Alex Vitalij ermittelt undercover gegen den Goldschmuggler Matynkin. Der war einst Handelsvertreter der Sowjetunion. Zwei Kriminalbeamte verhaften Matynkin bei einem Deal und machen ihm einen Strich durch die Rechnung. Doch der Schmuggler entkommt aus dem Gefängnis.
Staatsanwältin Starno lässt Bau-Senator Büscher observieren. Dabei stößt sie auf die Verbrecherorganisation Penkerts. Der Halbasiat lässt Büscher wertvolle Geschenke zukommen. Dafür erhält er Begünstigungen bei der Vergabe von Baugelände.
Kunsthändlerin Helga Schiller kommt durch eine Autobombe ums Leben. Erste Ermittlungen weisen auf die italienische Mafia hin. Auch ehemalige Stasi-Mitarbeiter scheinen an dem Mordkomplott beteiligt.
Der zwielichtige Firmeninhaber Kahn steht im Verdacht, mit Drogen und gestohlenen Autos zu dealen. Wie sich herausstellt, pflegt Kahn Beziehungen zu Politikern in hohen Positionen. Soko-Mann Hajo ermittelt auf eigene Faust.
Ein Zuhälter wird in Berlin ermordet, ein russischer Polizeioberst fällt einem Anschlag zum Opfer. Im Rotlichtmilieu werden russische Prostituierte verschachert: Staatsanwältin Starnow vermutet einen Zusammenhang.
Vier Einbrüche in Juweliergeschäfte beschäftigen die Soko. Durch Videoaufzeichnungen kann der Kopf der Einbrecher ermittelt werden. Soko-Mann Alex schleust sich daraufhin in die Bande ein. Er entdeckt, dass sie Waffenlieferungen nach Afrika betreibt.
Die Berliner Sonderkommission "Organisierte Kriminalität" ermittelt im Zigarettenschmuggel. Der ehemalige Polizist Dormann, jetziger Betreiber eines Waschsalons, soll der Soko helfen. Von einem vietnamesischen Jungen lässt er sich Zigaretten in den Salon bringen.
Bei einer Aktion gegen den türkischen Drogenboss Özal unterläuft den Männern der Berliner Soko ein schwerer Fehler. Dieser kostet mehreren Menschen das Leben. Einer der V-Männer steht dabei unter Verdacht, für das Blutbad verantwortlich zu sein.
Kalle, Werner und Martin verüben mit einer Bazooka einen Überfall auf einen Altpapiertransporter. Dieser hat statt Papier eine größere Menge Geld geladen. Bei der Aktion verletzt sich Martin. Als die Polizei auftaucht, ergreifen Kalle und Werner mit dem Geld die Flucht.
Ein Mitarbeiter der Berliner Soko ist nach der Aushebung einer Bande von Pornoherstellern spurlos verschwunden. Bei ihm war die 16-jährige Melanie, deren Eltern ermordet wurden. Die Soko stößt bei ihren Ermittlungen auf einen Organhändler-Ring.
Unbekannte haben in Murmansk aus Raketensprengköpfen waffenfähiges Plutonium gestohlen. Jetzt soll es in Berlin verkauft werden. Die SOKO für organisierte Kriminalität hat davon Wind bekommen und versucht, die Übergabeaktion scheitern zu lassen.
Nur knapp hat der westafrikanische Exilpolitiker Ozuma ein Attentat in Berlin überlebt. Die Sonderkommission für Organisierte Kriminalität ermittelt. Die Spur führt zu einer Söldnertruppe und einem deutschen Abgeordneten.
Die Soko für Organisierte Kriminalität untersucht eine rätselhafte Überfallserie auf Fleischtransporter. Die Spur führt zu den Brüdern Oskar und Felix Linde und zu einem Frachter, der BSE-verseuchtes Rindfleisch aus England nach Deutschland transportiert.
Das Soko-Team ermittelt gegen einen Waffenhändlerring. Kurz vor dem Zugriff wird Tessas Tarnung entdeckt, die Gangster nehmen sie als Geisel. Offenbar spielt der Expolizist Sternberg eine Schlüsselrolle in dem Fall. Er will über Tessas Freilassung verhandeln.
Ein Erpresser droht, beim Weltkirchentag in Berlin mutierte Grippeviren auszustreuen, wenn er nicht 5 Millionen Mark erhält. Nach der Geldübergabe wird der Mann erschossen. Kurz darauf droht jemand, das Trinkwasser zu vergiften. Ein Fall für die Soko.
Als die Soko einen V-Mann in die Bande des italienischen Falschgeld-Händlers Lamberti einschleusen will, kommt Kollege Brenner dabei ums Leben. Karnowsky, der sich für das Fiasko verantwortlich fühlt, wird von Brenners Witwe gebeten, ihren Mann zu rächen.
Bei einem Einsatz der Soko gegen Hacker explodiert eine Bombe. Drei Jugendliche sterben, einer entkommt und Karnowski wird schwer verletzt. Auf der Suche nach dem Bombenleger stößt die Soko auf eine Hilfsorganisation. Tessa und Mosch schleusen sich in die Gruppe ein.
Nach einem erfolglosen Einsatz werden Dr. Maas und seine Truppe beurlaubt. Doch die Soko-Cops können nicht ruhen: Schließlich wissen sie, dass in Berlin ein gefährlicher Deal mit einer Kofferatombombe bevorsteht.
Mosch und Rickerts sollen die junge Jaqueline Nader auf einer Zugfahrt nach Berlin begleiten. Dort soll sie zu einer Technologiefirma gebracht werden. Doch zwei Männer überwältigen die Beamten und entführen Jaqueline. Was wollen sie von dem Mädchen?
Jockel beteiligt sich an dem virtuellen Spiel Abraxox. Als Teil des Spiels manövriert er einen Modellhubschrauber in ein Büro. Der Hubschrauber explodiert, ein Mann kommt ums Leben. Die Soko steht vor einem Rätsel: Wer benutzt Abraxox, um Menschen zu töten?