その作業を視察していたマユリは、何かに気がついて急いで技術開発局に戻る。一方、十一番隊隊舎では剣八とやちるが出かける準備をしていた。バウントの動きに合わせるかのように瀞霊廷内の緊張も高まってゆく。
日番谷たちがバウントたちが隠れていた場所にたどり着いた時、そこには一之瀬が一人で待ち構えていた。一之瀬は、すでに瀞霊廷に向かった狩矢たちのために一人で日番谷達を足止めするつもりだった。一護やチャドたちも合流して大人数に囲まれた一之瀬は、斬魂刀・虹霞の能力を解放して一護たちを翻弄する。その攻撃でピンチに陥る日番谷たち。その時、何者かが一同の中に割って入り、巨大な霊圧で虹霞の技を吹き飛ばす。
草鹿のならず者達を使って瀞霊門を開けることに成功した狩矢たちは、侵入の際、警備の死神を攻撃した後、ならず者達までをも倒しさらなる混乱を引き起こす。狩矢たちの後を追ってきた一護たちは、傷ついた門番たちの治療のために織姫一人を残して混乱する廷内に入っていく。瀞霊廷内では、緊急隊首会が開かれ、隊長たちが今後の対応を協議していた。一方、侵入したバウントの馬橋は、リズを使って死神たちへの攻撃を開始する。
砕蜂はリズに操られた刑軍の部下に毒を打ち込まれる。力を増しているリズは、複数の死神を同時に操る事ができるようになっていたのだ。その上砕蜂の前でリズに操られた刑軍が同士討ちを始める。毒が全身に回り始めた砕蜂はかろうじてその混乱を抜け出す。更に瀞霊廷の各所でもリズに操られた死神が仲間を襲い始め、廷内は大混乱に陥る。そんな中、リズと戦った経験のある檜佐木が狛村の七番隊と供に、事態収拾の為に動き出す。
瀞霊廷に侵入した沢渡の前に姿を現したのは、十二番隊隊長の涅マユリだった。沢渡に実験材料にならないかと提案するマユリ。マユリの申し出を拒否した沢渡は、バウラを召還してマユリに対する攻撃を開始する。マユリも斬魂刀を解放して迎え撃つが、尸魂界にきて力が増しているバウラの攻撃をまともにくらってしまい、大きなダメージを受けてしまう。激突の最中、マユリはバウラの攻撃にある法則があることに気付く。
死神とバウントの戦闘が激化する中、突然技術開発局に狩矢が現れる。警備の死神や局員たちを次々と退けた狩矢は、局の奥深くへと入っていく。技術開発局にあるオリジナルのバウントの紋章を探している狩矢は、ネムを捕まえて問い詰める。そこに一護とチャドが駆けつけ、狩矢と戦闘が始まる。一方その頃、石田が瀞霊廷内の死神たちを好き放題に蹴散らしていたヨシとの戦いにのぞんでいた。倒れた死神たちを巻き込まないためにわざとヨシを挑発して場所を変える石田。
ニーダーの攻撃で大きなダメージを受けた石田だったが、隙をついてなんとか反撃を開始する。安定しない装身具の力に苦戦する石田。対するヨシは、思う存分暴れられる尸魂界での戦いを楽しんでいた。ヨシの猛攻の中、なんとか反撃の糸口をつかもうとする石田。一方、瀞霊廷を壊滅させる力を秘めた『浄界章（じょうかいしょう）』を狩矢に奪われた死神たちは対応を協議していた。しかし、バウントとの戦闘で戦闘不能になる隊長格も数人おり、状況は芳しくない。
古賀と接触した十番隊の死神たち。日番谷は、蔵人のバウントセンサーの能力を借り、十番隊の死神を総動員して廷内を逃げ回る古賀を捕捉しようとする。日番谷と乱菊の指示の元、十番隊の隊員たちが古賀を追い詰めていくが、古賀はダルクを使って十番隊の通信網をかく乱。その隙に隊員たちを各個撃破していく。傷ついた隊員たちの姿に、日番谷は一人で古賀と対峙することを選ぶ。氷輪丸を抜く日番谷とダルクの激突が始まる。
古賀を倒した日番谷が十番隊隊舎に戻ると、そこには傷ついた石田を連れた一護たちがいた。治療のために場所を貸して欲しいという一護たち。日番谷が古賀を倒したことで残るバウントは狩矢だけとなったが、『浄界章』を手に入れた狩矢にはうかつに手が出せない。対応に苦慮する死神たち。その頃狩矢は、浄界章に力が満ちるのを待つために身を隠していた。その狩矢の前に蘭島が姿を現し、いきなり狩矢を攻撃する。戦闘の最中、蘭島の過去が語られる。
戦闘の最中、自らのドールが蘭島によって与えられたものだったことを知らされた狩矢。蘭島は浄界章の力を使ってバウントを助けたいと狩矢に提案するが、狩矢は「何を今さら…」と攻撃の手を緩めない。狩矢は、蘭島を追い詰めながら自らの苦難の過去を思い出していた。死神を信じて裏切られた仲間の姿。強大なドールの力を手に入れて変わっていった自らの思い。全てに絶望した狩矢は、尸魂界を潰すことを決意したのだった。一方その頃、石田が蘭島と狩矢が戦っている場所に向かっていた。
力尽きた石田と蘭島を救った一護は、そのまま卍解して狩矢との決戦に挑む。遅れてかけつけた日番谷たちも一護の後を追おうとするが、蘭島に止められる。蘭島は、日番谷達に瀞霊廷内には狩矢が持ち出した以外にも数多くの浄界章が存在し、狩矢の浄界章の解放に連動して全てが誘爆する危険があるという話をする。全ての浄界章を封じる為には死神を総動員する必要があると考えた日番谷は、乱菊を山本総隊長の下に走らせ、自らは浮竹たちと合流する。
双殛の丘で一護と狩矢の最後の激突が始まった。狩矢の戦闘スタイルが驚異的な回復力に頼った返し技であることに気付いた一護は、天鎖斬月のスピードで反撃の隙を与えない猛攻を見せる。追い込まれた狩矢は一護の攻撃に対抗する為、ドール・メッサーの秘められた力を解放する。風を操るメッサーは、大気を摩擦させて電気を起こすことが出来るのだ。メッサーから放たれる雷に翻弄される一護。その頃、瀞霊廷中の死神が山本総隊長の指示の元に浄界章の封印作業を続けていた。
狩矢を倒して浄界章を全て封じることに成功して数日、一護達は現世へ帰るための穿界門の準備が整うまで思い思いの場所で体を休めていた。一護は恋次と供に回復の遅いルキアを見舞う為に朽木の屋敷を訪れる。元々藍染の反乱の際に霊力の大半を失っていたルキアは、回復しないままバウントの戦いに参加していた為に傷の回復に時間がかかっていた。一護たちは狩矢のこだわったバウントの歴史について話し、それぞれに自らの過去へと思いをはせていた。
バウントたちを倒して現世に戻ってきた一護は、死神代行としてホロウ退治をしながら通常の学生生活を送っていた。そんな一護のクラスに平子真子が転校してきた。平子はやたらに馴れ馴れしい態度で一護に接してくる。
メノスに襲われた石田は父・竜弦に救われた。竜弦は「クインシーの力を取り戻したければ今後死神に関わらないことを誓え」と言う。その頃、一護の体に入っていたコンは、グランドフィッシャーに追いかけられていた。
死神の姿で現れた一心は一撃でグランドフィッシャーを倒し、コンたちは一心の強さに驚く。そこに浦原が現れた。一心と浦原は、ホロウと接触した藍染が破面＝アランカルを作り出そうとしていることを察知する。
自らの中に存在するもう1人の自分の力が強大になっていることを感じている一護は、このままでは今の自分が飲み込まれてしまうことを恐れていた。その後、出現したアランカルが人間を襲い始める。
織姫のピンチに駆けつけた一護は卍解してアランカルの1人・ヤミーと激突し、そのスピードでヤミーを圧倒。追い詰められたヤミーが斬魂刀に手をかけた瞬間、一護の内にいるもう1人の一護が覚醒しようとする。
ソウル・ソサエティに残ったはずのルキアが、恋次、一角、日番谷、弓親、乱菊と共に一護の前に姿を現した。驚く一護を蹴り飛ばしたルキアは、一護を死神化させると強引にホロウが暴れている場所へと連れていく。
ホロウの世界、虚圏＝ウェコムンドに戻ったウルキオラとヤミーは、出迎えた藍染と仲間のアランカルたちに現世での戦いについて報告する。一護を倒さずに戻ってきたウルキオラは、彼の潜在能力に注目していた。
現世に現れたアランカルたちの霊圧。それは、藍染の意思とは関係なく一護たちを葬りに現れたグリムジョーたちだった。一護たちの霊圧を補足したグリムジョーは、霊圧のある人間を殺すべく空座町の各地に散っていく。
空座町に認識不能の霊生物である「欠魂（ブランク）」が大量発生するという異変が起き、死神代行・黒崎一護と護廷十三隊の死神・朽木ルキアは調査を開始する。そんな彼らの前に突然現れた死神の少女・茜雫（センナ）。所属部隊をはぐらかし、自身についても語らない茜雫に、一護は振り回される羽目に……。 同じ頃、尸魂界（ソウル・ソサエティ）でも瀞霊廷（せいれいてい）の上空に現世の景色が映し出されるという異変が発生していた。この「世界崩壊」の前触れとされる現象は、「巌龍（ガンリュウ）」を首謀者とする闇の勢力・ダークワンによるものだった。執拗に茜雫を狙うダークワン、そして近づく世界崩壊の瞬間！ 一護はさらわれた茜雫を救い出し、世界の危機を救えるのだろうか！？ ＴＶアニメ『BLEACH』の記念すべき劇場版アニメーション第１弾。
壮絶な戦闘を繰り広げる一角とエドラド。偶然その場に居合わせてしまった啓吾は、戦う気配を見せない弓親に援護しないのかと尋ねると、弓親は「強敵との戦いを楽しんでいる一角に加勢してはいけない」と言う。
ひそかに習得していた卍解「龍紋鬼灯丸」を出した一角は、斬魂刀を解放して真の力を見せたエドラドと激突する。巨大な霊圧の激突の末に2人は共に吹き飛ばされ、地面に倒れた一角は過去のある出来事を思い出す。
死神たちはアランカルたちの強さの前に苦戦を強いられていた。日番谷はシャウロンに傷を負わされ、恋次はイールフォルトに翻弄され、乱菊は地面に伏している。だが、日番谷は諦めずに攻撃を続けていた。
アランカルたちの猛攻を受けていた日番谷、恋次、乱菊にソウル・ソサエティから霊圧の限定解除の許可が下りる。護廷十三隊の隊長と副隊長たちは、現世の霊なるものに余計な影響を及ぼさないよう工夫していたのだ。
アランカルたちは死神たちとの激闘に敗れ、生き残ったグリムジョーが東仙と共にウェコムンドの藍染の宮殿、ラス・ノーチェスに戻った。出迎えた藍染はグリムジョーを許すが、東仙はグリムジョーに制裁を加える。
一護は、自身の内なるホロウを制御する方法を求めてヴァイザードの隠れ家に平子を訪ねた。力ずくでその方法を聞き出そうとする一護と平子の戦いに、ひよ里が割って入り、一護の甘さを指摘する。
内なるホロウを抑え込むため自らの内面世界に入った一護。そんな彼を出迎えたのは、白い斬月を手にしたもう1人の一護。互いに刃を交える一護ともう1人の一護は、ついに同時に卍解を発動させる。
自らの内なる世界で、白い斬月を持つもう1人の一護の猛攻を受け続ける一護。追い込まれた一護の前に、白哉、そして狩矢、さらに続いて剣八が姿を現した。剣八は戦うための本能について語り始める。
日番谷冬獅郎率いる護廷十三隊十番隊。彼らは尸魂界（ソウル・ソサエティ）の秘宝「王印（おういん）」運搬警護の任務中、謎の集団から突如襲撃を受ける。首謀者と刃を交えたものの王印を奪われた日番谷は、部下を残してなぜか隊から姿を消してしまった。 現世で日番谷逃亡の報を受けた黒崎一護と石田雨竜は、直後に傷ついた日番谷を偶然発見。黒崎家で手当を施すが、日番谷は一護に刀を向け、傷も癒えぬまま再び姿を消すのだった。一護は尸魂界から密かに日番谷を探しに来た朽木ルキアや阿散井恋次と共に、日番谷の唯一残した「クサカ」という言葉を手がかりに事件の謎を追う！ 「日番谷冬獅郎を処刑せよ！」衝撃的なキャッチフレーズで話題となった劇場版アニメーション第２弾。シリーズ屈指の人気キャラクター・日番谷冬獅郎を中心に物語が展開される。
涅（くろつち）マユリは、瀞霊廷（せいれいてい）の実験室で、とある装置の開発を行っていた。そこに前触れもなく謎の影が現れ、巨大な鎌のようなものを振り下ろす―次の瞬間マユリは暴走し、我を忘れたように操作盤を叩き始める。すると霊子の塊が溢れ出し、やがて瀞霊廷を飲み込んでいった。 この様子を遠く離れた場所で目撃していた朽木ルキアの元にも、実験室に現れた影が出現。再び鎌を振るってルキアの中にある何かを奪い、連れ去っていった……。現世で異変を感じた黒崎一護は、改造魂魄のコンと共に尸魂界（ソウル・ソサエティ）へと向かうが、壊滅した瀞霊廷で記憶を失った護廷十三隊の死神たちと対峙することに。一護はこの孤独な戦いに勝利できるのか？ テーマはシリーズ原点回帰。ルキアを中心に描かれる、劇場版第３弾。
藍染の狙いはソウル・ソサエティの王である霊王の殺害にあった。だが王宮はソウル・ソサエティでも別の空間にあり、そこへ行くには王鍵という鍵が必要だった。そして、王鍵の創生を行えば空座町が消滅するという。
冬の決戦に向けて一護たちが過酷な修行に突き進む一方、浦原に呼び出された織姫は浦原商店の地下秘密訓練場へ向かう。そこでは自分の無力さを痛感したチャドが、恋次を相手に過酷な修行を繰り広げていた。
空座町に派遣されている日番谷先遣隊は、そのまま現世に残ってアランカルとの決戦の準備を進めることになった。日番谷たちはアランカルの圧倒的な力に対抗するため特訓を開始するが、乱菊は修行に身が入らない。
乱菊は、「成体」に成り切れていない「アランカルもどき」に襲われていた魂魄の少年・翔太を助ける。日番谷はアランカルもどきの背後に藍染の存在を疑い、調査のために現場にいた翔太の魂葬を一時見送って話を聞く。
街に現れた破面もどきに最初に襲われたのは翔太の妹・唯だったと判明。その際、恐怖のあまり唯を見捨てて逃げたことが翔太の心の傷となっていたのだ。乱菊は、破面に襲われた唯がなぜ無事なのかと疑問を抱く。
破面もどきは高い霊力を持つ唯の魂魄を食らったことで強大な力を得ていた。しかもその魂魄を分身体として再生しておとりに使い、人間たちを襲っていたのだ。破面もどきは唯を使って翔太の魂魄を取り込もうとする。
一護の心配をしながら歩いていた夏梨は、持っていたサッカーボールを車道に向けて転がしてしまう。道路に転がり出るそのボールを1人の少年が止めた。彼は日番谷で、お礼を言おうとする夏梨を無視して去っていく。
空座一高の剣道部員が闇討ちに遭って負傷し、「来月の地区大会参加を辞退するしかない」と言う。だが生徒会長である圭吾の姉・みづほは、逆に「大会前に地区の強豪校と練習試合を組んで弾みをつけよう」と提案する。
元柳斎は、マユリに日番谷先遣隊の霊力の限定解除の簡略化の手続きとアランカルの早期発見の対策を命じた。そのためには現世での実地調査が必要で、技術開発局から壺府リンが案内役の花太郎と共に現世に派遣される。
ルキアも織姫もいないため退屈していたコンは乱菊を訪ね、いつもの調子でスカートの中を覗いてぶっ飛ばされる。それでも暇を持て余していた乱菊はコンを連れて出かけ、川で少女が橋から転落するところに出くわす。
虚＝ホロウの世界・ウェコムンドにある藍染の宮殿、ラス・ノーチェスに不穏な空気が漂う。破面＝アランカルの1人・パトラスが藍染に反逆し、崩玉を盗もうとしていたのだ。ウルキオラはパトラスの思惑に気づくが…。
浦原商店でパトラスと戦う恋次は居合いの剣に圧倒されていたが、卍解してパトラスを地下の特訓場へ引きずり込むことに成功。一方、日番谷たちはメニスとアルデゴルの猛攻に苦戦し、恋次を救援しにいけない。
破面との決戦まで残り数カ月。一護はヴァイザードの平子たちと特訓を続けていたが、なかなか「ホロウ化保持時間」が延びない。これまででやっと10秒の壁を越えた一護に対し、平子は残された時間の少なさを感じる。
現世に突然現れた破面たち。彼らヤミー、ルピ、グリムジョー、ワンダーワイスを迎え撃つのは、日番谷先遣隊と一護。グリムジョーと対峙した一護は一気に卍解からホロウ化し、黒い月牙天衝を放った。
空座町に現れた破面と戦う日番谷先遣隊。加勢に駆けつけた浦原は、ワンダーワイスの攻撃をかわした隙を突かれ、ヤミーの虚弾＝バラの連続攻撃を受けてしまう。一方、乱菊、一角、弓親も苦戦を強いられていた。
一護たちはかろうじてグリムジョーたちを撃退したが、戦いの陰では藍染の命を受けたウルキオラが織姫をウェコムンドへ拉致すべく動いていた。一護たちの安全と引き換えにウェコムンド行きを承諾した織姫だが…。
グリムジョーの攻撃で重傷を負ったはずの一護だが、目が覚めるとなぜか傷がきれいに治っていた。一護は、霊圧の名残から織姫が部屋に来たことを感じる。そんな時、日番谷が一護を呼びにやってきた。
藍染に拉致された織姫を救出すべくウェコムンドに乗り込む決意をした一護。浦原商店に来ると、石田とチャドが一護を待っていた。修行を終えて新たな力を得た2人は、一護と共にウェコムンドへ行くと言う。
ガルガンタを通ってウェコムンドに突入した一護、石田、チャド。そこはどこにでもある建物の普通の通路だったため、3人は本当にここはウェコムンドなのか半信半疑のなか、織姫の居場所を求めて通路を進んでいく。
22号地底路で出会ったアイスリンガーとデモウラを退けた一護たちは、崩れる地下空間から脱出してウェコムンドの地上に出た。そこは夜しかない白い砂だけが存在する世界で、藍染の宮殿、ラス・ノーチェスを見つける。
一護たちは謎の破面たちに襲われていた少女を助けるが、彼女も破面だった。その少女・ネルは、ペッシェとドンドチャッカという破面の仲間と追いかけっこをして遊んでいただけだと言い、一護らをあきれさせる。
砂漠の番人・ルヌガンガを倒して先に進む一護たちの前に、再びルヌガンガが出現。何とルヌガンガは2人いたのだ。またしてもルキアの袖白雪でルヌガンガを倒そうとするが、うっかりバワバワの背中を刺してしまう。
メノスの森に落ちた一護たちは、はぐれたルキアとホロウに連れ去られたネルたちを捜して次々と襲いかかってくるギリアンとの戦闘を続けていた。その戦いのなかで、バワバワがネルたちの居場所を察知する。
アシドとルキアは、藍染の命でメノスの森を取り仕切るアジューカスの1人・ペキュネスと激闘を続けていた。アシドとの長年の対立に終止符を打とうと全力で攻撃してくるペキュネスの前に、2人は苦戦を強いられる。
藍染の宮殿、ラス・ノーチェスにたどり着いた一護たちは、壁を破壊して宮殿内に突入。ネルたちの立場を考え、その場に3人を置いていくことにしたのだが、ネルは一護を追って宮殿に入ってきてしまった。
再会を誓い、ラス・ノーチェス内で別々の道を進む一護、石田、チャド、ルキア、恋次。どこまでも真っすぐに続く廊下を行く一護は、背後に迫る足音を感じて振り返る。それは、泣きながら一護を追ってきたネルだった。
一護とネルの行く手を阻む3桁のNoを持つ破面・ドルドーニは、別名・十刃落ちと呼ばれる元エスパーダの破面だった。その実力を侮った一護は斬魄刀を解放したドルドーニの猛攻を受け、窮地に立たされる。
一護は再び襲ってきたドルドーニを退け、そのままラス・ノーチェスの奥へと突き進む。一方、謎のアランカル部隊が敗れたドルドーニを取り囲む。それは一護を追討するために現れた葬討部隊だった。
ラス・ノーチェスの奥に出現した青空の広がる場所で第9十刃、アーロニーロ・アルルエリと遭遇したルキア。自らの宮にルキアを誘い込んだアーロニーロが自分の仮面を外すと、死んだはずの志波海燕の顔が現れた。
みんなに敬愛された海燕が、ルキアに対し「自分を見逃す代わりに仲間を差し出せなどと言うわけがない」と言った。激怒したルキアはこの海燕が偽者であると確信し、自らの技の限りを尽くして攻撃する。
石田は、十刃落ち・チルッチの変幻自在のムチ攻撃に悪戦苦闘していた。そんな石田を物陰から謎の影がこっそりと覗く。それは、ネルを追ってきたはずがなぜか石田のもとにやってきたペッシェだった。
ペッシェの意外な活躍で石田はチルッチにダメージを与えたが、結局はその怒りをあおっただけだった。斬魄刀を解放したチルッチの猛攻が始まり、追い込まれた石田はひそかに現世から持ってきた武器を取り出す。
プリバロン・エスパーダの1人・ガンテンバインの猛攻に耐えたチャドの右腕が真の姿を現す。それは、「巨人の右腕」の力だった。自らの中にある力がざわめく感覚を覚えていたチャドは、ここである答えを導き出す。
突如として現れたエスパーダの1人・ノイトラの攻撃の前に一撃でやられてしまうチャド。小さくなっていくチャドの霊圧に気づく一護、石田、恋次だったが、離れた場所にいる彼らにはなす術もない。
アーロニーロは、死んだホロウを食らってその能力と霊圧を自分のものにする能力を身につけていた。その力で、海燕と融合したまま死んだホロウの霊体を食らい、その記憶と能力を自分のものにしていたのだ。
第8十刃・ザエルアポロと遭遇した恋次は卍解して戦おうとするが、解放の途中で狒々王蛇尾丸が消滅してしまった。薄ら笑いを浮かべて「この部屋では君の卍解は使えない」と語るザエルアポロに恋次は驚く。
ラス・ノーチェスの奥で、一護とウルキオラの戦いが始まる。卍解からさらにホロウ化まで駆使して全力でウルキオラに挑む一護。その強大な力に圧倒されるウルキオラだったが、一護がホロウ化を解くと反撃に転じる。
藍染に優遇されている織姫に嫉妬し、目を盗んで危害を加えようとする女破面のロリとメノリ。気丈に振る舞おうとする織姫だったが2人の攻撃は止まらない。その時、織姫の部屋にグリムジョーがやってきた。
ザエルアポロに霊圧を解析されて攻撃技を封じられた石田と恋次は、2人で連携して戦うことを決めた。「ザエルアポロの足を20秒間止めたら何とかする」と言う石田の提案を受けた恋次が最初に突っ込むが…。
無断で織姫を連れ出して一護の治療をさせるグリムジョー。その狙いは、回復した状態の一護と戦い決着をつけることにあった。だが、一護の傷が回復する前に、事態を察知したウルキオラがやってくる。
一護とグリムジョーの激闘が始まった。剣と剣、霊圧と霊圧がぶつかりあう戦いのなか、グリムジョーが放った最強のセロ「王虚の閃光」の攻撃に巻き込まれそうになった織姫たちを守るため、一護はホロウ化する。
一護の渾身の一撃を受けたグリムジョーは、ただのアジューカスだった頃を思い出す。魂の渇きが強いホロウが同属のホロウを求め、さらにギリアンになってもその行動を繰り返し、やがてアジューカスへと進化するのだ。
元五番隊隊長・藍染惣右介の反乱以降、空席になっていた三番隊に新隊長が就任する。その名は天貝繍助。彼は長い間、遠征任務に就いていて、最近になって瀞霊廷に戻ったばかりの無名の男だった。
ある深夜。空座町に謎の穿界門が開き、謎の3人組が現世にやってきた。朝になって、登校した黒崎一護と朽木ルキアのもとに虚＝ホロウ出現の一報が入った。一護はいつものように退治に出かけようとするが…。
一護のクラスに転入してきた謎の3人は、霞大路瑠璃千代、犬龍、猿龍と名乗った。まるでお姫様のような振る舞いの瑠璃千代と、周囲を警戒する犬龍と猿龍。あからさまに怪しい3人を不審に思う一護だったが…。
一護とルキアは用心棒を引き受け、瑠璃千代の護衛に当たる。初めて現世に来た瑠璃千代は見るもの全てが珍しく、いちいち一緒に歩く一護に解説を求めてくる。そんな瑠璃千代を、ルキアは思い切って遊びに連れ出す。
天貝を新隊長に迎えた三番隊は、日々の任務にいそしんでいた。だが、天貝が受けてくるのは迷いネコ探し、呉服屋の特売の警備、他隊の隊舎の壁修理といった、およそ死神の仕事と思えないようなものばかりだった。
ある朝、突然姿を消してしまった瑠璃千代。霞大路家専用穿界門を使用した形跡を発見した犬龍は、尸魂界＝ソウル・ソサエティに戻ったと判断し、一護・ルキアと共に瑠璃千代の後を追ってソウル・ソサエティへ向かう。
現世に戻ってきた一護は浦原商店で今後の対策を練っていた。店主の浦原喜助によると、最近、店で扱う商品の原材料になるある種の霊子が不足しているという。それは自然現象として起きることではなさそうだった。
一護たちの実力を見誤って瑠璃千代暗殺に失敗した霞大路家・暗殺部隊の隊長である貫井は、刺客の部隊を編成して再び現世に向かう準備を進めていた。一方その頃、現世では犬龍たちが雲井たちの襲撃に備えていた。
獏爻刀を携えて現世にやってきた貫井半左と刺客たちは、一護たちに1対1の戦いを挑んでくる。戦いに向けて一護と貫井が移動した後、瑠璃千代の屋敷に現れたのは、不気味な獏爻刀を持つ銅虎だった。
ルキア、石田、茶渡と刺客たちの戦いは続き、銅虎は獏爻刀「烈雷」の力を体内に取り込んで攻めてくる。ルキアは全身が武器と化す銅虎の前に苦戦し、九頭竜と戦う石田は獏爻刀「白霧」の霧の空間に閉じ込められた。
貫井は獏爻刀「砕我」の弱点を利用し、一護を捕らえるためのわなとして使う。これにより一護は鏡の空間に閉じ込められてしまった。その空間は、閉じ込めた相手の記憶の中にある思い出を使って悪夢を見せるのだ。
ソウル・ソサエティでは、隊首会で天貝が「護廷十三隊全体による合同演習」を提案していた。だが、更木剣八や涅マユリら、そういうことに興味がない隊長たちによって反対されてしまい、天貝は落胆する。
貫井たちの襲撃を何とか退けた一護たちだが、石田と茶渡は獏爻刀の霊圧に体を侵され、井上織姫の双天帰盾での治療も進まないでいた。さらに、ソウル・ソサエティへ偵察に行っていた四楓院夜一からある情報が届く。
霞大路家を取り戻すためソウル・ソサエティに戻った瑠璃千代。彼女を追って穿界門をくぐった一護とルキア、犬龍、猿龍は、霞大路の屋敷で行われていた瑠璃千代と愁の祝言に乱入するが、雲井がわなを張っていた。
霞大路家の屋敷に乗り込んで瑠璃千代と愁の祝言をめちゃくちゃにし、愁を人質に取って逃走した一護とルキアは、護廷十三隊から追われる身となる。死神たちは大捜査態勢を敷くも、一護たちを発見できずにいた。
泣きながら自分の気持ちを話す愁に毒気を抜かれた天貝は、一護たちの説得を受け入れて瑠璃千代捜索に協力してくれることになった。一護は「護廷十三隊に対する裏切り行為になるのでは」と心配もするが…。
逃亡する一護を追って対立していた死神たちの混乱はひとまず収束し、とりあえず瀞霊廷は秩序を取り戻した。そんななか、霞大路家に立ち入ろうとしない元柳斎の態度を、浮竹と春水は不審に思う。
三番隊の訓練施設で、吉良と貴船の死闘が続く。圧倒的な霊力を持ちながらも、力のみを信望して認められない毎日を送っていた貴船は、自らが死神の頂点に立つため霞大路家の陰謀に加担していたのだった。
元柳斎の命令により、朽木白哉に指揮された死神たちが霞大路の屋敷に一斉に突入する。霞大路家は王族への献上品を作る特殊な貴族であり、これまでは死神たちが踏み込めない治外法権が適応されていた。
霞大路家の屋敷での護廷十三隊と霞大路家の暗殺部隊の戦いが続く。実力を超えた力を無理やり引き出す獏爻刀を使い、死神たちに挑む暗殺部隊の兵士たち。だが、限界を超えた力に肉体は耐えられず崩壊していく。
霞大路家をめぐる動乱は天貝繍助が仕掛けたものだった。天貝は元柳斎に殺された父の敵を討つべく護廷十三隊に入り、元柳斎暗殺の機会を窺っていたのだ。一番隊舎に来た一護は、元柳斎に代わって天貝に戦いを挑む。
死神の力を封じる獏爻刀と、唯一その影響を受けない卍解「雷火・業炎殻」を振るう天貝に対し、一護はホロウ化の力で対抗する。激闘のなか、天貝はホロウ化した一護の全力の月牙天衝をまともに受けてしまった。
織姫を救出するために藍染率いる破面＝アランカルたちの本拠地・虚圏＝ウェコムンドに突入した一護、ルキア、石田、茶渡、恋次。だが仲間たちは、強力な力を持つ十刃＝エスパーダの前に傷つき次々と倒れていく。
逃げだしたはずが、ザエルアポロの宮に戻ってきてしまった石田と恋次。そこへ、不敵な笑みを浮かべたエスパーダの1人・ザエルアポロが出現。この宮は、ザエルアポロの思いのままに組み替えられる構造になっていた。
岩陰に隠れていたネルを見つけたノイトラは、一護たちにネルの正体が元エスパーダのネリエルだと話す。彼女がラス・ノーチェスの奥に入りこむため一護たちをだましていると言うが、ネルを信じる一護は意に介さない。
自分自身のクローンたちとの戦いを続ける石田と恋次。クローンはどれだけ倒しても液体に戻った後、増殖して再生してしまう。増え続けるクローンたちとの不毛な戦いになるかと思われたそんな時、活路を見いだす。
ノイトラとネリエルが激戦を続けている。その力はほぼ互角で、2人はかつて同じ十刃として共に戦う仲間だった。しかし、ノイトラは女であるネリエルを嫌っており、度々決闘を挑んでいたのだが毎回完敗していた。
記憶を取り戻したネリエル。ノイトラとの戦いに身を投じているのを察したネリエルの従属官、ペッシェとドンドチャッカはその真の力を発揮する。それはずっとネリエルを守るために続けていた鍛錬の成果だった。
ネリエルとノイトラの戦いに決着がつこうとしていたその時、ネリエルが思わぬ事態に見舞われ、一護たちは再び絶体絶命の危機に陥る。そして、なす術もなく倒れた彼らの前に、護廷十三隊の隊長たちが現れる。
アーロニーロとの戦いで傷つき、意識を失っているルキアのもとへ白哉が駆けつけると、ルキアにとどめを刺そうとしている第七十刃、ゾマリ・ルルーがいた。ゾマリは、その速さを活かした技で白哉を圧倒するが…。
ゾマリの能力・愛＝アモールは、その目で見たものの支配権を奪うというものだった。その力でルキアの身体を支配し、盾にしたゾマリに怒った白哉はついに卍解。今、戦っているアーロニーロの宮をも内側から破壊する。
涅マユリに自らの能力が通用せず激高するザエルアポロを、マユリの卍解「金色疋殺地蔵」が飲み込む。その時、人質となっていた十二番隊副隊長・ネムに異変が発生。一方、剣八とノイトラの戦いも決着がつかずにいた。
捕らえたネムを媒体とし、ザエルアポロは新しく生まれ変わった。しかしネムの体内には、マユリが開発した新薬が仕込まれていた。ザエルアポロは、その恐るべき効能を身をもって体験するのだが…。
ノイトラの目を狙って剣八はその眼帯を貫くも、眼帯には恐るべき秘密が隠されていた。ノイトラは勝ち誇るが、剣八はものともせず戦いに挑む。攻撃をかわしたノイトラの動きに、斬りあう楽しみを見い出したのだ。
眼帯が外れ、霊圧が解放された剣八の実力に、ノイトラが刀剣解放をしてサンタテレサを発動。6本の腕を持つその姿に一護たちは驚き、剣八は1本ずつ腕を斬り落とすが、ノイトラの腕は斬っても新しく生えてくるのだ。
これまで戦った相手には、情けをかけることなく必ずとどめを刺してきたノイトラ。戦うこと自体がノイトラの戦いの理由だったからだ。戦い続けて強くなることで、戦いのなかで死にたいと願っていたのだ。
天貝繍助との戦いに決着がつき、ソウル・ソサエティの上級貴族・霞大路家は再び平穏な日々を取り戻していた。だが、当主となったはずの瑠璃千代がある日、従者の犬龍と喧嘩をし、1人で現世にやってくる。
瑠璃千代が犬龍と喧嘩をした理由は、霞大路家を復興させたいがための意見の対立だった。元気のない民を案じる瑠璃千代は蹴球大会を開催しようと言い、犬龍はほかの貴族や実力者との関係修復が先決だと言うが…。
110年前の尺魂界=ソウル・ソサエティ。当時の護廷十三隊は今と違う面々だった。五番隊隊長は、今は現世に暮らす仮面の軍勢・平子真子で、五番隊副隊長は藍染惣右介。2人は総隊長・山本元柳斉に呼び出される。
昇進した十二番隊隊長・曳舟に代わり、新たに浦原喜助が十二番隊隊長に就任。その頼りない風貌と態度に、当時十二番隊副隊長に就いていた猿柿ひよ里は不満を隠せず、隊にはのほほんとした空気が漂い始める。
浦原がひよ里を連れて訪れたのは、二番隊隊舎の中にある地下特別監理棟。通称・蛆虫の巣と呼ばれるここには、護廷十三隊に入隊したものの、思想や行動が危険だと判断された者たちが閉じ込められていた。
浦原喜助が十二番隊隊長に就任してから9年。流魂街では、住人たちが衣服だけ残して姿を消してしまうという変死事件が発生していた。その噂は死神たちの間にも広まり、瀞霊廷にも不穏な空気が漂い始める。
六車拳西と久南白の霊圧の反応が消え、瀞霊廷は最悪の事態と判断。ひよ里を九番隊に行かせていた浦原は、彼女がまだ戻ってこないことを案じて自分を現地に行かせてほしいと申し出るが、元柳斉は許さない。
九番隊待機陣営で平子たちが出会ったのは、奇怪な仮面を顔にかぶり変わり果てた拳西だった。平子たちは襲いかかる拳西を止めようとするが、尋常でない力を持っているため全員でも押さえ込むことができない。
平子たちの前に突然現れた藍染は、虚化に苦しめられて思うように体を動かせない平子に刃を振り下ろした。だがその時、ひよ里を心配し、ひそかに平子たちを追ってきていた浦原と鉄裁が現れ、浦原はある推理をする。
織姫を連れ戻すべくウェコムンドで激闘を続ける一護たち。しかし、そんなこととは関係なく虚は現世に現れ、浦原は多忙の様子。やがて浦原は、寝る間を惜しんで「魂葬刑事カラクライザー変身ウォッチ」を開発した。
浦原により魂葬刑事カラクライザーとなってしまったコンだが、強力な仲間がいる。ドン・観音寺扮するカラクライザー・スピリッツ、たつきのカラクライザー・ビースト、啓吾のカラクライザー・デリケートたちだ。
空座町を滅ぼすため、藍染が東仙、ギン、そして十刃=エスパーダであるスターク、バラガン、ハリベルを連れて現世に来た。十刃たちとの戦闘に向けて、元柳斎はまず流刃若火で藍染たちを炎の壁に閉じ込める。
戦いの場が重霊地である空座町になることを想定していた元柳斎は、空座町が滅ぼされないよう対策を打っていた。町の四方に柱を建て、その力により、尸魂界で作った空座町のレプリカと本物の空座町を入れ替えたのだ。
檜佐木、一角、弓親、イヅルは、バラガンが送り出したフラシオンたちと激突。弓親の前にシャルロッテ・クールホーンが現れる。美を誇示するクールホーンだが、弓親はその衝撃的な姿を見るのをかたくなに拒んだ。
茨の暗闇の中に閉じ込められた弓親は、誰にも見られないことを知ると、本来の斬魄刀の力をクールホーンに見せつけた。一方、南の柱では、解放形態「空戦鷲」となったアビラマが上空から吉良を攻撃し始める。
檜佐木とフィンドール・キャリアスも戦いを続けていた。自らの仮面を割ることで力を強くしていくフィンドールは、力を檜佐木と同じ副隊長クラスに調整して攻め込み、攻撃を受ける檜佐木は防戦一方となる。
本物の空座町と空座町のレプリカを入れ替えるために作られた4本の柱。柱を守るべく戦っていた修兵たちだが、ついにそのうちの1本が巨体を持つポウによって破壊され、本物の空座町が徐々に姿を現し始める。
四方の柱での戦いは、空座町の転送回帰を止め、柱を守り切った死神たちが勝利した。レプリカの空座町は束の間の静けさを取り戻す。責任を感じたジオとニルゲはバラガンの前にひざまずき、死神たちを始末すると言う。
ジオ、ニルゲと対峙することになった砕蜂と大前田。砕蜂はジオに余裕の態度で挑むが、ジオもまた砕蜂の攻撃をかわしていく。そして、ついにジオの攻撃が砕蜂を捕らえ、ジオは解放形態「虎牙迅風」となった。
解放したジオに砕蜂は押され、事態に気づいた大前田が救援に駆けつける。だが砕蜂は、救援は自分への侮蔑だと拒み、1人でジオに立ち向かっていく。その戦いぶりを見て焦燥感を募らせる大前田だったが...。
ハリベルの従属官、アパッチ、ミラ・ローズ、スンスンと戦う乱菊は、3人を相手に苦戦を強いられる。ハリベルと戦う日番谷は、乱菊の劣勢を霊圧で察しながらも、戦闘に集中を余儀なくされ救援には向かえない。
解放形態となったアパッチ、ミラ・ローズ、スンスン。さらに、それぞれの左腕を融合させ、奇怪な怪物・アヨンを誕生させた。乱菊はアヨンの巨大な力の前に倒れてしまい、雛森が乱菊を救出しようとするが...。
アヨンの強さにより死神たちが次々と倒されていき、ついに総隊長・山本元柳斎が立ち上がった。元柳斎はアヨンに一撃を食らわせたが、アヨンは自分の傷を見ても苦しむことなく不可解な動作をするだけだった。
空座第一高校に入学した水色は、期待にも希望にも胸を膨らませることなく、いつものように登校した。今日はクラス分けの発表の日。出会って以来絡んでくる啓吾は、クラス分けを見るや恐怖に打ち震える。
乱菊たち女性死神協会の面々は、慰安旅行と称して現世の海へやってきた。それぞれこの日のために選んだ水着に着替え、張り切る女性死神たち。そんな時、浮竹、一角、恋次ら男性死神陣も姿を現す。
現世に逃げ込んだ虚=ホロウを追って一角と弓親が派遣されてきた。滞在場所に困った一角たちは浅野家に身を寄せる。啓吾は迷惑顔だが、一角の坊主頭を気に入っている啓吾の姉・みず穂は大喜びする。
瀞霊廷でみんなが平穏な毎日を過ごしているなか、死神たちに対して緊急招集がかかった。白哉、恋次、日番谷、乱菊、雛森、吉良、一角、弓親、ルキアら死神たちはただならぬ事態に戸惑い、そこへある男が現れる。
虚退治をしていた一護は不穏な気配を察知。そこには瀕死の状態で現世に逃げ込んできたルキアがいた。さらに、穿界門からルキアを追う謎の女が出現。ルキアと同じ斬魄刀で向かってくる女に一護は驚く。
瀞霊廷に戻るルキア。その道中、再び袖白雪が現れた。襲いかかる袖白雪に「できれば戦いたくない」と語りかけるルキアだったが、袖白雪は意に介さず容赦ない攻撃を繰り出し、ルキアは戸惑いながらも応戦する。
一護の前に村正が現れた。事情を問いただす一護に対し、村正は「斬魄刀自体が持っている魂に語りかけることで、斬魄刀を死神から解放、実体化させた」と語る。そして村正は、驚いている一護に攻撃を仕掛ける。
斬魄刀たちの襲撃によって瀞霊廷は壊滅的な被害を受け、死神たちによって懸命な復旧作業が行われていた。そんななか、六番隊隊長である朽木白哉が行方不明だとわかり、恋次は白哉を探すべく動く。
村正の術によって姿を現した白一護。その存在に興味を抱いた村正は、白一護をも斬月と同じように実体化させようと目論むが、技が効かない。白一護は村正に襲いかかるが、村正はまだ全ての力を出し切っていなかった。
村正との戦闘中に始解を取り戻した一護は、改めて村正に戦いを挑むが、そこに村正側に付いた斬月が現れた。斬月は卍解し、一護に襲いかかる。一方、恋次も始解を取り戻しており、蛇尾丸を倒そうと目論むが...。
一護たちの戦闘により、自らの斬魄刀と戦って再び屈服させることで、斬魄刀を取り戻せることが判明。だが力を取り戻しても、斬魄刀は実体化したままだ。恋次は、好き勝手にやっている蛇尾丸に困り果てていた。
灰猫と飛梅は、何も言わずに去った氷輪丸を探して森の中にいた。だが氷輪丸は見つからない上、2人は全く気が合わず口喧嘩ばかりしている。そこへ、怪しげな動きをする千本桜と白哉を追っている一護が現れた。
乱菊と灰猫、雛森と飛梅の女の戦いは激しさを増すばかり。灰猫は乱菊をおばさんと罵り、飛梅は雛森に現実から目を背けてばかりだと不満を口にする。その頃、日番谷は自らの斬魄刀・氷輪丸と対峙していた。
捕らえた大前田の斬魄刀・五形頭を使った実験により、持ち主ではない者が斬魄刀を倒しても元の刀には戻らないことが判明し、マユリは対策を考え始める。一方、乱菊、雛森と合流した一護は、再び村正と戦っていた。
白哉は村正と千本桜を連れ、一護の前から消えた。白哉が村正と共に行動していたことを一護が護廷十三隊に報告すると、隊長たちや恋次、ルキアはショックを受ける。一方、白哉は村正と共に斬魄刀のアジトに来ていた。
深夜の六番隊隊舎に現れた白哉の前に恋次とルキアが立ちはだかり、護廷十三隊を裏切り村正側に付いていることを問いただそうをする。そこへ風死・鬼灯丸らが現れ、気配を感じた一護やほかの死神たちも姿を現す。
天譴、厳霊丸と戦う砕蜂は、突然現れた雀蜂によって蜂紋華を体に刻まれてしまう。弓親も瑠璃色孔雀に苦戦していた。千本桜と激戦を繰り広げる一護は、彼らの危機に気づきながらも助けにいくことができない。
斬魄刀たちに追い詰められて危機に陥る死神たち。そこに剣八が現れ、斬魄刀たちを一撃で次々と倒した。あっけにとられる死神たちだったが、弓親は自らの隊の隊長であるその姿を前に、決意を新たにする。
白哉と剣八の戦いは壮絶を極めていた。2人のもとへ行こうとする一護だったが、そこに金色疋殺地蔵が現れ、一護は猛毒に飲み込まれていく。さらには恋次、ルキア、吉良までもが猛毒に侵されてしまう。
山本総隊長が村正のアジトの内部で花天狂骨、双魚理、肉雫ヅキによって封じ込められていたことが判明。京楽、浮竹、剣八、夜一、そして一護の5人は、総隊長を救出すべく村正がアジトにしている洞窟へ侵入する。
洞窟の奥までやってきた一護の前に村正が現れ、2人は戦闘を開始。一方、灰猫・飛梅と戦う夜一は、2人の動きに違和感を覚えていた。自分を倒そうとしているのではなく、足止めをしているように感じるのだ。
村正の真の目的が空座町にあることを知って焦る一護。だが、元柳斎の流刃若火までもが実体化したため、村正のアジトからの脱出は困難だった。そんな時、けがを押して日番谷と氷輪丸がやってくる。
茶渡と雨竜は連携して徐々に村正を追い詰めていく。だが、村正と共に現世に来ていた千本桜が村正の応援に駆けつける。斬魄刀反乱の実態に驚く3人の隙を突き、村正は茶渡に精神攻撃を仕掛けてきた。
数百年前。瀞霊廷では死神による反乱が発生し、白哉の祖父・朽木銀嶺、そして朽木家に婿養子として新たに加わった朽木響河が制圧に乗り出す。響河は斬魄刀・村正の能力を使い、次々と反乱分子の死神を倒していった。
味方の死神の策にはまり、牢に入れられてしまった響河。何とか脱出に成功する響河だが、自分を裏切った死神たちを斬ってしまう。これを知った銀嶺は、響河になぜこのようなことをしたのかと厳しく問いただす。
復活した響河を止めるべく立ち上がったのは朽木白哉だった。朽木家の誇りを懸けた戦いがついに開始。響河は斬魄刀などただの道具に過ぎないとし、村正を斬り捨て、自らを封じていた巨大な槍で白哉に立ち向かう。
響河に斬り捨てられた衝撃から、村正の体に変化が生じる。これまで生きながらえるために捕食していた虚を抑え切れなくなり、暴走を始めてしまったのだ。村正は姿を変え、虚を吐きながら咆哮を上げる。
危機にある一護を何とか救出しようとする雨竜は、一護ごと村正を倒してしまおうとする砕蜂と一触即発になりながらも、村正の急所を狙おうとする。だが村正は、その攻撃すらかき消してしまうのでなす術がない。
村正の精神世界で村正と対峙する一護は、彼の見えない攻撃に徐々に押されていく。その時、一護に斬月の声が響いてきた。一護は斬月の声を頼りに村正の攻撃をかわし、ついには一撃を食らわせる。
戦いが終わったソウル・ソサエティ。朽木家では庭園で茶会が開かれ、恋次やルキアたちは平和を楽しんでいた。そんな矢先、突然邸内で悲鳴が響く。2人の異形の男が現れ、その場にいた人々を襲い始めたのだ。
朽木家に現れたのは、村正との戦いで死んでいった死神たちの斬魄刀が実体化したままの「刀獣」だと判明。持ち主をなくして暴走する斬魄刀たちに対し、ソウル・ソサエティでは直ちに討伐命令が下る。
刀獣を追って現世に来た蛇尾丸2人と恋次。だが、蛇は手分けして刀獣を探したいという名目で、猿に鎖を外してもらうよう頼む。そして案の定、刀獣は探さずカエルや食べ物を追って遊び始めてしまった。
このところ、四番隊隊舎では保管していた食べ物などが無くなるという事件が頻繁に起こり、勇音や花太郎は頭を悩ませていた。だが監視映写機の映像から、犯人は地下水路に逃げ込んでいることが判明する。
村正の洗脳が解けたため、死神と斬魄刀はお互いの絆を再確認し、つながりはより強いものになった。しかし、檜佐木と風死だけは違った。風死はほかの斬魄刀と違い単独で行動し、隙を見ては檜佐木の命を狙う。
現世の空座町では、ピンクの熊の携帯ストラップを持つ少女たちが襲われる事件が発生。同じ頃、空座第一高校に転入生がやってくる。スポーツも勉強も万能で、謎めいた雰囲気のある灰田響子という少女だった。
刀獣を追っていた灰猫は瀕死の刀獣・鳴之助と出会い、一目惚れをして鳴之助のもとへ通うようになる。乱菊に「刀獣は倒さなくてはならない」と忠告されたにもかかわらず、けがの手当てをしたり献身的に世話を焼く。
蛇尾丸たちは、ここぞという時に活躍の場を千本桜に取られたことでいら立っていた。持ち主である恋次のせいにしたところで、千本桜と比べて自分たちが劣るというのはどうしても納得がいかないのだ。
京楽からの命令で、花天狂骨の脇差と2人で刀獣退治に出ることになった七緒。だが、脇差はまるで刀獣で遊んでいるかのようにとどめを刺さない。さらに、背後から声をかけられれば誰であろうと警戒して刀を向けた。
風死と対峙した刀獣が、倒す前に突然消えてしまった。この事件によって斬魄刀たちは刀獣の不審な動きに気づく。残り少なくなった刀獣が、何とか生き残るために互いの力の奪いあいを始めたのだった。
東仙、ギン、そして藍染が、エスパーダを従えて現世に侵攻。藍染の真の目的は、空座町を消し去ることで王鍵を創生してソウル・ソサエティを攻め落とすことだった。それを予期して、死神たちも現世に陣を展開する。
第五の塔の下では茶渡と恋次が巨大な虚と対峙している。そこに砂人・バッティカロアが現れた。バッティカロアの体は砂粒でできていて、2人の攻撃ではバッティカロアにダメージを与えることができない。
一護とウルキオラの戦いを見守る織姫の前に、ロリとメノリが現れた。2人は織姫が藍染に用済みだと言われたことを知り、チャンスとばかりに織姫を倒そうとやってきたのだ。織姫は抵抗すらできず傷つけられていく。
駆けつけてきた雨竜が、織姫を襲うヤミーと対峙。驚く一護を横目に雨竜はヤミーに向かっていく。雨竜は、一護が織姫を気遣って虚化の力を出していないことに気づき、ヤミーとの戦いを早く終わらせようとする。
ウルキオラの刀剣解放「黒翼大魔」に全く歯が立たない一護。その速さと攻撃に追い詰められ、次第に傷ついていく。一護は渾身の思いで月牙天衝を撃つが、ウルキオラを傷つけることさえできなかった。
天蓋の上へたどり着いた織姫と雨竜が見たのは、ウルキオラの前に倒れた一護の姿だった。一護に駆け寄る織姫に、ウルキオラは「無駄だ」と声をかける。そこへ雨竜が攻撃を仕掛けるが、ウルキオラには全く効かない。
ルキア、恋次、茶渡は、ルドボーンと彼の作り出した兵士たちと戦っていた。だがそこへ、さらなる敵が出現。それは第五の塔から落とされたヤミーだった。以前よりも巨大化しているヤミーの姿に3人は驚く。
巨大化するヤミーに悪戦苦闘するルキア、恋次、茶渡。だがヤミーに刻まれた「10」の数字を見て、3人はこれまで自分たちが戦ったエスパーダよりは弱いと判断し、それぞれが攻撃を仕掛けようとする。
日番谷は、ハリベルの刀剣解放「皇鮫后」に対し、攻撃をかわすのが精一杯だった。ハリベルは、自らのフラシオンの敵のためにも日番谷に勝つと宣言し、「灼海流」で氷を溶かして日番谷を追い詰めていく。
日番谷とハリベルの戦いに決着がついたかに見えた頃、大前田と砕蜂はバラガンと戦っていた。だが砕蜂の攻撃がバラガンに当たろうとする寸前、砕蜂自身の体のスピードが急激に遅くなってしまう。
死神とエスパーダの戦いは緊張感を増していた。バラガンの力「死の息吹」に砕蜂と大前田は窮地に立たされ、反撃すらできない。そんな時、砕蜂は大前田にバラガンの相手を託して姿を消してしまう。
相手の出方を窺うような戦いをしていた京楽とスタークだが、日番谷と砕蜂の卍解を目にしたことでスタークは目の色を変えた。京楽も対抗し、羽織を浮竹に預けて向かいあう。一方、スタークはリリネットを呼び出す。
京楽の危機に、戦闘を見守っていた浮竹が割って入る。浮竹は、死神が使えるはずのない虚閃=セロを撃ってスタークに対抗。驚くスタークだが、すぐに新たな攻撃に出た。そんななか、突然ガルガンタが開き始める。
フーラーとワンダーワイスの登場により窮地に陥った死神たちの前に現れたのは、平子真子たちヴァイザードだった。101年前、藍染たちによる実験によって虚化させられ、現世に隠れ住んでいた平子たちが今、決起した。
檜佐木は傷を押して狛村と東仙の戦闘に割って入り、これまで隊長として尊敬していた東仙の目を覚まそうと戦いに挑む。一方、ほかの死神たちも突然現れたヴァイザードに困惑しつつ、共同戦線を張ることにする。
ハッチと砕蜂の共闘によって倒したかに見えたバラガンが、ハッチの四獣塞門をこじ開けて力を誇示しようする。バラガンには、ウェコムンドの王としての強さを見せつけなければならない理由があったのだ。
ラブとローズが猛攻撃を仕掛けてきても、スタークはなかなか本気を出そうとしない。リリネットは怒りに駆られ、スタークの了承なしで勝手に戦闘を開始。リリネットは、自らの銃で2人を攻撃する。
スタークは、自ら引き裂いた魂を無数の狼の姿に変えてラブとローズを攻撃し、とどめを刺そうとした時、影から京楽が現れた。京楽は、花天凶骨の能力「子供の遊びを現実にすること」で影鬼を使ってスタークを襲う。
まだアジューカスだったアパッチは、ほかのアジューカスに追われていたところをハリベルに助けられた。同じような境遇だったスンスン、ミラ・ローズ、ハリベルの3人と暮らすうち、アパッチはあることに気づく。
エスパーダ全員がいなくなり、ヴァイザードたちはついに藍染と対峙。過去、平子たちは、藍染の策略に巻き込まれるとは思わず楽しく暮らしていた。平和な日々を壊され、ひよ里は「許せない」と藍染に思いをぶつける。
瀕死のルキアの前に現れた一護。ヤミーと対峙する一護だったが、ルキアは一護の様子がおかしいことに気づく。一護は、ヤミーとの戦闘の中でホロウ化した時の感触が今までと全く違うことに動揺を隠せなかった。
気がつくと、一護は砂漠の真ん中にいた。不思議に思う一護のそばには、アラビアン風の姿をした雨竜、織姫、茶渡がいた。3人はウーリオ、オリー・メイ、チャイードと名乗り、「雪のクリスタル」を探していると言う。
ヤミーと対峙する剣八は巨体と鋼皮に悩まされるが、次第にヤミーを傷つけ、ついに剣八の刀がヤミーを捕らえた。一方、現世に向かう一護は、ガルガンタの中で、卯ノ花に藍染の力「完全催眠」について聞かされていた。
現世。瀕死のひよ里を抱える平子は、対峙する藍染に「許せない」と憤り、藍染の挑発を受けて戦闘態勢に入る。一方、檜佐木と狛村は、何とか東仙の目を覚まさせようと、刃を交えながらも必死の説得を試みていた。
卍解した狛村は、巨大な黒縄天譴明王の力で東仙を一気にねじ伏せようとする。だが、それまで狛村と行動を共にしていた東仙は狛村の卍解の弱点を見抜いており、狛村ではなく天譴明王を攻撃する。
刀剣解放して目が見えるようになった東仙は、狛村に猛攻を仕掛ける。対する狛村は、「目が見えるようになっても心が見えなくなっている」と言い募る。狛村は、東仙が世界を憎く思っていることを察していたのだ。
ウェコムンドから空座町に戻った一護は、藍染に斬りかかろうとするも失敗に終わる。虚化すべきだったと後悔する一護に藍染は、その考え自体が思い上がりだと言う。これを受け、一護は虚化して月牙天衝を放つが...。
藍染に対し、護廷十三隊とヴァイザードたちは総力戦に出る。だが藍染は、全員に攻撃されても余裕の笑みを崩さない。京楽、砕蜂、日番谷の3人による連携攻撃も藍染には通用しなかった。そんな時、事態が一変する。
戦いを続ける藍染の前に護廷十三隊総隊長・山本元柳斎が立ちはだかる。元柳斎は、「炎熱地獄」で自ら共々藍染を焼き尽くそうとする。だが、解放形態となったワンダーワイスによって大火が消されてしまった。
ついに一護が藍染の隙を突いて動きだした。ホロウ化して放った月牙天衝で藍染に傷を負わせることに成功したが、藍染の傷は驚くべき速さでふさがっていく。崩玉の力が藍染に働いているのだった。
藍染の言葉にショックを隠せない一護は「嘘だ」と言い募るが、藍染は「君こそが私の探求における最高の素材だ」と、これを切り捨てる。次々と明かされていく事実に、一護はあらがう言葉も失ってしまう。
一進一退の攻防のなか、ギンは一護に自分のことを覚えているかと問い、一護はギンの「心」を覚えていないと言う。刃を交えたのに何も感じなかったと言う一護を、ギンは「気味の悪い子」と評する。
ブリーチ・地獄篇公開記念第1弾。ソウル・ソサエティで瀞霊廷国際映画祭が行われることになり、七緒に呼び出された一護たちは、瀞霊廷での映画の撮影に協力することになり、「阿散井組」のメンバーとなる。
現世に来ていたルキアは、空座町担当死神・車谷を襲っていた謎の仮面の男と遭遇。戦闘態勢に入るルキアだったが、そこで仮面の男の意外な正体を知って驚く。以前ルキアと茶渡が共に退治したシュリーカーだったのだ。
生前に大罪を犯した者が送り込まれ、死神ですら関わりを禁じられている場所―地獄。そこに囚われている咎人（とがびと）たちが一護の暮らす空座町を襲撃した。咎人の圧倒的な力の前に苦戦を強いられる一護だったが、謎の咎人・黒????（コクトー）の助力もあり、窮地を脱する。 一護は襲撃時に連れ去られてしまった妹・遊子を連れ戻すため、黒????を案内人にルキア、雨竜、恋次らと共に地獄へ向かう。激しい戦いの中で、次第に明らかになる咎人たちの野望と、真実。「仲間を助ける」という新たな決意を固めたとき、一護の秘められた力が解放される！ 原作コミックの連載10周年記念作品として公開された劇場版アニメーション第４弾。原作、TVアニメでも描かれなかった「地獄」が舞台となっている。
崩玉と融合して進化を始めた藍染。その時、崩玉を研究していたもう1人の死神・浦原喜助が現れた。すでに崩玉を御していると言う藍染に、浦原は鬼道を使って攻撃して一気に叩き込むが、藍染は倒れない。
ギンとの戦いのなか、一護は卍解したギンに対してホロウ化して立ち向かうが、全てかわされてしまう。追い詰められた一護にギンは逃げるよう告げ、その言葉に一護は驚きとショックを隠せなかった。
空座町に向かった藍染を追って断界に来た一護と一心。断界は通常と時間の密度が違い、ここで2千時間過ごしても外では1時間しか時が過ぎない。そこで一心は藍染を倒すため、一護にあることを提案する。
ソウル・ソサエティでは、女性死神協会の新年会が行われていた。だが日番谷たち男性死神陣と鉢合わせ、ひょんなことから言い争いに発展し、カルタで勝負することが決定。そして、前代未聞のカルタ勝負が始まった。
フランケンシュタインの一護、サキュバスのルキア、バンパイアの雨竜、かぼちゃおばけの織姫、ミイラ男の恋次、魔女の乱菊、狼男の日番谷。古城で共に暮らす7人のモンスターたちは、欠点のある者ばかりだった。
ソウル・ソサエティ。檜佐木は、九番隊副隊長の仕事、瀞霊廷通信編集長としての仕事、さらにピクニックに行く死神たちのために弁当を作るなど、忙しい毎日を送っていた。吉良はそんな檜佐木を心配するのだが...。
たつきの前に藍染とギンが現れた。絶体絶命のピンチを救ったのは、何とドン・観音寺だった。だが、観音寺は藍染の前になす術がない。そんな時、瀕死の状態でギンを追ってきた乱菊がついに現れる。
たつきたちは、途中で目覚めた千鶴や合流した水色と共に藍染から逃げようとしていたが、藍染はすぐに居場所を突き止めて追ってきた。水色はとっさの判断で煙幕や火炎瓶を投げるが、藍染には全く効き目がない。
心の中に過去の記憶が蘇るギン。幼い頃、ギンと乱菊は身を寄せあって暮らしていた。そんなある日、ギンは思いも寄らぬものを見てしまう。それが、ギンが死神となった、そして藍染に従ってきた全ての理由だった。
激闘を続けている藍染と一護。九十番台の鬼道ですら楽々と跳ね返す一護だが、藍染はさらなる進化を遂げ、ついに一護を捕らえた。一護の脳裏に、「最後の月牙天衝」のために挑んだ天鎖斬月との戦いがよぎる。
戦いが終わった空座町、そしてソウル・ソサエティ。空座町はマユリの技術で再び現世に戻る。死神も空座町の人々も、それぞれの場所に帰還し始め、卯ノ花はヴァイザードたちの手当てをしていた。
あのカラクライザーが再び帰ってきた。いつものように、女の子にいい格好をしようとするコンことカラクライザー。そんな時、ミシェルと名乗る男が出現。強くて優しくてイケメンのミシェルにみんなが夢中になる。
ソウル・ソサエティ。仕事をサボって居眠りをしていた大前田は、自分の不注意で崖から転落してしまった。そして起き上がった時、大前田の目の前にいたのは、感激して目を輝かせる竜三郎という名の少年だった。
十一番隊隊舎にある道場で一角、恋次、そして一護が稽古をつけていた。そこに、十一番隊にはおよそ似つかわしくない穏やかな男、晴蔵が現れる。彼は霊圧も弱く、十一番隊の中で救護係のような役割に就いていた。
現世では、カラカラに干からびた死体が相次いで発見されていた。一護は虚の仕業として調査に向かうが、一護の体に入ったコンは気にせず自由気ままに過ごしていた。そんな時、コンは巨乳で美人のOLと出会う。
虚を追いかけてきたやちるは、流魂街でここの住人・繭を助け、虚を叩き斬る「正義」と名乗る死神と出会った。正義はやちるの昔からの知りあいだった。やちるは正義を「まっぴー」と呼んで再会を喜ぶ。
日番谷は珍しく休暇を取って現世にやってきた。そして夏梨たちとフットサルをしていると、日番谷がかつて現世で出会ったハルと名乗るおばあちゃんが現れる。ハルは、陽介と名乗る少年の霊を連れていた。
藍染が捕縛され、現世とソウルソサエティに平和な日々が戻ったかと思われた。だが、ソウルソサエティでは断界に行った死神たちが連絡を絶ち、行方不明になる。一方、現世ではコンが道端で1人の少女を拾う。
断界での死神たちの行方不明事件の犯人として、白哉たちに捕らえられた一護を、ルキアが救った。牢から抜け出した2人は、一度流魂街の方へ逃げて瀞霊廷の様子をうかがおうとし、そこへ恋次と一角が現れた。
技術開発局で現世に落ちてきた「望実」のデータを見た一護は、現世が危ないと悟り、すぐに現世に戻ろうとする。しかし、死神たちが一護を捕らえようとしている以上、穿界門すらうかつに通ることができない。
ソウルソサエティで一護たちを襲ったのは、「霊骸」と呼ばれている護廷十三隊の偽者たちだった。原種である本物の死神たちは次々と断界に閉じ込められ、霊骸とすり替えられていたことが判明する。
望実を見つけたコン。どこへ行こうとしているのか自分でもわからず歩みを進める望実を、コンは追いかける。一方ソウルソサエティでは、霊骸となっているマユリの提案により、黒崎一護捕縛部隊が形成されていた。
乱菊は、一護捕縛部隊として派遣されてきた霊骸のイヅルと向かいあう。しかし、霊骸のイヅルの斬魄刀「侘助」は、原種が斬りつけた物の重さを倍にすることができるのに対し、1度で10倍にまですることができた。
現世の各所に霊骸たちが出現。望実を捜している茶渡は、霊骸の恋次と戦うこととなる。霊骸の恋次は「自分の手で茶渡を倒してやる」と言い切った。霊骸といえど、以前は戦いを共にした仲間同士の対決が始まる。
霊骸に乗っ取られてしまったソウルソサエティを奪還すべく、ついに護廷十三隊の隊長たちが動きだした。浦原の協力を得て、剣八、やちる、白哉、日番谷、そして狛村がソウルソサエティに向かう。
現世での戦いを見ていた望実は、一護たちが自分を護ろうとする理由がわからずにいた。しかし、一護の「1人じゃない」という言葉、そして仲間たちの想いに、一護たちと共にいることを選択しようとする。
隊長たちの苦戦を知らされた一護は、コンや雨竜の後押しもあってついにソウルソサエティに乗り込む。そして、たどりついたその場所には影狼佐が待ち構えており、一護を「消去」しようとするのだが...。
ソウルソサエティ奪還のために護廷十三隊の隊長たちが戦うなか、一番隊隊舎では、元柳斎と、霊骸の京楽、浮竹、という2対1の攻防が展開していた。京楽たちの攻撃を受ける元柳斎は、次第に傷を負っていく。
満身創痍の日番谷と剣八が影狼佐のもとにたどりついた。影狼佐の霊圧を感じ取ることができないことに、違和感を覚えつつも日番谷らが強力な攻撃を次々と繰り出すため、影狼佐は断界を出現させて対抗する。
断界で拘突にのみ込まれた一護が現世に戻り、仲間たちは再会を喜びあう。だが、影狼佐が現れるまで拘突や拘流に襲われた者たちは、断界の中で絶命していた。浦原は、死神たちや一護が無事に生還できた理由を知る。
隊長たちとの連絡が途絶えた現世では、死神たちが情報収集を行っていた。一方、織姫と茶渡は望実に元気を出してもらおうと、望実と3人で黒崎家で夕飯を作る。一護は、頻出する虚の退治で出会った雨竜を夕飯に誘う。
自らの斬魄刀のみが、影狼佐の斬魄刀に対抗できると考えた望実は、死神たちに自分も戦いたいと言う。だが一角や七緒たちは、眠ったままの望実の力を信用できない。一護たちは、望実の斬魄刀を起こそうと立ち上がる。
霊骸の隊長たちと、死神、一護たちが激戦を繰り広げていた。始解を取り戻したばかりの望実もみんなと一緒に参戦しようとする。ところが、どこへ行っても邪魔者あつかいされて戦うことができない。
霊骸たちとの戦いに苦戦するなか、総隊長・山本元柳斎が立ち上がった。望実の力は必要ないと断言する元柳斎は、霊骸の卯ノ花、浮竹、京楽と対峙。そこへ一護と望実も現れ、それぞれ1対1の戦闘が始まる。
影狼佐の斬魄刀「來空」は、一護と元柳斎の技をのみ込んでしまう。影狼佐は、その二つのエネルギーを元柳斎にぶつけようとするが、望実が立ちはだかり、自らの斬魄刀でそのエネルギーを吸収しようとする。
影狼佐に敗れ、望実を奪われ、霊圧を失った一護。雨竜やルキアや恋次らが一護を心配するが、一護はどうにかして望実を助け出そうと考えていた。仲間たちは、何か手掛かりはないかと浦原商店で話しあうが...。
断界内でおとりとして霊骸たちを待ち構えていたルキアたちは、一護を追って現れた霊骸の日番谷たちと対峙する。一方、瀞霊廷に乗り込み、影狼佐の研究室を探す一護、浦原、コンは技術開発局に侵入した。
ソウルソサエティで倒れたと思われていた護廷十三隊の隊長や副隊長たちだったが、無事に戻ってきた。彼らは、夜一と共に志波空鶴のもとで傷を癒やしていたのだった。そして、霊骸と原種の戦いが始まる。
護廷十三隊内で危険分子と見なされた者が投獄される「蛆虫の巣」。そこにいた男・由嶌欧許こそが、影狼佐が執着していた人物だった。しかし欧許に声をかけても全く返事はなく、手詰まりかと思われたが...。
完全な力を取り戻した影狼佐が、虚化した一護と対峙していた。そこに、現世から駆けつけたルキア、雨竜、恋次、茶渡、織姫が現れる。しかし、影狼佐と一護たちでは力の差があり過ぎるのだった。
護廷十三隊の隊長たちが霊骸たちに圧されていく。一方、影狼佐と戦うルキア、雨竜、恋次、茶渡の4人は、連携プレイによって影狼佐を追い詰めていくと思われたが、ついに影狼佐の刃が雨竜に迫る。
死神と霊骸たちの戦いは激しさを増すばかり。そして、一護と影狼佐はついに最終決戦の時を迎える。しかし、霊骸たちに思いも寄らない変化が現れた。ソウルソサエティにピンチが訪れる。
一護は現世に戻って残り少ない霊圧で虚退治を始めるが、ルキアや雨竜の力なしでは、整=プラスと呼ばれる普通の霊魂を守ることさえ危うい。そんな一護を見たルキアは、別れが近づいていることを感じていた。
霊力を失ってから1年が過ぎ、高校3年生になった一護はごく普通の日々を送っていた。周りには今も啓吾や水色、織姫やたつきなど仲間たちがいる。そして、一護がしていた死神代行の代行を雨竜がやっていた。
一護の起こしたもめ事が原因で、空座第一高校に宮下商業高校の不良生徒たちが乗り込む。それを止めようと、生徒会長になった雨竜が不良たちの前に立ちはだかり、一護と共に不良たちを叩きのめすが...。
雨竜が斬られ、空座総合病院に搬送された。駆けつけた一護と織姫に対し、雨竜は何があったのか詳しく語らない。総合病院の院長である雨竜の父・竜弦は、織姫だけに「雨竜を斬ったのは人間だ」と話す。
度重なる仲間や友人たちへの襲撃に耐えられなくなった一護は、銀城が渡した連絡先「エクスキューション」に電話をする。一護と会った銀城は、自分たちの目的は一護に死神の力を取り戻させることだと告げた。
「死神の力を取り戻すことを考えさせてくれ」と答える一護に銀城、そして新たに完現術を使える者として迎え入れられた茶渡は、1日待つと言う。一護は、友人たちを危険な目に遭わせるのではないかと悩んでいたのだ。
死神の力を取り戻すことを決意した一護は、エクスキューションのアジトで修行を始めることになった。最初の修行は、リルカのフルブリング「ドールハウス」を使って「ブタ肉さん」と戦うことだった。
一護がドールハウスの中で修行をしている頃、学校帰りの織姫の前に宮下商業高校の獅子河原と名乗る男が現れる。そこで獅子河原から「死んでくれ」と言われた織姫は、意味を理解できずに首をひねる。
茶渡のマンションに残った霊圧から、織姫に危険が迫っていることを察知した一護と茶渡は、急いで織姫のもとへ向かう。一方、月島と対峙する織姫は、月島の隙を狙おうと必死で機会をうかがっていた。
一護は度重なる仲間への襲撃に焦り、銀城たちに「エクスキューションの中の誰かと戦わせてほしい」と頼み込む。一護の気持ちを理解して同意する銀城とリルカだったが、仲間のジャッキーは納得できずにいた。
ジャッキーとの修行を開始する一護は、何度もジャッキーに蹴りを入れられ、その度にジャッキーのブーツは汚れて強さを増していく。これこそが、ジャッキーのフルブリングの能力「ダーティー・ブーツ」だったのだ。
一護がフルブリングの修行をするアジトに月島が乱入。茶渡は、月島が雨竜や織姫を襲った犯人だと一護に知られないよう事態の収拾を図るが、一護は事実を知った。止めようとする茶渡をよそに、一護は月島と対峙する。
一護が月島と対峙している頃、雨竜の病室に織姫がいた。一護が自分を襲った男と接触したと察した雨竜が、織姫に自分の傷を治すよう頼んだのだ。そんな雨竜に、織姫は自分を襲ったのも同じ人間だと話し始める。
2012年のブリーチの正月も豪華2本立て。イヅルは、瀞霊廷通信お正月特別号の企画と編集を檜佐木に頼まれた。争いのない楽しい大会にしようと、たこ揚げの会を開催するが、檜佐木と十一番隊のたこが絡まってしまう。
月島との戦いに向けて、一護は銀城との修行に入った。そこには回復役を任された織姫もおり、銀城と一護は傷が癒えないうちに戦い始めようとするが、織姫は新たな技「四天抗盾」を使って制止する。
織姫と茶渡は、自分の持つ情報を突きあわせて月島の能力を探る。月島に斬られたはずの2人は傷を負っていないが、変化は確実に起きていた。学校に来た茶渡と織姫は、啓吾や水色たちからも残存霊圧を感じ取る。
病院を抜け出した雨竜もまた、自分を斬った相手について探り始める。一護と関係の深い場所を巡る雨竜は、人々の一護に対する反応がおかしいことに気づく。一方、一護はフルブリングの修行を終えようとしていた。
修行を終え、家に帰った一護を待ち構えていたのは月島だった。家族や友人もが月島を温かく迎え入れることに一護は違和感を覚え、思わず家から逃げだしてしまう。そんな一護を助けたのは銀城だった。
月島と戦おうとする一護の前に、茶渡と織姫が立ちはだかった。一護は自分を攻撃してくる2人にショックを受ける。月島はそんな一護に、自身の能力「ブック・オブ・ジ・エンド」について語り始める。
一護を訪ねた雨竜が、自分を斬ったのは月島ではなかったと話した瞬間、月島たちは一護と雨竜を斬り捨て、一護からフルブリングの能力を奪った。みんなを守る力を再び失った一護は、絶望の淵に落とされる。
白哉、剣八、恋次、一角、日番谷も現世に来ていた。「一護に力を取り戻させよ」と命令を下したのは、総隊長・山本元柳斎だった。これを受け、一護が戦ってきた死神たちが一護のために力を与えたのだ。
エクスキューションの面々と戦う死神たち。雪緒の操作により、剣八対ギリコ、恋次対ジャッキー、ルキア対リルカ、白哉対月島、雪緒対日番谷の対戦となる。一護もまた、空座町を模倣したステージで銀城と対峙する。
徐々に月島を追い詰めていく白哉だったが、突然、ステージ内のコンクリートが白哉に襲いかかる。月島の能力「ブック・オブ・ジ・エンド」により、月島が過去にこの場所に来て仕掛けたことになっていたのだ。
銀城の様子をうかがっていた雨竜は、銀城に一護の霊圧が混ざっていることに気づいた。しかし一護は雨竜の話を聞かず、銀城に月牙天衝を放つ。そして対する銀城もまた、一護と同じ月牙天衝を撃ってきた。
一護は虚化した銀城に新しい卍解の姿で向きあう。互いの刃と刃が激突するなか、銀城は一護が自分を理解しているような目をしていることに気づいた。そして、ついに一護と銀城の戦いに決着がつく。
現世で虚が次々と消滅しているのが観測され、尸魂界・技術開発局は騒然となる。その頃空座町では、新任の担当死神・行木竜ノ介と斑目志乃が、到着早々に虚と遭遇。突然の襲撃になす術もない二人の窮地を助けたのは、死神代行・黒崎一護と仲間たちだった。翌々日、意識を取り戻した竜ノ介と交流する一護たちの前に、仮面をつけた一人の男が現れる。一方、尸魂界でも異変が起きていて…。
竜ノ介の伝令神機を介し、謎の侵入者による尸魂界襲撃事件とその被害の甚大さを聞いた一護たち。その場は解散となるも、落ち着かない一護が町内を見廻っていると、かつて行動を共にした破面、ネル・トゥとペッシェ・ガティーシェが虚圏からやってきた。虚圏もまた正体不明の敵に攻撃されており、一護に助けを求める二人。虚圏へ向かおうとする一護たちの前に現れたのは、浦原喜助だった。
浦原喜助の案内のもと虚圏に到着した一護達は、敵の指揮官キルゲ・オピーと対峙し、その正体が滅却師であることを知る。同刻、尸魂界では護廷十三隊の隊長たちが、十二番隊の調査報告を受けて同じ答えに達していた。先の襲撃時に5日後の開戦を告げられた総隊長・山本元柳斎重國は、敵の再来に備えるよう全隊長に命じる。一方、「見えざる帝国」を率いるユーハバッハは闇の中で不敵な笑みを浮かべ…。
「見えざる帝国」による尸魂界殲滅戦が始まった。瀞霊廷内に幾本もの巨大な霊子の火柱が立ち上る。敵勢力・星十字騎士団の廷内への侵入を許してしまった護廷十三隊は、瞬く間に多大なる犠牲者を出す事態となる。隊長格の死神が前線に加わるが、敵に攻撃が通らず戦況は好転しない。朽木白哉をはじめとする隊長たちは、状況を打開するためにもそれぞれ卍解する決意を固めるが…。
一護が救援に向かっているとの知らせに死神たちは安堵するが、黒腔の中で、一護はキルゲ・オピーの能力に囚われてしまう。技術開発局との通信も途絶えたかに思われたその時、死神たちの声が聞こえてくる。怒声や悲鳴、絶望に満ちた響きの中で、一護の耳に届いた言葉は…。一方、朽木白哉は自身の卍解を奪ったエス・ノトを前に先手を引き受け、その戦いから敵の能力を見極めるよう阿散井恋次に命じるが…。
千年の時を経て邂逅する、山本元柳斎重國とユーハバッハ。ナナナ・ナジャークープ、エス・ノト、バズビーも集い参戦しようとするが、元柳斎の一撃で吹き飛ぶ。部下が目の前で退けられても動じないどころか愚かと蔑むユーハバッハの態度に、昔と変わらないと元柳斎は断じる。満を持して抜刀するユーハバッハに対し元柳斎は…。そして、死神たちは瀞霊廷に起こる異変を察知する。
山本元柳斎重國の前に立っていたユーハバッハは偽物だった。現れた真のユーハバッハの一撃にあっけなく両断される元柳斎。事態を察知した京楽春水や浮竹十四郎に、これ以上ないほどの戦慄が走る。護廷十三隊が、そして元柳斎がいかに変わったかを語るユーハバッハ。星十字騎士団によって徹底的に蹂躙される尸魂界。破壊され崩れ落ちる瀞霊廷。絶望が溢れる状況の中、瀞霊廷の上空に、凄まじい霊圧が奔る。
星十字騎士団が姿を消した瀞霊廷の各所では、懸命に負傷者の救護が行われていた。四番隊の隊舎で治療を受けていた恋次やルキアを見舞う一護は、折られた天鎖斬月の件で涅マユリに呼び出され、卍解の破壊について説明を受ける。話を聞いて動揺した一護を連れ、マユリはある場所へと足を運んだ。護廷十三隊隊長たちが揃って待っていたのは、上空の霊王宮からやってくる「零番隊」だった。
零番隊に連れられ霊王宮を訪れた一護。最初にやってきた麒麟殿では、予想外の方法で麒麟寺天示郎による治療を受ける。だが効果は抜群で、体の傷が癒えた一護は恋次と共に臥豚殿、曳舟桐生のもとへと進む。そこではまたも予想外の「もてなし」が二人を待っていて…。そのころ瀞霊廷では、新たな総隊長及び一番隊隊長に任ぜられた京楽が、中央四十六室を前にある計画を口にしていた。
尸魂界・真央地下大監獄最下層「無間」で剣を交えるのは、眼帯を外した更木剣八と、初代「剣八」である卯ノ花烈こと卯ノ花八千流。激しい斬り合いの中、二人は流魂街で出会い初めて刃を交えた日に想いを馳せる。そして卯ノ花は、戦いに悦びを感じる剣八の力に隠されたとある真実を見据える。一方霊王宮の一護と恋次は、鳳凰殿へと向かう。そこで待つ二枚屋王悦は「斬魄刀を創った男」だといい…。
王悦に「不合格」の判定を下された一護は霊王宮を追い出され、気が付くと現世の自宅前にいた。仲間や父・一心に合わせる顔がないと逃げ出した一護は、バイト先のうなぎ屋を頼る。死神姿でそんな一護を迎えに現れた一心は、自分のことを何も知らない一護では折れた卍解を治せるはずがないと告げ、過去を語り始める。明かされる一護の両親の出会い、母・真咲の真実。その日も、雨が降っていた。
護廷十三隊・十番隊隊長の志波一心は、現世での滅却師・黒崎真咲との遭遇を総隊長には報告しなかった。もう一度真咲に会いに行こうと決める一心。一方真咲は、滅却師の身でありながら死神を助けたことで、石田竜弦の母・依澄に厳しく責められていた。竜弦は真咲を庇おうとするが、突如、真咲の体に異変が起きる。依澄の制止を振り切り、真咲を抱えて家を飛び出す竜弦。そこへ一心が現れて…。
その体に流れる、死神と滅却師の血。自身の出生の真実を知った一護は覚悟を新たにし、尸魂界に戻ることを決めて再び鳳凰殿へと向かう。一方、尸魂界では死神たちが次なる戦いに備えていた。基礎から鍛え直す者、新たな力を求める者。各々が前を向いて、今の己に成せることに励む。そして浅打と共に先へと進んだ一護だったが、王悦から、ここで「斬月」に別れを告げることになると言い放たれる。
霊王宮から瀞霊廷へ戻ろうとする一護を、今のままではユーハバッハに勝てないと引き留める兵主部。一方、見えざる帝国では星十字騎士団が並び立つ中、ユーハバッハが「後継者」の指名を行う。壇上に現れたのは、この世に生き残った最後の滅却師・雨竜だった。突然の展開を受け騎士団内には緊張が走り、不満を隠し切れないバズビーはハッシュヴァルトにくってかかる。そして雨竜自身も、ユーハバッハに問いを投げるのであった。
瀞霊廷が消えた。ユーハバッハによる「世界の終わる9日間」が始まり、影の領域に呑まれた瀞霊廷に星十字騎士団が侵攻してくる。京楽のもとに現れたハッシュヴァルトは、「瞬時に全軍を殲滅」するよう命を受けていると語り、死神たちはその言葉通り敵に蹂躙される一方だった。そんな中、聖兵を先導し攻め進むバズビーの前に日番谷と乱菊が立ちはだかる。卍解を失ったままの日番谷が、バズビーの炎に対抗する手段とは…。
バズビーのもとに現れた蒼都は、止めを刺そうと卍解・大紅蓮氷輪丸で日番谷に迫る。他の隊士たちも、各地で敵の攻撃に対し劣勢を強いられていた。その頃、技術開発局のマユリの所に、浦原からの通信が入る。浦原はキルゲとの戦いで得た情報を元に、奪われた卍解を取り戻す方法を虚圏で探していたのだった。各隊長・副隊長に宛てた天挺空羅の呼びかけは、BG9と対峙していた砕蜂・大前田希千代のもとにも届き…。
隊長たちが卍解を取り戻したことで、形勢は逆転かと思われた。だが、滅却師・完聖体の力が解放された星十字騎士団は、さらに死神たちを追い詰めていく。逆撫の力で優位に戦っていた平子真子はバンビエッタの爆撃を喰らって倒れるが、そこに鎧を纏った姿の狛村左陣が戻ってきた。一方、京楽と静かに向き合っていたハッシュヴァルトは、戦況の拮抗を崩さんと動き出すが、的確にその攻撃を阻む伊勢七緒の術を称賛するのだった。
敵に撃破されていく死神たち。死者・負傷者は増え続け、いまや護廷十三隊の戦力は３割以下にまで落ちていた。総隊長として態勢の立て直しを図る京楽の指示が、各地の隊士たちへと飛ぶ。一方、倒れた檜佐木修兵、斑目一角、綾瀬川弓親に代わりマスキュリンとの戦闘に入った六車拳西は、手ごたえのなさに拍子抜けしていた。共に駆け付けた鳳橋楼十郎も出る幕なしと静観していたが、意識が戻った檜佐木は必死に警告する。
霊王宮での修業を終えた一護は、既に滅却師の侵攻が始まっていると聞き、すぐさま飛び出す。瀞霊廷を目指し降下する中、浦原との通信で、自分が必ず何とかすると告げる一護。その頃、雨竜を連れて銀架城の処刑場へ赴いたハッシュヴァルトは、敗北した蒼都・BG9を容赦なく処断し、ユーハバッハがいかなる存在かを語り始める。一方、エス・ノトと対峙したルキアは、“恐怖”を前に臆すことなく袖白雪を振るう。
拳西たちの治療にあたっていた勇音とやちるは、姿ばかりか自らに関する相手の記憶まで自在に消す能力を持つ滅却師・グエナエルの襲撃を受ける。「初対面」を繰り返すやちるたちだったが、やちるは本能と反射で見えない敵に一矢報いると、斬魄刀を抜き始解してさらに攻撃を仕掛ける。その始解の能力は勇音を驚かせるとともに、グエナエルを追い詰めていく。だがその時、もう一人の敵が音もなく結界の内側に現れた。
グレミィを倒したのも束の間、キャンディスの雷撃に撃たれる剣八。特記戦力である剣八を狙って、ミニーニャやジゼル、リルトットも集結し、4人の激しい攻撃は辺り一面を破壊し死神たちを餌食にしていく。剣八の霊圧の変化を察知したルキアと白哉は、同時に、別のよく知る霊圧が上空から迫るのを感じ取る。そして、その霊圧の主が尸魂界に降り立つのを待っていたかのように、ユーハバッハもまた行動を開始するのだった。
ユーハバッハの狙いが霊王宮にあると知り、阻止しようとする一護たち。そこに立ちはだかったのは雨竜だった。死神と滅却師という互いの立場は分かりつつも、予期せぬ再会に動揺する一護。虚圏から駆け付けた織姫やチャドと語らいながら、雨竜と共に戦った日々を思い起こした一護は、ひとつの決断に至る。その頃、ルキア・恋次はバズビーと、一角・弓親はジゼルと対峙していた。ジゼルの掛け声を受け飛び出してきたのは…。
破面たちとも共闘し、ジゼルの操るゾンビと戦う一角と弓親。だが、次なる手駒としてジゼルが用意していたのは、十番隊隊長・日番谷だった。ゾンビ化した日番谷の容赦ない攻撃の前に、倒れる一角たち。日番谷はさらにマユリにも斬りかかるが、マユリはものともせず、試したい薬があると言い放つ。一方、ロバートたちと戦っていた白哉のもとに、檜佐木がやってきて刀を振るう。しかし、檜佐木の刀の先にいたのは…。
ついに霊王宮・表参道へと足を踏み入れ、大内裏を見上げるユーハバッハ。ハッシュヴァルトと雨竜を連れた滅却師の王を出迎えたのは、零番隊・修多羅千手丸だった。「霊王の刃」に命じ戦闘を開始するが、影より現れたニャンゾルの能力により攻撃は通らない。だが、修多羅の表情は変わることなく…。そして旧十二番隊隊舎の地下では、設けられた砲台を利用し霊王宮へ上がろうとする一護や織姫たちの前に、岩鷲が現れる。
偽の霊王宮に仕掛けられた檻からひとり抜け出したユーハバッハは、真の霊王宮を守る兵主部と向かい合う。巨大な筆のような斬魄刀を振るい、気安く名を呼ぶなと言う兵主部。続けて発現させた巨大な平手が、ユーハバッハを参道から叩き出す。一方、「産褥」の中では、ナックルヴァールの能力が王悦を苦しめ、麒麟寺は激しくハッシュヴァルトに斬りつけていく。そして、修多羅と対峙することになる雨竜だったが…。
ユーハバッハの聖別により力を与えられ、倒れたはずの親衛隊は完聖体となり再び立ち上がる。それぞれに繰り広げられる、修多羅vsジェラルド、曳舟vsペルニダ、麒麟寺vsナックルヴァール、王悦vsリジェの激戦。親衛隊との熾烈な戦いの中、零番隊は新たな一手を打つ決意を固める。強大な霊圧による衝撃が、尸魂界から現世にまで届く。ユーハバッハと兵主部の死闘も壮絶を極め、そして…。
