「ＤＡＹ３」は発災から５０時間以上たった東京の姿。大規模火災はようやく鎮火に向かいはじめる。しかし各地で避難所が開設されるものの食料や水など物資の不足が目立ってきた。避難者たちの体力、精神力も限界が近く、遺体の身元確認も追いつかない。そして首都・東京は、さらに予想外の事態に襲われ続ける。ドラマ「パラレル東京」でも、停電から復旧した建物で起きる通電火災が発生。再開した株式市場では株価が暴落、多くの外国企業も日本から脱出しはじめる。主人公・美香の妹もいまだ消息不明。そんな中、雑居ビルに閉じ込められた人の救出が、東京消防庁のハイパーレスキュー隊によって開始された。だがそこに、震度６強の最大余震が襲いかかる…。 発災３日目以降の特徴は、揺れや火災から生き残った人々の命が、また別の形で脅かされ始めるという事態に突入すること。中でも病院にたどり着きながら治療を受けられずに亡くなる人の数は、発災以降６千人以上に上るとされている。新たなフェーズに入った首都直下地震の被災地の被害の詳細を見ながら、身を守るすべを考えていく。