Guttenborg og Bertramsen undersøger hver for sig slaget på Reden. Bertramsen følger sporene efter menneskene mens Guttenborg kikker på nissernes betydning. Bertramsen bliver afbrudt af banken på døren. Det er hans nye sekretær, frk. Brahe. Samtidig har Guttenborg besluttet at spille skak med Konge Frederik, men istedet ankommer Pyrus, der straks spørger hvor skal jeg sove og hvornår skal vi spise.
Der pyntes op til jul, både hos Bertramsen og Guttenborg. Guttenborg bliver meget sur på Pyrus, fordi han har brugt uvurderlige dokumenter fra arkivet til pynten. Derefter er det tid for rundvisning, og Pyrus opdager hvad Rigsarkivet er. Selv om Bertramsen ser Pyrus tror han jo ikke på nisser, men det gør frk. Brahe derimod. Inden dagen er omme, har Pyrus blandet sig i Guttenborgs tryllerier.
Pyrus og Josefine bliver begge sat på en prøve. Hvor hurtigt de kan finde et bestemt dokument i arkivet. Bertramsen er ikke speciel tilfreds. Bertramsen kontaktes af Hoffet, der vil have en liste over juletraditioner i Danmark. Guttenborg og Pyrus indleder samtidig en jagt på julen. Men i et ubevogtet øjeblik kommer Pyrus til at trylle, så bogstaverne falder ud af alle bøger, hvilket også er sket hos Bertramsen. Da Pyrus tryller lidt mere, sker der et jordskælv og under alle bunkerne ligger en ung pige.
Freja kan ikke huske hvem hun er og hvorfra hun kommer. Pyrus sidste trylleri har gjort at alt om julen er væk. Josefine opdager at verden uden for Rigsarkivet slet ikke kan huske julen. Guttenborg giver den unge pige navnet Freja, og så indledes jagten på julen og hvorfra Freja kommer. Guttenborg, Pyrus og Freja rejser tilbage til stenalderen og bronzealderen, denne gang under Guttenborgs ledelse.
Freja undre sig over hvem hun er og Pyrus og Guttenborg er bekymrede for Frejas skæbne. Vil hun falme væk som hunden gjorde det? Imens har Bertramsen og frk. Brahe svært ved at huske ordet jul. Guttenborg går dog videre med undersøgelserne om julen. Denne gang går turen til vikingetiden, hvor der drikkes jul.
Nisserne er på besøg i de islandske sagaer, hvor de møder kærlighedens gudinde, Freja. Freja forslår at menneskene skal ofre til guderne. I mellemtiden har frk. Brahe fået samme igen så Bertramsen får kun et stykke wienerbrød. Wienerbrødet lander hos Freja.
Frk. Brahe undrer sig mere og mere over hvor Bertramsen bor da han altid møder først på arbejde. Hos nisserne trylles Kong Svend frem, som ved denne lejlighed får tilnavnet Tveskæg. Svend fortæller om julen på hans tid.
Bertramsen glemmer at klæde sig på inden han lukker frk. Brahe ind. Det giver nogle forklaringsproblemer. Pyrus havner i en papirrulle i arkivet, og bliver bragt ind på kontoret. Freja og Guttenborg hjælper ham tilbage til Nissebo, men Pyrus savner sin hue. Freja går i gang med at lave et krybbespil, hvilket gør at Guttenborg bliver begejstret.
Pyrus får sin hue tilbage. Nisserne rejser til år 1157 og møder Kong Valdemar den Store. Han keder sig i julen, men fortæller alligevel hvordan man fejrer julen. Han rejser med nisserne hjem og spiser risengrød.
Valdemar den Store er stadig på besøg, og Pyrus er jalous. Bertramsen får brev fra Kongehuset, som ønsker en rapport. Han sender de oplysninger han har samlet og samtidig har nisserne besøg af Kong Valdemar Sejr. Ved denne lejlighed får han Dannebrog med på rejsen. Freja har drømt om natten, om en kjole hun har haft på, men endnu er hun ikke falmet.
Nisserne besøger Dronning Margrethe Sprænghest og hendes søn Kong Erik. Her hører de første gang om julegaver. Frk. Brahe og Bertramsen får en computer af ministeriet, men Bertramsen synes ikke de har brug for den. Alligevel kan han ikke lade være, med at prøve.
Bertramsen har brugt natten på at lære alt om computere og tilbehør. Han er så begejstret at han ikke får lavet noget arbejde. Pyrus tryller Freja og han selv ind i computeren, hvor de kommer med i et spil. Guttenborg må igen redde dem ud inden de bliver spist af et virusprogram.
Pyrus skal midt om natten aflever et brev til Bertramsen, men falder i søvn i hans seng. Efter at Pyrus er blevet vækket, tager nisserne til Luciafest hos Dronning Margrethe den 1.
Bertramsen får ros af Kongehuset for sin rapport. Pyrus og Guttenborg tryller sig til et møde med Kong Christian den 1, og hjælper med at opfinde Elefantordenen. Imens bager Freja julekager, men bliver dårlig.
Nisserne besøger Kong Christian den 2. på Sønderborg Slot og inviterer ham på besøg, forudsat han medbringer noget gran. Bertramsen får hekseskud og frk. Brahe hjælper med massage.
Frk. Brahe tvinger Bertramsen til at motionere, ved at rengøre arkivet samt indhold. Nisserene tager på besøg hos Thyge Brahe på Uranienborg, hvor de ser julestjernen.
Frk. Brahe opdager at Bertramsen har boet i arkivet i 35 år, så hun inviterer ham hjem på middag. Imens besøger Kong Christian den 4. nisserne og han insisterer på at se sine bygninger. Bertramsen laver et juletræ.
Christian den 4. trylles ind i et dukketeater, og på den måde kommer han til at se alle sine bygninger i pap. Birger laver også dukketeater og beder Frk. Brahe om at lave medister til aftensmad idag.
Josefine sætter boller og klejner til nisserne. Samtidig besøger nisserne Ludvig Holberg og hører om datidens juleskikke. Birger hænger en mistelten op og håber frk. Brahe vil komme forbi.
Nisserne besøger H.C. Andersen i Tivoli. Han skriver eventyret "Den lille pige med svovlstikkerne" så Bertramsen og Pyrus græder. Samtidig opdager Bertramsen nutidens juletræ.
Birger sætter under stort besvær fod på juletræet. Freja bliver mere dårlig, men alligevel kommer Kong Frederik den 7. og Grevinde Danner på besøg.
Freja går i søvne, og afslører for Birger, hvem hun virkelig er. Birger tror det er en drøm, men han er også meget nervøs over sit forestående møde med Dronningen.
Josefine takker nisserne for hjælpen med at finde julen, imens er Bertramsen hos Dronningen. Pyrus besøger tegneren Frederik Bramming, som opfinder kravlenissen. Freja bliver så dårlig at hun helt forsvinder.
Pyrus er ulykkelig og tryller igen for at få Freja til at komme tilbage. Bertramsen får sit ridderkors og Freja dukker op og redder julen for alle.