The Neo Zeon remnant group, "The Sleeves", travels to Side 4's Industrial 7 colony, so that its captain, Zinnerman, can meet with the Vist Foundation leader, Cardeas Vist, to receive a "key" to something known as "LaPlace's Box", which is said to be capable of either restoring the future, or destroying the world. Audrey Burns seeks to meet Vist first and convince him not to turn over LaPlace's Box, believing the Sleeves will use it to start another war. Meanwhile, a battle breaks out between the Federation's Londo Bell task force and the Sleeves. As the collateral damage rises, the colony is evacuated. Amidst the chaos, Banagher discovers the fatally wounded Cardeas Vist in the cockpit of the Unicorn Gundam. Before his death, Vist entrusts the Gundam to Banagher, who realizes that Vist was his father. Banagher then launches in the Unicorn Gundam and confronts the Sleeves' elite pilot Marida Cruz, who is piloting the Kshatriya.
La Fondation Vist s'apprête à donner aux survivants de Neo-Zeon un artefact connu sous le nom de Boîte LaPlace, susceptible de bouleverser le monde actuel. L'échange aura lieu sur la colonie Industrial 7, là où vit Banagher Links. Sur la Colonie en question, Banagher va rencontrer Audrey Burne alors qu'il la sauvait de la partie en apesanteur de la colonie. Celle-ci a pour objectif d'empêcher la transaction pour éviter une nouvelle guerre. Banagher se verra emporté dans ces évènements...
U.C.0096. Sono passati 3 anni dall'ultimo conflitto tra Neo Zeon e la Federazione Terrestre, ma i focolai di ribellione tra gli spazianoidi non si sono ancora spenti. I nuovi ribelli, conosciuti con il nomignolo di “Maniche” stanno per mettere le mani sullo “Scrigno di Laplace”, oggetto misterioso che permetterà ai ribelli di liberarsi una volta per tutte dalle catene imposte dalla Federazione. Il detentore di tale oggetto misterioso è un commerciante d’arte di nome Cardeas Vist, presidente e titolare della fondazione Vist; il destinatario della transazione è Zinnerman, comandante della nave Garencieres. Ma la giovanissima principessa Audrey, affiliata ai ribelli e protetta da Zinnerman, sta cercando di evitare che tale transazione avvenga, perché segnerebbe l’inizio di un nuovo conflitto. Aiutata dallo studente Banagher riesce a giungere nella villa di Cardeas e cerca impedire che lo Scrigno finisca nella mani dei ribelli. La sua missione fallisce, e il conflitto esplode. Grazie a lei, tuttavia, Banagher entra in contatto con Cardeas che in punto di morte gli affida il Gundam Unicorn, insuperabile macchina da guerra.
宇宙世紀0096年——。ネオ・ジオン軍と地球連邦軍が戦火を交えた『シャアの反乱』から3年。
工業コロニー〈インダストリアル７〉に住む少年バナージ･リンクスは、オードリー・バーンと名乗る謎の少女と出会う。戦争の火種となるビスト財団とネオ・ジオン残党軍『袖付き』による、『ラプラスの箱』の取引を止めようと行動しているという彼女に対し、協力するバナージ。しかし、同じく取引の阻止のため乗り込んできた地球連邦軍と『袖付き』との戦闘により、コロニーは戦場と化してしまう。オードリーを探して戦火を走り抜けるバナージは、『ラプラスの箱』の『鍵』となる純白のモビルスーツ、《ユニコーン》と運命的な出会いを果たす。
