時は明治。日露戦争の只中、馬飼新太郎は教師として「天乃原女学院」に赴任することになった。担当する生徒たちは、年齢や育った環境が異った五人の個性豊かな少女たち。校舎が地下にあったりと、変わった環境に戸惑いながらも、教師として頑張ろうと思う新太郎。そんな中、突如校舎内にサイレンが響き渡る…。
