Napoleón llega a Bayona y consigue atraer hasta él a la familia real española. Llama a su hermano José Bonaparte, conocido popularmente como Pepe Botella, para que ocupe el trono de España, pero el pueblo español no acepta al nuevo rey y se levanta en armas contra el invasor el 2 de mayo de 1808.
El Empecinado, con una pequeña partida de guerrilleros, inicia una lucha relámpago contra las tropas francesas. En sus acciones de hostigamiento, los soldados aislados, los correos y los rezagados de las largas columnas son sus objetivos principales.
La acción se sitúa a finales de noviembre de 1808. Napoleón llega a Madrid y logra la capitulación de las tropas españolas. Como primera medida, firma algunos decretos que modernizan España y deja bien instalado en el trono a su hermano José.
Las fuerzas de El Empecinado, que ya se cuentan por millares de guerrilleros, se han desplazado a Guadalajara para impedir allí la implantación francesa.
En 1812 la suerte de las armas empieza a ser desfavorable para los franceses. García acude a Cádiz, donde se va a proclamar la Constitución. Mientras, el ejército británico avanza, pero Wellington no ve con buenos ojos a los guerrilleros españoles.
El general Hugo escolta al ejército francés hasta Vitoria, donde se librará la última gran batalla de la guerra de la Independencia. En los alrededores de esta ciudad, Hugo y El Empecinado se enfrentan por última vez.