Dr. Oki , the genius scientist who designed a new type of submarine is missing. His son, Susumu, smells an evil scheme of unknown group. He knows everything of his father's submarine called "Super 99" – equipment, weapons, functions and capacity. Susumu thinks that to find his father is to reveal the secret organization, Helmet Party, and stop their conspiracy. With the help of his friends and Marine Corps, he sets out to an underwater quest, not knowing how dangerous his endeavour is…
L'histoire débute alors que des naufrages se produisent fréquemment autour des fosses sous-marines. Une mystérieuse nation qui se fait appeler l'Empire de l'Océan qui semble en être à l'origine, revendique la possession des ressources sous-marines. L'océanologue Oki, est envoyé avec son petit-fils Goro en exploration à bord d'un bathyscaphe, afin d'en apprendre plus. Mais il disparaît au cours de la mission. Susumu, l'autre petit-fils du professeur, découvre alors que son grand-père travaillait sur la construction d'un sous-marin ultra-sophistiqué fonctionnant grâce à une énergie propre, appelée énergie "L". A bord de ce sous-marin révolutionnaire, Susumu va tenter de retrouver son grand-père et son frère...
Nei primi anni 2000, l'oceano della Terra viene controllato dal misterioso "impero oceanico". Il comandante militare a cui ne è capo, Hell Deathbird, richiede a tutte le imbarcazioni che vogliono eseguire spedizioni il permesso di navigazione. L'unica speranza per il pianeta risiede in un sottomarino chiamato Super 99, creato dal Dr. Jūzō Oki.
A história tem início com o sumiço do Dr. Oki, genial cientista criador do moderno submarino Super 99. Seu filho Susumu desconfia que por trás deste sumiço há um plano maligno de um grupo desconhecido. Para salvar seu pai, ele tem certeza de que precisará revelar armamento, funções e capacidade do Super 99 para a sociedade secreta Partido Yelmo e evitar sua conspiração. Seus amigos e a Marinha o ajudam na busca submarina, que revelará quantos perigos esta tarefa reserva para Susumo
Falta el Dr. Oki, el genio científico que diseñó un nuevo tipo de submarino. Su hijo, Susumu, huele un plan malvado de un grupo desconocido. Él sabe todo sobre el submarino de su padre llamado "Super 99": equipo, armas, funciones y capacidad. Susumu piensa que encontrar a su padre es revelar la organización secreta, Helmet Party, y detener su conspiración. Con la ayuda de sus amigos y el Cuerpo de Marines, se embarca en una búsqueda submarina, sin saber lo peligroso que es su esfuerzo...
