始業式を迎えた国木田高校に、高級外車に乗った派手な身なりの編入生がやってきた。彼女の名前は、馬場亜矢子 (米倉涼子) 35歳。高校を中退しているため35歳でやり直したいという彼女を、教育委員会からの申し出により国木田高校で受け入れることになったのだ…。
ある日、学校の目標として、いじめゼロを掲げる野田校長 (榎木孝明) のアイデアで、生徒たちから悩みや不安を訴えてもらうための目安箱が各教室に設置される。一方、3年A組では、誰も名乗りを上げない学級委員に亜矢子 (米倉涼子) が立候補。生徒たちは面白がり、満場一致で任命される。学級委員になった亜矢子が放課後、小泉 (溝端淳平) と一緒に目安箱の中を確認すると、ふざけたイタズラ書きの中から1枚だけ無記名で“たすけて”と書かれた紙が見つかる…。
休み時間、亜矢子 (米倉涼子) は、正光 (菅田将暉) たちが、空き教室で騒いでいるのを見かけ「なんで勝手に使ってんの?」と聞く。すると、理 (野村周平) は「俺らにはその権利がある」と言う。まったく意味がわからない亜矢子。しかし、小泉 (溝端淳平) は、正光たちを注意するどころかかばう始末。そんな正光たちだけを特別扱いする小泉の態度に亜矢子は疑問を抱く…。
亜矢子 (米倉涼子) が国木田高校に編入して1ヶ月。亜矢子には4人の友達が出来た。2軍の里奈 (広瀬アリス)、愛 (水野絵梨奈)、三枝 (西井幸人)、大竹 (上遠野太洸) の5人はクラスの空気も1軍の事なども気にせず教室で楽しく騒ぐようになっていた。そんな亜矢子たちが気に入らない1軍の正光 (菅田将暉)、理 (野村周平)、蓮 (高杉真宙) は亜矢子を敵視する。ある日、小テストを受けていた亜矢子は、社会科教師の猿渡 (東根作寿英) からカンニングをしたと一方的に決めつけられ…。
文化祭が間近に迫りクラスごとに催し物を行うことになった。3年A組ではまずリーダーを決める話し合いが始まる。梨花子 (宮﨑香蓮) が1軍生徒を代表して立候補しリーダーを任された。そして、3Aの催し物はお化け屋敷に決定。1軍の梨花子が仕切ることで2軍3軍の生徒も従い、3Aは文化祭に向けて準備は順調に進んでいるかのように見えた。しかし、作業をまったくしない梨花子や1軍生徒に対して、2軍3軍の不満は高まる…。
国木田高校の女子駅伝部は全国大会出場が有力視され、駅伝部に所属する美月 (新川優愛) と、萌 (小島藤子) はエースとして期待されていた。しかも、美月は全国大会出場を果たせば大学へのスポーツ推薦も決まることになっていた。そんな中、萌が美月とお揃いで作った大切なチャームを、亜矢子 (米倉涼子) が踏みそうになったことが元で萌がケガをしてしまう…。
ある朝、登校した亜矢子 (米倉涼子) は美月 (新川優愛) の様子がいつもと違うのに気付く。しかも、他の1軍女子はリーダーだったはずの美月に対して手のひらを返したような態度をとっていた。そんな中、国木田高校が、十代の少年少女が起こした犯罪を同世代が陪審員となって裁くティーンコートの実験校に選ばれた。自分の評価を上げたい小泉 (溝端淳平) は、3年A組でティーンコートをやると申し出る。小泉が生徒たちにティーンコートについて説明しようとしたとき、美月が突然「私…盗撮されてるんです」と言い出す…。
大学受験を前に、小泉 (溝端淳平) は野田校長 (榎木孝明) から、生徒たちの私生活に乱れがないかを把握する為に、国木田高校の裏サイトの監視を命じられる。裏サイトでは日頃言いたいことを言えない2軍、3軍の生徒たちが言いたい放題。そんな中、小泉は2軍の衛藤 (森川葵) から、ストーカーに付きまとわれて困っているので「恋人のふりをしてくれませんか? 先生の事が好きなんです!」と告白をされる。学校帰り、仕方なく小泉が衛藤を送って行くと、そんな2人を物陰から盗撮する人影が…。
野田校長 (榎木孝明) は「今の若者に必要なものは未来を思い描く力です」と、阿佐田教育長 (渡哲也) の講演の受け売りで、生徒たちに“10年後の自分への手紙”を書かせることを提案。さらに、生徒たちに特別カリキュラムを課すと言い出した。3年A組の特別カリキュラムは2泊3日のキャンプに決定。小泉 (溝端淳平) がそのことを知らせると、3Aの生徒たちからは不満が続出…。
国木田高校の裏サイトで行われていた3年A組生徒の格付けランキングが全員同じ点数になり、スクールカーストはなくなったかのように思われた。3Aの雰囲気は明るくなり、「馬場ちゃん来てからクラスの空気変わったよね」と、スクールカーストがなくなったのは亜矢子 (米倉涼子) のお蔭だとみんなが感謝する。そんな中、生徒たちの携帯電話に一斉メールで“真実は28番ロッカーの中に”という謎のメッセージが届いた…。
【最終話】3年A組では、亜矢子 (米倉涼子) に対する“魔女裁判”が続いていた。正光 (菅田将暉) の追及はさらにエスカレート。これまで3Aに起こった事件が記された古いノートを突き付け、事件はすべて亜矢子の自作自演だと責める。亜矢子は無実を訴え、そのノートは亡くなった亜矢子の母･依子 (手塚理美) の日記だと明かした。そして「私は…母の日記を現実にするために…この学校に来たの」と、ノートに秘められた真実について語り始めた…。
