Ali merupakan seorang pelajar sekolah berumur 12 tahun yang bergelut di sekolah, juga menjadi mangsa buli, serta kekurangan kasih sayang dari ibu bapa. Kehidupannya berubah apabila dia secara tidak sengaja menggunakan teknologi yang dicuri oleh dua penjahat.
Apabila Dr. Tong tiba-tiba membuat pengumuman untuk meletakkan jawatannya, M.A.T.A. mengesyaki ada sesuatu yang berlaku kepadanya dan Ali dihantar ke misi pertamanya iaitu menggunakan I.R.I.S..
Semasa cuba menghentikan Komeng dan orang-orangnya daripada mencuri dron, Ali bertemu dengan seorang pengacau bertopeng yang membantu dia mengalahkan mereka. Tetapi keadaan berubah setelah Ali mendapat tahu identiti pengacau bertopeng itu!
Setelah menyelamatkan seekor kucing sesat dari dilanggar oleh sebuah kereta, Ali tersalah anggap kucing itu sebagai kucing lamanya, Labu. Oleh itu, dia berhasrat untuk membelanya sendiri. Namun, Ali tidak mengetahui yang kucing itu mempunyai motif yang tersembunyi iaitu mencuri I.R.I.S..
Selepas Dos dan Trez berjaya mencuri dua keping pen drives yang mengandungi blueprint I.R.I.S., ejen-ejen M.A.T.A. ditugaskan dalam misi seterusnya untuk mendapatkannya semula sebelum dinyahsulit oleh penjahat itu.
Selepas Dr. Tong dan Dr. Mala menjadi mangsa dalam kejahatan Dr. Aaron, Ali, Bakar, Alicia dan Comot perlu melindungi Dr. Ghazali dari si penjahat itu sebelum terlambat!
Sewaktu misi mula bermasalah, Alicia menyatakan bahawa kalau bukan kerana I.R.I.S. yang sedang dipakai oleh Ali, tentu dia akan menggunakan "Protokol Gegas". Setelah gangguan kuasa berlaku di Cyberaya, ejen-ejen M.A.T.A. telah dihantar untuk menyiasat masalah tersebut. Semasa misi itu, Ali terkejut selepas mengetahui tujuan sebenar "Protokol Gegas" daripada Bakar.
Setelah kejadian yang tidak diingini dalam misi sebelumnya, General Rama berbincang dengan ejen-ejen M.A.T.A. serta diri Ali sendiri mengenai prestasinya. Dia juga perlu membuat keputusan sama ada Ali masih boleh meneruskan misi atau dihapuskan.
Rizwan menawarkan dirinya untuk menjadi mentor kepada Ali, jadi dia perlu melatih Ali untuk menjadi ejen yang lebih bagus, walaupun dia berasa ragu terhadap Ali.
Selepas video yang menunjukkan Ali menyelamatkan nyawa Aunty Faye tular di Internet, Ali mula menjadi obses terhadap populariti lalu mencipta satu profil baru untuk dirinya sebagai ejen. Namun, dia tidak tahu yang perkara itu boleh membawa bahaya yang serius kepadanya.
Sukar untuk mempercayai yang Bakar adalah pengkhianat dalam M.A.T.A., Ali bertekad untuk membuktikan bahawa dia tidak bersalah.
Uno telah menggodam ke dalam M.A.T.A. dengan misi untuk menangkap Ali.
Uno dan orang-orangnya berjaya menculik Ali dan cuba untuk memisahkan I.R.I.S. daripadanya. Ali telah bertekad untuk tidak membiarkannya jatuh ke tangan yang salah, manakala ejen M.A.T.A. yang lain cuba untuk melindungi Ali.
Ali, Bakar, Comot dan Alicia dibawa ke Akademi M.A.T.A., tetapi dengan syarat Ali perlu bersedia untuk menjalani satu ujian bagi melayakkan kemasukannya.
Selepas diterima masuk ke Akademi M.A.T.A., Ali disambut baik oleh semua orang termasuk ejen junior, kecuali seorang ejen.
General Rama telah menghantar ejen-ejen dari Akademi M.A.T.A. untuk misi pertama mereka iaitu menghentikan penjahat yang telah menggodam stesen keretapi Cyberaya!
Seorang lelaki tua misteri yang membenci teknologi telah menimbulkan malapetaka merentasi Cyberaya.
Seorang ejen yang bekerja di bawah Uno telah menyusup ke dalam Akademi M.A.T.A.!
Ali telah digantung dari menjalankan misi buat sementara, dan pada masa yang sama dia tertinggal kunci rumahnya jadi Ali menumpang di rumah Aunty Faye dan bermain dengan cucunya yang bernama Danish.
Rizwan kembali ke dalam M.A.T.A. untuk membantu mentor-mentor di dalam misi seterusnya.
Rizwan menyertai pasukan Uno dengan niat untuk menghapuskan M.A.T.A. sementara Ali sangat meragui tentang dirinya sebagai ejen.
Rizwan diarahkan oleh Jenny untuk mencari Cuatro jika tidak mahu apa-apa masalah berlaku kepada diri Rizwan sendiri.
Analogman kembali membuat kekacauan di bandar Cyberaya dengan bantuan rakan-rakan barunya. Sementara itu Ali memperkenalkan ciptaan gajet barunya yang dipanggil I.R.I.S. Atlas.
Rizwan mampu menguasai ilmu penuh INVISO dan dia menggunakannya untuk memusnahkan markas Numeros.
Semua ejen M.A.T.A. telah bersedia untuk melindungi bandar Cyberaya pada ketika kumpulan Numeros sedang dalam perjalanan untuk memulakan sesuatu yang dahsyat di Akademi M.A.T.A..
Setiap ejen M.A.T.A. harus mencegah tindakan Uno dari mengakses mainframe M.A.T.A..
