千年パズルの完成によって人生が変わった武藤遊戯。狂気に駆られたキースが千年パズルをバラバラに壊してしまった。パズルが鎖に固定されているため、炎に囲まれながらパズルを組み立てようとする遊戯だが…。
エジプト考古局のイシズが海馬を呼び出し、デュエルモンスターズの原点となった古代の壁画を見せ、海馬は古代エジプトでのデュエルのイメージを見る。さらにイシズは、盗まれた神のカードのことを語りだす。
千年パズルの完成が武藤遊戯の人生を変えた。表遊戯の計らいでデートをする闇遊戯と杏子。ダンサーになる夢を語る杏子に不良ダンサーが絡み、ダンサーとのデュエルに勝った遊戯は杏子と共にエジプト展に向かう。
千年パズルの完成によって武藤遊戯の人生が変わった。自分の絵が描かれた壁画を見た遊戯はイシズと会い、自らの出自の謎を意識する。海馬はイシズから託された神のカードをシミュレートし、その威力を知った。
デュエリストたちの熱い戦いが今日も繰り広げられる。グールズのレアハンターにレッドアイズを奪われた城之内。その日は妹・静香の手術の日だった。本田に連れられて静香と会った城之内は、諦めずに戦うことを誓う。
武藤遊戯は千年パズルを完成させた瞬間、自身の中にもうひとつの闇の人格「闇遊戯」が現れ人生が変わった。大会が始まり、城之内が奪われたレッドアイズを取り戻すため、遊戯はレアハンターと戦う。
デュエルに集中する遊戯はレアハンターの作戦を見破ったが、次のターンで「封印されしエクゾディア」が完成してしまう。「光の封殺剣」で時間を稼ぎつつ、遊戯は言葉でレアハンターを追い詰めていく。
城之内の最初の相手は、ダイナソー竜崎を破ったエスパー絽場だった。相手の手札を見抜く超能力デュエリストを相手に城之内は悪戦苦闘。その様子を、静香と本田がインターネットを通じて見ていた。
絽場のサイコショッカーを前に、絶体絶命の城之内に杏子の声援が飛ぶ。「静香ちゃんが見てるのよ」の声を聞いた城之内は最後まで諦めずにいた。そして、運命を託したルーレットスパイダーが回りだす。
遊戯の前に現れたのはグールズのデュエリスト・パンドラ。彼は3枚の「ブラックマジシャン」をデッキに入れたブラックマジシャン使いだった。このため、遊戯のブラックマジシャンが封じられてしまう。
千年パズルの完成により武藤遊戯の人生が変わった。回転のこぎりが敗者を襲うデュエル。ブラックマジシャンへの対策を用意したパンドラの前に追い詰められていく遊戯だったが、ブラックマジシャンが彼を救う。
武藤遊戯は、祖父からもらった千年パズルを完成させたことで人生が大きく変わった。ブラックマジシャン使いのパンドラが知らない黒魔術師の弟子・ブラックマジシャンガールで、遊戯がパンドラにとどめを刺す。
デュエリストたちの熱い戦いが今日も繰り広げられる。インセクター羽蛾の挑戦を受けた城之内だが、デッキには「寄生虫パラサイド」が仕込まれていた。羽蛾の強力インセクトデッキに城之内はなす術がない。
デュエリストたちの真剣勝負が今日も繰り広げられる。城之内の「鉄の騎士ギアフリー」はパラサイド・コンボの影響を受けていなかった。そして、城之内の逆転コンボが卑劣なインセクター羽蛾に炸裂する。
千年パズルの完成によって人生が大きく動きだした武藤遊戯。寡黙な人形とはパントマイマーのことだった。神のカード「オシリスの天空竜」を持つパントマイマーにマリクの意識が宿り、遊戯との死闘が幕を開けた。
千年パズルの完成により人生が大きく変わった武藤遊戯。ついにオシリスの天空竜が召喚された。マリクは、手札の数だけ攻撃力を増す能力を魔法カード「無限の手札」とのコンボで強化し、遊戯を窮地に追い込む。
武藤遊戯の人生は千年パズルの完成によって大きく動きだした。苦戦する遊戯に海馬は「無限などまやかしだ。神を超えてみせろ」と激を飛ばす。オシリスの攻撃力は2万を超え、遊戯を圧倒するが…。
千年パズルの完成が武藤遊戯の人生を変えた。仲間がマリクに狙われているのではと焦る遊戯は城之内たちを捜す。その頃、城之内は、以前遊戯と戦ったことがある梶木漁太と水族館でデュエルを始める。
水族館でデュエルを始めた城之内。梶木漁太は、やはり手ごわかった。シーステルス戦術を見破ったまでは良かったが、いまだ城之内は不利なまま。マリクの魔手が虎視眈々と城之内たちを狙っていた。
武藤遊戯は千年パズルの完成によって人生が大きく変わった。城之内らのもとへと急ぐ遊戯と海馬の前に仮面のデュエリストが出現。モクバをも捕らえたレアハンターたちとの命を懸けたタッグデュエルが始まる。
仮面レアハンターたちの連係プレイによって、生贄召喚を封じられてしまった遊戯と海馬。上級モンスターを召喚することも攻撃することもできない。また、城之内やモクバの安否も気がかりだった。
遊戯と海馬は、生贄召喚を封じられてしまい、手の打ちようがなくなった。タッグデュエルで勝利するためには、結束の力が必要だ。遊戯と海馬は、結束して仮面レアハンターたちの連携を乱さなければならない。
遊戯のマグネット・バルキリオンが仮面デュエリストの手に落ちたが、遊戯と海馬の連携プレイで神モンスター「オベリスクの巨神兵」を召喚。モクバは無事に脱出したが、杏子たちは捕らえられたままだった。
武藤遊戯の人生は千年パズルの完成によって大きく変わった。城之内たちを救出するために、童実野埠頭へ急ぐ遊戯、海馬、モクバ。彼らはバトルシティでの戦い、約束、友情を振り返り、救出することを誓う。
武藤遊戯をはじめとするデュエリストたちの熱い戦いが今日も繰り広げられる。遊戯たちを待っていたのは、マリクに操られた城之内。杏子を人質に取られ、遊戯と城之内の命を懸けたデュエルが始まった。
マリクに操られた城之内。その城之内は禁止カードで遊戯を攻撃。ためらう闇遊戯に代わって表遊戯が前面に立ち、城之内との友情のカード「真紅眼の黒竜」を召喚し、さらに千年パズルを城之内に託す。
城之内への洗脳が少しずつ解け始めていた。城之内はマリクの命令にあらがい、真紅眼の黒竜へ攻撃を仕掛けない。一方、本田と静香もグールズに追われ、御伽、舞と合流して童実野埠頭にやってきた。
精霊の鏡を使って自らのライフをゼロにした遊戯は、重りに引きずられて海中に沈んでいく。われに返った城之内は、自分の身を顧みず遊戯を救う。そして、海馬、静香たちが2人を救出するために行動を起こす。
遊戯を葬ることを果たせなかったマリクは、「バトルシティ」の決勝トーナメントに向かう。それを知った獏良は重傷の身でバトルシティに参加し、ゴースト骨塚と墓場を舞台にデュエルを開始する。
今日も戦うデュエリストたち。パズルカードが指し示す「バトルシティ」決勝会場に向かう遊戯たちの前に、映画スターのジョン・クロード・マグナムが現れ、デュエルで勝ったら結婚しろと孔雀舞に迫る。
決勝トーナメントが行われる巨大な飛行船の上の特設リングに海馬、遊戯、城之内、舞が集結した。そこへナムと偽ったマリク、傷ついた獏良、そしてマリクと名乗るリシドが現れ、飛行船が発進する。
トーナメントの1回戦は、獏良と遊戯。千年パズルに宿る闇の人格に操られた獏良はダークネクロフィアを召喚するが、遊戯はブラックマジシャンガールで葬る。しかし、それが恐怖のオカルトコンボの引き金だった。
フィールド魔法・暗黒聖域の効果で遊戯のモンスターは怨霊に憑依され、遊戯自身のLPが削られていく。さらに、ウィジャ盤が召喚される。D、E、A、T、Hの5文字がウィジャ盤に揃えば、遊戯の命はないのだ。
デュエリストたちの真剣勝負が続く。怨霊が彷徨う暗黒聖域では遊戯に打つ手はない。彼に残された唯一の手は、神のカード・オシリスの天空竜を引き当てることだったが、マリクは獏良の命を盾に遊戯を脅迫する。
昏睡状態に陥る獏良。一方、遊戯の前にはシャーディーが現れ、神のカードの呪われた歴史を語りだす。エジプトの古代遺跡をもとに3枚のカードを作ったが、制作に携わった人間は次々と不幸に見舞われたのだと言う。
デュエリストたちの戦いが今日も繰り広げられる。城之内は、対戦相手であるマリクを名乗るリシドに対し、洗脳されて操られた怒りをぶつけようとする。一方、リシドは「王家の神殿」を出し、わなを張りめぐらせる。
モンスターが少ないリシドのデッキには、トラップモンスター「アポピスの化身」が隠されていた。城之内はライフポイントを一瞬にして200に激減させられ、サイコショッカーを召喚してわなを破壊するが…。
城之内のモンスターを食らい、攻撃力を上げていく聖獣セルケトに太刀打ちできない城之内だが、リシドの戦いぶりに直感し、「お前はマリクじゃねえ」と告げる。そこでマリクは、リシドに「ラー」の召喚を命じた。
リシドのデッキの中の「ラーの翼神竜」はコピーカードだった。リシドと城之内は神の怒りの雷に打たれて倒れるが、先に立ち上がって勝利を得たのは城之内だった。その時、マリクの中のもうひとつの人格が目を覚ます。
城之内は何とかリシドを倒すことに成功。しかし、マリクの中に潜む残虐な人格が目覚める。そんな人格と戦う舞。マリクは闇のゲームによって、舞が最も恐れるものを見せて彼女をいたぶる。それは、「孤独」だった。
マリクの闇のゲームで孤独に打ちのめされる舞。仲間たちの記憶が失われていく。杏子、そして城之内。失いたくない記憶を守るため、精神力を振り絞って戦う舞は、マリクからラーの天空竜のカードを奪い取った。
ラーの天空竜のカードには古代神官文字が書かれており、舞には使えない。ラーは、マリクの呪文によって鳥型に変形して舞を攻撃。城之内が舞をかばい、さらに遊戯が城之内をラーの攻撃から守る。
武藤遊戯をはじめとするデュエリストたちの真剣勝負が今日も繰り広げられる。イシズを相手にする海馬はデッキを破壊して圧倒するが、イシズは墓場と山札を交換するカードによって形勢を逆転させた。
未来を見ているイシズは、海馬にオベリスクを召喚させる。オベリスクにはわなが仕込まれており、海馬が攻撃しようとした瞬間、彼の脳裏に古代のビジョンが映る。そして海馬はブルーアイズを召喚し、勝利する。
墓守の一族の謎について語るイシズ。かつて千年アイテムと王の記憶の在りかを守るため、俗世と離れた地下で暮らしていたが、ある事件を機にマリクは千年ロッドをわが物とし、力を持つようになったと言うのだ。
闇マリクと闇獏良の決闘は、負けた方が消える闇のゲームだ。獏良の中にはマリクの表の人格が宿っているが、闇マリクはデッキを一新して札は読めない。攻撃を受け、LPが削られた獏良の体の一部が闇に消えた。
獏良は「ラーの翼神竜」を奪って召喚するが、生贄の攻撃力をゼロにされて攻撃できない。さらにマリクにカードを取り返され、プレイヤーのLPを攻撃力に変えるという第2の特殊能力に一瞬で敗れ、闇に消される。
決勝の舞台・アルカトラズ島を目前にして異変が発生。突然、制御不能になり何者かのコントロールで海面に開いた基地に誘導される。そして、謎の少年・乃亜と肉体を失ったビッグ5がデュエル対決を要求してくる。
謎のバーチャル世界に別々に放り込まれた遊戯たち。遊戯の前にはビッグ1が現れ、デュエル対決が始まる。深海の戦士に姿を変えたビッグ1に対し、遊戯はクリボーをデッキマスターに従えて立ち向かう。
攻撃したポイントが自分のライフにはね返ってくる「リフレクター・ホール」。遊戯は、ダメージを受けるたびにモンスターを特殊召喚する再生コンボに苦しめられる。一刻も早く決着をつけ、仲間を助けたい遊戯だが…。
ビッグ1に追い詰められた遊戯。流れを変えるにはクリボーのデッキマスター能力に賭けるしかない。そして、「虹色の祝福」とのコンボで七色のクリボーのレインボーアーチを作り、直接攻撃して逆転勝利を掴んだ。
杏子の前に、ペンギンをこよなく愛するビッグ2が現れた。氷上の世界を舞台に杏子はブラマジガールを、ビッグ2はペンギンナイトメアをデッキマスターに選んでデュエルを開始。杏子が劣勢に追い込まれ…。
ビッグ2はデッキマスター能力でモンスターの攻撃力を上げ、杏子は半身氷漬けになってしまう。だが杏子は遊戯との会話を思い出し、マハーヴァイロの特殊能力で反撃に出て、最後はダブルブラックマジックで勝利した。
城之内を迎え撃つのは、ジャッジマンの姿をした元法律顧問ビッグ3。城之内は炎の剣士をマスターに一気に攻め込む。ビッグ3は調子に乗り過ぎる城之内に対し、「魔界の司法取引」で自らのLPを回復させる。
ビッグ3に「魔界の司法取引」で形勢逆転され、危機に陥る城之内は、ギャンブルカードを発動して運に賭けるも、外れが続く。だがそれは、ビッグ3がイカサマでコントロールしており、それを知った乃亜が怒りだす。
本田、御伽、静香の前に現れたのは元工場長のビッグ4。彼は3対1のデュエルを申し込む。調子のいい本田は「城之内にデュエルを教えたのは俺だ」と言い、デュエルの最中もずっと静香をかばい続けるが…。
本田が消えて動揺する御伽は、得意のダンジョンダイスモンスターズに持ち込み挽回するが、またピンチを迎える。御伽と静香のもとへたどり着いた遊戯たちは「3人の力を合わせて」と言い、どうにか逆転勝利を掴んだ。
みんなの前に現れた本田だが、魂はビッグ4に乗っ取られており、モクバをさらって逃走。追いかける海馬の前に、元側近でもあったビッグ5が立ちはだかる。海馬を知り尽くした彼はデュエルを開始する。
ビッグ5のライフ回復コンボに苦しめられる海馬。宇宙空間に打ち上げられたサテライトキャノンはターンごとに攻撃力を蓄えるだけでなく、並のモンスターでは太刀打ちできず、ブルーアイズを召喚するしか手はない。
「自分こそが剛三郎の唯一の息子であり、貴様は当て馬として海馬家に迎えられた」と海馬に告げる乃亜。海馬は過去の乃亜の映像を見て、年齢の矛盾に気づいた。一方、外の世界ではマリクが始動する。
ビッグ5の5人は奪った本田の肉体に入り込み、遊戯たちに再戦を挑む。遊戯＆城之内対5体のデッキマスターを有するビッグ5＝本田でデュエルが始まった。ビッグ5側は、交代で本田の中に現れては攻撃に出る。
決闘が続く。ビッグ5たちは弱い城之内を集中的に攻撃し、LP300までになった。遊戯は意味深長な笑みを浮かべて伏カードを置いた。誰もがトラップと思ったが、実は城之内から敵の目をそらす作戦なのだった。
遊戯たちの決闘が大詰めを迎える。敵の5体のデッキマスターが融合して召喚されたファイブ・ゴッド・ドラゴンは攻撃力5000。遊戯たちは黒魔法剣士でついに敵を倒すが、本田の肉体も再び消えてしまった。
モクバを捜す海馬の前に乃亜が現れ、「どちらが海馬コーポレーションの後継者にふさわしいか決着をつけよう」と言う。海馬はカイザー・シーホースをデッキマスターに従えるが、乃亜のマスターは謎に包まれたままだ。
乃亜のデッキマスターは奇跡の方舟。自信満々に勝利宣言をするが、海馬はその上を行く。そして、乃亜へのとどめの一撃の機会を得るが、モクバが飛び出して乃亜をかばおうとする。海馬は攻撃をやめざるを得ない。
乃亜とのデュエルのなか、立ちはだかるモクバに攻撃できない海馬はチャンスを逃す。乃亜の容赦ない反撃が始まり、モクバは海馬の呼びかけに少しずつ自己を取り戻す。そして、海馬は「天界王シナト」に敗れ去った。
遊戯は、モクバを盾にして海馬に勝った気でいる卑劣な乃亜が許せない。残された海馬のLP400を受け継ぎ、圧倒的に不利な状況で乃亜に挑むが、スピリットモンスターシリーズの攻撃を受け、遊戯のLPは100に減る。
乃亜はマスター能力でLPを増加させ、1万に到達。城之内たちを次々と像にされ、遊戯は心理的にも追い込まれるが、心の中にいる仲間たちの声を聞き、最後の可能性を信じて海馬の残した3体のブルーアイズを召喚する。
遊戯が乃亜に勝ち、仲間たちも像から元に戻った。そこへ剛三郎が突然現れ、みんなをこのバーチャル世界へ閉じ込めたと言う。脱出方法を知るのは乃亜だけだ。遊戯たちは、言われるままにバーチャル童実野町へ向かう。
乃亜はモクバの肉体を奪って現実世界へ脱出し、要塞へ向けたミサイルのスイッチを押す。後にモクバの優しい言葉を思い出して引き返すが、ミサイルを止めることができない。一方、海馬と剛三郎はデュエルで勝負する。
ミサイルは刻一刻と要塞に接近。乃亜は、杏子たちから順にバーチャル世界から現実世界へ脱出させる。海馬は剛三郎との戦いに勝ち、遊戯と共に間一髪で脱出。乃亜は自らバーチャル世界へ帰り、剛三郎と共に消えた。
乃亜が消え、ようやくバトルシップがアルカトラズ島に到着。デュエルタワーで対戦相手を決めるためのバトルロイヤルが始まる。遊戯、城之内、海馬、マリクはそれぞれの思いを胸に攻撃対象を思案していた。
海馬が城之内に攻撃すると遊戯がかばう。マリクはダメージを「痛魂の呪術」で城之内に移し替えるが、マリクのトラップを遊戯はカウンタートラップで返し、マリクもダメージを受け、マリクと城之内が劣勢となる。
城之内は海馬のトラップ効果を「墓あらし」と「痛魂の呪術」でマリクにダメージを振り替え、まずマリクが敗北。城之内も遊戯との対戦の思いを吹っ切り、早くマリクと対戦して舞を助けるため、計算通りに負けた。
デュエルタワー頂上での準決勝初戦は城之内対マリク。モンスターのダメージを体感する闇のゲームだ。城之内はモンスターに巻きついたプラズマイールからの電撃を受け、同じくマリクに苦しめられた舞を想う。
城之内はへルポエマーで毎ターン手札からカードが奪われるが、それを逆手に取ってクイズでサイコショッカーを召喚し、わなカードを破壊する。だが、ラヴァ・ゴーレムの鉄檻に閉じ込められ、再び危機に瀕する。
ラヴァ・ゴーレムに閉じ込められた城之内は毎ターン1000P削られる。ギルフォード・ザ・ライトニングを召喚して一度は敵モンスターを倒すが、マリクはラーの翼神竜を召喚し、最終形態＝ゴッドフェニックスが現れる。
城之内はラーのゴッドフェニックスによって精神力が燃え尽き、LPを残したまま倒れてしまった。「城之内君まで倒れて、もう戦えない」と遊戯は思い悩み、千年タウクを使って未来を見てみるが…。
準決勝第2戦は天空コロシアムでの遊戯対海馬。海馬はオベリスクを召喚しようとするが、遊戯の「光の封殺剣」にかわされた。さらに海馬は「天声の服従」でオシリスを奪うが、すぐ「エクスチェンジ」で取り戻される。
遊戯は3体のナイト＝キング、クィーン、ジャックを召喚してそれを生贄に、先にオシリスを召喚。すかさず海馬もXYZドラゴンキャノンを3体に分離させ、オベリスクを召喚し、神対神のにらみあいとなる。
神対神の構図のまま、互いに攻撃するチャンスを窺ってけん制しあう。オシリスの攻撃力は手札の枚数で決まるが、ついに遊戯は攻撃力6000の瞬間にオベリスクを攻撃。だが、海馬は「削りゆく命」を発動させた。
4000対4000で2体の神がぶつかった瞬間、遊戯も海馬も古代エジプトのビジョンを見る。それは「白き龍」を召喚する若き神官と、「黒き魔術師」を呼ぶ名もなき王の決闘だった。海馬は再び攻撃を仕掛ける。
3体のブルーアイズを召喚する海馬。遊戯は城之内から譲り受けたレッドアイズを召喚し、「六芒星の呪い」でブルーアイズ1体を撃破した。その頃、意識不明の城之内は、デュエルを覚えたての当時の夢を見て目覚めた。
遊戯と戦う海馬はアルティメットドラゴンを召喚。怒りや憎しみがパワーの源の海馬に対し、遊戯は「怒りや憎しみでは勝てない」と言い、「融合解除」「魔術の呪文書」の効果と「ブラックパラディン」で勝利する。
遊戯との決闘に負けてがく然とする海馬を城之内が引き止め、がれきの中で決闘を始める。海馬のデッキ破壊コンボに対し、城之内はギャンブルカードで対抗する。一方、杏子の中に宿るマリクの人格が動きだす。
城之内は「墓あらし」と「死者蘇生」でブルーアイズを召喚するが、すぐに海馬も召喚し、ブルーアイズ同士の相打ちとなる。一方、杏子に宿る表マリクは、闇マリクを倒そうとするも失敗。闇マリクはさらに凶暴化する。
善戦する城之内だったが、圧倒的なレベルの差で海馬が勝つ。「3000年前、王との友情を記すために石版を残したのは神官セトだった」とイシズは海馬に語った。海馬は遊戯に、ラーに対抗できるあるカードを渡す。
はりつけにされた表遊戯と表マリクを賭けた戦いで、遊戯は攻撃力6000のオシリスで攻撃するが、マリクは「暗黒の魔再生」と「死者蘇生」で不死の能力を持つラーのゴッドフェニックスを召喚。2体の神がにらみあう。
遊戯はドローしたカードを見ずに場に伏せた。それは海馬から受け継いだ「デビルズサンクチュアリ」で、メタルデビルトークンが現れてラーの攻撃をかわした。さらに、トークンを生贄にオベリスクを召喚する。
不死のゴッドスライムを前になす術がない遊戯。表マリクの意思は寝たきりのリシドを訪ね、感謝の言葉を語る。さらに杏子の体を借り、「僕と共に、僕が生み出した邪悪な心を打ち砕いてくれ」と遊戯に告げた。
攻撃力6899のラー対攻撃力∞のオベリスクだが、双方とも攻撃をかわす。そして遊戯はマジシャン2体を揃え、攻撃すればマリクのLPが1になるチャンスを得るが、生贄となったマリクの主人格を思い攻撃をためらう。
生贄の表遊戯、表マリクの姿はもはや顔の一部しかない。リシドが闇マリクに人間の宿命を語ると、表マリクの一部分が実体化し、遊戯に自分を攻撃するように言う。そして遊戯の攻撃でマリクのLPは1になるが…。
遊戯はバトルシティの覇者になったが、石版に戻って王＝ファラオの記憶を取り戻せば、もうひとりの人格とも別れることになるため心境は複雑だ。エジプトに帰るマリクたちや、アメリカへ向かう海馬や御伽とも別れる。
おてんばで気が強いが、繊細な一面も持つ杏子。少年たちのデュエルをきっかけに、杏子の視点から遊戯の成長や、仲間の絆の強まりを振り返る。そして杏子は、間もなく訪れるもう1人の遊戯との別離を覚悟する。
遊戯が3枚の神のカードを石版に掲げるが、石版は突如として凍結する。世界中の街では、デュエルモンスターズが実体化して暴れ始める。その夜、双六に託した神のカードが何者かに奪われてしまった。
グリモと名乗る男は、「オレイカルコスの結界」でモンスタースペースを拡大させ、最大10体のモンスターの召喚を可能にした。また、選ばれし者しか操れないはずの「神」を召喚し、ダーク・オベリスクを従える。
ドーマの三銃士は、「神のカードを返してほしくば我々を倒せ」と言い残して消えた。心の迷宮の中から「助けて」という声を感じた遊戯。声の主は、デュエルモンスターズ世界にいるブラックマジシャンガールだった。
デュエルモンスターズ界で「ティマイオスの眼」のカードを託された遊戯のもとに、「すぐアメリカに来てほしい」とペガサスが訴えるビデオレターが届いた。これを受け、一行はアメリカを目指す。
「真実を知りたいなら私に勝つことです」とペガサスが笑い、海馬とのデュエルが始まる。ペガサスは前回の決闘と同じく、守備表示の「トゥーンアリゲーター」からスタートする心理作戦に出るが、海馬は動じない。
ペガサスに化けていたのは、海馬コーポレーションを恨む、闇の三銃士の1人でもあるアメルダだった。アメルダは「オレイカルコスの結界」と、「バルログ」で海馬を追い詰め、海馬は一瞬、不思議なビジョンを見る。
ドーマの手先に襲われた遊戯たちを、バイクに乗って「ハーピーレディ」のカードを操る女が助け、そのまま去る。城之内は舞も自分たちの同志だと思う。ペガサスの会社に遊戯たちが閉じ込められると、舞が再び現れた。
城之内対舞の決闘が開始。舞はドーマたちに操られているのではなく、自らの意思でオレイカルコスの力を得ていた。2人は結界の中で対峙。舞との友情を信じ、舞を救いたい城之内はデュエルに集中できない。
城之内対舞の決闘は、LPが舞4000対城之内200にまで開く。勝利に執着する舞と、勝敗よりも舞を救いたい城之内で思惑がずれるなか、城之内はサレンダーしそうになるが、デュエルで舞を救う可能性を信じる。
城之内と舞のデュエルが続く。依然として圧倒的に押されている城之内は、手に入れたキーカード「ヘルモスの爪」の使い方がわからない。時の魔術師と融合させて出現させた「タイムマジック」は、頼りない風貌だった。
ドーマのことを調べるため、遊戯たちはホプキンス教授のもとへ向かう。その頃、ホプキンスは海底遺跡の調査からドーマの手掛かりを掴みかけるが、突然誘拐されてしまい、その現場に手紙が残されていた。
ラフェールは海難事故の唯一の生存者であり、運命にもてあそばれた者同士として遊戯に共感を抱いていたと言う。デュエル開始早々、ラフェールは永続魔法で自らの手札をゼロにし、遊戯はすかさず攻撃に出るが…。
遊戯とラフェールの決闘が続く。LPはラフェール4000対遊戯3000。遊戯は、迫り来る攻撃力3000のガーディアン・グラールを、クリボー五兄弟の特殊能力でかわし、ティマイオスとブラマジガールを融合させて反撃する。
追い詰められた遊戯はついにオレイカルコスの結界を発動させ、名もなき竜はその力に反発して封印される。遊戯は次第に勝利への執念から闇の力のとりこになり、モンスターを犠牲にしたり、邪悪化させて戦いだす。
遊戯は決闘に負け、「もう1人」の人格を奪われたことに落胆。一方、羽蛾と竜崎はラフェールの乗ったヘリを追い、仲間にしてほしいと懇願。リスクを超えてドーマの力を得た2人は、遊戯と城之内に狙いを定める。
もう1人の人格を失って失意の遊戯を、杏子たちが励まそうとしている間に、特急の乗客は姿を消していた。異変に気づいて車内を捜査していると、今度は連結が外され、遊戯と城之内は引き離されてしまう。
戦う遊戯と羽蛾。疾走する無人列車の屋根の上で遊戯と対峙する羽蛾は、パワーアップした昆虫デッキの中から、敵モンスターに寄生してふ化するパラサイトキャタピラーを、遊戯のモンスターに寄生させる。
城之内と戦う竜崎は、一度倒したレッドアイズを冥界の鎖で再び場に連れ戻し、再攻撃を狙う。城之内はすかさずネイキッド・ギアフリードを召喚し、ヘルモスの爪を発動させて強力な剣聖を誕生させる。
遊戯は森で先住民風の老人・アイアンハートに出会い、自分の心を映すという「石の荒野」に案内される。遊戯が精神集中すると目の前に色々な人々のイメージが現れては消えていくが、最後には表遊戯が現れる。
石の荒野にいる遊戯の前に、不気味な兵士、オレイカルコス・ソルジャーが現れて攻撃してくる。ダーツがいにしえの兵士の霊を呼び戻して操っていたのだ。遊戯はオレイカルコス・ソルジャーに苦しめられる。
ヴァロンは舞を自分のものにしたいという想いから、常に勝つことに飢えている、という2人の共通点を指摘。それは遊戯や城之内にはないものだった。そしてヴァロンは、舞が望むなら誰にでも勝ってみせると宣言する。
海馬を乗せた専用ジェット機がオーロラを通過する時、スピーカーから謎の声が聞こえる。ひそかにジェットを支配し、海馬の前に姿を現したのはアメルダだった。弟の恨みを晴らすため、彼は海馬に再戦を求める。
制御不能に陥った飛行機の中。海馬コーポレーションに弟を殺されたと思っているアメルダは、軍隊デッキと戦場の幻影で海馬に攻め込み、「魔空要塞ジグラート」により、トークンを発生させて海馬の攻撃をかわす。
海馬コーポレーションがドーマに乗っ取られた。ダーツの呪文により、世界各地でオレイカルコスの結界とオレイカルコス・ソルジャーが出現。その攻撃を、遊戯と海馬はデッキからモンスターを召喚しながらかわす。
城之内とヴァロンが戦う。ヴァロンのデッキは常に全力で攻撃あるのみのアーマーデッキ。プレイヤー自身の体にギアヘッドを装着して攻撃し、守備モンスターも伏せカードもなしにターンエンドするという大胆な戦術だ。
ヴァロンのアーマーモンスターの猛攻が続く。2500対2100で一度はリードした城之内に対してもヴァロンは強気で、俺の戦いは魂と肉体の全てを賭けた全力勝負のデュエルだ、お前の持つ最大の力で向かってこいと言う。
城之内は「ヘルモスの爪」をモンスターと融合させて攻撃し、ヴァロンは全力で迫る城之内を倒してこそ最高の勝利だと喜ぶ。ヘルモスの一撃はアクティブガードに阻まれるが、アーマーを吹き飛ばすことに成功した。
LPは城之内100対ヴァロン900で、両者ともダメージを受けているが、互いを認めあってハイになる。デュエルはわずかな差で城之内が勝ち、ヴァロンは最後に「舞を頼む」と言い残して魂をオレイカルコスに奪われる。
オレイカルコスの力を得た舞のハーピィコンボは相変わらず手ごわい。ドーマの闇に染まった舞を立ち直らせたい城之内は、「俺は今でもお前を仲間だと思ってる」と不器用な言葉で想いを伝えながらデュエルをする。
城之内が魂を奪われたことを知り、遊戯がパラディウス本社に乗り込むと、舞も倒されていた。そこへラフェールが現れ、城之内の「ヘルモスの爪」を投げつける。ラフェールと遊戯の因縁のデュエルが再び始まった。
オレイカルコスの結界を発動させたラフェールは、モンスターも効率的に使いこなして攻撃し、遊戯のLPを500にまで下げる。しかし、今回の遊戯は自らの信念のもと、心の闇に頼るラフェールの弱さを見抜いていた。
デュエルが続く。心を闇に染めてモンスターをダーク化させるラフェールに対し、遊戯は墓地モンスターを召喚できる黄泉天輪を発動させた。すると突然、目の前の景色はラフェールの少年時代の記憶に変わる。
遊戯に負けたラフェールは心の闇から解放された。ラフェールから受け取ったカードをもとに遊戯たちはダーツを追い、南海の孤島の暗黒神殿に到着。魂の石室には、これまでに魂を奪われた仲間や敵たちの石版があった。
遊戯＆海馬対ダーツが戦うなか、2人の攻撃とダーツのオレイカルコス・キュトラーが干渉し、3人は異世界へ移る。そこでダーツは自分の起源を語りだす。ダーツは、失われた古代アトランティス王国の王だった。
ダーツの場に出現した4体のミラーナイトの中には、もう1人の遊戯、城之内、舞、ペガサスの魂が入っていた。遊戯はためらうが、海馬は迷わず攻撃。だが、ミラーナイトたちは友情の絆で互いをかばいあうのだった。
遊戯＆海馬対ダーツの決闘が続く。ダーツはオレイカルコス・トリトスで第3の結界を出現させ、ライフ回復に加えてモンスターへの魔法・トラップを無効にする。遊戯は自分のモンスターを犠牲にして海馬を助けるが…。
LPがゼロになった海馬だけでなく杏子たちまで魂を奪われ、遊戯だけが残った。「お前の存在が世界を滅ぼす原因」「お前のせいで仲間は消えた」「それが運命」と話すダーツの声に、遊戯は精神的に追い詰められる。
ダーツは、破壊されたオレイカルコスの結界から蛇神ゲー＝攻∞を出現させる。遊戯は、墓地のモンスターの力を吸収できる特殊能力を使って伝説の三騎士で攻撃し、無限ループを作ってゲーの攻撃をかわす。
遊戯、海馬、城之内の3人は、浮上した巨大都市・アトランティス上で、ダーツの化身である全長数キロに及ぶ巨大竜・リヴァイアサンと対峙。デッキからモンスターを召喚して攻めるが、リヴァイアサンは無傷だった。
遊戯は三幻神獣の力で巨大竜・リヴァイアサンを倒し、とらわれた仲間や敵友たちを救い出した。しかし、ダーツはこの地球上の心の闇を全て統括し、最後の大きな攻撃力となって遊戯をのみ込もうとする。
日本へ帰る旅費がないことに気づいた遊戯たちは、旅費の提供を条件に、海馬コーポレーションが主催するデュエル・トーナメント大会に出場する。海馬ランドに行くと、新アトラクションのデュエルマシンがあった。
コンピューターと戦う遊戯は、バランスの悪いドラゴン系のデッキで最上級レベルのコンピューターに苦戦する。敵はサイコショッカーなどの上級モンスターや、複雑なコンボや特殊効果を使い、遊戯のLPは200に下がる。
アメリカ海馬ランドのスタジアムで、KCグランプリの開会式が行われる。グランプリの出場者は16名で、遊戯はディフェンディングチャンピオンとして、その勝者と戦うのだ。開会式の後、すぐに第1回戦が始まった。
