Accompagné par des caravaniers du Soudan, Nicolas Hulot tourne les pages de l'histoire de la région en remontant le cours du Nil. L'archéologue française Nassera Zaïd lui fait d'abord découvrir Méroé, la nécropole des pharaons noirs, dont les quelque 200 pyramides ont été restaurées pierre par pierre par l'architecte allemand Friedrich Hinkel. Loin de Méroé, au coeur du Soudan, une équipe d'«Ushuaïa» a rencontré le peuple d'agriculteurs-éleveurs qui vit au pied des monts Nouba. Plus tard, Nicolas rejoint à Napat, l'une des plus anciennes capitales des rois nubiens, l'égyptologue Claude Rilly, spécialiste de l'écriture méroïtique, dont la langue n'a pas encore été décryptée. Une mission archéologique suisse révèle ensuite ses découvertes, qui lèvent le voile sur un aspect mystérieux de la vie des pharaons noirs.