“ケイゾク”と呼ばれる、迷宮入りした事件を担当する警視庁捜査一課弐係（架空の部署）に配属された、東大卒のキャリア警察官僚柴田純と、元公安の叩き上げ刑事真山徹が難事件を解決していくミステリードラマ。シリーズ前半は持ち込まれる事件を解決する刑事物として、小ネタを散りばめたコメディー要素の強い一話完結のスタイルを採りつつ、シリーズ後半に向けての伏線を少しずつ描いてゆく。シリーズ後半では真山と快楽殺人犯朝倉の因縁を巡る物語をシリアスに展開させるという構成となっている。 タイトルの『ケイゾク』は「現在も鋭意“継続”捜査中である」という事に由来している。警察の実情とは異なる設定が多いほか、これまでの刑事ドラマと比べ無機質で暗鬱とした雰囲気を醸し出しており、メイン演出の堤幸彦による演出スタイルは新鮮さと特異性に溢れていた。過去の刑事ドラマへのリスペクトを感じさせながら、2000年代以降につながる斬新さを持つドラマであるとも評価されている
数々の未解決事件の謎を解いてきた天才にして変人の警視庁キャリア・柴田は、古巣である捜査一課弐係に新係長として帰って来る。そこへ、磯山章子と名乗る女性が依頼に来る。章子の母・早苗は15年前に発生した第七神竜丸沈没事件の生存者で、事件で亡くなった霧島夫妻の遺族・七海から、小笠原諸島にある孤島・厄神島（やくじんしま）へ招待されたが、母を一人で行かせるのが不安なため警察に同行してほしいという。厄神島は磁石も狂ってしまうといういわくつきの場所で、物が次々に消えてゆくという伝説がある島だった。おりしも弐係に同様の招待状が届き、母に替わって島へ出発する章子に、柴田と彼女の相棒的存在である刑事・真山がついて行くことになる。
出動中に部下を誤射したと疑われ異動命令を受けた警視庁SIT丙部隊長・瀬文焚流は、公安部公安第五課未詳事件特別対策係（通称：未詳）の一員となり、係長の野々村光太郎の下、天才だが変人の捜査官・当麻紗綾とコンビを組む。未詳とは、一見ひまな左遷先であるが、他部署で手に負えない事件や、超能力など科学的に説明のつかない事象に関わる難事件を捜査する部署である。当麻と瀬文は、予言者や千里眼を得たと称する死刑囚からの挑戦、他人に憑依する犯罪者などSPECを持つ者たちの関係する奇妙な事件に、当麻の天才的推理と肉体派の瀬文のコンビで次々と立ち向かってゆく。
通常の捜査では解決できない特殊な事件を専門に扱う部署「警視庁公安部公安第五課未詳事件特別対策係」通称“未詳(ミショウ)”。特別捜査官の当麻紗綾と瀬文焚流の元に「ミイラ死体殺人事件」のニュースがもたらされる。これはスペックホルダーによる犯行なのか？事件はやがて国家をも揺るがす大事件となっていく。シンプルプランとは？ファティマ第3の予言とは？その時、当麻の左手に激痛が走る！
堤幸彦監督が贈る、『ケイゾク』『SPEC』の完結篇となる新シリーズ。物語の舞台は『SPEC』の警視庁公安部公安第五課未詳事件特別対策係から、内閣情報調査室のSPEC HOLDER 対策の特務専従係、通称「特務（トクム）」へ。「ケイゾク」の柴田＆真山、｢SPEC｣ の当麻＆瀬文に続くコンビ、木村文乃が演じる御厨静琉（みくりやしずる）と、松田翔太が演じる高座宏世（たかくらひろよ）が、SPEC HOLDERを巡る権力闘争に立ち向かう。
詐欺まがいの高齢者向け健康食品を訪問販売している鈴木俊明（演：佐藤隆太）は、生来の生真面目さと、皮肉屋根性が災いして、悪徳セールスマンとしては成績も残せず大きな壁にぶつかっていた。営業の途中で車にひかれそうな老人を見つけた鈴木は、持ち前の生真面目さで助けるも、そこで頭を強打。さらに別の営業先で後頭部を強打し、鈴木の脳に異変が起こり始める。そしてボランティア活動をしていた赤木美里（演：大政絢）に心を奪われてしまうと同時に暴漢に襲われ、またも頭部を強打。遂にそのSPECが目覚めてしまう。
