Rocko freut sich darauf, bald seine Heimatstadt Mamoria City zu besuchen. Plötzlich entdecken er und seine Freunde eine Schar Altaria und Wablu, die sich merkwürdig verhalten und ziellos umherfliegen. Zusammen mit ihrer Freundin Solana, einer Pokemon Rancherin, versuchen unsere Helden hinter das Geheimnis dieses merkwürdigen Verhaltens zu kommen. Auch Pikachu und Solanas Plusle zeigen ungewöhnliche Symptome. Unsere Freunde entdecken geomagnetische Störungen, können aber nicht die Ursache dafür herausfinden. Schwester Joy gibt ihnen eine Karte mit den genauen Koordinaten eines Ortes, an dem vor 10 Jahren ein Meteorit heruntergekommen ist und an dem Professor Lund ein Deoxys gesichtet hat. Deoxys ist ein Pokemon, das wahrscheinlich aus dem Weltall stammt und diese Störungen verursacht. Sie finden die Höhle mit dem Meteoriten, und Deoxys erscheint ihnen. Irgendetwas scheint es zu belasten. Und Max und Mauzi, das eigentlich zusammen mit Jessie und James vorhatte, Deoxys zu stehlen, wollen herausfinden, welches Problem Deoxys belastet. Da keiner Deoxys Sprache versteht, nimmt Deoxys Besitz von Mauzi, um mit Max kommunizieren zu können. Aber die einzigen Worte, die Mauzi hervorbringt, sprechen von einer extremen Kälte und Angst. Und dann verschwindet Deoxys mit Max und Mauzi und lässt unsere Freunde verwirrt zurück.
On the way to the Battle Pyramid, Ash and friends meet up with Solana, the Pokémon Ranger. She is there because of a geometric problem in the area that is disturbing electronics of all kinds including the Pokéballs. Everyone figures out that the disturbance is caused by a lonely Deoxys. When they go to investigate the place where Deoxys' meteor crashed, Deoxys becomes scared and flees with Max and Meowth.
Los chicos se dirigían a Ciudad Pewter cuando se reencuentran con Solana quien les cuenta sobre actividades geo-magnéticas en esa zona. Luego, de la nada, un Deoxys aparece frente a ellos.
Efter att ha bevittnat underliga beteenden från flera olika Pokémon på vägen mot Pewter City, upptäcker våra hjältar och Pokémon Rancher Solana en elektromagnetisk störning, vilket leder dem till en Deoxys med problem!
バトルピラミッドへのちょうせんをめざすサトシと仲間たちは、とちゅうの山岳地帯上空でオーロラをもくげきする。それとどうじにピカチュウや周囲のやせいポケモンにいへんが起き、なんとモンスターボールが使えなくなってしまう。ただならぬようすの中、一行の前に現れたのは、かつて行動をともにしたポケモンレンジャーのヒナタだった。
彼女はこのいじょうじたいをちょうさ、かいけつするミッションを受け、この地をおとずれたのだという。そんな中、上空の空間がとつぜん、なぞのポケモン デオキシスが出現した！ たのみのつなは、ゆいいつうごくヒナタのキャプチャスタイラーのみ！ サトシたちの運命やいかに！？
