Leatherhead reist nach New York, um sich an den Teenage Mutant Ninja Turtles zu rächen. Stattdessen trifft er auf den Rattenkönig, der eine Ladung Chemikalien gestohlen hat und plant, die Bürger von New York in hirnlose Zombies zu verwandeln, damit seine Rattenscharen die Stadt beherrschen können. Da sich zwei ihrer heimtückischsten Feinde in der gleichen Kanalisation befinden, müssen die Ninja Turles mit April O'Neal zusammenarbeiten, um beide aufzuhalten.
Leatherhead heads to New York to get revenge on the Teenage Mutant Ninja Turtles. He runs into the Rat King instead, who has stolen a truckload of chemicals and plans to turn the citizens of New York into mindless zombies so his minions of rats can rule the city. With two of their most insidious foes in the same sewer, the Ninja Turles must work with April O'Neal to stop them both.
Leatherhead ha venido a la ciudad en busca de las tortugas. Mientras se arrastra por las alcantarillas, se encuentra con el Rey Rata que lo acusa de invasión. Leatherhead defiende sin éxito su derecho de ir a donde le plazca y The Rat King lo toma prisionero. Mientras tanto, Splinter instruye a las tortugas a practicar sus habilidades ninja contra recortes de cartón de Krang, Shredder, Rocksteady y Bebop. Pero Miguel Ángel preferiría luchar contra la cosa real, hasta entonces preferiría tomar algunas rayas y pizza. En Channel Six News, Burne Thompson asigna a April para cubrir una historia sobre el secuestro de un camión cargado de veneno para ratas. Junto con Irma y Vernon, April descubre pistas que la llevan a creer que The Rat King es responsable del secuestro. Mientras siguen un rastro que esperan los lleve a la guarida del Rey Rata, Irma y Vernon son capturados por el Rey Rata, quien planea usarlos como sujetos de prueba para su plan final de "gobernar el mundo".
