魔法。それが伝説や御伽噺の産物ではなく、現実の技術となってから一世紀が経とうとしていた。そして、春。今年も新入生の季節が訪れた。国立魔法大学付属第一高校―通称『魔法科高校』は、成績が優秀な『一科生』と、その一科生の補欠『二科生』で構成され、彼らはそれぞれ『花冠』(ウィード)、『雑草』(ブルーム)と呼ばれていた。そんな魔法学校に、一組の血の繋がった兄妹が入学する。兄は、ある欠陥を抱える劣等生(ウイード)。妹は、全てが完全無欠な優等生(ウイード)。どこか達観したような面持ちを見せる劣等生の兄と、彼に肉親以上の想いを寄せる優等生の妹。二人がこのエリート校の門をくぐったときから、平穏だった学びの園で、波乱の日々が幕開いた。
──魔法。 それが現実の技術となってから一世紀弱。 魔法を保持・行使する「魔法師」の育成機関、通称「魔法科高校」。 若い才能たちが日々研鑽に励むこの学園に西暦2095年の春、とある少女が入学する。 才色兼備で完全無欠な優等生──彼女の名は、司波深雪。 共に入学した兄・達也との仲睦まじいスクールライフを夢見ていた深雪だったが 彼女の前には「一科生」と「二科生」──優等生と劣等生の壁が立ちはだかり……? 優等生の妹と、劣等生の兄。 個性豊かなクラスメイトやライバルたちと繰り広げられる 青春スクールマギクス、ここに開幕！ お兄様、今度は深雪が主役です。
2095年4月。魔法が実際の技術として確立されてから1世紀が経過しました。 2人の兄弟は、「魔法科高校」としてよく知られている国立魔法大学付属の第一高校と呼ばれる名門のマジシャン学校に入学します。 兄の達也は、魔法の力に致命的な欠陥がある「不規則」です。 妹のみゆきは、比類のない魔法の才能を持つスター学生です。 彼らは今ではカップルと間違われるほど近くにいますが、ほんの数年前、2人は機能不全の関係にあり、彼らは主人と使用人にすぎませんでした。 しかし、ある事件は彼らの関係を永遠に変えます。 3年前の沖縄での忘れられない経験は、彼らの魂と運命を頭に浮かび上がらせます。