「大臣を辞任しなければ1000人を爆死させる」――国土交通大臣・諏訪部孝一（神尾佑）を脅す謎の爆弾魔の捜査を極秘裏に進めていた浅輪直樹（井ノ原快彦）ら特捜班。第二の爆破事件が起きた直後、諏訪部の秘書・高石沙月（知念里奈）から3通目の脅迫メールが届いたという知らせが入る。そこには「こちらは本気だ。残り999人を救いたければ、明日の17時までに過去の罪を認め辞任しろ」と書かれていた。いったい諏訪部の“過去の罪”とは何のことなのか、直樹は引っかかる。
