Ventos Schreckensherrschaft ist vorüber. Für Kamijo und seine Freunde ist der Alltag wieder eingekehrt, doch auf der ganzen Welt wird gegen Academy City protestiert.
Accelerator is injured, but even in that state he’s approached by a city-employed organization that wants to recruit him. As rumors of an impending war spread throughout Academy City, the students in Toma’s class decide to throw a party.
ヴェントの襲撃に伴う騒動が解決した学園都市。上条にもこれまで通りの日常が戻ってくる。ご飯の支度に忙しかったり慎ましやかにお弁当の交換を楽しんだり、小萌先生の家に結標が転がり込んだり、インデックスを交えてクラス全員参加のすき焼きパーティが開催されたりと、みなが平和を謳歌しているかに見えた。しかし世界中で学園都市に対するデモや抗議活動が活発化。その動きに呼応して、諸勢力との戦争の危険性を感じた保護者たちは、学園都市から子どもたちを回収しようとする運動を始めていた。上条は、自分がその中心にいる事に思い悩んでいた……。一方、学園都市の暗部と取引をし、「闇」に己を売った一方通行（アクセラレータ）に、ひとつの命令が下される――。
Grâce à Index, Hyōka revient à la normale et, bien qu'elle se blâme du chaos qu'elle a causé, Tōma lui assure qu'elle a également protégé la population de la ville. Alors qu'Acqua se retire avec Vento et le reste de ses hommes d'Academy City, Accelerator est capturé par les forces de sécurité de la ville. Alors que la ville se remet de l'attaque de Vento, la classe de Tsuchimikado et Tōma dîne dans un restaurant sukiyaki où ils parleront plus tard de la façon dont une guerre se déroulera à Academy City. Pendant ce temps, le conseil d'administration de la ville punit Accelerator pour ses actions en le faisant rejoindre une équipe spéciale appelée GROUP, composée de Tsuchimikado, Awaki et du mage qui s'est déguisé en Mitsuki Unabara. Après avoir augmenté la limite de temps des pouvoirs de l'Accélérateur, la première mission du GROUPE est de neutraliser la menace posée par les Skill-Outs, ...
Kazakiri le pide a Touma que la destruya, ya que no soportaba que todo el desastre lo causó ella, pero Touma no lo hizo ya que es su amiga. Unos soldados le pidieron a Accelerator que se una a GRUOP, una organización que protege la ciudad. El solo pudo aceptar; así que le dieron su primera misión y es acabar con una pandilla de Skill-outs junto con su líder.
Il regno del terrore di Vento è finito e Kamijo e gli altri tornano alla propria vita, ma le proteste contro la Città-Studio cominciano a diffondersi in tutto il mondo.
Accelerator is gewond, maar zelfs in die staat wordt hij benaderd door een gemeentelijke organisatie die hem wil rekruteren. Terwijl geruchten over een op handen zijnde oorlog door Academy City verspreidt, besluiten de studenten in de klas van Toma om een feest te geven.
Okrutne rządy Vento dobiegają końca, a Kamijo i reszta wracają do normalnego życia. Jednak na całym świecie wzmagają się protesty przeciw Academy City.
