Tras dos años de encierro, la Princesa cae gravemente enferma. El Rey se muestra generoso y consiente que la trasladen a su palacio de Pastrana. Mientras tanto, Antonio Pérez es por fin acusado oficialmente y llevado a juicio. Tras los interrogatorios y las torturas, Pérez es condenado a muerte. La Princesa de Éboli, desde su prisión y con la ayuda de doña Juana, prepara la fuga de Pérez. Vázquez informa al Rey de lo que está sucediendo y Felipe II entra en cólera: la Princesa debe ser castigada y su castigo será peor que la muerte.