Als das Militär dann doch eine Leiche aus dem Hut zaubert und die Sache für Mulder gefährlich wird, kann Scully beweisen, dass der Tote nicht Knowle Rohrer ist. Das Gericht ignoriert jedoch Scullys Argumentation ebenso wie alle Beweise für eine Alien-Verschwörung innerhalb der Regierung, die von Skinners etlichen erstaunlichen Zeugen bestätigt wird. Das Urteil der unerbittlichen Richter stand im Grunde von vornherein fest, es lautet: Tod durch die Giftspritze. Tatsächlich wird dieses Urteil verhängt, aber Mulder kann sich auf seine Freunde verlasssen. Skinner, Doggett, Reyes und erstaunlicherweise auch der offenbar übergelaufene Deputy Director Kersh befreien ihn aus dem Militärgefängnis und raten ihm dringend, zusammen mit Scully auf dem Weg über Kanada den amerikanischen Kontinent zu verlassen. Jetzt, wo allen im Establishment klar sein muss, wie viel er und Scully wissen, kann es nur noch eine Frage der Zeit sein, bis man die beiden endgültig liquidiert. Doch außer Sichtweite seiner Retter wendet Mulder den Fluchtwagen und fährt mit Scully zu einem verlassenen Pueblo in New Mexico. Hier will er auf seiner letzten Suche nach der Wahrheit einen alten Bekannten wiedersehen - den geheimnisvollen Raucher, der tief im Inneren des Bauwerks regungslos und rauchend seine Tage fristet. Er kann seine Genugtuung darüber nicht verhehlen, dass Mulder nun die ganze Wahrheit über das Ausmaß der Verschwörung kennt, aber nichts mehr daran ändern kann. Das US-Militär hat mit Alien-Hilfe inzwischen herausgefunden, wo Mulder und Scully sind. Das Pueblo wird von zwei Kampfhubschraubern mit Raketen angegriffen und völlig zerstört. Nach außen sieht es so aus, als seien neben dem Raucher auch Mulder und Scully ums Leben gekommen, doch die beiden sind gerade noch entkommen. In Roswell, New Mexico, mieten die beiden sich in einem Motel ein, lassen die Ereignisse Revue passieren und sind sich einig, dass sie niemals aufgeben werden, obwohl das verhängnisvolle Datum
When an unexpected person comes to Mulder's rescue, Mulder refuses to slip north over the border to safety. Instead, he heads southwest to the Anasazi ruins of New Mexico seeking a mysterious wise man who the Indians call "The Keeper of the Truth".
Oikeus kuulee murhasta syytettyä Fox Mulderia, John Doggettin ja Monica Reyesin todistajalausuntojen jälkeen.
Mulder pénètre dans une zone sécurisée. Sur un ordinateur, il découvre une information capitale. Mais avant qu'il ait pu faire quoi que ce soit, Knowle Rohrer le trouve. Les deux hommes se battent. Mulder ne doit son salut qu'à l'intervention de Krycek...
Elkezdődik Mulder tárgyalása, akit Knowle Roher meggyilkolásával vádolnak. Védőügyvédjéül Skinnert kéri fel, aki elsőként Scullyt idézi a tanúk padjára. Igazi meglepetésként - az ufókkal és a kormánnyal kapcsolatban is - fény derül az igazságra, amely valóban odaát van.
Mulder evade dalla prigione con l'aiuto di Skinner, Reyes, Doggett, Scully e Alvin Kersh, dopo aver subito un processo sommario che lo aveva condannato a morte. Mulder e Scully si mettono in viaggio per il New Mexico, in un pueblo nascosto tra rocce di Magnetite. Dentro troveranno l'Uomo che fuma, che rivela anche a Scully la verità suprema e finale, e cioè che gli Alieni invaderanno la Terra il 22 dicembre 2012, senza che nessuno possa opporsi.
Due elicotteri distruggono il pueblo, uccidendo l'uomo che fuma, convinti che dentro ci siano anche Scully e Mulder. Invece questi sono fuggiti a Roswell, in un motel simile a quello dove andarono per il loro primo x-files assieme.
Le loro ultime parole sono un bilancio di quasi 10 anni di indagini sul paranormale, sul governo ombra e sulle forme di vita extraterrestri ed il complotto alieno. Mulder si sente sconfitto perché non è riuscito a far emergere quella tanto sospirata verità e non è riuscito a divulgarla a tutto il mondo. Però una piccola grande vittoria l'ha ottenuta, e cioè quella di aprire gli occhi di Scully, che è sempre stata scettica sulle questioni di cui ora conosce la più intima e sconvolgente verità.
Per questo allora l'ultima frase di Mulder prima del buio è "Si può ancora sperare...".
Агент Скалли отчаянно пытается спасти жизнь своему бывшему напарнику, который внезапно начинает видеть духи умерших врагов и друзей, готовых ему помочь. Однако задача Малдера не только спасти себе жизнь, но и раскрыть все правительственные заговоры против "Секретных материалов", используя информацию от Курильщика, скрывающегося в руинах пустыни...
En oväntad person kommer till Mulders räddning, men han vägrar att bege sig över gränsen norrut och reser istället mot sydväst till Anasazi-ruinerna i New Mexiko för att söka upp en mystisk vis man.
军事法庭还是判了Mulder死刑，以打毒针方式执行……在这千钧一发的时候克许良心发现，和Skinner众人合力将Mulder救出监狱并叫他和Scully往加拿大方向逃，千万不要回头!Mulder并没有往北走，他走了反方向，去了一个印第安部落遗址，他要找一位先知，然后从他口中得出阴谋中的阴谋究竟是什么，一个他和Scully为此出生入死9年所调查的阴谋！
