シティーハンター・冴羽リョウは、美女のボディーガードから殺しまで、手広く請け負う超一流のスイーパーだ。パートナーの槇村香は、亡き親友の妹で、依頼人にモッコリをせまるリョウのストッパーとなっている。二人は表向きケンカしつつも、心の底では深く信頼しあい、数々の難事件を片付けていくのである…。
台湾から来た殺し屋の少女と、新宿のスイーパーとの家族愛の物語。 新宿に現れた史上最強の暗殺者は、美しすぎる人間兵器だった。彼女（香瑩）のコードネームは「グラス・ハート」。 完璧を誇る仕事振りに組織からは高い評価を得ていたが、彼女の心は、暗殺という任務を重ねる度に軋み、蝕ばまれていった。 やがて彼女は自ら死を選ぶが、組織の力によって、再び現世に呼び戻された。冴羽獠の最愛のパートナー、槇村香の心臓を移植されて。 香の心臓を移植したことにより、「グラス・ハート」と呼ばれた彼女の心に変化が起き、感情が生まれた。そして暗殺から手を引き、組織と対立する意思を持つ。 香の心臓を持つ事によって無意識の内に獠と接触し、スイーパーとして「シティーハンター」の世界に入っていく。
