西暦2205年。歴史改変を目論む「歴史修正主義者」が過去への攻撃を開始した。対峙する時の政府は歴史の守りとして「審神者」なる者を過去へと派遣する。物の心を励起する審神者の力によって生み出された、刀剣に宿りし付喪神「刀剣男士」たちは、審神者と共に歴史を守る戦いへと身を投じる。
