在廢棄的第五研究所真的製造賢者之石？愛德和艾爾來到研究所調查賢者之石的真相。但這時，一名自稱48號的鎧甲男子出現，還和愛德戰鬥。與此同時，艾爾在研究所外等待愛德，但一名自稱66號的鎧甲男子突然攻擊他。並在戰鬥中發現48號和66號也是將靈魂固定在鎧甲中！
