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Sára přesvědčuje Michaela, aby šel do nemocnice. Self začne do skladiště vystřelovat slzný plyn. Alex kontaktoval bývalou kolegyni z práce a zasvěcuje ji do operace.

Self versucht mit Gewalt, an den fehlenden Scylla-Chip zu gelangen, den Michael versteckt hat, muss dabei aber einsehen, dass ihn das nicht wirklich weiterbringt.

Michael, whose condition is deteriorating, winds up in the hands of The Company who promise Lincoln that they can save Michael's life in exchange for a favor. Elsewhere, Gretchen and Self wind up with Scylla and a buyer.

Don Self et Gretchen arrivent à l'entrepôt pour récupérer la pièce manquante. Don leur balance des fumigènes pour contraindre Michael et les autres à sortir, mais il est tout de suite neutralisé par Lincoln, qui patrouillait dehors. Gretchen arrive à son tour et s'en va avec Don, celui-ci laisse derrière lui des émetteur d'ultrasons afin de voir où Michael cache la pièce manquante. T-Bag retient la sœur et la fille de Gretchen en otage, mais un inconnu qui prétend être vendeur de bibles se joint à eux. T-Bag, pensant que c'est un agent du Cartel, l'assomme et le ligote. Pendant ce temps, Mahone va rechercher de l'aide auprès de ses anciens collègues, l'Agent Lang et Wheeler. Michael retrouve la trace de Don et Gretchen, grâce à Sucre qui s'est caché dans le coffre de leur voiture. Il arrive à récupérer Scylla de la main de Don, mais perd tout de suite conscience et s'évanouit, son visage tout en sang. Don reprend Scylla et s'enfuit avec Gretchen, après l'arrivée des hommes du Général, qui embarquent Michael à bord de leur véhicule. La sœur de Gretchen arrive à convaincre T-Bag d'épargner le vendeur de bibles. Il lui dit de partir avec sa nièce, et décide de libérer l'homme. Mais ce dernier s'avère bel et bien être un agent du Cartel... Mahone, n'ayant plus rien à offrir à Wheeler, est embarqué à bord d'une voiture fédérale. Enfin, Lincoln arrive au QG du Cartel et demande à voir son frère. Le Général lui annonce que Michael va se faire opérer par les chirurgiens du Cartel, en échange du retour de Scylla.

Michael új tervet készít Scylla visszaszerzésére. Sikerrel is járnak, de Michael rosszulléte miatt a szerkezet újra visszakerül Selfhez, Michael pedig a Cég fogságába esik. Lincoln elmegy a tábornokhoz, aki közli vele, hogy Michaelt megoperálják, amennyiben hiánytalanul és sértetlenül visszaszolgáltatják a Scyllát. Közben Mahone kapcsolatba lép Langgel és az FBI-al, hogy pártfogókat szerezzen a Cég lebuktatásához.

Il Generale rivuole indietro Scylla e sguinzaglia i suoi uomini per tutta la città. Don Self, resosi conto dell'incompletezza dell'oggetto da lui posseduto, decide di stanare Michael dal magazzino nel quale si nasconde, in modo da mettere le mani sul pezzo mancante da lui nascosto. I metodi utilizzati dall'agente sono esasperati: attraverso un fucile speciale spara nell'edificio dei bossoli dai quali fuoriesce del gas ma Lincoln, con il solito tempismo, lo ferma. I fuggitivi e il traditore hanno modo di confrontarsi e, quest'ultimo, propone a Michel una collaborazione, spiegandogli che c'è un compratore disposto a pagare una grossa cifra in cambio di Scylla. Il ragazzo sembra essere interessato. Alex non è scappato ma ha contattato la sua ex partner dell'FBI Felicia, la quale sta cercando di convincere Mark, il vecchio sottoposto di Alex ai tempi della caccia a Michael ed ora salito di grado, ad aiutarlo nella lotto contro la Compagnia facendolo parlare con il procuratore generale. Sucre, intanto, si è nascosto nel bagagliaio della macchina di Don Self riuscendo così a procurare a Michael l'indirizzo preciso nel quale Gretchen e l'agente si nascondono: un hotel malmesso frequentato da gente poco raccomandabile. Michael, Sara e Lincoln si recano sul luogo e preparano un agguato. T-Bag è impegnato a sorvegliare la sorella e la figlia di Gretchen, mentre si tiene costantemente in contatto telefonico con i compari; Improvvisamente, suona alla porta un venditore di Bibbie dall'aria innocua ma T-Bag riconosce un anello di dubbia provenienza al dito dell'uomo e, sospettando che possa essere qualcuno mandato dalla Compagnia, decide di bloccarlo minacciandolo con la pistola. Sucre riesce ad infiltrasi nell'hotel avendo uno scontro diretto con Gretchen, la quale proprio prima di avere la meglio, viene buttata giù dalle scale da Sara; Gretchen scappa dall'hotel dall'ingresso principale dove sono arrivati gli uomini della Compagnia che erano riusciti a stanarla riuscendo

Don, Gretchen, Michael, och The Company är alla ute efter Scylla. T-bag håller Gretchens familj gisslan och har ett svårt beslut att fatta och Michael faller i "Firmans" händer.

Οι Ντον, Γκρέτσεν, Μάικλ και η Εταιρεία κυνηγούν όλοι τη Σκύλλα. Ο Τι-Μπαγκ, που κρατά αιχμάλωτη την οικογένεια της Γκρέτσεν, καλείται να πάρει μια δύσκολη απόφαση.

Блестящий и план по перехвату «Сциллы» у Селфа проваливается из-за Скофилда, состояние которого становится критическим. Узнав, что Компания забрала Майкла, Барроуз заключает с генералом сделку – вернуть так нужную тому вещь в обмен на операцию для брата. Тем временем Дон находит способ найти недостающую деталь и устраняет помеху на пути к заказчику, Ти-Бэг становится жертвой собственной доверчивости, а Махоун ради успешного выполнения миссии идёт на контакт с бывшими коллегами.

Don, Gretchen, Michael ja Yhtiö jahtaavat Scyllaa. T-Bag, jolla on Gretchenin perhe panttivankina, on vaikean päätöksen edessä.

Don e Gretchen, Michael e A Companhia estão atrás de Scylla. Entretanto, T-Bag tem de tomar uma decisão difícil enquanto mantém refém a família de Gretchen.

Don, Gretchen, Michael y la Compañia están tras Scylla. T-Bag toma como rehén a la familia de Gretchen. Michael cae en manos de la Compañia.

סלף מפתיע את מייקל והאחרים. מאהון מחפש עזרה מחברתו מהאפ.בי.איי, דבר שמסתבך בסופו של דבר. סילה עוברת מיד אחת לאחרת. החברה מוצאת את מייקל מעולף על הרצפה ולוקחת אותו. טי באג מאמץ זהות חדשה, אך מסתבר שעשה טעות נוראית. לינקולן צריך לבחור החלטה גורלית.

谢尔夫到处寻找着丢失的部分，T-bag负责看守格蕾琴的女儿和妹妹，却被一个“公司”伪装的杀手擒获，但他放走了格蕾琴的女儿和妹妹。迈克尔从谢尔夫处夺回Scylla，但在逃亡的过程中他脑瘤病发，最终被“公司”抓到，而Scylla也再一次被谢尔夫偷走。为了救迈克尔，林肯同意加入“公司”并找回Scylla。